1836年，“猎犬号”在经过长达5年的海上航行后终于回到了英格兰。航行开始时，达尔文还是一个刚刚跨出校门的年轻学生；航行结束后，他已经是一个27岁的充满自信的年轻人了。他战胜了没完没了的晕船，躲过了土著人的威胁，出色地完成了一个自然学家的任务。这次旅行之中他发现了1500种动物的化石、4000种动物表皮和骨头的标本，其中有许多欧洲人都是第一次了解。英国科学界的精英们力邀这位杰出的年轻人加入他们的圈子，达尔文很快成了生态学界的重要人物。而生态学家是编写世界自然史的主要力量，达尔文又被推到了这项重要科学工作的最中心。
进化论当时已经完全统治了达尔文的思想。他坚信物种是可以改变的。现在他又开始探索一个更大的秘密，即物种是以何种规则进化的。在座落于英国乡间的自家后院里，达尔文潜心研究和观察饲养马匹和鸽子的人是如何调教动物，使它们具备理想的习性的。同时他在思考自然界是否也有同样的能力呢？1838年他的理论终于有了一个清晰的框架：自然竞争导致了物种变化，只有那些生理特征最适合环境的动物才能繁衍下去，简言之，即“适者生存”。
1839年，达尔文出版了《“猎犬号”航海记》，生动地描绘了他的科学探险活动，十分畅销。这本书同他在剑桥读书时给予他无穷想象的那些书有着异曲同工之妙，表明了他的科学观点，并为他赢得了很高的声誉。这时，达尔文已经30岁了，但他却一直在结婚还是不结婚之间徘徊。他希望能有陪伴在自己身边的贤妻和可爱的孩子，可又担心家庭生活会占去自己太多的时间。最终，向往有一个温暖家庭的他还是选择了结婚。按传统观念，贵族必须与贵族通婚，经常是在表亲之间通婚。达尔文的表妹艾玛·威杰伍德文静优雅，受过良好的教育，且是威杰伍德陶器王朝的继承人。达尔文觉得艾玛身上有着贤妻良母的天性，正是他要找的类型；而艾玛则为达尔文敏感的性格所倾倒，迫不及待地答应了达尔文的求婚。由于两人的家庭都十分富有，达尔文根本不必担心生计。但有一件事却威胁着他们的幸福。艾玛是个天主教徒，她担心达尔文的自由思想会使他日益远离教会以及天主教的信仰，也担心由于缺乏信仰达尔文死后会入地狱而她则要去天堂，两人将不得不分离。达尔文因此陷入了无法解决的两难境地，他十分爱艾玛，但又不能假装相信天主教。最后，两人只能将这一矛盾埋藏在心底。同年，他们结婚了，并从伦敦移居偏僻的英国乡间。达尔文气派的房产为他提供了一个能够专心追求自己理想的场所。
1842年，达尔文写了一篇长达35页的论文，阐述了进化论的框架。但他没有公开，而是把这篇论文藏在一个信封里交给了艾玛，叮嘱她假如他突然死去一定要将其发表。每前进一步，达尔文都十分担忧，因为他很早就知道他的理论必将会引发生物学的一场革命。在那个年代，一个人如果教授进化论等于把自己放在异端的位置上，被视作危险人物，这是一位受人尊敬的年轻绅士最不愿看到的。达尔文别无选择，他只能将自己的理论埋藏在心底。
沉默是需要付出代价的。达尔文得了重病，病痛折磨着他的身心。有几个星期，他饱受高烧、寒冷和呕吐的折磨。身体状况的恶化可能有两个原因：一是在巴西曾遭受过毒虫叮咬；另一则是精神压力极大的双重生活。达尔文曾是一名充满活力的探险者，现在却是个连在自家院子里散步都觉得困难的病人。
19世纪40年代的大部分日子里，达尔文都不得不逃避深锁在自己脑海中的那个秘密。他的进化论对于这个世界来说太难以承受了，有可能会毁了他的声誉和家庭。病弱的身体使达尔文每天只能工作几个小时。他将有限的时间用在探索自然界的所有细枝末节上，光是分析海底甲壳动物就耗费了8年时间。那段日子，他的家里就像一个海底甲壳动物的世界。由于病痛只能在家里工作的达尔文并没有与外界隔绝。他同海员们、传教士和自然学家都保持着联系，希望他们可以为他带来远方的动植物标本以及新的科学信息。无论身体状况如何，他每天坚持写信，在信中询问别的科学家是在何处发现某件动植物标本的。
在家里，达尔文完全依靠贤惠妻子的照顾。艾玛扮演了护士和卫兵的角色，替达尔文挡住了许多不速之客。当达尔文工作累了，她就为他朗读或弹奏钢琴。他们一共有10个孩子，有7个活到了成年。在那个很讲究父辈尊严的年代，达尔文算得上是一个慈爱的父亲，对孩子们有很深的感情，再忙也会抽空关心他们的兴趣，并和他们一块玩耍。他与大女儿安妮在情感上尤为亲密。安妮是一个漂亮而欢快的孩子，经常陪伴着达尔文。她的活力和快乐总是感染着周围的一切，达尔文非常爱这个女儿，并觉得自己在年迈时能得到她的照顾。当他工作时，安妮是唯一能在书房里玩耍的孩子。但9岁时，安妮的精神状态开始下滑，连续几个月身体日趋虚弱。达尔文发疯似的找来一个又一个医学专家。然而一切都无济于事。1851年的复活节，达尔文在病榻边眼睁睁看着安妮离开了人世。他知道不可能有什么复活的神话，女儿的死让他对一个公正、圣洁的世界的信仰彻底毁灭了。
达尔文重又开始了停滞多年的工作，他用数年的时间著书并进行修改，准备公开自己的进化论。直到1858年，一件意想不到的事进一步刺激了他。一位英国自然学家爱尔弗雷德·威利斯提出了物种进化和自然选择的相同观点，而他等了20年却没有发表。因此，达尔文下定决心要以革命性的观点来征服大众。他开始了长达13个月的疯狂写作。尽管知道著作会威胁到自己的名誉和孩子们的前途，更会为虔诚的爱妻带来无法想象的痛苦，但是他已经无法搁下手中的笔。按进化论的说法，人类在遥远的过去只不过是一种没有高尚灵魂的动物，这是基督教所无法认同的，没有灵魂就没有追求美好生活的动力，就没有天堂和地狱，就没有恩赐与惩罚。在努力完成自己的著作时，达尔文感到自己正在遭受罪恶的煎熬，也感到了肩上承受着全世界的重量。20年来他一直在与自己的命运搏斗，在与自己的双重生活搏斗，现在他的沉默结束了。