1861年，林肯就职总统之后发现美国对战争的准备严重不足。联邦只有一支装备简陋、训练欠缺的16000人的队伍。而它的指挥官——斯科特，却是一位75岁高龄的老将军。他太老了，他虚弱的体质使他不可能亲临战场指挥，他的战争理论与战略思想也早已过时。面对如此严峻的局面，该怎样才能拨云见日，力挽狂澜呢？能否找到一个可以顺利完成这项任务的人？他在哪里？
由于军事领导者的缺乏，林肯于1861年只得亲自制定国家的战争政策。
在林肯与斯科特的关系上，林肯一开始还是给予这位年迈将军以极高的尊敬。他曾亲自到斯科特府上或办公室访问，询问他对战争的建议，其中也牵涉到基本的军事战略和军事组织原则。虽然从老将军那里得到了一些有益的东西，如控制密西西比河，（这后来成为格兰特迅速崛起的原因）。正像斯科特所建议的那样，林肯也对南部的一部分重要海岸实行了封锁，但林肯非常清楚，为了拯救整个联邦，他需要一个不找借口更具执行力的人。就是从这个时候开始，林肯开始寻找能为他执行这一任务的联邦将军。这一过程花了他三年时间，其目的是为自己寻找一位愿意承担责任，敢冒风险，最重要的是能利用北方军队有限的资源创造奇迹的人。
1861年初，林肯任命欧文·麦克道尔为联邦总司令。尽管从形式上看，麦克道尔还是向斯科特将军负责，但实际上他已经成为向林肯直接负责的战场指挥官了。
但是，新上任的这位麦克道尔也不尽如人意，他对统帅这样一支庞大的军队不知所措，对于迅速采取行动更是犹豫不决。
到1861年7月底林肯越来越清楚，指望麦克道尔是不可能的了，他四个月来的表现表明他根本不可能胜任这一工作。林肯迫切需要一个人来组建与训练军队，研究制定进攻南方的战略。林肯决定试一试狂傲不可一世的乔治·麦克莱伦。
麦克莱伦有极高的声望和出色的组织能力，从这一点来讲，林肯不可能找到一个更合适的人了。但麦克莱伦的一个致命缺点掩盖了他军事生涯中的所有优秀表现，那就是他总是瞻前顾后，一筹莫展，习惯于过度地思考分析问题，而不肯采取行动，他根本就不愿意去战斗。
将近3个月过去了，麦克莱伦仍然没有采取任何行动，林肯只能一次次督促他行动。1862年1月27日，林肯发布了一道总命令，希望借此来鞭策麦克莱伦投入战斗。命令中说，2月22日“美国地面和海上军队将对叛军展开总攻。”林肯独自起草了这道命令，没有征求任何人的意见。他以这种前所未有的方式，决定自己一人承担起战争的指挥重任，以使联邦摆脱这种僵持的局面。
但是，战斗的命令尤如石子投入大海，没有得到任何响应。直到1862年3月，麦克莱伦仍然按兵不动。内心的失望加上来自国会和内阁的压力，迫使林肯毅然决然采取措施来改变这种不利的局面。3月11日，距任命麦克莱伦为联邦军总司令仅四个半月，林肯不得不剥夺了麦克莱伦的大部分职权，同时还增设了两个新军区，即密西西比军区和山地军区，由哈勒克将军任密西西比军区指挥官，弗里蒙特将军为山地军区指挥官。
事实上，直到这一刻，林肯仍然希望以此来激发这位将军的斗志，但总统的期待再一次被无情地击碎了。麦克莱伦继续拖延进攻，甚至还要求给予部队更多的补充以应付被他错误高估的敌军。1862年4月9日，林肯只得再一次地给麦克莱伦写信督促他采取行动。“我再次告诉你，你不管怎么样也得进攻一次吧，”在信的结尾林肯甚至恳请地写道：“我希望你明白，我从来没有这样友好地给你写过信，我实际上比以往任何时候都更支持你，但你无论如何能不能不找任何借口，打上一仗？”
但是，在林肯发出此封信之后的一个月，麦克莱伦的军队继续延误战事，林肯只得在国务卿斯坦顿和蔡斯的陪同下亲临前线督战。而麦克莱伦竟然借口脱不开身不肯前来与林肯会合。林肯只好亲自承担起领导战争的重任。
然而，麦克莱伦将军好像并没有因此而受到触动，他依然我行我素。虽然林肯这时仍不愿撤换麦克莱伦将军，但他知道要想有所改变，就必须当机立断的撤换将军。1862年7月11日，林肯委任亨利·哈勒克将军为联邦军司令，这时距他将麦克莱伦的职权一分为三仅仅四个月时间。这样一来，麦克莱伦只得向这位自己昔日的部下屈就了。当他任命哈勒克的时候他想了很多，第一步他决定让哈勒克全权决定战争的进展，他甚至赋予他在必要的时候解除麦克莱伦职务的权力。
在林肯看来，此时的麦克莱伦已经是“强弩之末”了，他正在沿着斯科特几位将军老路走下去。和斯科特一样，麦克莱伦慢慢被剥夺了权力，先是失去了联邦军总司令的权力，然后被迫服从哈勒克指挥，最终就像斯科特一样，被彻底弃用了。
不幸的是，哈勒克的表现与他的前任一样，林肯寻将遭遇到最大的挫折。
在对哈勒克的任命下达3个半月之后，林肯再一次对联邦军队进行了重组。1862年10月21日，他任命麦克勒南德为密西西比军区司令，23日任命罗斯克兰斯为坎伯兰军区司令。11月5日，林肯解除了麦克莱伦的职务。这些变动发生在短短三个星期之内，起因于哈勒克也令他无比失望。林肯不得不事必恭亲，他不得不让驰骋在战场的指挥官直接听命于他，只偶尔通过哈勒克传达指示。为了赢得积极有利的局面，林肯显然已经做了再一次打破和重组一切的准备。虽然这样有可能犯错误，但不能取得战争的胜利比任何错误都更令人难以容忍。