总统就职日，约翰·肯尼迪坐在白宫前面严寒冰冻的看台上检阅游行队伍，他注意到，从他面前经过的彩车和乐队队伍中，海岸警卫队仪仗队里看不到一个黑色面孔。回到海恩尼斯港，他打了个电话给财政部长狄龙询问这件事，海岸警卫队归狄龙管。肯尼迪得知海岸警卫队学院建立86年以来没有录取过一个黑人学生时，他对狄龙说，那么就从明年开始这第一次吧。狄龙犹豫了一会儿，同意了。
过了几天在第一次内阁会议上，肯尼迪提到了他的发现。他要求每位内阁成员检查一下自己管辖部门的情况。他强调，“我关心的不仅是数量，而且是各级岗位，如外事机关、高级决策、专业和管理工作的任职机会上。”肯厄迪自己此时已任命黑人安德鲁·哈彻任副新闻秘书，罗伯特·韦佛为房屋财政署署长。他们两个人都是在黑人中“第一个”担任这种高级职务的。
肯尼迪的告诫得到他的内阁成员们的重视，陆续，黑人第一次被任命为驻非洲及驻欧洲国家的大使，合众国的检察长以及哥伦比亚特区的地方长官。奉命担任联邦高级职务的黑人比历史上任何时期都要多——包括一名助理国务卿帮办，一名劳工部副部长，以及几个部门和委员会的成员。在多数部门里，担任高级专家或管理职务的黑人人数增加了好几倍。在司法部黑人检察长的人数由十人增加到七十多人。约翰·肯尼迪还从黑人中任命了五名终身任职的联邦法官，比历史上所有其他总统所任命的都要多，他任命了美国有色人种协进会的主要黑人律师、有才华的瑟古德·马歇尔到上诉法院任法官。他提名美国第一个黑人女法理学家马乔里·芬森夫人到哥伦比亚特区法院任职。
在新旧政府交接初期，约翰·肯尼迪曾要求副总统约翰逊主持几个有关政府签订契约和雇佣人员等方面的反歧视委员会。上任后，肯尼迪把这些委员会合并成为单一的总统就业机会均等委员会，这使黑人在就业方面所受到的歧视大为减少，在纺织厂里，黑人过去仅仅当清洁工，现在出现了管理人员；黑人也可以在过去被告知不必去申请工作的飞机厂里找到工作……
但是，所有这些旋风般的活动并未真正改善黑人在美国社会生活中的受歧视地位：选举权受到限制，黑人受教育的权利无以保障，失业者、收入过低者在黑人中所占的比重远远超过在其他人种中所占的比重，还有更多的问题。肯尼迪知道他为此付出的努力是长期的，事实上，肯尼迪在1947年刚当选众议员后就为禁止征收人头税以保障黑人和贫苦白人有投票的权利的法案投下支持一票。1953年，还是参议员的他，又平和而不为人注目地赞同民权立法，现在他也在努力工作着。事情的解决需要时间，但是黑人不愿意再忍受下去。那时在美国出生的婴儿，不管他出生在国内哪一地区，和同一天在同一地方出生的白人婴儿相比，读完中学的机会只有一半，读完大学或学到专业知识的机会只有三分之一，而他们失业的机会比白人多一倍，他们每年挣得一万元的机会只有白人的七分之一，寿命比白人短七年，可望挣到的钱只有白人的一半。这太不公平，而这太不公平从1863年林肯发表《解放黑奴宣言》一直持续到了近一百年后，这不公正持续得太长了。黑人希望结束以前那种慢慢来的政策，也希望肯尼迪能够了解，对今天的黑人来说，自由比苏联的赫鲁晓夫重要，比越南、古巴或者空间竞赛都重要。
黑人想提醒肯尼迪，于是在1961年春天，在加加林的太空飞行三个星期后，5月4日，争取种族平等大会的七名黑人和六名白人同情者乘公共汽车离开华盛顿，远征美国南部。他们预定以曲折的路线穿越美国南部各洲：向南穿过弗吉尼亚州，北卡罗来纳州和南卡罗来纳州，转向西南到达亚特兰大城；再向西穿过亚拉巴马州，继续向前，跨过密西西比州直达新奥尔良。他们的目的是要蔑视当地风俗，对州际长途汽车站在候车室、餐厅和厕所实行的种族隔离进行挑战。他们自称是“自由乘客”。
自由乘客在里士满市、彼得斯堡、林奇堡，这些地方都停留了，他们在挂着“白人”牌子的小吃铺里吃东西，根本不进标明“黑人用”的厕所，结果不是很糟，只是惹得别人恶狠狠地瞪上几眼，咕哝几句脏话而已。随后，有报纸开始刊登关于他们这次旅行的消息，都是在广告栏边上占那么两三段，其重要性还不足以让州长们或更高级的官员们引起注意。但对那些喜欢在报纸里寻找趣闻的加油站服务员，长途汽车站的售票员，过路的县级司法官以及经常在汽车站和火车站附近游荡，等待出事看热闹的那些人来说，这些自由乘客却是被注意的对象了。
麻烦从北卡罗来纳州的夏洛特城开始。一名黑人自由乘客走进汽车站的理发馆要理发，拒绝离开。他于是便以擅入他人房屋的罪名被逮捕。在南卡罗来纳州罗克希尔车站，三名自由乘客挨了打，到温斯博罗，有两名自由乘客被捕。自由乘客一路无事地到达了佐治亚州的亚特兰大。在这里，他们分两路前往伯明翰，一路乘猎犬公司长途汽车、一路乘羊径公司长途汽车。在1961年，旅客只能通过弯弯曲曲的78号美国公路，经亚拉巴马州由亚特兰大到伯明翰。中间要经过一片穷乡僻壤，就是在这，那辆猎犬公司的长途汽车遭到一群手持铁棒、木棍和轮胎链子的三K党人的伏击。他们是从周日的报纸上知道自由乘客的行动计划的。一块块石头从车窗外飞进来，跟着是燃烧弹和火焰，自由乘客便向外逃跑，等警察到来朝天放空枪时，自由乘客已被狠狠打了一顿。受伤者由救护车送走，其余的自由乘客被从伯明翰赶来的黑人营救出去了。
