当马尼拉争夺战还在激烈进行的时候，麦克阿瑟已开始采取收复巴丹半岛和科雷吉多尔岛的行动。
科雷吉多尔岛控制着马尼拉湾，在夺回该岛之前，马尼拉湾的港口设施就不能安全地使用。除此之外，巴丹和科雷吉多尔还有着深刻的象征意义，在美国国旗飘扬在这些地方的上空之前，吕宋岛的战斗就谈不上结束。
由于很难获得日军的情报，盟军对日军的实力作出了错误的判断。有人认为，在巴丹坚固的阵地上有约6000至8000名日军在那坚守，而在科雷吉多尔岛只有约900名日军。
2月14日，解放巴丹和科雷吉多尔的战役开始了。威廉·蔡斯准将指挥的两个团沿东海岸迅速推进，出乎意料地只遇到轻微的抵抗。从奥隆加波登船的一个团，于2月15日在马里韦莱斯登陆，实际上未遇到任何抵抗。该团迅即向北运动，同向南而来的两个团会合。看来半岛上的日军远远少于估计的数字。
在此期间，肯尼的飞机和金凯德的海军舰只对科雷吉多尔进行了猛烈的轰炸和炮击。2月16日拂晓，第503空降团2000名伞兵，在民都洛岛分两批搭乘运输机在科雷吉多尔西部高地空降，因为行动突然，日军措手不及，没给伞兵造成什么伤亡。两小时后，来自马里韦莱斯的1000人的两栖部队登了陆，因完全出其不意，没有遇到抵抗。盟军部队很快在马林塔山建立了牢固的立足点，并开始向日军发动进攻，但遇到顽强的抵抗。很快他们就发现，岛上的日军有5000多人，而不是原来估计的900人。
麦克阿瑟对巴丹半岛上战斗进展情况非常关心。2月16日，他离开当时还在激烈争夺的马尼拉，率几个参谋人员乘两辆吉普车去巴丹。他兴致很高地沿半岛东海岸疾驶南下，很快便超过先头部队8公里多，如果不是一座断桥挡了路，他们可能走得更远。路上他的助手提醒他小心别被日军的狙击手打中，他却说：“这3年我的心已伤透了，再中一枪也算不了什么。”
肯尼的一小队P—38型战斗机在空中发现了这两辆吉普车，飞行员认为他们一定是日本人，便准备进行扫射。幸而小队长多个心眼，先用无线电同蔡斯进行查证。蔡斯知道麦克阿瑟准在这条路上的什么地方，因而未予批准，不然的话，后果就不堪设想了。
盟军在科雷吉多尔岛登陆后的10天中，同那里的日军进行了一场恶战。此时的日军已完全失去统一指挥，他们分散守卫在一条条地道中，互相不能协调支援，对外面的情况一无所知，他们往往采取炸毁地道，与盟军士兵同归于尽的方式以对天皇表示效忠。
到2月26日，大多数抵抗都停止了。盟军共击毙4500名日军，剩下的500人不是逃跑就是被活埋在坑道里了。盟军伤亡1000人，其中阵亡200多人。
麦克阿瑟一生都追求戏剧性和传奇性。这次重返科雷吉多尔岛的所有行动都是他精心导演的。3月2日，麦克阿瑟和他的“巴丹帮”，像当年逃离那样，这次他们又乘4艘鱼雷快艇回来了，他们是沿原路上岛的。麦克阿瑟称上岛那一刻为“戏剧性和浪漫的时刻”。他察看了马林塔地道和其他熟悉的地方，一切都变成了令人心寒的废墟。他然后前往“顶峰”参加一项仪式。在那已被破坏的石头营房前，第503空降团团长乔治·琼斯上校走上前来，向他敬礼并说道：“长官，我向您呈交科雷吉多尔要塞。”麦克阿瑟授予琼斯一枚服务优异十字勋章，并满怀激情地回答说：“我看见我们的旗杆还矗立在那里。命令你的士兵把国旗高高升起来吧！今后决不允许任何敌人再把它降下来！”
麦克阿瑟还在那里发表了热情的讲话，他的讲话以“巴丹的英雄主义和牺牲精神永存！”结尾。
马尼拉攻克不久，麦克阿瑟开始着手清剿据守在山区阵地上的17万日军。克鲁格原打算用11个师来完成这项艰难的任务，但因麦克阿瑟已下令艾克尔伯格去攻占巴拉望、宿务、棉兰老等南部诸岛，为加强力量，把克鲁格的两个主力师调给艾克尔伯格了，给克鲁格只留下9个疲惫不堪的师去清剿吕宋岛上的“残敌”，克鲁格要想完成任务变得更加困难了。
克鲁格在一个狭小的山区，面对的是太平洋战争中任何人都未曾面对的准备决一死战的日军集团，他们总兵力有17万之众，清剿任务之艰巨是难以想像的。与这样的敌人作战，夺取每一个阵地，每一条地道都必须付出沉重的代价。日军武藤将军后来这样写道：“美军占优势的炮火把丛林都炸光了，因为有推土机开路，坦克和大炮意想不到地出现在我们阵地的面前。我们的部队不怕流血牺牲，英勇地摧毁了他们的推土机、坦克和大炮，但敌人还是一寸一寸地向前推进。”
清剿行动进行了6个多月，克鲁格以巨大的伤亡为代价，击毙了10多万日军，但并没能把他们消灭干净，藏在高山据点里的日军6万多人，直到战争结束后，才陆续走下山来投降。
