1945年1月13日，吕宋岛登陆后的第4天，麦克阿瑟离开了“博伊斯”号，把司令部搬到达古潘镇。在莱特战役中，他多半在幕后指挥，而这次他却出现在前台，完全像个战场指挥官了。他不怕把自己暴露在敌人狙击手的面前，乘坐敞篷吉普车深入到前线各个角落，鼓励士兵，亲自去抓那些战术细节。
一天深夜，肯尼到司令部来向麦克阿瑟汇报工作。半夜12点，他才乘吉普车回来。肯尼见他面对丰盛的晚餐却没有一点食欲，就担心地问他：“您不舒服吗？”他说：“乔治，我太累了，吃不下去。”肯尼第二天清晨动身前，去向麦克阿瑟告别时，值班军官告诉他说：“总司令两个小时前就上前线了。”“什么？”肯尼叫道：“这家伙准是疯了，这样干不了多久，人就要吃不消了。”
克鲁格的部队，左翼第1军和右翼第14军在几乎没遭到抵抗的情况下，4天只向前推进16公里，麦克阿瑟很不满意。登陆前他曾向华盛顿保证，登陆后两周内就能解放马尼拉。马尼拉远在180多公里以外，按照现在这个速度前进，攻到马尼拉时，日军早就把战俘杀光了。要求加快推进速度的另一个原因是，尼米兹要求，他借给金凯德的舰只一个月后要送还，他要用来进攻硫磺岛。因此，为了对付日本海军的威胁，尽快夺取克拉克机场供肯尼的飞机使用，是非常必要的。
克鲁格是个小心谨慎的将领，他担心躲藏在山里的大批日军（他的情报处长说有12.5万人）会发动全面进攻，切断他与林加延湾供应基地的联系。克鲁格还争辩说，他没有足够的浮桥来代替被日军破坏的桥梁，也没有足够的交通工具，所以他推进的速度才这么慢。
情报部门提供给麦克阿瑟的情报却是：躲藏在山里的日军只有7.5万人，所以麦克阿瑟态度非常坚决地要求克鲁格必须立即加快推进的速度。后来克鲁格写道：“麦克阿瑟将军好像一点也听不进我的话。当我们向南推进时，敌人很可能利用我们的战线拉得太长的弱点进攻我们的侧翼。这种危险性似乎并未引起他的重视。”
事后有可靠人士说，麦克阿瑟曾派萨瑟兰去告诉克鲁格，要是麦克阿瑟不得不亲自来催促克鲁格的话，“肯定他会发脾气的，并将解除老同事的职务……”
也许是传过去的话起了作用，克鲁格于1月18日勉强下达了新的作战命令：第14军要向前推进，夺取克拉克机场，第1军保护它的后方和左翼。到1月21日，克鲁格的部队攻占了林加延湾以南80公里处的打拉。到1月24日，又前进了16公里到达班班河，克拉克机场就在眼前了。在这里，由于遇到日军越来越顽强的抵抗，克鲁格命令暂时停止前进，以便补足给养，部队进行整编。
与此同时，第1军继续向东和东南方向推进，狙击隐藏在山区的日军，以保障后方安全。日军凭借洞穴和埋入地下的坦克负隅顽抗。“他们没有投降的”，麦克阿瑟后来写道，“每一个日本兵都坚持战斗到死。你必须砸碎他的脑袋，或用刺刀捅他个透亮。”日军在圣曼努埃尔发动了一次规模不大却很激烈的反击。“我们的战线动摇了。”麦克阿瑟写道，“我十分担心敌人突入防线，就亲自赶到那里去了。”麦克阿瑟还写道，这一地区的步兵指挥官小詹姆斯·多尔顿上校“是我们最杰出的战地指挥官之一，我和他一起把部队稳住。敌人终于被打退了。”麦克阿瑟由于在这次战斗中表现出勇敢无畏，被授予第三枚“服务优异十字勋章”。麦克阿瑟建议提升多尔顿为准将，华盛顿很快就批准了。可惜，不久多尔顿就在战斗中阵亡了。