在羊径公司长途汽车上的自由乘客没有遭到三K党人的伏击，但在终点站伯明翰遇到了更糟的情况。一群手持钢管的人把车站包围起来，暴徒足足殴打了自由乘客30分钟之久，尽管伯明翰警察局局长、“公牛”尤金·康纳知道事情的发生，但他却一个人也没有派去。自由乘客中有三人被打成重伤，需要住院治疗。出事后的第二天早上，《伯明翰新闻》承认“昨天伯明翰街头真的充满了恐惧与仇恨。”然而，亚拉巴马州的官员们并没有为此表示遗憾。州长约翰·帕特森说：“我不能保证这一帮惹是生非的人的安全。”“公牛”康纳则说：“我们伯明翰人是最平和的，除非有人闯进本市故意找碴，我们这里从来不会闹事。”有人问他为什么出事时一个警察也不见时，康纳说，那天是“母亲日”，他们都放假了。
这次殴打事件引起了司法部的注意。罗伯特·肯尼迪这位部长以为他打个电话就能解决这个问题，他认识帕特森，总统竞选中，他是南方州长中第一个支持约翰·肯尼迪的。电话通了以后，罗伯特·肯尼迪请求帕特森保护自由乘客，他们有权跨州旅行，地方当局明确有责任保证他们安全通过。帕特森同意了。可随后他又回了个电话，说他改变了主意。他是靠三K党人的支持当选州长的，如今，三K党人需要他的报答。
这是肯尼迪弟兄就种族问题同南方州长进行的第一次奇怪的电话，和以后的几次一样，都是令人恼火的。罗伯特·肯尼迪试图再和帕特森通话，但一连几天都回答说州长找不到，也许去度假了。
伯明翰的形势继续发展。原来的自由乘客挨打受惊之后乘飞机去了新奥尔良，另外一批来自纳什维尔的菲斯克大学，马丁·路德金主持的南方基督教领导人大会及一些新近组成的民权团体的志愿人员接替了他们。
肯尼迪总统再也不想听到自由乘客被殴打的消息，他打电话给帕特森，回答还是他不在，联系不上。他跟副州长通了话。几小时后，副州长告诉约翰·肯尼迪，可以安排他的私人代表和州长见面。
约翰·肯尼迪对自由乘客的行为有些厌恶。为什么不能等一等呢？他已经在努力了，他在过渡期间用联邦剩余的粮食赈济了田纳西州海伍德县和费耶特县为争取投票活动而被逐出的黑人佃农，联邦法院下达了一项制止驱逐他们的行动的命令。
在肯尼迪看来，这事赶在这时候实在糟糕，不仅仅是首次载人环绕地球的空间飞行刚败给俄国人，中央情报局不断催促他同意古巴旅去攻打卡斯特罗这位共产党领导的哈瓦那，他还得准备去维也纳同赫鲁晓夫会晤。俄国人现在还在利用小石城事件向第三世界宣传，美国被描绘为种族主义者，这次，肯尼迪需要胜利。
约翰·肯尼迪选定了一个既英俊又有胆量的田纳西青年约翰·塞根塔勒，他是罗伯特·肯尼迪的挚友。一个小时之内，塞根塔勒就上了飞机。起初，看来他的使命颇为成功。他同帕特森商谈了两个小时，然后俩人同罗伯特·肯尼迪通了话，在帕特森在一旁听着点头表示同意的情况下，塞根塔勒报告说，亚拉巴马州已向他保证，用帕特森的话来说，
“该州具有维持治安的手段、能力和决心，并不需要外面援助”。州长说，他能保护州内一切居民和外来旅客，无论是在城市内还是在公路上。罗伯特打电话给亚拉巴马州公路巡警队长弗洛伊德·曼，肯定了州长帕特森的保证。
有了这样的保证，一群由21名黑人和白人学生组成的自由乘客队伍决定第二天早晨搭乘由伯明翰开往新奥尔良的长途汽车。可是出现了事先没有料到的麻烦：找不到司机。为了弄到一名司机，司法部长又在电话中和猎大公司驻伯明翰的代表乔治·克鲁特费尽口舌。最后克鲁特派了司机，使自由乘客得以前往蒙哥马利。
但是到了蒙哥马利，自由乘客发现处境更糟了。
公路巡警队长曼是尽了责任的，他的路警保证了自由乘客的长途汽车在联邦65号和31号公路上都平安无事，在车子距蒙哥马利约14英里时，曼还向蒙哥马利警察局局长莱斯特·沙利文打了招呼。但是沙利文根本不理睬通知，他认为自由乘客是不守本分的黑鬼和忘了本的白人。因此，车到了联合长途汽车公司终点站时，自由乘客陷入了估计有一千到三千人的包围中。起先一名警察也没有。自由乘客下了车。很快有人抡起拳头开始揍他们，人越来越多，还喊着“揍他们，揍他们！”
来了警察，是州属骑警，不是蒙哥马利的警察。骑警人数太少，起不了作用。曼拔出手枪，救出了一名黑人，其余的自由乘客无法脱身。一个蒙哥马利女人举起她的孩子，以便让他用拳头打一个黑人。还有一些女人在咒骂自由乘客中的两个白人姑娘，并且用手提包抽她们。姑娘们向一个驾着摩托车经过的人呼救，可他说：“你们是罪有应得，我希望她们狠揍你一顿。”作为总统私人代表来和亚拉巴马州州长谈判的约翰·塞根塔勒驾驶着租来的汽车向姑娘们招呼说：“来吧，我来帮你们，我是联邦政府的。”可是还没等他有什么举动，他就让人给拽到人行道上痛打了一顿。他在人行道上的血泊中人事不省，足躺了25分钟，才有救护车开来。后来肯尼迪弟兄大发雷霆，警察局局长沙利文解释说，没替塞根塔勒喊救护车是因为市内所有白人的救护车都报告说坏了。
