调查结果证明柳传志是对的。孙宏斌的确已将公司资金转移到另外一家公司，而且数额不小。孙宏斌解释说他绝无“化公为私”的企图，只是因为公司财务制度僵化，手续复杂，才要留下一笔流动资金，以便为公司做生意时“用着方便”，检查机关也的确没有发现任何证据显示他有“贪污倾向”，尽管如此，擅自挪用公款也已构成法律问题，这就给整个公司敲响了警钟。
春天结束的时候，公司把孙昔日的属下全都集中到京城北郊怀柔县城，现在用不着再说什么“大船小船”，而是请来检察院里一位名叫项明的副检察长，讲解什么叫“经济犯罪”，法律又如何判定“贪污”。“贪污2000元就可以判刑，”检察长说，“贪污5万元就上了杀头线。”吓得这群人全都没了声音，只剩下一个姓陆的小伙子仍然不服。此人来自南方，却天生一副北方人的火暴脾气，又有一股江洋大盗的野性。如果后来人们所谓孙的手下有一股“黑道力量”的话能够成立，那么多半就同这个人有关。他开口闭口“黑道白道”，先是扬言要把内部的叛徒“卸掉胳膊”，后来又从公司汽车队的出车记录上查出端倪，率领几个人前去关押孙的公寓“劫狱”，当场要与看守人员打将起来。多亏孙宏斌劝他罢手回家，还说他自己不打算与公司彻底决裂，这才没有造出更大事端。
陆回到公司，可是他的行动又为柳传志知晓。第二天柳传志把陆拦在中关村的马路边，对他说：“你要弄明白，邪不压正。从现在起，公司任何一个员工出了事，我就认准了是你干的。”
陆把脖子一横还要发火。就听柳传志接着说：“你别给我来黑道那一套。你以为我是谁？我问你，你在街上走，忽然有个自行车把你撞了。这有可能吗？”
“有可能。”
“撞上以后，你们打起架来，然后两人一起进了派出所。然后那个撞你的人就放出来了，你在里面还得受一点苦，这有可能吗？”
“有可能。”
“你在外面走路，有三个人黑天白天跟着你，你害怕吗？”
陆听到这里，已经变色，当即表示他要离开联想，绝不介入公司的任何事情。
4月22日，公司全体员工都知道了这件事。柳传志先是声明“今天是一个整肃纪律的大会”，接着异常严肃地宣布：“我们发现自己的身上长了一个脓包，尽管外面表现为一个小小的脓点，但下面是很大的一块溃疡面。我们毫不犹豫地坚决地给自己动了手术。”然后他便向大家通报事情经过，抑扬顿挫，甚至连很多细节也没有遗漏。
他当时说，孙宏斌是“有组织有纲领地进行罪恶活动”。15年之后，他回过头来再看这件事情，显然已经冷静了很多：“其实后来我想一想，孙宏斌到联想来了以后，他也没有说一定要跟谁对着干。他就是想形成自己的体系，觉得这是他的一块独立王国，谁也别管我。他的做事方法跟我的方法不同就是了。”
孙宏斌于1990年5月28日被警方羁押，6月5日被逮捕收监。他从此开始了漫长的牢狱生活，左右亲信兄弟也都散去。12个月后，也即1991年7月10日，海淀区法院公开审理此案，公诉人指控他“受贿”和“挪用公款”。又过了13个月，终于判决。主审法院并未认定“受贿”的指控，但却判决“挪用公款”罪名成立，刑期5年。判决书为“（1992）海法刑字176号”，上列证据是：
利用职务之便，于1989年5月至10月间，以方便给下属分公司购货为名，先后截留北京联想计算机集团公司下属武汉、太原、青岛分公司还总公司货款共计人民币76万元，入到其友杨建忠个人承包的北京市海淀区通用计算机经营部账户内。杨建忠为购货经营，多次动用此款总金额达134 627.12元，盈利26 000余元。
然而事情仍然没有完。此后孙宏斌在逆境当中再次赢得柳传志的好感和帮助，以致在公司的历史上屡屡留下痕迹，还在京津房地产市场上一鸣惊人。我们只有把这所有的故事全都了解清楚并且相互连接，才能明白孙的故事在联想的历史上绝非孤立的事件，犹如唐旭东所说，“它源自现代观念和传统理念的冲突。”其中详情，容我们在后面再说。