1859年11月，50岁的达尔文出版了《物种起源》一书，发表了物种进化和物种起源理论，立刻引起了轰动。第一批印刷的1250册当天便售罄。达尔文在书中说，人类与猴子拥有一个共同的祖先，但后来分别走上了不同的进化道路。对英国王室来说，人类是从低等动物进化而来的理论显然是难以接受的。因此，达尔文和其理论遭到了曲解和嘲笑，在一组漫画中，他被比作浑身是毛的大猩猩。
圣公会是英国的官方教会，而达尔文的理论却在暗示教会的存在是多余的，甚至似乎在说教会是欺世盗名的，这严重威胁着当时的社会支柱。因此，达尔文主义者和神造论主义者之间爆发了激烈的争论。达尔文在寓所里经历着这场暴风雨，并在幕后寻求着科学界精英们对自己理论的支持。他充分意识到公共关系的价值，努力将十几位科学界的权威人物转变为进化论者。公众舆论逐渐转向了他这一边。20年的细致分析使他积聚了大量无可辩驳的证据，任何一个开明人士都无法漠视这些事实，甚至有些教士认为是上帝设计了地球上的生灵，后来它们又进化了。
1871年达尔文又发表了《人类起源》，第一次将人类的祖先同低等动物联系在一起。令他惊奇的是，人们对这本书的反应已经没有对《物种起源》的反应那么强烈。短短十几年后，他的观点成了主流。由于卸去了肩头的重负，达尔文的健康状况也戏剧性地快速好转起来。30多年来的各种病症全都消失了，他开始精力充沛地趴在院子里的地上研究起爬虫的生活习性。
《物种起源》发表后的20年间世界发生了重大的变化。尽管仍有人反对达尔文的观点，但讨论这一命题已不再受人嘲笑。达尔文成了一位受人尊敬的长者，并被剑桥大学授予荣誉学位，此时距他离开剑桥大学已有50年了。他的灵魂重又回归宁静，可与妻子艾玛之间信仰上的冲突却依然没法解决。艾玛坚信人可以在天堂获得永生，但每当想起她和达尔文将不能在天堂里共度美好时光时便十分悲伤。
1882年，73岁的达尔文心脏病突发。在生命的最后几天里，贤惠的妻子给了他无微不至的照顾。他是在艾玛怀中去世的。弥留之际，他一直反复说着希望他们能永远在一起，但他知道在艾玛的信仰中她会获得永生，而他不会。
达尔文的去世引发了一个难题，即将他葬于何处。当威斯敏斯特大教堂希望达尔文的遗体能够葬在那里时，全家人感到异常惊讶。大教堂需要达尔文，胜过达尔文需要大教堂，因为达尔文为英帝国赢得了知识和科学王国中的新领地，英帝国依然将这位反叛者列为自己的优秀子民。1882年4月26日，英国上流社会的精英们聚集到威斯敏斯特大教堂的墓地，看着达尔文的遗体被安葬在牛顿身边。一位向基督教权威挑战的反叛者，最终将在圣洁之地获得永生。
在达尔文死后的一个多世纪里，《物种起源》一书以29种语言被印刷了400余次。他的理论唤起了人们对自然力量的认识，也永远改变了人们对这个世界的观点。