殴打发生时，正好民权司长伯克·马歇尔的副手约翰·多尔在车站街对面的联邦检查官办公室里，他把所看到的及时报告了司法部。没有耽误，司法部副部长拜伦·怀特和哥伦比亚特区的联邦法警长官吉姆·麦克沙恩一道搭乘飞机飞往蒙哥马利。小石城事件后，联邦法警长官和他们的助手就开始接受弹压骚乱训练，以便在军队之外，建立起另一支能保证执行联邦法律的力量。拜伦·怀特在蒙哥马利市外的马克斯韦尔空军基地召集了400名受过训练的人员，其中有税务缉私员和边境巡警及联邦监狱的警卫。他们被派去对付目前局面。多尔也在忙着，他已从美国地方法院取得了一份不许三K党和全国州权党干扰长途汽车跨州旅行的禁令，这群暴徒大都是这两个组织的。帕特森州长也露面了，他是出来抗议这些措施不符合宪法的。他还说，派联邦政府的官员来是多余的。事实证明，帕特森完全错了。
那个星期六下午，美国最有名的民权活动家马丁·路德·金乘飞机到达蒙哥马利。他在拉尔夫·艾伯纳西牧师家里宣布，当晚他将在第一次浸礼会教堂的群众大会上讲话。这可是三K党人及其同伙做梦也想不到的行凶作恶机会。拜伦·怀特正在布置联邦法警做准备工作时，接到了告警电话：帕特森州长已召集亚拉巴马州的治安人员开会，正在指示他们逮捕违反本州法律的联邦人员。怀特走进了会场，记者把他和帕特森之间紧张的舌战记录了下来。帕特森要求司法部副部长把政府所了解的关于争取民族平等大会的情况告诉他，怀特说：“不成。”州长又要求让他了解自由乘客的来龙去脉，怀特仍说：“不成”。州长最后问怀特自由乘客的行踪，怀特又让他失望。
当时，自由乘客跟马丁·路德·金一道在浸礼会教堂。天黑时，已有一千五百多名伯明翰黑人前来参加集会。会刚开始，一些凶相毕露的暴徒便开始在街对面的公园里聚集起来。怀特得悉当地的警察又不在场，就马上利用一切能弄到手的运输工具——运送邮件的卡车、私人汽车，还有一辆囚车——把法警派到现场，他们都穿着便装，戴着臂章，带有手枪、警棍和催泪弹枪，当暴徒们抛掷石块和破瓶子冲过来时，大约100名法警已经在教堂外排成了一条散兵线。这时，州长宣布戒严。法警散兵线一直坚持到具有决定性的援军开来。弗洛伊德·曼带来骑警，国民警卫队的亨利·格雷厄姆少将也带来一队人马。即便如此，法警也还是放了几排催泪瓦斯弹才把冲过来的暴徒顶住。瓦斯飘进又热又拥挤的教堂里去。里面的黑人几度陷入恐慌。如果教堂真的被暴徒们烧掉，肯定会死好多人。实际上，由该州和联邦的治安人员组成的混合队伍把他们保护得很好。
州长帕特森给司法部长罗伯特·肯尼迪打电话，抗议说，亚拉巴马州遭到了侵略。罗伯特·肯尼迪否认这一说法。帕特森指责他，说他把自由乘客派到州里来的，并且认为发生暴力事件也应由他负责。罗伯特告诉他，“别对我来这一套。”但是帕特森一字不改地又那么说了一遍，然后他说，国民警卫队可以保护教堂和教堂里的群众，可是不能担保金的安全。
总统肯尼迪和司法部长肯尼迪在一起，他拿过话筒，对帕特森说：
“我不相信这话，你让格雷厄姆将军给我打个电话。我想要听一听一位美国陆军的将军告诉我，他保护不了马丁·路德·金。”
州长帕特森对着总统咆哮起来，他尖声嚷道，他讲的是本人的意见，而不是将军的意见。他大吵大叫说，由于派来了联邦法警，已经造成了非常严重的政治局面，并声称肯尼迪总统在政治上将他毁掉。
肯尼迪总统一点不介意，依旧心平气和地说：“约翰，保存教堂里那些人的性命比保存你我的政治生命更为重要。”
这样才结束了要对自由乘客使用暴力的威胁，自由乘客算是取得了成功，他们没死一个人，而种族隔离政策却完全被打破，州际旅行方面所实行的种族隔离政策，理论上早在1950年就被最高法院宣布为非法，到如今才在实际上取消。罗伯特·肯尼迪要求州际贸易委员会发出条例，规定在州间交通站，包括飞机场和火车站，一概不得实行种族隔离的政策；四个月后，9月22日，条例也照发了。有少数城市以不合当地法律为借口，拒绝执行；司法部对他们提起公诉，到1961年年底，黑人可以从东岸旅行到西岸，一路上在候车室里再也看不到“白人”、“有色人”字样了。
但在南部各州却并不认为帕特森失败了。他们都团结在帕特森周围，送钱给他，给他打气，答应帕特森不参加反对种族隔离的斗争。这可是不祥之兆：因为他们全部宣誓应承了。而不守誓言则有碍荣誉。到6月，南部各州差不多每个政客都公开发了誓，其中包括次年继帕特森当选亚拉巴马州州长的乔治·科利·华莱士。
约翰·肯尼迪有了处理这次事件的经验，1962年秋天，他处理另一个种族事件的时候显得得心应手。
这个事件起因于黑人詹姆斯·梅雷迪斯申请进入全是白人学生的密西西比大学所发生的对抗。它最终不可避免地使密西西比州和联邦也发生了对抗。