经过短暂的休整后，克鲁格的第14军向克拉克机场发起了进攻。在这次激烈的战斗中，第40师在进攻中首当其冲，任务十分艰巨，每前进一步都要付出巨大的代价。到了第4天，终于攻占了克拉克机场。在麦克阿瑟斩钉截铁的命令下，第14军的其他部队又向南推进了40公里，于1月30日到达距马尼拉郊区大约40公里的卡隆比特。就这样，在12天的时间里，麦克阿瑟亲自督战，第6集团军距它的最终目标——马尼拉不远了。
当时，由于第14军在马尼拉周围做好了进攻准备，按原订作战计划，在苏比克湾西北和马尼拉南面的纳苏格布登陆的时机已经成熟。第8集团军司令艾克尔伯格将军被从莱特岛召来，麦克阿瑟要他率第11军和第11空降师来完成这次登陆任务，以实现对马尼拉的最后合围。
1月29日，艾克尔伯格指挥的第11军万人在圣安东尼奥附近上3岸，它的背后就是布置在三描礼示山上的日军阵地。他们的主要任务是向东猛攻猛打，阻止三描礼示山上的日军向巴丹半岛逃窜，并夺取圣马塞利诺机场。这支部队很快夺取了苏比克湾北岸的奥隆阿波（战前那里是美国海军基地），但1月31日在巴丹半岛北部的齐格扎格隘口遇到了日军的顽强抵抗。日军的抵抗很快被粉碎了，第11军快速向南推进，与第14军胜利会师后，该军便划归克鲁格指挥了。
1月31日，第11空降师由艾克尔伯格将军率领，在纳苏格布登陆。麦克阿瑟有意安排艾克尔伯格去执行一项特殊任务——率领这支小部队向马尼拉“冲刺”。艾克尔伯格在肃清莱特岛“残敌”的战斗中吃尽了苦头，这次能有机会去完成解放马尼拉的光荣任务，这对他是很有吸引力的。
艾克尔伯格的第11空降师未遇到什么抵抗就顺利登陆了。上午9点45分，纳苏格布已被他们占领。他们在菲律宾人民的欢呼声中迅速前进。他们推进速度是如此之快，以致惊慌失措的日军来不及破坏桥梁。他们一路上还虚张声势，力图使日军相信（正像公开宣布的那样）整个美军第8集团军都登陆了。当他们在海拔720米的塔盖泰山上受到日军顽强阻击时，肯尼的飞机于2月3日从民都洛岛把伞兵空运来。在增援部队的支援下，经过激烈战斗，他们终于攻上了山顶，站在山上已可以看到“马尼拉市的房屋在阳光下闪着白光”，这里离马尼拉只有40公里了。
1月底，麦克阿瑟得到情报说，随着盟军的步步逼近，山下奉文上将已无力把盟军战俘全部运回日本，他把幸存的战俘集中关押到马尼拉附近的几所战俘营里，他说：“不能让麦克阿瑟看到一个活着的巴丹老兵！”由于不堪忍受日军变本加厉的迫害，在即将得救的时候，许多战俘悲惨地死去了。对此，麦克阿瑟非常痛心，为了能救出他们，他制订了一个大胆的营救计划。
