早在1960年古巴开始接受苏联武器之前，就有传说古巴岛上有苏联导弹了。这种传说到了1962年夏天变得真实可靠起来。种种迹象表明苏联在向古巴集结大规模进攻性设施。自7月初古巴武装部长、卡斯特罗的弟弟劳尔到过莫斯科之后，古巴港口活动明显频繁，从黑海开来的大批苏联货船开始驶抵比那尔德里奥省北岸的深水港马里埃尔。船上所载货物不详，但却令人生疑。这些船吃水很浅，而特点是舱口非常宽，而且每条船上都乘有大批苏联技术人员。及至8月底，在古巴的俄国人已经有五千多名。据在佛罗里达州奥帕洛卡的中央情报局查询站受讯问的难民说，他们目睹成队的卡车拖着用防水帆布包着的长形管状物件。有个从古巴回到奥帕洛卡的中央情报局特工人员，曾看到其中之一的尾部并画下一张简图。同一星期内，卡斯特罗的私人飞机驾驶员在哈瓦那一家酒吧间夸口说，古巴现在已经有了装着核弹头的远程导弹。
传闻仍然让约翰·肯尼迪备感压力。自从猪湾事件以后，古巴一直是他在政治上最沉重的负担。1962年国会选举的迫近，古巴问题显得格外突出，虽然从1961年起，肯尼迪一直强调运用更为积极的间接的办法——拒绝古巴加入美洲国家组织，禁止美洲国家组织成员国向古巴出售武器，禁止向古巴输出除粮食和药品外的一切物资，禁止进口商和旅游者带进古巴出产的任何产品，对于从事同古巴进行集团贸易的单位限制其使用美国港口和船只——使卡斯特罗在拉丁美洲孤立，打击卡斯特罗的经济、声誉和政治目的。但无可否认，约翰·肯尼迪的这些措施都没有使卡斯特罗下台，这被那些反对约翰·肯尼迪的人利用来煽动政治局面。约翰·肯尼迪反对入侵古巴，但是保证“最为密切地注视着古巴发生的一切”。
9月初约翰·肯尼迪向公众透露通过侦察获得的情况时指出，迄今没有发现进攻性武器的证据。在古巴有越来越多可能用来袭击美国的苏联武器是令人不快的，但这同长期以来存在于古巴或别处的情况并没有多大差别，因而还不足以成为做出军事反应的理由。不过他还是表示，如果确实是有这类武器，那就会出现最严重的问题。
苏联继续装运物资到古巴这一点和赫鲁晓夫在莫斯科9月11日发表的好战声明——他称美国是个毫无斗志的国家，迫使约翰·肯尼迪在9月13日的记者招待会上发表了一篇态度明确的声明，但一直到了此时，他视野的焦点仍不是古巴本身，他担心赫鲁晓夫是要把他拖入古巴的另一场纠纷，从而使卡斯特罗成为破坏美国同拉丁美洲各国关系的炸弹，然后苏联人则趁机对西柏林采取行动。由于这种可能性的存在，约翰·肯尼迪在没有确凿证据之前，他没有向国会、新闻界以及国内好战派让步，他不想在没有盟国支持的情况下，把美国卷进一场不值得的战争中去。
约翰·肯尼迪一直没有得到关于导弹的确切消息。到10月初，他听到了蜜月旅行后回到首都的中央情报局局长约翰·麦科恩的意见，约翰·麦科恩得悉一个月以来没有对古巴西部进行空中侦察，原因是在那里发现可能有萨姆导弹设施。谁也不愿冒险让萨姆导弹再打下一架U—2飞机，麦科恩对约翰·肯尼迪说，这个险非冒不可。10月9日，约翰·肯尼迪总统批准了U—2高空侦察机对古巴岛进行一次侦察，尤其注意西端，因为有情报表明在那个地区可能已有一个中程弹道导弹发射场。