密西西比州是美国种族歧视制度最为严重的州。1931年，《美国信使》月刊上分两期把美国各州按优与劣，“文明与野蛮”排了一下队。评比的标准包括财富、识字人数、教育程度、名列《美国名人录》的人数、交响乐团的多少、犯罪比率、选举人登记、婴儿死亡率、交通设施和医疗条件等。评比结果，密西西比州排在最末，比南部其他各州更落后。这种情况一直到1962年也无改观。事实上，十年后，到1972年的时候，《生活方式》杂志再次评比时，密西西比州仍居末位，倒数第二是亚拉巴马州。密西西比人平均上学时间不到九年。按照商业部《美国统计摘要》中对贫困所下的定义，该州人口的三分之一以上是穷人。四个家庭中有一家没有自来水，百分之二十九的家庭没有电话，只有百分之二十四的人每天读报，只有百分之三的人订阅时事杂志。密西西比大学的詹姆士·西尔弗教授称之为“封闭的社会”。在60年代初，还有为数惊人的该州居民（包括白人和黑人）竟然从未听说有民权运动其事，足见这“封闭”的提法正确。自由乘客在密西西比州之所以没有遭到袭击，只是因为州警没有让他们获得足以引起暴徒围攻的行动自由。长途汽车一开到亚拉巴马州的边界，便被护送到麦克逊城，在那里的车站，自由乘客如不理睬种族歧视的区分标记，就给抓起来送进监狱。最后，联邦法院推翻了对他们的判决，但是这一否决对被关的自由乘客已没有什么意义，因为那时他们都已服满刑期。
在司法部里，差不多只有民权司司长伯克·马歇尔一人了解，密西西比州的白人优势是难以动摇的。他知道该州的先知们把当前这个时期看作是第二次重建时期。他们想，只要他们能像他们曾祖辈那样坚持反抗，联邦政府对种族隔离制度的挑战就会失败，问题也就会烟消云散。但是在1961年，除了他的助手多尔，其他官员大部分都不同意伯克·马歇尔的看法。约翰·肯尼迪在1961年年底收到司法部一份关于民权问题进展的报告，信心十足，形势乐观。
但密西西比州的黑人詹姆斯·梅雷迪斯又让他不能安然地面对种族问题。
梅雷迪斯是个曾在空军里服役九年的退伍军人，是该州中部科斯久什科城一个农户的十个子女之一。他听了肯尼迪总统的就职演说之后，受到鼓舞，当晚就给密西西比大学写信申请入学。在寄回填好的表格时，他附了一段说明：“我是密西西比州黑人美国公民。鉴于在这新的时代我国教育制度正在发生着的种种变化，我相信你们不会对我的入学申请感到诧异。我当然希望对我申请的处理能给密西西比大学和密西西比州增添光彩。”
被整个南部称为“老密西”的坐落于奥克斯福德城的密西西比大学以一串学术性的复杂理由拒绝了他的申请。但是梅雷迪斯可不是那么容易就给打发掉的，他不妥协，而且得到了该州全国有色人种协进会主席梅德加·埃弗斯的强有力的支持。1961年6月，全国有色人种协进会的律师替梅雷迪斯在联邦地方法院起诉，控诉“老密西”之所以拒绝他入学，纯粹出于种族原因。这场官司在美国司法史上堪称空前。地方法院的一个法官两次判决梅雷迪斯的申诉书无效，1962年6月，第五巡回法院的上诉法庭否决了原判；然后第五巡回法院的法官本·卡梅伦又否决了这个否决。上诉法庭宣布卡梅伦的命令无效，但卡梅伦马上针锋相对地又发另一道命令。再三反复，到第四个回合之后，卡梅伦还是明确表示他打算这样干到底。全国有色人种协进会向最高法院法官雨果·布莱克申诉，请他主持公道。布莱克是亚拉巴马州人。9月间，他维护上诉法庭的原判，命令该大学立即准许梅雷迪斯入学。但该州州长罗斯·巴尼特说“这绝对办不到！”两天以后，他在全州电视网上宣称：“我们绝不向罪恶的和不法的暴虐势力屈服。”
罗斯·巴尼特除了年岁远大于即将间接与之决斗的梅雷迪斯，还有肤色不同，在有些方面极为相似。二人都是在密西西比州中部贫瘠的荒原上长大成人的，也就是美国著名作家威廉·福克纳笔下的约克纳帕塔法县的开拓者所熟知的不毛之地。二人都是家中十个子女之一。巴尼特
也同梅雷迪斯一样，思想古板，他是一个原教条主义信徒，对《旧约》所讲的句句信以为真，相信圣经是禁止种族“混杂”的。在另一个时代另一种气氛下，巴尼特和梅雷迪斯有可能会交上朋友，巴尼特素来善良，乐于济人危难，对黑人也不例外。但他要求黑人朋友安分守己。三年前，巴尼特就靠着发誓要让梅雷迪斯这样的密西西比黑人不越轨，才获得该州白人公民委员会的赞助，当选了州长。总统选举中，他中途抛弃了约翰·肯尼迪，因为约翰·肯尼迪抱的信念是：任何形式的种族隔离或歧视在道义上是无法辩护的，在社会上是不能容忍的。巴尼特是他那一类人和他那个地区的一个典型代表：可爱、无知、友善、多疑，对早已崩溃的南部同盟仍怀着愚忠，现实使他震惊，未来使他恐惧。约翰·肯尼迪不希望在联邦中种族隔离最严重、偏见最深的密西西比州通过使用武力来解决梅雷迪斯的事情，他希望劝说密西西比州的官员和大学的行政人员和平地、负责地按法律行事。可巴尼特不顾约翰·肯尼迪总统的希望。梅雷迪斯在法警护送下第一次到奥克斯福德注册时，首先遇到的就是巴尼特的干涉。他想帮助学校当局，因而以“特殊注册员”的身份宣读了一项“现在及今后永远”不许梅雷迪斯进入校园的命令。这仅仅是开始。到9月下旬，形势更是急转直下。在这个月的最后十天里，几乎每天都做出了新的努力，在法庭上，在大学里，在州立大学董事会中，在州长办公室或同州长私下的电话中。梅雷迪斯入学一次又一次，陪同他入学的执法警官人数逐渐增加。约翰·肯尼迪同巴尼特的谈话一次比一次尖锐，约翰·肯尼迪感到，巴尼特藐视的不是他，而是美国政府的尊严。
