本文将经营和管理作为两个范畴来分开讨论，并不是认为经营和管理工作可以分开。只是由于报业的业态、内部结构有自身的特点，比其他行业相对复杂，所以把报业宏观与微观、外部与内部的问题作一个粗略划分，来探讨崔恩卿在不同领域里的理念与创新。
一、崔恩卿的管理观
对应着崔恩卿的报业大经营观，他的管理观也是一种“大管理观”，强调宏观的管理效果，强调各部门的协同作战与团队精神的力量，强调各个环节工作的协调发展。他在《大发展需要大管理》（1993年12月）一文中曾把北京青年报社的管理特色归纳为：分层次、严考核、抓培训、重效益。
崔恩卿一方面提倡宽松的工作氛围、和谐的人际环境，提倡“模糊管理”；一方面对工作的考核十分重视。“模糊管理”旨在创造有活力的工作环境，并不意味着工作业绩的考核也可以模糊。北京青年报社是较早的有一套业绩考核规章的报社之一。1993年北京青年报社印发《制度汇编》，使各项管理工作有章可循，量化考核手段。仿照一般企业的做法，使考核与个人当月奖金挂钩，较为有效地发挥了经济杠杆的作用。
崔恩卿重视培训工作，重视报社的整体协调作战能力，重视企业文化、团队精神的建设。他善于把报社近期发展的核心理念概括成简短有力的成语或短语，不断进行宣传和鼓动，使上下统一目标和步伐，增强战斗力。北京青年报社原有员工的总体素质并不高，但经过短短几年，被他捏合成一个战斗力很强的团队。曾经有人指称崔恩卿用三流的人，办了一份一流的报纸（《北京青年报》），崔恩卿回应说，既然办出了一流的报纸，那就是一流的人。
采编管理体制，是报业内部管理的一个重要内容。崔恩卿采取的“采编分离的责编制”，迎合了北京青年报社当年改革发展的需要。他认为，采编合一是办周报时形成的工作体制，与周期长、时效慢的周报相适应。在报纸向日报方向时，采编合一的体制就不适应了。为此，编委会在1993年推行了责编制，其实质是采编分离。以责编为龙头，责编是版面的创意者、策划者、组织者和把关者，责编对编辑、记者有指挥权，编辑、记者按照责编的意图采写稿件和编组版面。责编制的实行彻底打破了采编合一、个人包版制这种初创时期的临时性措施，形成一套真正正规化的编辑制度：分管总编——责任编辑——编辑三级业务管理与指挥体制。
采编管理体制问题，在今天似乎已是老生常谈，对“采编合一”和“采编分离”的利弊也有了许多新的思考。但是，崔恩卿当年在此前毫无市场化报纸经验可供借鉴的背景下确立的这套采编体制，也有其丰富的时代价值。一般来说，采编合一虽然有利于采编的沟通、新闻的策划，但容易编辑、记者操纵版面，不利于版面的进步。在当时的背景下，采编分离更有利于打破编辑、记者的惰性，搭起采编系统规范运转的基础。
人事管理方面，改革中的北京青年报社也有许多探索。在1993年他们就形成一套比较成熟的、适应市场经济要求的人事制度，其指导思想就是：按岗定编、层层聘任、按劳分配、联责计酬。工资方面北京青年报社采用的管理方法是社内工薪制，报社将员工划分为五大系列，即管理、采编、经营、文职、技工系列，各系列的各个岗位都有相应的职级系数，个人的全年收入根据一个计算公式得出：
月工资=（基本工资+工龄津贴）*效益系数*职级系数
月奖金=基本奖*职级系数
年终奖=（月平均工资+月平均奖金）*实际出勤月数/2
全年收入=月工资总和+月奖金总和+福利+年终奖
北京青年报社早在1993年就采用了这套薪酬制度，目前很多报社采用的工薪制度和北京青年报社在1993年采用的这套体系大同小异，有些报社甚至还没有采用这样的工薪体系，正在朝这个方向改革中。
在管理理念上，崔恩卿有很多自己独特的理解。比如财务、资金管理方面，一般人提倡“开源节流”，他提出“开源导流”。
“开源导流”不但是他的资金管理理念，也是他整个战略管理的理念，他对这个理念是这么解释的：开源，办事业贵在开源，不开源难以发展。开源的本质决不是挖潜，挖潜仅是开源的一个方面，不是主要方面。开源的本质是开发生产能力。作为报纸来说，提高质量，赢得读者，这是报纸的生命，有了生命之后促其生长，就要研究市场和赢利条件，不失时机的进行扩版增张，发展规模经营。发展具有无限性，而挖潜是有限的。导流，而不是节流。强调节流是反对乱花钱和高投入，但崔恩卿认为，导流的思想比节流更好，大禹治水得益于“导”，企业的发展也得益于“导”。通过导流把资金投入引入正常的渠道，其目的是通过快速的资金流动达成聚集资金的效果。
崔恩卿的“开源导流”理念具有辨证思想，有其深刻现实意义。报业是个高投入、缓产出的背景，需要有长远的眼光和良好的耐心，片面追求回报、追求利润，可能令报业丧失发展的机会。现在有国内有不少投资报业失败的例子，都与投资方缺乏耐心，管理者过于强调“节流”有关。而另一些投资者则是走向反面，大肆“烧钱”，忽视开源和引导，资金花完却血本无归，变成了“滥流”。北京青年报社和北京娱乐信报社的成功经验，很大程度上都和“开源导流”的成功有关。
在管理方法上，崔恩卿反对教条式的管理，他提倡“模糊管理”，而不是精确管理，他认为人如果过于苛刻就做不好事情，必须有一个做事业的胸怀，从大处着眼。
谈到管人和管事的区别，他认为：人为本，和为贵。“人”是创造力，“和”是团队。事在人为，这是事和人的关系。但必须把握规律，谋事在人，成事在天。天就是规律和机遇，谋事在人，这讲的是人的一种自信。崔恩卿提倡做事要持之以恒，做与不做都要有个“道道”，不搞不正当竞争。他认为员工关系不是酒肉关系，不是宗派、亲信关系。应该正常管理，互相尊重。
他对管理理念与管理方法多有自己独特和深刻的理解，又善于生动的表达和鼓动。他在管理方面有着相当高的“天赋”。