由于目标地区上空有云，也为训练新的U—2飞机的驾驶员，耽误了几天，10月14日清晨晴空万里，U—2飞机从南向北飞过了古巴西部的高空。当晚，在五角大楼的分析中心，熟练的专家们对经过处理的一长卷胶片进行了审查分析，同早些时候拍的照片进行了比较，到星期一下午，照片上所看到的证明了传说中的导弹确实是存在的。圣克里斯托瓦尔附近已修起了一片梯形场地，而这种场地到当时为止，还只是在U—2飞机拍摄的苏联照片中看到过。场地的四周都有萨姆导弹发射场，保卫着一座发射台。照片中看不到弹道导弹，但分析人员都能认出有导弹转运、装配和发射装置。
10月16日上午9点左右，邦迪在收到中央情报局高级官员的一份详细情况汇报后，就去告诉了约翰·肯尼迪发生的事情，肯尼迪对赫鲁晓夫的花招非常恼怒，并立刻意识到问题的严重性。他内心震惊无比，但脸上流露出的只是稍感意外的表情。他实在没料到苏联人企图在古巴这样一个地方采取如此轻率和冒险的行动，而他的态度似乎太乐观了。接连几个星期，他一直对难民们散播的狂热的传说持怀疑态度。
事实胜于雄辩，约翰·肯尼迪要邦迪在当天上午安排两次提供证据的会议。随后他开始准备对古巴出现进攻性导弹所作反应的公开声明。在他准备这些材料时，他其实并不太相信有必要根据声明采取行动。但在11点45分政府主要成员召开的会议上，技术专家送来的报告表明，再过十来天，圣克里斯托瓦尔发射场便可使用，当这一工程完成后，美国在遭到袭击时的报警将从一刻钟缩短到两三分钟。中央情报局副局长卡特告诉肯尼迪，苏联的中近程弹道导弹能击中1100海里以外的目标，华盛顿、达拉斯、卡纳维拉尔角、圣路易以及这些地方之间的所有城市和战略空军司令部所属的基地都在其射程之内。事情发展到了难以置信的地步。与会的人普遍认为，美国作出任何反应都可能让局势恶化，但比听任赫鲁晓夫干下去好一点。
约翰·肯尼迪心情忧郁，但态度开始干脆，他第一个指示是大大增加U－2飞机的侦视，拍摄出更多的照片。约翰·肯尼迪现在可以提供出充分证据使美洲国家组织、盟国不再认为他对古巴是敏感、多疑的了，还需要更多的照片来确定事实，空军奉命每天对古巴全境侦察拍照。
约翰·肯尼迪的第二个指示是要求与会的成员迅速而细致的通盘考虑一下面临的种种危险和一切可采取的行动。这刻不容缓。这次会议和接下来的几个会议上，得出了几种方案的雏形。有人说，在导弹综合发射场可供使用之前就毁掉它，比如通过空中打击的方式，有人提到派遣美洲国家组织检查小组或者直接同卡斯特罗接触的可能性，还有人谈到，除发出警告和加强监视外，最好是海军封锁，这样不至于有太大伤亡。会议没有得出结论，但大多数人在此时却偏向空袭这个方案，约翰·肯尼迪一言不发，他觉得这个方案可能会导致对古巴的入侵，并最终引发一场战争。他需要考虑考虑。
约翰·肯尼迪的第三个指示是在事实真相和美国的反应能够公之于众之前，每个人都要严守秘密。他强调过早的泄密会使苏联加快行动，或者引起美国公众的惊慌。
本着这个宗旨，约翰·肯尼迪在开完会以后，仍按原计划前往康涅狄格州为民主党候选人竞选，直到午夜才返回华盛顿。
危机的第一天过去了。以后会发生些什么，约翰·肯尼迪不愿去设想。