巴尼特却不这样想。他认为他具有无可非议的合法立场，那就是所谓“干预权”——他作为州权的代表者，可以插手过问联邦政府和密西西比州居民之间的问题。他曾要求州议会授权，得到了批准。这件事的发生实在难以置信。“干预权”作为一种理论早在南北战争之前就已无人赞同。从事实上讲，1832年当约翰·卡尔霍恩①试图加以引用时，当时的密西西比州议会就曾予以驳斥，说它是：“异端邪说，对联邦的存在有致命的危害……同宪法的文字和精神背道而驰，直接有害于各州的福利、安全和独立。”如今已过去130年，巴尼特州长却试图让这个死了的教条复苏回生。联邦第五巡回法院拒绝承认巴尼特的理论，传令“老密西”负责人到法庭来申诉不能定他们藐视法庭罪的理由。大学负责人在法庭上认输，同意梅雷迪斯入学。可巴尼特仍旧不肯退让，他扬言对大学负责人的“投降”感到震惊，并宣布任何司法部人员要是干涉密西西比人执行自己的职责，都将予以逮捕和监禁。
①卡尔·霍恩（JohnC.Calhoun，1782-1850年）代表南部各州奴隶主利益的州权主义者，1825-1832年间任美国副总统。
在巴尼特的直接领导下，梅雷迪斯又给挡在了校园外。他一而再，再而三未能入学的现实令所有美国民权运动领袖以及华盛顿大部分官员都认为司法部未免过于姑息，有损于联邦政府的威望。约翰·肯尼迪的忍耐也达到了极限，他发布了一项声明和一道行政命令准备把密西西比州国民警卫队置于联邦政府的权力之下并部署一些其他部队。他宣布他将在星期天晚上通过电视向全国发表一篇演说，把整个事件向美国人民公布。
巴尼特似乎胆怯了，在同肯尼迪兄弟的一系列秘密电话商谈中，他表示了让步，提出星期一由他在奥克斯福德稳住暴徒，而让梅雷迪斯秘密注册。约翰·肯尼迪因为这个承诺便也让步，取消了电视讲话的打算。
但事实再一次证明巴尼特是不可靠的，他当晚给司法部打电话说他改变了主意，原来的协议无效。于是约翰·肯尼迪又订下第二天（9月30日，星期天）晚上7点半的电视时间，肯尼迪对巴尼特出尔反尔甚为恼恨，他说将在电视中向全国宣布，巴尼特如何在“同美国总统”达成协议后又自食其言。巴尼特听说后，赶忙打电话给总统，上气不接下气地建议“当天下午”就把梅雷迪斯用飞机送进学校。
事情看起来可以解决了。梅雷迪斯可以不经过流血就上学，约翰·肯尼迪最初级的希望实现了。尽管在事后巴尼特曾发表一项愤慨的声明，说这件事是背着他干的，说他在不可抗拒的力量面前只能屈服。
星期天，密西西比时间下午5点，梅雷迪斯被悄悄带到了“老密西”的巴克斯特楼，而司法部副部长卡曾巴赫和法警队伍穿过不大使用的校园西大门在那座用红砖砌成的古老精致的大学办公楼里建立了指挥所。约翰·肯尼迪把电视演说时间推迟到了晚上10点，他以为到那时，这一次事件就算圆满结束了。可是这个星期天，又是倒霉的。实际上日落时，校园里的秘密已透露出去，传遍了整个奥克斯福德市。办公楼外很快就聚集了大约一千人。他们威胁着法警，“打死这些爱黑鬼的杂种！”“爱黑鬼的家伙们，滚到古巴去！”又一起叫着：“二、四——三，我们痛恨肯尼迪！”夜深了，暴徒人数成倍增加，骂得越来越难听。他们先朝法警投石子，接着扔大块石头，接着扔烟头。他们不知道梅雷迪斯在哪里，否则他们会撕碎他。
在华盛顿，肯尼迪总统还没有了解到形势的最新发展就开始电视广播了。当时，据他所知，巴尼特信守自己的诺言，正让州警在维持治安。他向全国的电视观众说明梅雷迪斯现在已进入了大学的校园，阐述贯彻执行法院判决的必要性，赞扬密西西比人在美国历次参战中所表现的英勇精神，并向“老密西”的在校学生呼吁说：“事关你们大学和你们州的声誉。我相信绝大多数同学是会起来维护这一声誉的。”
在奥克斯福德，学生们一边看电视一边讥笑。有人夺来一辆救火车和一台推土机，要用来闯过法警的警卫线，冲进办公楼，但被几枚投掷得很准的手榴弹击退了。进攻者用可口可乐瓶子做的土炸弹还击。校园里乱哄哄的，混乱之中有时还可以听到清脆的枪声——这是隐蔽的狙击手在朝大会堂放枪。两个人被打死了：一名法国驻美记者和一名奥克斯福德的围观者。法警受伤的超过三分之一，有166人，其中有28名是被狙击手射伤的。
危机处在高潮了，可肯尼迪总统一无所知，华盛顿与奥克斯福德的通讯中断了，直到卡曾巴赫从公用电话亭投着硬币告诉他事情已多么严重时，他才知道，自己在电视里的讲话多么幼稚。放下卡曾巴赫的电话，他马上给巴尼特打电话，要求他把警察派去现场，他打断巴尼特慢腾腾的推托和辩解，说：“听着，那里已经有人被打死了，事态正越变越糟。”约翰·肯尼迪听到暴力激化的消息十分伤心，他下令在孟菲斯待命的部队进入行动。部队的反应缓慢让肯尼迪苦恼，他每次打电话给五角大楼，回答总是说部队“正在途中”，而奥克斯福德打给他的每一次电话总是绝望地询问部队在哪里。
从卡曾巴赫那里传来的全是坏消息，约翰·肯尼迪疾首蹙额，脸色灰白，他在通宵的等待和此起彼伏的电话声中，他诅咒自己相信了巴尼特，没有早点命令部队出动。
军队终于到达，约有二百名左右肇事者被逮捕，其中只有24名是学生，其余来自南部各州：佐治亚、亚拉巴马、路易斯安那、田纳西、得克萨斯以及密西西比。第二天早上，梅雷迪斯由一群执法警官陪同，进入被打得破烂不堪的大会堂，在那里，板着面孔的注册员罗伯特·拜伦·埃利斯终于让他入学了。当时在办公楼里没有任何抵抗行为，只有无可奈何的神色和假惺惺的礼貌。当梅雷迪斯走出大会堂的时候，有人向他嚷道：“黑鬼，这就值得送掉两条人命吗？”
