1944年6月5日，马歇尔盼望已久的、尽快打垮纳粹德国的“霸王行动”终于开始了。由于计划周密和准备充分，诺曼底登陆战役取得了成功，盟军蜂拥登上诺曼底海岸，在瑟堡半岛至古老的教堂城市卡昂一线建立了坚固的桥头堡。盟军在欧洲战场上对德作战进展很顺利，但对马歇尔来说，战争正进入了最复杂的阶段。随着战争胜利的临近，军政之间的关系变得越来越复杂和微妙。

　　战争期间，国会拨给陆军部1亿美元，由参谋长支配而不必向众议院报细账。实际上，这是用于制造原子弹的一笔款项——当时属于高度机密，但没有人要求马歇尔不得把这些钱挪作他用。汤姆·汉迪说：“事实上，他一开始就把其中的100万美元用在跟原子弹毫不相干的事情上了。在诺曼底登陆作战中，美军误炸了一个法国村子，死了人，损失很重。‘你去向他们道歉，’马歇尔对我说，‘给他们100万美元。’后来，国务院把这100万美元补上了。但当时我们动用这笔款子时，没有任何人提出疑问。人们对马歇尔极其信任，这一点使总统很不高兴。”

　　汤姆·汉迪认为，由于马歇尔受到人们的崇敬胜过总统，所以罗斯福有时对参谋长有些妒忌。“把马歇尔说成一个生性随和的人是不对的，因为他不是那样的人”，汉迪说，“他会极其严厉。他的态度使年轻人望而生畏。他身边的一些女工作人员对他怕得要死。但他对英国人和国会的影响力特别大。我想罗斯福妒忌他的正是这一点。我认为，其理由在于他们知道，马歇尔的所作所为没有不可告人或自私的动机。英国人知道他不为美国与英国争高低，而是力图用最佳的方法尽快打赢战争。美国国会知道，他心直口快，不耍政治手腕。”

　　艾森豪威尔认为，像他自己一样，马歇尔在国会和人民中间赢得信任，是因为他坚决不参与任何政治决策。在欧洲战争的某个阶段，英国首相丘吉尔要求马歇尔和艾森豪威尔不要实施在法国南部登陆的计划，认为无此必要；艾森豪威尔希望攻占马赛，用作补给港口，丘吉尔却主张以兵力物力加强在意大利的盟军，向北穿过卢布尔雅那山口向维也纳进军，抢在苏联军队之前到达那里。艾森豪威尔告诉首相：“温斯顿，瞧，我完全知道您是在为政治目的而打仗。如果您能通过马歇尔参谋长下达命令，那我就可以照办。但我只能从军事角度谈论和考虑问题。我接到的指示是以最有效的方法去打败德军。我绝不放弃这一目的……”

　　在政治方面，马歇尔一向慎重从事，尽量避免卷入政治。他认为，政治是白宫头头的事，让他们去管好了。他在履行参谋长职责期间受到惟一的政治冲击，是政治对军事作战后果的影响。如今，在欧洲打败纳粹的攻势正在顺利发展，这不仅是由于美、英两国军事上的努力，而且也是苏联红军的辉煌成就。然而，一旦欧洲战争取得胜利，又会出现什么情况呢？苏联人届时即可宣布，战争已经结束，敌人已被征服，胜利已经到手。但是，对美国和英国来说，战争还远没有结束。日本法西斯还没有被打败。他们必须乘势挥师向东，为在日本本岛打败日军之前把他们从马来亚、印尼、菲律宾和中国清除尽净，还要进行浴血苦战和付出流血牺牲。从法律意义上说，苏联人没有任何义务参与对日作战，因为他们同日本并不处于交战状态。

　　最重要的问题是在欧洲战争结束前，说服苏联开赴远东，继续同美英联军一起（罗斯福称之为“肩并肩地”）对日作战，至少当时大家都是这样认为的。

　　马歇尔对盟友倒从未有天真的想法。事实上，到了战争后期，他虽然也像其他许多美国人一样，认为丘吉尔对苏联人的看法未免过于偏执，但他对苏联人的思路已经比较清楚。在美、苏参战后不久，他曾派手下一位最能干的年轻军官约翰·迪恩少将前往莫斯科，领导美国驻苏联军事联络委员会，观察苏军的需求情况，并刺探苏联方面的计划和战略。他干得很出色。

　　1944年冬，对德作战看来已稳操胜券，雅尔塔会议正在筹备之中，此时，迪恩就莫斯科的政治动向给马歇尔写了一份形势报告。报告就目前形势、苏联的想法和态度，以及同苏联人打交道的难点谈了自己的看法。迪恩以为，有必要改变美国对苏联的态度，他提出六点建议：

