用人所长，厚待功臣
刘秀用人的另一个特点是善于扬长避短。他手下猛将如云，并且各具特点，但是他总能知人善任，扬长避短，使用得当。能够做到疑人不用，用人不疑，使将帅能在不违背总的战略目标的情况下相机行事，最大限度地发挥他们自己的积极作用，充分考虑实际条件从容指挥，这在统一战争中是非常重要的。平定三辅地区的时候，大司徒邓禹能力不够，无法平定。刘秀考虑到冯异的特点，认为他善于统驭军队，注意纪律，不像其他将军喜欢略地屠城，能够让百姓诚服，从而能顺利地平定该地区，适合担当这项任务。于是刘秀派他前往征讨，并且赏赐了一把宝剑，使他便于行事。在经过几次挫折之后，冯异接连指挥了崤底之战、宜阳之战，最终平定了关中。战争结束以后，刘秀立即下诏慰劳冯异：“赤眉破平，士吏劳苦，始虽垂翅回溪，终能奋翼黾池，可谓失之东隅、收之桑榆。方论功赏，以大勋。”
天下统一之后，刘秀对待功臣非常“厚道”。他没有像老祖宗刘邦那样杀戮功臣，而是建立了著名的凌烟阁，给二十八位功臣绘像纪念，给大臣丰厚的待遇，让他们能够安享太平富贵。但为了避免功臣权力过大带来的问题，他不让功臣掌握实际的权力，而是“退功臣，进文臣”，把治理国家的事交给了文臣。这样一来，既解决了如何对待功臣的问题，又利于国家的治理，是古代皇帝在如何处理功臣方面做得最好的皇帝之一。
刘秀还经常和群臣开一些无伤大雅的玩笑，来调节君臣之间的关系。《后汉书》曾经评说到，一次刘秀对功臣诸侯说：“诸卿如果不是遇到天下大乱的际会，觉得自己爵禄能达到什么样子的啊？”高密侯邓禹先答道：“臣小时候致力于学问，可以当个文学博士（一种官位）吧。”刘秀说：“你太谦虚了，你是世家大族的邓家子弟，志行修整，肯定会有更大的出息。”其他人也依次答对。到马武时，马武说：“以臣的勇武可以当个守尉督，查盗贼。”刘秀笑道：“如果你不当盗贼的话，说不定当个亭长就差不多了。”马武生性爱酒，阔达敢言，有时喝醉酒在御前当面批评同列，直斥他们的短长，无所避忌。刘秀也不以为然，有时还故意开他的玩笑，以为笑乐，调节气氛。刘秀制驭功臣，多能包容他们的小过失。远方藩属贡献珍品来的时候，必先遍赐列侯，自己剩不了多少。大臣有功，就封赏财物，但是不任以吏职，所以手下功臣皆保其福禄，没有被杀的人。
名将马援曾经称赞刘秀“恢廓大度”、“开心见诚，无所隐伏，阔达多大节”，是符合实际的。至于刘秀是否真的是最善于用人的皇帝自然可以商榷，但是他确实善于用人是没有疑问的。所以刘秀手下名将辈出，号称中兴二十八将，至今为人乐道。
决策以谶纬，光武留缺憾
不过光武帝刘秀用人也有很大的问题，以谶纬作为用人和决策依据，临死宣布图谶于天下，使谶纬迷信合法化。这谶纬之学是由阴阳五行学说演变而成的。谶是一种预言式的文字或图画，用隐语道出未来的大事，纬是一种附会吉祥灾异，解释经意的专书。纬书和谶书都是些迷信的内容，专门宣传天人感应的学说。刘秀因为谶纬中有“刘秀当为天子”的话，所以深信谶纬。他当了皇帝后，废除古文，提倡今文，要求文博士讲解“谶纬”。当时的古文家很是反对，古文家桓谭不读“谶纬”，上书极力言讲谶纬是妖妄之说，光武帝则说他是“非圣无法”，差点砍头。刘秀用人，有的时候也用谶纬来决定。符中曾有谶语说：“王梁主卫作玄武。”玄武系水神名号，光武帝认为司空一职，管领水土，符中玄武名目，应当是司空代词。正巧有个叫王梁的为野王县令，他当即遣使召入，擢王梁为大司空，根本没有考察他是否合格胜任。有个大臣叫尹敏，是受刘秀之命主持校定图谶的主要人物之一。他本人对谶纬之学并不怎么相信，指出：“谶书非圣人所作，其中多近鄙别字，颇类世俗之辞，恐疑误后生。”于是，他趁校勘图谶的机会，在谶书中缺脱的地方，增加了“君无口，为汉辅”六字，说明尹氏当辅佐汉廷，企图使皇帝重用他。刘秀见到这条谶文感到很奇怪，就向尹敏追问其故，尹敏没敢隐瞒，就说：“臣见前人增损图书，敢不自量，窃幸万一。”刘秀看出来之后，把他大骂一通，但并没有处罚他。
像谶纬这些本来就荒诞的东西，竟然被用来作为帝国用人的依据，不能不说是刘秀用人中的缺陷了。