约翰·肯尼迪总统显然认为是值得的。他说：“如果……行政部门不执行法院的判决……，或者不能……保护梅雷迪斯先生……这个国家就不能生存……这个政府就会很快瓦解……那样付出的代价将比这大得多。”他认为，梅雷迪斯事件的代价可以分摊在随后和平入学所避免掉的许多其他事件上。他还补充说：“我认识到，这引起了大量怨恨我的情绪，但我真不知道他们希望美国总统要起别的什么作用。他们指望我履行宪法规定的誓言，这正是我们要做的事。”
总统的预见是完全正确的。不久以后，密西西比州的事例所显示出的说服力促使克莱姆森大学接受第一个黑人学生和平入学。同时，密西西比州战役不是结束，而是开端，肯尼迪同南方的关系再也不会恢复老样子——在1963年更严重的危机和抉择在他面前。
到约翰·肯尼迪任总统的第三个年头，民权运动的性质开始出现了根本的变化。从1955年蒙哥马利市的抵制公共汽车运动开始，中间经过小石城事件、自由乘客运动和密西西比州的奥克斯福德事件，争取种族平等运动仿佛像一出连台戏一样，在这出戏中，白人扮演恶棍，黑人则扮演烈士的角色。美国庞大的中产阶级白人的良心已被唤醒，他们的愤慨逐步打破了几个世纪以来的法律和习俗所造成的障碍。但是，这种时代就要结束。更为愤怒、激烈、不顾一切的黑人就要杀上舞台的中心。地位已经确立的黑人领域越来越发现，黑人青年已经到了忍无可忍的地步，以眼还眼、以牙还牙的趋势的出现，预示着在争取种族隔离的斗争中将出现一个更为危险的时期。但是约翰·肯尼迪因为在这一年年底就被刺死，他没能经历更危险的时期，而只是经历了到下一台戏前的几幕插曲。
马丁·路德·金曾称伯明翰为“美国种族隔离最彻底的城市”。这让伯明翰那个外号叫“公牛”的警察局长尤金·康纳，就是在自由乘客运动期间拒绝派州警保护自由乘客的警察局长非常喜欢引用金的这句话，他为自己的顽固而骄傲。23年来，他一贯使用恐怖和残暴的手段来恐吓黑人领袖，无不获得成功。不仅伯明翰的学校完全实行种族隔离，这里的公共厕所、饮水站、剧场、公园、运动场、饭馆甚至教堂全是如此。联邦政府禁止种族歧视的规定，“公牛”康纳根本不在意。伯明翰长期以来一直被民权集团看作是“非暴力抵抗”运动的主要对象，但1963年春，民权运动领袖们一直尽量不去招惹康纳，那时，康纳正在竟选市长，而种族问题的示威运动只会使他获得更多的白人选票。到4月份，竞选结束，康纳失败了。
康纳的失败引起了一场策划已久的斗争，在日益觉醒的黑人社会中，每天都有游行、请愿、抵制、静坐和类似的示威游行。康纳和他的部下每天都对付他们，用警棍、警犬、救火水龙带、装甲车，还逮捕他们。三千三百多名黑人，其中包括儿童，被关进了监狱，金本人也在内。金的妻子在得知丈夫被单独监禁时，为他的安全担心，她打电话给肯尼迪，总统的宽慰和保证使她放了心。
后来噩梦过去时，约翰·肯尼迪说：“民权运动应该感谢上帝给了我们一个布尔·康纳。他同亚伯拉罕·林肯一样帮助了民权运动。”康纳的警犬用牙齿撕开黑人的衣服和用700磅压力的水龙头把黑人冲得紧贴建筑物不能动弹的照片被登在报纸的头版，这些恶心的情形使全国、全世界都为之激动。以前胆小的黑人在自己居住的城市内被激怒而采取了行动；过去漠不关心的白人也感到震惊而产生了同情心。约翰·肯尼迪看到美国人的良心终于开始被打动了，于是着手制订他自己的计划，使人们的良心觉悟到认为有必要采取进一步的行动。
约翰·肯尼迪在黑人问题上发表的公开演说是很少的，他一直在试图谋求不造成分裂的解决办法，他希望依靠说理和劝导解决问题，因此大多数黑人领袖都抱怨政府对待伯明翰的态度，他们觉得约翰·肯尼迪过于软弱。
到5月初，司法部副部长说服了伯明翰比较负责的企业领袖们，使之认识到种族和谐比动乱对他们更有利。他们在就业的机会和公共设施方面做了一些改变。新上任的市长答应采用温和点的办法来处理这一问题，黑人领袖暂时停止了示威。约翰·肯尼迪在记者招待会上表示，希望他们继续合作和前进。当有人问他这个解决办法是不是一个典型时，总统说：“我们还得看往后几天里伯明翰会出现什么情况。”
三天以后，约翰·肯尼迪得到了答复。5月12日下午，他得知，伯明翰一个黑人住宅和旅馆被炸弹炸毁了。恐惧、愤怒、骚乱和反骚乱再一次支配了伯明翰。约翰·肯尼迪决定采取新的方针，大约有3000名士兵迅速被派遣到伯明翰附近的各个基地。晚上9时，总统通过所有的广播网发表了一个简短而强有力的警告性声明。随后，在司法部部长同金牧师通过电话进行商谈时，约翰·肯尼迪在办公室内等候继续出现暴力行动危机的电话报告。
但是伯明翰的紧张局势缓和了下来。亚拉巴马州乔治·华莱士对派遣联邦部队的命令的法律根据表示异议，理由是他的州警有能力维持秩序。但约翰·肯尼迪因为在梅雷迪斯事件中过于迅速地接受类似保证，导致过于迟缓地调动联邦部队而吃亏，所以这次他坚定地回答说，他所拥有的镇压国内暴力行为的权力使他完全可以自行决定如何行使和何时行使这种权力。
