中华人民共和国建立以后，史学工作者积极学习历史唯物主义基本原理，努力运用科学的历史观来研究历史，蒙元史研究进入了一个新时期。这一学科的主要领头学者翁独健、韩儒林、邵循正、杨志玖等继续在高等学校从事研究和教学，在培养人才和组织、指导研究工作方面发挥了很大作用，后来在蒙元史领域最活跃的一批学者多出于他们门下。六十年代中期以前，一些大的研究项目在他们主持下已着手进行，如《元史》的校点，元朝断代史的编撰，域外史料的翻译等。这个阶段的重要学者还有余元庵、蔡美彪、刘荣峻、贾敬颜、方龄贵等。余元庵于1949年发表《元朝秘史远箭近箭官号新释》、《元史志、表部分史源探讨》等文，五十年代著有《成吉思汗传》和《内蒙古历史概要》。蔡美彪参与范文澜主持的多卷本《中国通史》编写，着重研究辽金元史，注意收集和研究元代汉、蒙文碑刻，出版了与罗常培合著的《八思巴字与元代汉语》和他整理考释的《元代白话碑集录》，并发表多篇研究元代戏曲史的论文。此后他在八思巴字碑刻等文献的考释和蒙元制度、文化诸方面研究上又取得很多新成果。刘荣峻以多年精力译出符拉基米尔佐夫的经典名著《蒙古社会制度史》，原著广博精深，译者下了很大功夫，为研究者提供了一部准确的译本。贾敬颜擅长考证和文献研究，发表多篇考释蒙古名物制度和研究蒙古部族的论文（部分成果收集在《民族历史文化萃要》一书中），并完成了《圣武亲征录》的校注。方龄贵在考释元杂剧中的蒙古语词和搜集、研究云南元代碑刻方面作出了很多贡献，其所编《元朝秘史通检》是研究者很有用的工具书。一批共和国建立后培养的年轻学者也相继发表论文，并在老一辈学者指导下参与研究工作。 　　这个阶段的蒙元史研究主要集中在三个方面：元末农民战争及与之相关的元代社会矛盾问题，古代蒙古社会性质问题，人物评价问题（主要是对成吉思汗的评价）。三个方面都发表了不少论文，大部分出自年轻学者之手，研究方法和理论分析都面目一新，其中不乏资料充实、论证精细的专题研究。几项重要的蒙元史研究项目均已在进行中，包括近代史研究所通史组承担的《中国通史》和历史研究所宋元史研究室承担的《中国史稿》元史部分，南京大学元史研究室承担的《元朝史》专著等。 　　“文革”开始，正常的学术活动基本停顿，仅有个别项目在几年后恢复工作，《元史》的校点和《中国历史地图集》的编绘就是在那时的政治运动夹缝中进行的。十年动乱结束后，蒙元史研究很快就出现了空前繁荣的局面，大量具有较高水平的研究成果相继发表。研究领域大大扩展，不再局限于农民起义、社会性质、人物评价几个课题。严谨治学、实事求是的学风得到发扬，注重广泛收集资料，进行详尽的考释辨析，作深入的创造性的专题研究，不务空言。有更多的学者善于利用民族文字及外国文字史料与汉文史料相互考订、补充，这是我国蒙元史研究进步的重要标志之一。随着研究工作的蓬勃开展，研究队伍不断扩大，涌现了一批基础扎实、学风端正的新一代年轻学者（多数是“文革”后培养的博士、硕士）。中国社会科学院历史研究所、近代史研究所、民族研究所，中央民族学院历史系，内蒙古大学蒙古史研究所，南京大学元史研究室，南开大学历史系等单位都拥有多位蒙元史研究者，形成研究中心。1979和1980年，在翁独健、韩儒林等倡导下先后成立了两个主要蒙元史研究学术团体——中国蒙古史学会和中国元史研究会，编辑出版了会刊《元史论丛》和《蒙古史研究》，集中发表较高质量的专题论文，并出版报道国内外研究情况的《通讯》。两个学会都召开了多次学术讨论会，并举办国际学术会议，对开展国内外学术交流和合作起了很大作用。 　　五十年代以来，台湾地区的蒙元史研究也有很多成就，这首先应归功于其开创者姚从吾。姚氏早期弟子、毕业于北京大学的著名蒙古族学者札奇斯钦，在七十年代寓居美国之前任教于台湾大学。他着重研究蒙元前期的蒙古制度文化及其与中原文化的相互影响，主要著作有《蒙古史论丛》（上下册）、《蒙古的社会与文化》，并与姚从吾合作完成《汉字音译蒙文蒙古秘史译释》，在元代蒙藏关系史研究方面也很有贡献。同时有另两位学者成果也很丰富：孙克宽主要研究汉文化在蒙元治下如何延续及其影响，著有《元代汉军与汉文化研究》、《元代汉文化的活动》以及有关南北道教、儒学等方面的数十篇论文；袁国藩的著述涉及蒙元前期制度、习俗、政治、人物等多方面。与大陆情况相似，进入六十年代以后，一批卓有成就的第二代、第三代学者相继崛起，他们中许多位出于姚从吾门下。有些人后来虽寓居海外，仍经常回岛内讲学、发表论文和出版著作，其中以萧启庆成就最为显著。 　　蒙元史是一门世界性学科。由于涉及多种语言文字以及制度文化的多样性等特殊困难，过去我国学人以此为专业者较少，研究者人数和许多方面研究成绩反不如外国。建国以来，蒙元史研究有了很大发展，基本上改变了这种落后状态，不仅成果数量居各国之冠，总体学术水平也已进入世界前列。李治安、王晓欣所编《元史学概说》一书（1989）对各方面研究成果已有详细评述，本章仅择要介绍，略加补充。