　　一、只有在苏联提出援助要求，而我们确信该项援助有助于赢得战争的情况下，才继续援助苏联。

　　二、凡我方认为并非必需的援助要求，坚持让对方充分说明需要此项援助之理由。如对方不予说明，我们应予拒绝。

　　三、凡无益于打赢战争的各项援助，我方应坚持等价交换。

　　四、我方应先提出有益于双方合作的建议，然后待对方作出反应。

　　五、当我方提出合理建议后相当时间得不到对方答复时，即应依照我方认为最适宜的方式行事，并将行动通报对方。

　　六、我方应停止单方面谋求亲近苏联之行动，而应设法使对方主动近我。如对方采取友好态度，我方自应以诚相待。

　　迪恩还说，这里有些东西值得我们为之奋斗一番，问题在于采取何种策略。如果将上述建议付诸实施，我国的利益也许会在一段时间内受到损失。但我确信，假如我们想得到他们的尊敬，并在今后同他们共事合作，我们必须采取较前更为强硬的立场。

　　马歇尔对这份报告极感兴趣，深为赞许，把它转给了陆军部长史汀生。史汀生完全赞同迪恩的看法，催促参谋长立即抄送总统一份。当时正值罗斯福第四次当选总统后不久，人们发现总统情绪异常，想法古怪，身体衰弱。马歇尔上次会见总统后，为总统对盟友态度上的变化感到忧虑。过去，罗斯福几乎每晚都要同丘吉尔在电话里谈一阵，如今，他不再打电话了，也不再把英国首相看作预言家了。他以略带讥讽的语调议论英国人，说他们只关心如何维护他们的帝国，意思是现在只有美国和苏联在为自由而战。

　　总统对迪恩的报告将作何反应？经过一番思考，马歇尔提交史汀生一份备忘录：在接到您建议把迪恩的信件送交总统过目的条子之前，我已经考虑过这样做，并打算等您读过信后一同商议此事。收到您的来条之后，我征求了汉迪和赫尔（中将）的意见，他们都建议不要把此信送呈总统，理由是，这样做可能使总统对迪恩产生成见，也可能激怒哈里曼先生（美驻苏大使），因为迪恩居然不经过他就把自己的看法直接上报总统。

　　我同意他们的意见，不过也为总统不能读到此信感到遗憾，因为迪恩的意见句句在理，我对之完全同意。

　　乔治·马歇尔

　　马歇尔将这份备忘录送交史汀生部长后，同全家人一道去弗吉尼亚州的多多纳庄园过圣诞节。但他满脑子想的都是世界各地所面临的军事问题，迪恩的报告尤其使他坐卧不安。回到陆军部，他立即派专人持信前往莫斯科，询问迪恩是否把他的报告给大使看过，如将报告呈送总统，是否会使哈里曼大使感到不快。

　　迪恩接到信后第二天便复电参谋长：

　　大使看过12月2日写给你的信，他完全同意其中提出的想法和建议，并认为这些想法和建议同样适用于政治事务。我们都赞成把那封信送呈总统和国务院一阅。

　　马歇尔立即把那封信送交白宫，但从此便石沉大海，再无下文。

　　“在民主国家指挥战争真不是什么惬意事，”1945年春马歇尔向艾森豪威尔这样叫苦说。他也许还可以告诉艾森豪威尔，对于像他这样一个运筹全球战争的参谋长来说，越是临近胜利，事情越难处理。军种之间、将军之间、民众和政府之间，政府和军队之间，四处都在争吵，盟国之间吵得尤其不可开交。马歇尔后来谈到，过去的一年是他一生中最紧张、最棘手和最艰难的时期。有些时候，他身边的工作人员和马歇尔夫人都担心那些难题会把参谋长压垮。1943年，艾森豪威尔曾拒绝接受参谋长一职，理由之一是受不了“那副烂摊子。”

　　太平洋、中国、地中海、西北欧，每天都有许多问题急需解决，而其中任何一个问题通常都要花费整整一天的工作时间。正在组织对菲律宾群岛日军进行反攻的麦克阿瑟，不断专横地向参谋长要兵员，要物资。海军部一向讨厌麦克阿瑟，一心想阻拦麦克阿瑟的行动。马歇尔经常处于这种矛盾状况之中，但又必须为解决矛盾而费力地协调。此时，已有800万美国官兵在世界各地服役，而国会确信战争已近结束，现有兵员足够了。为了赢得爱子心切的父母们的选票，议员们竭力反对征召17岁的青年入伍。

　　在中国战区，马歇尔被迫撤掉了由他任命的美军司令官史迪威的职。不是因为他缺乏指挥才能，而是他高傲自大，看不起人，总是说三道四。他把他的上司中国总统蒋介石称作“中国胆小鬼”、“东方伪君子。”史迪威同驻守东南亚的英国人也争吵不休。马歇尔必须为此而从中周旋，最终不得不把史迪威调回国，由魏德迈将军接替史迪威。尽管魏德迈对蒋介石和英国人都无好感，他还是在过去几年中学会了一套外交手法。

