几乎在空袭珍珠港和菲律宾的同时，日军兵分几路，向泰国、马来西亚、新加坡、香港、关岛等地大举进攻，太平洋战争全面爆发。

　　1941年12月8日（华盛顿时间），罗斯福总统在国会大厅发表了具有历史意义的讲话：“昨天，1941年12月7日，这是一个必须永远记住的耻辱日，美利坚合众国遭到了日本帝国海空军突然的进攻……美国和日本之间已处于战争状态。”下午4点10分，罗斯福佩带着悼念死难将士的黑纱，在对日宣战书上签了字。

　　不出几天，英国、加拿大等19个国家也相继对日宣战。

　　当时在菲律宾指挥美国海军亚洲舰队是托马斯·哈特海军上将。他生于1877年，是海军学院1897年的毕业生。虽然上司要求他与麦克阿瑟的司令部协同行动，但他是一个独立的军事指挥官，直接对华盛顿的海军部负责。哈特是一个态度冷漠，性情傲慢，严格遵守纪律的人。

　　托马斯·哈特一直认为日军进攻菲律宾已迫在眉睫。很久以前他就采取了严格的防范措施，如把军人家属送回国，使部队保持战备状态。他还根据海军部的命令，把亚洲舰队主要的水面舰只（3艘巡洋舰和13艘驱逐舰）调到远在南方的西里伯斯和婆罗洲的基地，以避开日本空军的袭击。

　　哈特和麦克阿瑟之间有些成见，很少联系，尽管如此，哈特看到空军飞机不断增加，也受到麦克阿瑟坚持战斗号召的鼓舞，就轻率地把潜艇留在了马尼拉湾。在日军轰炸克拉克和伊巴机场以后，根据上级命令，18艘潜艇于12月8日和9日驶出大海。

　　12月9日，看到克拉克和伊巴机场上损失情况的详细报告后，哈特海军上将大为震惊。他清楚意识到，失去空中支援以后，他的潜艇要从马尼拉湾出海作战已是绝不可能的了。3艘大型潜艇支援舰将成为“活靶子”。当天夜里，他就命令潜艇支援舰在甲美地海军基地装上给养和装备后向南逃逸。

　　第二天，即12月10日，日本飞机几乎未受任何拦击又出现在马尼拉上空。这一天日机袭击的目标是甲美地这个重要的海军基地。在日机长达2个小时的毁灭性轰炸下，这个基地完全被摧毁了。“海狮”号潜艇沉没，“海龙”号受到重创。基地设施和233枚超级磁性鱼雷都被摧毁。日机轰炸时，哈特上将站在距基地仅600米的司令部大楼上，眼巴巴地看着升起的烈焰和浓烟，因无可奈何而气得暴跳如雷。这次袭击后，潜艇作战计划就被取消了，但仍然有22艘潜艇部署在吕宋岛沿海。

　　为了占领菲律宾，特别是占领吕宋岛，日本侵略军动用了大规模的部队。当时有100多艘运兵船集结在高雄、基隆等台湾港口。这些船只将主要运送日军在吕宋岛两岸的林加延湾（12月21日）和东南岸的拉蒙湾（12月24日）登陆。为了支援运兵船，日本海军动员了包括轻型航空母舰在内的100多艘舰船，掩护运兵船向吕宋岛开来。

　　单独执行巡逻任务的美军潜艇，一艘接一艘地同敌人的军舰接火。潜艇发现目标后曾多次发射鱼雷，但是连一个目标都没有击中，艇长们个个垂头丧气，显然是所谓的超级磁性鱼雷出了问题。

　　除了鱼雷以外，还有一个完全出人意料的问题。在舰长中，很多人都是海军学院的毕业生，接受过“处置危险情况”的训练，但在实战时却畏敌如虎。他们不是勇敢地去攻击目标，而是故意推迟或拖延，甚至下潜到海底，逃之夭夭。“旗鱼”号艇长在近海巡逻时，与一艘日本驱逐舰刚一交手就垮了，他一头钻进艇长室里，要求撤出战斗。其他潜艇也寻找种种借口，要提早结束巡逻返回马尼拉湾。

　　历来美国军事专家都认为，如果日本进攻吕宋，最理想的攻击地点是西海岸的林加延湾。登上林加延湾宽阔的浅滩，便是一片辽阔的平原，坦克和其他车辆可以纵横驰骋，能充分发挥它的优势，并可以迅速直逼马尼拉。日军也正是这样干的。日军主要的突击力量是陆军第14集团军的8万人战斗部队和支援分队，他们是分乘76艘运兵船于12月21日到达林加延湾集结。

　　不知道为什么，潜艇司令威克斯和参谋长法伊夫实际上完全放弃了对林加延湾的防守，只向那里派去1艘第一次世界大战时造的破旧潜艇，其武器装备是12枚老式鱼雷。因为这艘潜艇的无线电发生了故障，威克斯担心它遭遇不测，于12月16日命令它返回马尼拉。并派出新式潜艇“红鱼”号代替它。一两天后，“红鱼”号艇长抱怨潜艇微微漏水，要求允许返回马尼拉。这个要求被批准了。

　　12月21日傍晚，当“红鱼”号潜艇上升到潜望镜深度，准备浮出水面向马尼拉驶去时，艇长在潜望镜里看到一缕缕黑烟。这是入侵日军的主力，舰船一字摆开，长约30多公里，浩浩荡荡向林加延湾驶来。然而，他不是去迎战敌舰，而是急忙逃避。当威克斯接到报告后，随即撤消了返航马尼拉的命令，并让艇长发起进攻。但艇长并未执行这个命令，连一枚鱼雷都未发射。日军舰队从他身边安然通过并进入林加延湾。事后，艇长被解除了指挥职务。

　　当接到“红鱼”号的报告后，威克斯向海湾入口处派出了6艘潜艇。潜艇艇长们受命潜入海湾进行攻击。可是，这时日军已在海湾口部署一道强大的由驱逐舰组成的警戒线，美军只有1艘老式“S”级潜艇钻了进去。艇长发起了一次真正勇敢的进攻，击沉1艘大型运兵船“早夫丸”号。在湾口外的潜艇向日军驱逐舰攻击，但一艘也未击沉。用潜艇保卫吕宋以失败告终，威克斯和法伊夫未能有效地守卫林加延湾，是不可宽恕的。他们本该被撤职查办的，但同麦克阿瑟情形相似，许多急迫的事情使调查工作无法进行。威克斯和法伊夫非但未受到惩处，反而被授予许多勋章，法伊夫还得到了晋升。

　　到了圣诞节，事情已很清楚了，日军控制了制空权，油库被炸，潜艇无法修理，对麦克阿瑟保卫菲律宾，海军是无能为力了。哈特海军上将乘潜艇到保卫爪哇岛海域的军舰上去了。潜艇一艘接一艘奉命离开马尼拉，向南驶去。12月底，威克斯、法伊夫也钻进潜艇扬长而去。

　　麦克阿瑟对海军、对潜艇的期望落空了，这使他感到非常愤怒，在发给华盛顿措词强硬的电报中，他尖锐地指责，海军没有打仗的意愿，海军将领缺乏迎击敌人的勇气，因此导致他和海军之间的关系十分冷淡。不管怎么说，他指望的海、空力量，已全部失效。