在伯明翰的情况时续时断地恢复之时，约翰·肯尼迪和华莱士却在逐步走向密西西比州那样的另一次对抗。在那次，当联邦部队终于到达奥克斯福德，保障了梅雷迪斯的安全之后，约翰·肯尼迪曾疲倦地问弟弟罗伯特，是否不久还会出现差不多的事情。罗伯特说，同梅雷迪斯案件相类似的亚拉巴马大学的一件诉讼案，将在1963年春达到同样严重的阶段。约翰·肯尼迪决心作好准备迎战，但决意避免另一次梅雷迪斯事件。他派了曾在古巴上空使用过的侦察机把亚拉巴马州州立大学的校园拍摄下来，军队指挥官便利用这些照片来部署兵力。他自己飞到了马瑟肖尔斯，在华莱士讲话的讲台上发言，简单地警告他不要违抗法律，司法部展开了一个深入细致的运动，去接触亚拉巴马州的教育家、编辑、牧师、企业家和其他社团领袖，希望造成一种友好团结的气氛。
根据法院的判决，三名黑人学生被宣布有资格在6月开始的大学夏季学期入学，一个进塔斯卡卢萨分校，另两名进塔斯卡卢萨大学本部。大学愿意让他们入学，有名望的亚拉巴马人也敦促华莱士不要抵抗，可华莱士州长生涯初展宏图，他决意借这个机会给本州人看，他是严格遵守竞选誓言的：他要站在亚拉巴马州每一座白人学校门口将黑人赶走。
约翰·肯尼迪不想过多地和华莱士纠缠，他想表演就让他表演吧。但肯尼迪自己这次所作的准备是细致而充分的，在附近本宁堡待命的部队已经坐上了直升飞机，校外的人完全被清出了校园，在随后的记者招待会上两次发表的声明中，约翰·肯尼迪都表示希望使用部队是不必要的，希望所有亚拉巴马州人都认识到法律是没有选择余地的，而避免使用部队的方法就是遵守法律，随着决定的日子日益迫近，约翰·肯尼迪向华莱士发出劝告，请他离开塔斯卡卢萨的校园，但华莱士不听劝告。
1963年6月11日，华莱士州长站在大学注册大楼门口，自知是愚蠢而无聊地朗读了他的一篇声明，作为对司法部副部长卡曾巴赫朗读的总统声明的答复。但是当两名黑人学生被带进宿舍时，他却没有阻挠，他内心知道，任何程度、任何种类的反抗都无济于事。约翰·肯尼迪一直在电视里观看着他们的对抗，正如预先计划好的那样，他迅速把亚拉巴马州的国民警卫队置于联邦政府的权力之下，当国民警卫队的一名准将驱车到达塔斯卡卢萨告诉华莱士这个消息时，他对美国的司法制度大骂一通后也就走了，两名学生没有遭到意外就注册入学了。
1963年6月11日这天，标志着州政府对取消大学种族隔离问题采取公开抵抗做法的结束，它也标志着联邦政府全面承担起反对一切种族歧视的义务的开端，在此之前，约翰·肯尼迪只是处理了一件又一件种族歧视的具体事件。
约翰·肯尼迪曾考虑，如果塔斯卡卢萨发生动乱，他就通过电视向全国发表一篇演说。但这次动乱未成事实，约翰·肯尼迪还是决定，趁着大家的注意力还集中在这个问题上时，无论如何要向全国发表一篇演说。
约翰·肯尼迪一直都不认为民权问题仅仅是联邦政府的问题，他同副总统和司法部长一起会见了工会领袖和企业家，如剧院老板、餐馆经营者、百货商店经营者，要求他们在雇佣人员和服务方面消除种族界限，他还要求全国各地的市长改善他们的习惯做法和法令。早在1963年2月，约翰·肯尼迪还发表了他任期内的第一个民权咨文，它要求扩大民权委员会的作用，使民权委员会能充当对地方团体提供交换情报和互助的机构。它要求给予正在取消种族隔离的学区技术和经济援助。它要求对选举权的法律做种种修改。它大声疾呼要在所有地区实施平等权利，并检讨了行政当局所采取的步骤。这咨文不是应付任何危机或特殊压力的，而是约翰·肯尼迪总统自己倡议的产物，是他正常立法的一部分，它在黑人中受到欢迎，他们听得进去，可国会和国内其他人根本对它不屑一顾。
但到了6月11日这天，全国都开始倾听约翰·肯尼迪的计划了，亚拉巴马州的事件才刚刚过去。所有的人都在想他们的总统因此有何打算。但对约翰·肯尼迪来说，他的这次演说仍不是一时一地的产物，它至少是以他三年来的思想演变、三个月来平等权利运动、三周的白宫会议、致国会的新咨文的稿本，以及6月9日对市长的讲话和“2月份的民权咨文”为根据的。
演说一开头先提到亚拉巴马大学，以此作为引言，演说的内容是宣布一些新的立法。这篇演说的动力就是约翰·肯尼迪，他的职务和他的国家对这一主张毫不含糊的保证：“种族问题在美国人的生活和法律中是没有地位的。”他警告说：“威胁着公共安全的不满浪潮日益高涨”，他强调，国家的义务是使这项“伟大的变革……对大家都是和平和建设性的”。他概述了他将向国会提出的法案，但是着重指出“单靠立法并不能解决这一问题。它必须在所有美国人的家庭中去解决。”他赞扬北方和南方那些有合作精神的公民，说他们的行为不是出于法律责任感而是出于人类尊严感。约翰·肯尼迪还说，种族问题在美国不是地区性的问题，也不是党派问题，而且甚至不单是“一个法律或立法问题”，单靠法律并不能使人了解什么是正确的，它主要是一个道义问题，他把种族问题看成整个国家和民族面临的一场道义危机。