当盟军部队还在马尼拉以外100多公里时，麦克阿瑟就命令于2月1日刚刚登陆的骑兵第1师师长威恩·马奇，尽快组建一支“快速突击部队”，穿过被包围的日军，冲进马尼拉去解救战俘。由威廉·蔡斯准将指挥的这支几百人组成的特种部队，很快就乘坦克和机动车辆出发了。部队边走边打，快速向马尼拉穿插，在敌人还未来得及炸桥前就夺取了桥梁。2月3日下午7点，部队进入马尼拉市，这是盟军进入马尼拉的第一支部队。在菲律宾游击队的协助下，这支部队在大街上横冲直撞，冲散了三五成群惊慌失措的日本兵，到达了关押战俘的圣托马斯大学。坦克冲开了校园的前门，救出了3700名战俘。这支部队的另一部分占领了马拉卡南宫。第二天，2月4日，第37师的先头部队从老比利比德监狱救出了1500名盟军战俘，其中800名是被日军称为“好斗的巴丹杂种”的巴丹老兵。解放这5000余名战俘，是太平洋战争中最动人心弦的时刻之一。
2月7日，麦克阿瑟不顾手下人的劝阻，搭乘第37师的一辆坦克进入马尼拉。进城后他立即到圣托马斯和老比利比德监狱去看望被解救的战俘。后来麦克阿瑟写道：“尽管在我的一生中有许多令人心情激动的时候，却没有那一次比我访问圣托马斯集中营时那动人的情景，更让人心潮澎湃了。当我到达那里时，炮声依然隆隆地响着，那些可怜的饿得半死的战俘们激动地大声呼喊起来。我走到跟前时，数以千计情绪激动的人立即向我涌来，把我挤到墙边。他们衣衫破烂，污秽不堪，个个泪流满面。他们用仅有的一点力气挣扎着靠近我，跟我握手。有一个人张开双臂抱住我，一头扎在我的怀里，毫无顾忌地放声大哭起来。许多人歇斯底里地又哭又笑，都争先恐后地对我说‘谢谢您！’他们拉住我的衣服，紧紧地拥抱我、吻我，作为一个救命者，这一时刻对我来说是十分美好的，也是永远难忘的。”
到了老比利比德监狱，那些顽强的巴丹老兵，看到自己的总司令来了，尽管他们骨瘦如柴，站都站不稳了，他们还是以立正姿势站立起来，仿佛在接受检阅一样。看到这种情景，麦克阿瑟不觉泪流满面，他说：
“我来晚了，但毕竟还是赶回来了。我将给你们所需的一切医疗照顾，身体养好后就送你们回国！”
在此期间，2月4日，艾克尔伯格亲自指挥的第11空降师，在距马尼拉4.8公里处的伊穆斯遇到日军的顽强阻击，因为缺少重武器，无法攻克敌人坚固的工事。待克鲁格派去重型火炮，才将敌人歼灭。随后克鲁格接过了第11空降师的指挥权，不幸运的艾克尔伯格，没有能首先进入马尼拉，只好沮丧地回到莱特岛继续指挥他的部队“肃清残敌”。
当2月7日麦克阿瑟进入马尼拉市区后，他立即迫不及待地发表了一份公报：“现在，我站在马尼拉街头宣告，我军已突入马尼拉市区。我军正在迅速肃清残敌，秩序很快就会得到恢复。菲律宾群岛彻底解放已指日可待了！”
全世界都为此感到振奋。罗斯福、丘吉尔、蒋介石甚至乔治·巴顿都发来了贺电。罗斯福在贺电中说：“由于这次战役行动迅速，用兵艺术高超，使我们对您的胜利更加表示赞赏。”
在马尼拉市被解放的那部分城区，“到处一片欢腾，人们走上街头，载歌载舞”。麦克阿瑟所到之处，人们都高呼“马布嗨”（“万岁”）。麦克阿瑟曾下令举行一次祝捷游行，可是当他得知盟军控制的地盘还很有限时，只得将游行取消。他意识到，在重返马尼拉的漫长道路上，“最后的几公里是最艰难的了”。
到2月12日，马尼拉的2万名日军已收缩到南海滨区，他们躲藏在老城区坚固的建筑物里拼死抵抗。他们储备有大量的武器、弹药、食物和水。他们铁了心要战斗到最后一人。
