明代是宗教发展的一个较为特殊的时期，随着宋、明理学显学地位的确立，作为中国自身的宗教道教和较早传入中国的佛教，都逐渐走向了衰微。宗教学术无法与新儒家们那种平民化的学术思想相对抗，所谓三教合一的趋势的主流，实际还是宗教的儒化。这主要是由于随着专制主义皇权统治的不断强化，宗教作为统治工具的作用，已经最大程度地减弱。明代的宗教只是比较突出地表现在了对于少数民族地区（尤其是蒙、藏地区）的统治作用。与官方宗教的情况相反，明代的民间宗教却经久不衰地发展，成为秘密社会乃至民众的精神武器，因此对于宗教的控制也就成为了明代专制的一个组成部分。 　　伊斯兰教在明代西北地区得到了发展。其他的少数民族地区的宗教，如藏传佛教、小乘佛教、萨满教、东巴教等也都有不同程度的发展。 　　明朝后期，西方传教士来华，开始传播天主教，并且打入了士大夫和部分民众当中，成为中西文化交流中的一件大事。到明朝末年，几乎有机会成为统治者新的宗教选择。