在此之前，除了亚伯拉罕·林肯，没有一个总统曾如此强烈地承认一切种族歧视的非正义性；在此之后，再也没有一个总统可以坦然地忽视他有消除种族歧视的道义上的责任。
约翰·肯尼迪的演讲最终目的在于防止一个种族的不满情绪把国家分裂为二。他的讲话被黑人欢迎，但也激起了某些白人的深刻反感。在密西西比州杰克逊市，当黑人领袖们对肯尼迪的讲话发出欢呼，认为它是第二次解放宣言之后几小时，他们中的一员，密西西比州全国有色人种协进会的外勤干事，便遭到暗杀。第二天在国会山，南方的参议员专门召开了一次秘密会议，发誓要扼杀一切民权立法，关于“地区重新开发”的例行扩充计划，本来估计能顺利通过，但由于54个南方民主党人投票反对，它在众议院以五票之差被否决。共和党人公开地谈论，北方白人中的“强烈和不利的反应”会将约翰·肯尼迪和他的民权法案一起打倒的。
约翰·肯尼迪也并不想轻率地或贸然地拿自己的威信和权力作赌注。随着危机的加深，他的忧虑也加深了。当他选择的办法：强调行政权力和投票权，被证明不足以对付种族危机时，他的战略也改变了。他明白他不只是对黑人负责，更要对国家负责。他以前一直认为，国家最高利益要求他避开一场得不偿失、两败俱伤的立法斗争，但他现在则认为，这种尝试是符合国家利益的。
于是在6月19日，约翰·肯尼迪送交给国会一项内容最全面的民权法案，他知道，要使他的法案通过，不止是需要向国会呼吁。一场和平革命所需要的条件还不止是通过这个法案。这个法案不会解决种族关系的所有问题。这个法案必须由联邦、州和各级地方政府部门采取行动加以补充，还必须由开明的公民、私人企业、非官方的劳工组织和市民组织采取行动加以补充。约翰·肯尼迪在行动过程中起到了领导作用。他的努力在全国得到了响应，这使约翰·肯尼迪十分自豪。他高兴地看到连锁商店、剧院和餐馆自动取消了实施种族隔离的标记和做法，南方的市长和商会开始同黑人领袖商谈，北方和南方的雇主和工会开始减少种族限制，联邦发起的学徒训练计划使营造业向更多黑人开门，梅迪雷斯取得了学位，在弗吉尼亚州的爱德华王子的县，学校在自愿基础上重新开学。进步是缓慢的，不充分的，但同以往数百年相比，则是迅速可喜的。
不过黑暗依然存在。亚拉巴马州的华莱士州长把黑人小孩从伯明翰和其他两个城市新设立的黑白人同校的学校里赶出来，伯明翰的一个黑人教堂被炸……
夏末的一次记者招待会上，有人问到黑人示威减少的情况时，约翰·肯尼迪强调指出，应该利用一段平静的时期促成进步，而不能把这一时期看成运动已结束。他十分坦率地解释，示威之所以平静下来，部分原因是情况在好转，另一部分则因为重要的黑人领袖们认识到，种族问题的解决是一个长期任务，在某些情况下采取极端主义的形式等于是作茧自缚。
约翰·肯尼迪讲话后不久，民权运动的领袖们告诉他，他们计划在华盛顿举行一次大规模的和平示威时，他大吃一惊。他担心会弄得不可收拾。但他无法提出强硬的反对意见。
当游行的日期8月28日临近时，约翰·肯尼迪明确表示那天他将留在办公室里，他知道23万人的游行队伍有可能做出所有事情，这是一个冷酷的事实，他决定不在游行队伍前露面，游行前也不会见黑人领袖。怀有几分大难临头恐惧感的人多不胜数，许多华盛顿人说那天他们哪也不去就待在家里，数千名加班的警察集合待命，4000名士兵在河对岸做好准备，有些国会议员要求为国会大厦提供保护。
但是到了8月28日，一切无比顺利。游行队伍所表现的昂扬精神和自我约束力使约翰·肯尼迪感到惊异，使全美国人惊异。来自各州各种族的参加者保持热情，耐心倾听文娱节目和马丁·路德·金的发言。他一次又一次地高呼，“我有一个美好的梦想”，描述了将来和谐与平等完全实现的日子。
这次行动使约翰·肯尼迪深受感染，他在白宫欢迎这次游行的领袖们时对金说：“我有一个美好的梦想”，他们的梦想也是他的梦想。约翰·肯尼迪并不以为这次游行会让国会对民权法案更感兴趣，也怀疑有任何种族隔离分子因此就改变了立场，但他相信，这次游行有助于让民权主义者团结得更紧。在如此庞大和焦躁的人群中竟然没有发生暴力行为，单凭这件事就唤起了人们新的兴趣，赢得了新的支持者。
民意测验表明，美国大多数白人是赞同肯尼迪的民权法案的，但同时，多数人又感到他走得太快了。
约翰·肯尼迪不是不清楚他的立场对他自己的政治前途的影响。私下里他担心这个种族争端会让他在1964年落选，但他对一位黑人领袖说他绝不回头。在公开的场合，他仍然抱审慎而乐观的态度，他认为，人民迟早会大胆面对真理，亚伯拉罕·林肯的传统会被继承。
约翰·肯尼迪虽然不反对那些人称他的演说和法案为“第二次解放宣言”，但他本人并不热衷于比较。像第一次宣言一样，既由于信念，也由于必要，它正视了黑人在白人社会中的自由问题，也像第一次宣言一样，由于它立足于说理和解而遭到了黑人和白人双方的反对，但毫无疑问，约翰·肯尼迪做了他那个时代能做的，他继亚伯拉罕·林肯之后，又开辟了一个新的时代。1963年，在纪念第一次解放宣言一百周年时，约翰·肯尼迪写道：“那个宣言仅仅迈开了第一步——不幸的是，宣言的作者没有活下去推进这一工作。”他写的是林肯，却不幸言中他自己的命运。