10月17日，危机第二天，整个白天和大半个晚上，约翰·肯尼迪和他的政府主要成员都在开会。U—2飞机获得的新证据令人不寒而栗。苏联技术专家昼夜不停地工作。从照片上已看到导弹。在一周之内，16个，也许是32个导弹发射场就可供发射使用。除了有确凿证据表明，圣克里斯托瓦尔确有中程导弹发射场外，还发现在圣克里斯托瓦尔和哈瓦那之间的瓜纳哈伊地区以及古巴东部的雷梅迪奥斯，设有射程2200百英里的远中程导弹发射场。远中程武器的准备工作将于12月1日完成，这就是军界所说的“第一次打击”武器。据估计，苏联用这些武器可以向美国本土的目标一次集中发射40枚核弹头。
10月17日的会议集中讨论了两个问题。第一个问题是苏联人为什么采取这样激烈的、危险的、一反常态的做法，下一步他们打算干什么？
与会的人提出了几种答案。第一种是冷战策略的一步。赫鲁晓夫一向认为美国人胆小，一旦实际面对导弹，除了抗议，不会采取进一步行动。美国因此将在全世界面前显得软弱和优柔寡断。这是对美国抵抗意志的一次试验和考验。如果赫鲁晓夫这一着成功的话，他就能从古巴用导弹扼住美国的咽喉，在西柏林问题上将立足于比以前更重要的地位，赫鲁晓夫在核武器上花了大量的金钱和力气之后，虽然并不是真的希望在战争中使用它，但至少他想试一试，用它来达到讹诈的目的。
第二种人认为古巴导弹是一个转移注意力的圈套。假设美国真的有反应，比如说进攻古巴，那么联合国会感到震惊，拉丁美洲国家的反美情绪会很激烈。一旦美国将精力转移到这方面，赫鲁晓夫就迅速进入西柏林。
第三种人觉得古巴导弹就是为了保卫古巴，古巴是苏联在西半球的惟一卫星国，这对赫鲁晓夫非常有价值。
第四种答案是苏联借这次机会与美国讨价还价地交易。赫鲁晓夫很了解古巴问题在美国国内政治中所起的异常敏感的作用，他期待用这些导弹基地在一次最高会议上或者联合国中能作为同约翰·肯尼迪交锋时讨价还价的筹码，以这些导弹基地换取他所需要的那种柏林协定，或者让美国撤退其海外基地。
第五种答案是苏联人为了显示导弹实力。苏联人如果要发展州际弹道导弹来威胁美国，费用昂贵。如果在古巴设置基地，部署现有的中近程弹道导弹和中远程弹道导弹，苏联就能够迅速地、相当廉价地大大增加以美国为目标的导弹总数。这些导弹能够越过美国大多数导弹警报系统，在发射和到达目标这段时间里实际上让美国不能发出战术警报。
约翰·肯尼迪自己分析以后，认为第三种和第五种分析很有可能，但理由也不很充分。只有第一种分析最有可能。不管哪种分析是正确的，有一点很清楚，如果苏联的行动得逞的话，那么正如总统在后来所说的，它都会在整个冷战中“从物质方面和政治方面改变力量的均势”。
约翰·肯尼迪也并不是自始至终泡在会场里，保密工作要求他维持正常的日程并履行其他的职责。然而无论身处何地，肯尼迪的外表看起来如何乐观镇定，他的内心总是忧郁、焦虑的，采取什么样的行动仍然没有确定，可赫鲁晓夫的导弹也许不会等着他。
10月18日星期四，危机的第三天。空中摄影和照片审查分析人员们的辛勤工作表明，在古巴的苏联导弹是对着一批特定的美国城市的，几分钟之内可以使800万美国人丧命。据情报委员会在上午11点钟会议提出的最新报告，第一批导弹在18个小时之内就能做好发射准备，约翰·肯尼迪显然很紧张，不过他并不慌张，他对与会者说：“这个星期我得对得起我那薪水。”
约翰·肯尼迪这天接见了苏联外交部部长安德烈·葛罗米柯。他们谈了两个多小时，约翰·肯尼迪总在努力把话题扯向导弹的事，可葛罗米柯不搭腔，约翰·肯尼迪知道他绝不可能从这次谈话中得到一点有用的东西，就什么也不说了。
