但是，麦克勒南德的任命再一次令林肯失望了，麦克勒南德原是伊利诺斯州的民主党人，只是由于政治上的原因才受到总统任用。他虽然也具有进攻性，但过于盲目自信，而且心胸狭隘，贪图个人荣誉。他曾向林肯写过长信对他的同事特别是对格兰特横加指责。他肯定想不到自己对格兰特的诋毁，是搬起石头砸了自己的脚。1863年1月25日，林肯便命令麦克勒南德直接听从于格兰特的指挥，这距离他升任密西西比军区司令仅仅3个月，而此时格兰特正统领着密西西比沿线的所有军队。
林肯十分喜爱格兰特，早在1862年格兰特在田纳西州取得重大胜利的时候，林肯就已经开始注意到他。2月16日，他攻克了多纳尔森要塞，就在同一天，林肯提升他为少将。由于在田纳西的战斗伤亡巨大，加上又有人传闻说他有几次在战场上喝醉了，有人要求林肯解除格兰特的职务，但总统却十分坚定地支持格兰特。林肯说：“我不能放弃这个人，因为他英勇，善战，不找任何借口。”
在林肯一系列的任命中，罗斯克兰斯也没有给他带来好运。这个人只是平庸之辈，他只在林肯督战时才采取一些行动。
林肯描述他“像一只被击昏了头的鸭子，茫然不知要冲向哪里。”
1863年10月16日，林肯命令所有西部军听从格兰特指挥。在接到提升的消息之后，格兰特立即解除了罗斯克兰斯的职务。林肯对他的新任指挥官所表现出来的进攻意识大加赞赏。之后的一个月，格兰特在田纳西的米申岭和鸬考特山取得了巨大胜利。这时林肯才真正感到费尽心机总算找到了他寻找已久的战将。
林肯当机立断，制定他对联邦军队组织结构的最后一次重组的计划。1864年3月10日，林肯正式提升格兰特为中将，将所有美国军队集中在他的领导之下。数周之前，美国国会通过一项决议，恢复美军的中将军衔和美军总司令的职务，并授命总统可以委任任何人担任这一职务。在格兰特之前只有两个人担任过这一职务，那就是乔治·华盛顿和温菲尔德·斯科特。自1861年初以来，美国第一次又有了三军总指挥。林肯再次采取断然措施，而这次是众望所归，不会再有疑义了。
1864年3月，格兰特被接往华盛顿去领受总统个人的亲自感谢，国会授予他金质奖章以表彰他的战功，格兰特成了全国人民瞩目的英雄。但这时的格兰特外表看起来却不像个英雄。当他出现在白宫的众人面前时，有人这样描写道：“他是一个矮个子圆肩膀的人，穿着一件褪了色的军衣。他外表上没有一点引人注目之处。他没有步伐，没有架子，没有风度；有的只是乱蓬蓬的胡子和一双蓝眼睛，此外又加上一副难看的长相。”格兰特的长相确实曾使许多渴望一睹这位英雄风采的人大失所望，但就是在这不引人注目的外表和谦虚的举止背后，却潜藏着统率千军万马的战略奇才。
在《格兰特回忆录》中，记录到了这么一则故事：
在白宫举行正式任命的当天，林肯将格兰特叫到了自己的办公室，和他讨论了当时的局势，在经过一番推心置腹的讨论之后，林肯意味深长地给格兰特讲了一个故事：
“从前，动物之间发生了一场大战，交战的一方怎么也找不到一个英勇善战的指挥官。最后，他们找到了一只名叫乔科的猴子，他说他能统率他们的军队，只要把他的尾巴加长一点就行。所以他们就弄来一根尾巴，把它接在他的尾巴上。他向它赞赏地看看，心想应该再加长一点。于是又加了一条尾巴，可他还不满足。尾巴一接再接，直到最后，乔科的尾巴盘起来把整个房间都塞满了。他还是一个劲地要更多的尾巴，由于没有盘的地方了，他们就把尾巴绕在他肩上。他不断地要，他们就不断地把更多的尾巴绕在他身上，最后，尾巴的重量终于把他压垮了。”
这个故事说明了格兰特在林肯心目中的地位，也给予格兰特一个极富想像力的比喻：格兰特不是一只拼命要求附加条件的无能的猴子，而是一个浑身是胆，满腹才华的军事指挥家。他不需要附加条件，不需要任何理由，他只要有限的资源外加自己睿智的头脑就绰绰有余，胜券在握了。
在林肯总统的心目中，格兰特将军就是那个他一直要找的人。
那个人就是这样的一个人，他是一个勇于负责的人。
他是一个在冒险中还敢于想像的人，在想像中还敢于付诸行动的人。
他就是那种主动工作、完美执行的人，没有任何借口的人。
干得好，格兰特！