　　此时，每个战区都酝酿着纠纷，许多危机需要解决，许多分歧有待消除。1944年美国总统选举期间，马歇尔不想卷入其中，但总统竞选涉及到珍珠港事件，特别是关于密码机密问题。为了保守这一核心机密，马歇尔不得不站出来表明态度，并争取得到总统候选人的一致理解和支持。除此之外，马歇尔还要关心他的英国朋友、合作者约翰·迪尔陆军元帅的健康状况。那年，迪尔病倒了好几回，而且病情不断恶化。1944年11月2日，迪尔病逝于华盛顿。第二天，马歇尔发表了一份正式公告：

　　盟军今日之所以能兵临德国国境，在很大程度上应归功于陆军元帅约翰·迪尔爵士的远见卓识和他对我们共同事业的忘我献身精神。

　　盟军制胜之最为至关重要的条件实为美、英两国军队的精诚合作，迪尔爵士对此做出了贡献，堪称无出其右。他的病逝不仅是英国的巨大损失，也是美国的巨大损失。他专心致志，超群绝伦，舍生忘死，把毕生奉献给了争取共同胜利的事业。

　　我谨以美国陆军全体官兵的名义，向这位伟大的战士和军事政治家表示哀悼。在艰难岁月中，我们两国都曾得益于他的聪明才智和卓越指导。我为自己失去一位亲密的朋友深感悲痛。

　　由于11月3日是大选日，迪尔病逝没有引起美国人太多的注意，但马歇尔却因此心情沉重。马歇尔执意让更多的美国人了解迪尔对这场大战所做的贡献，设法将他的朋友安葬在阿林顿公墓，使迪尔成为葬在这座美国英烈祠中的第一个外国人。后来，马歇尔又募款在墓地建立了迪尔的骑马雕像。除悲痛之外，他还深切意识到，自己失去了随时了解英国军事战略情况的重要渠道。在未来充满微妙关系的岁月里，这一情况将使盟国间的协调和团结出现难以弥合的裂痕。

　　1945年1月20日，罗斯福在白宫南廊举行了简朴的就职仪式，第四次出任美国总统。之后不久，罗斯福就和他的随员乘“昆西”号巡洋舰去黑海参加盟国雅尔塔会议。他身体虚弱，不能乘坐飞机，马歇尔和海军参谋长金分乘两架飞机先行。马歇尔途中在马耳他岛停留，以便同艾森豪威尔会晤。

　　马歇尔飞到地中海中部马耳他岛，以阿兰·布鲁克为首的英国总参谋部成员在那里迎候。双方一致认为，在雅尔塔会议前，美、英两国应协调战略，特别是协调对日战略。遗憾的是，英国人明确表示，他们主张首先解决德国的各种问题，并抱怨艾森豪威尔过于谨慎，在“进逼莱茵河”的作战中行动不够迅速。他们坚持认为，对德作战的指挥权现在应该交给英国陆军元帅蒙哥马利，以加快向柏林突进，赶在苏联军队到达之前尽可能多地占领德国领土。

　　开始时，马歇尔还能静静地听着，但当阿兰·布鲁克再一次提到布莱德雷和巴顿对艾森豪威尔施加影响，几个美国将军串通起来反对英国人时，马歇尔火了。他反驳说：“好，布鲁克，你倒不像美军参谋长们那样担心丘吉尔先生直接对艾森豪威尔施加压力和影响。总统接受了我的建议，实际上从未接见过艾森豪威尔，也从未给他写信，因为他是盟军司令。但是我们对首相施加的压力却极为关切。我认为你们的担心毫无根据。”

　　他后来说，那是“一次很糟糕的会议。”英国人一个劲儿地要按对蒙哥马利有利的办法进行对德战役，把巴顿和布莱德雷现有的物资、汽油统统调走，拨给北线蒙蒂指挥的英、美联军，但马歇尔同样寸步不让。他执意不给艾森豪威尔下达任何命令，坚持认为战地指挥官有权自行决定，而且他完全信任盟军最高司令的决断。

　　英国首相丘吉尔和罗斯福总统先后到达马耳他。当天晚上，总统、首相和参谋长联席会议成员在“昆西”号巡洋舰的餐室里聚会。马歇尔和金已经共同拟好了他们认为对英、美两国都有约束力的“马—金协议书”，规定双方共同参加对纳粹和日本联合作战的要求。协议书没有迁就英国人的意见，无论战术和战略方针均不改变，对蒙哥马利、布莱德雷和巴顿，将视军事局势的需要，一视同仁地继续给予支援，不让蒙蒂单方面突进柏林。

　　大家注意到，丘吉尔精力充沛，而罗斯福则对会议的进程很少表态和施加影响。不过，总统已经向马歇尔和首相俩人明确表示，他全力支持“马—金协议书”，尤其是对德作战计划。在这种情况下，英军参谋长们只好同意，别无他法。

　　美、英两国代表继续动身前往雅尔塔，去参加同盟国在欧洲战争结束前举行的最后一次重要会议。