这个夏天中关村的形势似乎也决定了柳传志处在下风。公司的技术领袖赶走总裁的故事那时特别多。最典型的一个发生在北大方正。“这件事情的背景是很清楚的，”曾茂朝后来在回答一个记者的提问时说，“你知道方正吗？你知道王选吗？你知道方正的总裁经常换吗？为什么经常换？换总裁的动力在哪里？王选是院士，倪光南也是院士。”但是联想这段故事如果顺着倪光南的意志发展下去，可就不是什么“换总裁”，而是“总裁进监狱”。
当中国科学院高技术企业局局长李致洁率调查组来到公司的时候，人人都为柳传志能否过关捏一把汗。这已经是第二个调查组了。前一次是调查柳传志的工作作风，提出了一些诸如“他在公司里面是不是很霸道”、“公司人事的任免流程是怎样的”、“他有没有安插自己的亲信”这样一类问题。这一次就更加严厉，招招都是涉嫌经济犯罪的要害环节，最后还要被调查者回答一个问题：“你觉得这个公司没有柳传志行不行？”这样一来，就让成团的迷惑弥漫在公司高级经理们中间。人人都在私下传递一个可怕的消息：“柳总出问题了！”
柳传志平生遇到的危机无数，还从来没有哪一次像现在这样叫他痛苦和紧张。他觉得委屈，不得不用全神贯注的态度来对待这些让他讨厌的事。当他知道中国科学院的高级领导们将召开会议讨论联想的问题，立即写了一封信，要求做“一个书面发言”。在为自己的行为和动机做了一番辩解之后，柳传志摆出了与倪光南势不两立的姿态。“我和倪的矛盾是无法调和的了，我无法再和他一起工作。”他写道，“作为总裁，我将向董事会提出免去他总工的职务，同时请院领导考虑免除他联想集团和香港联想董事的职务。”
柳还在“书面发言”里提出，希望调查组能够给他一个申诉的机会。后来他果然如愿。根据当时记录，对于其中一些关键问题，柳传志与调查人员之间的问答如下：
关于“为什么由北京联想计算机新技术发展公司贷款500万美元给吕谭平等人扩股，使他们得到好处？”
柳传志说：
1. 香港联想原来有三家股东：北京联想、香港导远（吕谭平等人）、中国技术转让公司。三家股份是相同的，各占33.33%。在当时，北京联想和香港导远是平起平坐的，不存在我方是大股东和香港导远是小股东的问题。
2. 1993年香港联想扩股一亿港币，技术转让公司不打算参加。他们让出30%，其股本将由33.33%降为3.33%。当时，如果北京联想和香港导远都愿意占有这部分股份的话，他们的权力是相等的。（因为他们的股份相同）所以，他们应该对分这30%的股份。北京联想占48.33%，香港导远占48.33%。此时，柳提出：如果香港导远吕谭平等人扩股筹资有困难的话，北京联想可帮助解决。但北京联想所占的股份应大一些，可占到20%，而香港导远可占10%。吕谭平表示同意。后来成了北京联想大约占53.33%，香港导远大约占43.33%的局面。这时候，北京联想一方才开始成为大股。也就是说，北京联想成为大股东（53.33%）是有前提条件的，即要贷款给吕谭平，否则大家是相同比例。
3. 如果北京联想不愿贷款给香港导远，他们可让出5%的股份去向任何一家银行或投资公司筹借扩股资金（凭当时香港联想的声誉，这是极容易的事），如果是那样的话，今天的股份比例将是北京联想48.33%，香港导远43.33%，某家外资银行5%，中国技术转让公司3.33%，对北京联想又有什么好处呢？
关于“决策不民主，公司的一些重大问题没有经总裁办公会讨论”的问题。
柳传志说，没有与倪总商量就给他配副手，做法上欠妥，忽略了应事前商量。要在董事会章程建立后，制定总裁室的决策程序，有事多商量，发挥总裁室的作用。
关于“用人不当”的问题。
柳传志说，上百名干部中用错了四五个，这还算多吗？大家对李勤有意见，可只有他严厉地批评过李勤，别人都不说话。
关于“过于集权，大家都不敢表示不同意见”的问题，
柳传志说，他是能接受意见的，如果有好多人这样认为，他应好好考虑一下。
公司的高层经理几乎全都站在柳传志一边，这促使调查组接受了柳传志的解释，把这一事件的性质归结为“联想集团领导班子出现分歧”，涉嫌经济问题的对抗性质由此化于无形。这一调查报告经由中国科学院党组审议通过，我们择其要点记录如下：
（1）在香港联想股票上市时，用增资的方式提高北京联想的股份比例，调整另两方的股份关系的做法，不存在问题。
（2）大亚湾的资产产权关系是清楚的。
（3）关于联想的重大投资决策，都向董事长做了口头汇报，并在总裁室做过商议。
（4）“汉字系统事业部”改名不是柳传志提出的，是原汉字系统事业部的负责人和集团办的人，为了发展联想软件事业，根据汉字系统在市场中的实际状况共同提出来的，不存在“打击”的问题。
（5）没有发现材料证明柳传志同志存在个人经济问题。
在就事论事地做出这些结论之后，调查组还在一些关键性的问题上表明立场：
我们认为在公司怎样进行研究开发和研究开发怎样立项方面，不能由科技人员最后说了算，要由企业的总负责人根据市场和公司的情况做决策，柳传志应有更大的发言权和决策权。
倪光南同志对联想领导层之间在工作上的分歧，简单地归结为柳传志同志个人品质问题所造成，我们认为这种考虑问题的方法是轻率的和不负责任的，在具体的做法上倪光南同志采取的是一种自己进行调查推论的方法，造成了他所提出的意见，大部分都没有确切根据，与事实不符。