柳倪之间发展到势不两立，让中国科学院院长周光召左右为难。他曾试图采取“和稀泥”的办法维持二人的关系，但是每一次都不成功。很多年以后，他与本书作者有如下一段对话：
凌志军：看来这件事是再也拖延不下去了？
周光召：对。再拖延下去，柳传志也不干了。我们必须在二者之间选一，要么选柳传志，要么选倪光南。我当时的想法是，科学家的人数相对于企业家还是多，企业家在中国是稀缺资源。柳传志不管怎么说，还是一个有潜力向前发展的企业家。在二选一的时候，我只能选他。倪光南是个不错的科学家，这是没有问题的。可是和倪光南同等水平的科学家，人数远远多于和柳传志同等水平的企业家。
凌志军：你当时认定这是工作上的分歧，而不认为柳传志有经济方面的问题？
周光召：我觉得这个事情肯定是由工作分歧引起的。我不赞成倪光南把这些事情提高到那样的问题，因为我看不出来柳传志跟香港老板的关系是一种不正常的关系。
现在我们可以发现，无论从公司大局还是从事实本身的曲直来说，倪光南全都处在不利地位。他输掉了这场对抗，而且输得很惨。1995年6月30日上午，董事会把公司200个干部召至六层会议室，周光召派李致洁来宣布中国科学院的调查结论，曾茂朝则以董事长的身份宣读董事会的最新决定。此决定后来存入公司档案，编号为“联董字（95）001”：
鉴于联想集团公司总裁柳传志向董事会提出不再提名倪光南同志担任联想集团公司总工程师职务的报告，经董事会研究，同意免去倪光南同志联想集团公司总工程师职务。
没有人能料到事情竟然这样收场。会场气氛紧张，个个睁大眼睛，表情肃穆。主席台上只有两个位子，李致洁主持这个艰难的会议，曾茂朝宣布这个艰难的决定。公司的高级领导全都在下面聆听。柳传志和倪光南分别坐在第一排的两边，目不斜视。李勤终于让自己定下神来，站起来说了句话：“对于公司出现这样的事情感到非常的痛心和遗憾。”曾茂朝则对科学院在“弄清事实真相之后提出的处理意见”表示拥护。还说，“这是出于不得已的一种取舍，是我们大家所不愿意看到的一个结局。但是在目前情况下，这样的取舍对联想集团今后的顺利发展，无疑是惟一正确的选择。”
柳传志在会议之前已经获知自己的胜利，做了充分的准备来表达自己的想法和情感。他的讲话本来就富有激情和个性，而这又是其中最具有感染力的篇章之一：
感谢院调查组为我的问题花了大量的精力和时间，进行了多方面的调查，给了我一个清白的结论。
自1984年开办公司以来，我们经过的风暴无数，本来面对着用心血凝铸起来的联想大厦，创业者们应该感到欣慰，并为互相的友谊和信任而感到自豪。然而正当公司高速发展、格外需要领导者精诚团结的今天，出了现在的问题，思想起来让人感到刀剜一样的心痛！
在去年3月份总裁室开工作会的时候，在倪光南同志把矛盾日趋尖锐化的情况下，我给他写了一封信，信中写到我和他的互相信任和团结是联想大厦的基石，希望他能够为了联想的前程珍视总裁室的团结。写这封信，我花了整整一天一夜，当时真是百感交集，无数的往事涌上心头，以至于使我不能控制自己的情绪。
我想起当经过极其艰苦的努力、我们的汉卡被评为国家科技进步一等奖时，公司上下近乎疯狂的喜悦；我想起1989年元旦，全公司的大会上我带领北京联想的全体员工遥望南天祝愿倪总在香港开发286主板获得成功，那近乎教徒一样的虔诚。我不知道老倪是否还记得当发现QDI的芯片在主板上不能使用急得嗓子都哑了的样子？是否还记得1988年的春节联欢会上总裁室全体在舞台上互相调侃引起的欢笑？这一切在我都是刻骨铭心的。
柳传志说到此处开始抽泣。在场的所有人都目瞪口呆，在他们的眼里，老板始终是个硬汉形象，他们从来没有看到过他流眼泪，甚至完全不能想像这样一个人的感情大厦也会有崩塌的时候。
柳传志掏出手绢来擦眼泪，努力让自己平静下来，把话说完。他想让大家都知道自己实在没有做出对不起倪光南的事。他说自己每当新的公关部长就职时，就会提出明确的要求，“公司只宣传倪总。”他从来不肯在公开和私下说一句对倪总不利的话，而在倪光南和其他人的冲突之中，他甚至不分青红皂白地说：“如果再和倪总发生矛盾，不论什么事情都是你错。”他说他看到“这个同志点头的时候，两眼含满了委屈的泪水”！但他还是“硬着心肠”站在倪光南一边。又有一次总裁室决定让副总工程师曹之江去做总工程师办公室的主任，倪光南刚刚表示不满，他便立刻收回成命。他还第一次告诉大家，他把科学院奖励给自己的一套住房变成了“科学院奖给倪总的”。在叙述了这些事情之后，他试图解释事情为什么会发展到今天这样不可收拾的局面：
我的可悲之处是把和他的关系的位置估计得过高，而不敢想像和其他同志一样开展批评和自我批评。这是我对形成今天这种局面的反思。然而我认为更为主要的原因是倪光南同志内在形成的不惜采取一切手段来证明他的正确的这种可怕的性格。