争夺马尼拉的战斗是极其残酷的。不经过殊死搏斗，日军决不肯放弃一寸土地。肯尼曾请求允许对守敌进行轰炸，为了减少平民伤亡，麦克阿瑟没有同意。他对肯尼说：“我们要用大量的重炮，在日军防线上打开突破口。不要着急，慢慢来，这样才能减少我们的伤亡。”话虽这么说，经过20多天的激烈战斗，马尼拉还是变成了一片废墟，马尼拉70万人口中，有10万平民在双方交战中丧生。
争夺马尼拉旅馆的战斗于2月21日打响，3年前麦克阿瑟一家人就住在那里。翌日，麦克阿瑟挂念着他的家具和藏书，未等战斗结束，就去看他的住宅了。后来他这样写道：“在两旁枪手的保护下，我登上了通向顶楼的楼梯，我们是一边打一边走上去的。我的住宅里除了灰烬之外，一切都荡然无存了。很显然，这里曾是一个指挥所。指挥所的上校被我们击毙在烧焦了的门旁。摆在门口的花瓶打碎了，这花瓶是1905年父亲出使日本时，天皇亲自送给他的，花瓶的碎片散落在那上校的身旁，成了他葬身之处的陪葬物。指挥这次搜索任务的那位年轻的中尉提着枪口还在冒烟的枪，脸上挂着胜利的微笑，对我大声喊道：‘干得很顺当，长官！’但是，对我来说，此刻并未体验到胜利的喜悦。我可爱的家被毁了，我正在品尝着这颗苦果。”（麦克阿瑟的银餐具，数千本图书，还有凯迪拉克牌轿车等，后来还是找回来了。）
到2月27日，马尼拉的战斗终于基本结束了。在这场历时23天的战斗中，日军有3000人逃掉了，其余1.7万人被击毙。盟军伤亡6600人，其中阵亡1000多人。
1945年2月27日这一天，麦克阿瑟在助手们的陪同下，来到在战火中奇迹般幸存下来的马拉卡南宫，参加恢复菲律宾立宪政府的仪式。奥斯默纳总统及全体内阁成员已在那等候他了。仪式正式开始后，麦克阿瑟身穿笔挺的军服，走到话筒前发表演讲，他滔滔不绝地讲民主、献身精神和自由。他讲到：“现在，总统先生，我代表我国政府庄严地宣告，把宪法规定的全部权力交还给共和国政府。这样，你们的国家又可以自立于光荣的自由民族大家庭中，由你们自己掌握自己的命运。你们的首都虽然遭受了严重的破坏，却会成为名符其实的东方民主堡垒。你们不屈不挠……”
此时，麦克阿瑟的声音哽咽了，大厅里鸦雀无声。后来麦克阿瑟写道：“对我来说，这是一个令我心痛如绞的时刻，几乎每一个幸存的菲律宾大人物都来了，可在我脑海里浮现的却是故人的亡灵：先父、奎松……”接着，奥斯默纳总统发表了热情洋溢的讲话，他高度评价了盟军为解放菲律宾所作出的牺牲，以及麦克阿瑟的杰出贡献。最后，他宣布：“为了感谢麦克阿瑟将军为我国人民的解放事业所作出的伟大贡献，为了表达对他在这场空前的战争中表现出的高超指挥艺术的敬意，我代表菲律宾人民、菲律宾政府，授予麦克阿瑟将军菲律宾‘荣誉公民’称号。”这时大厅里响起了热烈的掌声。
在克鲁格宣布马尼拉市区已被盟军占领后的第3天，琼带着小阿瑟于3月6日抵达马尼拉。麦克阿瑟同他们已有5个多月未见面了，这是一次欢乐的团聚。麦克阿瑟一家在前线团聚，招致一些爱挑刺的记者的批评。后来，总司令部不得不对外宣布，琼的到来主要是为了帮助照顾战俘。事实上也确是如此，她到马尼拉以后就积极地投入到工作中去，报上的批评自然减少了许多。