由艾克尔伯格指挥的解放菲律宾南方诸岛的战役进展迅速。参谋长联席会议认为菲律宾军队能完成解放南方诸岛的任务，只是时间迟早的问题，不同意动用美军去进攻那些岛屿。但由于麦克阿瑟强调对菲律宾人民的“责任和义务”，坚持自己的主张，华盛顿方面也就默认了。
艾克尔伯格在整个菲律宾战役中都不走运，这次是他最后的表现机会了。战役的进展和效果都是不同凡响的，事实证明他确实了不起。在42天里他总共实施了52次登陆作战，其中大多数进展顺利，但有一小部分——特别是宿务和棉兰老的战斗比较艰苦。棉兰老原是菲律宾战役的第一个进攻目标，结果成了最后一个被解放的岛屿。麦克阿瑟对艾克尔伯格指挥的战斗“感到十分满意”。
战后，一些历史学家对麦克阿瑟削弱克鲁格的部队，发动南菲律宾战役的决定进行了指责。
麦克阿瑟还向参谋长联席会议提出进一步南征的计划，建议由艾克尔伯格的第8集团军去攻取婆罗洲和爪哇。参谋长们有点勉强地同意了进攻婆罗洲，但不同意去攻打设防十分坚固的爪哇。进攻婆罗洲的任务后来交给澳大利亚军队去完成。到那时为止，他们一直在新几内亚和布干维尔忙于扫荡残敌。他们要求在战争中发挥更积极的作用。
5月1日和6月10日，澳大利亚将军布莱米指挥部队，分别在塔拉坝和文莱登陆。因日军正忙于本土防卫，已顾不到那里，因此战斗进展顺利，很快攻占了那里。在南征作战行动已接近尾声的时候，麦克阿瑟开始进行战场“大巡视”（艾克尔伯格语）。6月3日，麦克阿瑟、艾克尔伯格和随行人员在马尼拉登上“博伊斯”号巡洋舰启程。他们在民都洛稍事逗留后，继续前往棉兰老，这大致是当年麦克阿瑟乘鱼雷快艇从科雷吉多尔出逃时走过的路线。6月5日，他在棉兰老登岸，巡视过去常去的老地方，特别是德尔蒙特乡间俱乐部，他和“巴丹帮”就是在那里等候B—17飞机把他们送往澳大利亚的。
麦克阿瑟还视察了宿务和内格罗。他从内格罗顺便乘鱼雷快艇去了一趟罗奈的伊洛伊洛。麦克阿瑟一行接着到了巴拉望，肯尼在那里与他们会合。“博伊斯”号于6月8日下午离开那里，同驶往婆罗洲文莱湾的进攻部队一同前进。
6月10日，在澳大利亚人登陆后两个小时，麦克阿瑟、肯尼及随行人员也上了岸。听到附近一片射击声，肯尼感到很紧张。麦克阿瑟却显得毫不在乎不断往前走着，显得非常开心。过了一会儿，站在麦克阿瑟身边的一个摄影记者被敌人的狙击手击中了肩膀。肯尼怕出问题，坚决地把麦克阿瑟拉回到军舰上去了。
第二天，6月11日，麦克阿瑟第二次登岸。在穿过了一块800多米的沼泽地后，他们爬进一辆吉普车向前开去，肯尼说这是“去寻找更多的麻烦”。他们到了丛林深处，被一位澳大利亚上校拦住了。麦克阿瑟向上校解释说：“我看到前方4百多米处有你们的士兵，我要到那儿去看看。”那位上校没有被他的五星军衔吓住，回答说：“那是我们的前沿突击队，就是在这里，也是在敌人火力范围内了。”麦克阿瑟一边往前走一边说道：“如果你看不见他们……你就不能打击他们。”那位上校转向惠特尼，咧开嘴笑了笑说：“这是我生平头一回看到一位总司令要当尖兵。”后来，使大家如释重负的是，他觉得再没有什么可看的了，这才同大家一同返回“博伊斯”号。
7月1日，澳大利亚军队在婆罗洲的巴厘巴板登陆后不久，麦克阿瑟同他的随行人员一起也在那登陆了。他们选择一个小山丘作为观察阵地，周围都是澳大利亚士兵，他们正趴在散兵坑里向敌人射击，那里距敌人阵地只有200来米。突然，日军一挺机枪响起来，除了麦克阿瑟之外，大家全都卧倒在地上。他站在那里，毫无畏惧地把身体挺得笔直，手中拿着地图，好像没事似的。后来一个目击者说，麦克阿瑟“给人的印象是，日军造的子弹没有一发能把他打倒”。
过了一会儿，那挺机枪又扫射起来，打落了他们身旁树上的枝叶。麦克阿瑟转身对身旁的一位军官说：“顺便说一句，我想最好派几个人干掉那挺机枪，免得它伤了什么人。”
当夜，“博伊斯”号再次启航，并于7月5日返抵马尼拉。这时，南菲律宾和婆罗洲的战役已经基本结束了。
像麦克阿瑟一直期望的那样，菲律宾群岛（加上婆罗洲）被解放了。这对于他来说，是一次非同凡响的个人的胜利。他顶住华盛顿无休止的反对，发动了这次战役。在莱特战役和吕宋战役结束后，他事先未征得华盛顿的同意，不顾一切地扩大了作战范围。他赢得了菲律宾人民对他的感激之情。战后，菲律宾政府决定发行印有麦克阿瑟肖像的钱币和邮票，上面的铭文是“保护人—解放者”。如果金海军上将的战略占了上风，假如把菲律宾绕过去，情况可能就会大不一样了。为解放菲律宾，盟军付出的代价是高昂的（这一点与总司令部发表的战报的说法是不同的）。盟军总共伤亡6.2万多人，其中阵亡1.4万人。当然，日军的伤亡还要大得多，日军约有45万人死亡。