不过这天也有较大的进展，原先很少有人支持的“封锁”计划在这天得到了比较广泛的支持。听起来，“封锁”和导弹问题几乎无关，它既不能把导弹赶跑，也不能使别国觉得这种方式是正义的，公海上的自由是不容侵犯的。而且封锁也并不比空袭的方式好太多：它也有可能导致更为严重的军事行动，而且时间旷日持久，让人备受煎熬。
可“封锁”计划毫无疑问是最有限、最低调也最为保险的军事行动了。它给赫鲁晓夫提供一种选择，只要他的船避开，就可以避免一切直接军事对抗，至少，它可以在不打一枪或不杀伤一名苏联公民和古巴公民的情况下就实行起来，引起直接的军事报复的可能性有可是不大。即使真的在加勒比海上交锋，对美国来说，也是力度最大的。
而且因为封锁是有限的、低水平的，恰好可以使美国更有节制地，随着形势需要逐步升级，它可以作为向赫鲁晓夫发出的一种明白无误但又不是突然或屈辱性的警告，让他知道美国的行动的初级目标和终极目标。封锁避免了直接入侵古巴，可以使美洲国家和美国的盟国不反感，甚至可能赞赏美国的度量，这会给以后可能采取的行动铺平舆论道路。
当约翰·肯尼迪了解到多数人的意见统一于封锁时，他指示曾经是国际法教授的司法部副部长卡曾巴赫为封锁古巴寻找法律上的根据。
由于保密的盖子仍然盖得严实，约翰·肯尼迪在10月19日，危机的第五天，又一次按照原来的约定离开华盛顿前去芝加哥帮助民主党人竞选。在华盛顿，封锁的准备工作在匆匆进行着，参谋长联席会议命令大西洋司令部和加勒比海司令部于下午1点20分进入戒备状态。五角大楼宣布，国防部长麦克纳马拉已要求三军参谋长在华盛顿暂留六个星期，以便商谈“编制预算问题”。卡曾巴赫报告说，照他看来，在当前的情况下，单方面进行封锁在法律上是说得过去的。约翰·肯尼迪得到卡曾巴赫的报告后决定，在下周一傍晚通过电视向美国人报告情况，这已是最早的安排，因为事先还要采取一些必要的措施。
执委会的会议开了一天一夜，具体计划的大致轮廓初步形成。最重要的进展是决定要求美洲国家组织对封锁表示赞同，为此，必须在有投票权的20个美洲共和国之中，获得三分之二的多数票。做到这一点很重要，封锁计划因此更具合法性。贝尔电话公司经理得到美国新闻署长副手唐·威尔逊的通知，让他的西班牙语广播电台随时准备广播危机的事实，但暂时不要告诉电台什么。
10月20日星期六，约翰·肯厄迪仍在芝加哥，司法部长罗伯特·肯尼迪往芝加哥谢拉顿·黑石饭店给总统打电话，告诉他执委会已经准备好了行动计划。约翰·肯尼迪把新闻秘书塞林格叫到总统专用套房去，递给他一张纸条：“轻微上呼吸道感染，体温上升一度。天气恶劣多雨。建议返回华盛顿。”芝加哥时间9点35分，塞林格向报界宣布了这个消息。在空军一号座机里，他问肯尼迪，“总统先生，您的身体并没有什么问题吧？”肯尼迪回答说，“要是你一无所闻，那算你运气。”
总统座机在东部标准时间1点37分抵达安德鲁机场。执委会会议从下午2点半开始，最后，约翰·肯尼迪同意封锁。美国战术空军指挥部的司令官告诉他说，大规模空中偷袭也未必能够消灭古巴的全部导弹发射场和核武器，这使他对封锁的决定不再有丝毫犹豫。
前美国副总统艾德莱·史蒂文森这天来到华盛顿，提出一个办法，他建议约翰·肯尼迪告诉苏联人，如果他们从古巴撤除导弹，美国也把设在土耳其的导弹撤掉，并放弃美国在关塔那摩湾的海军基地。普遍地反应是强烈反对，约翰·肯瓦迪也觉得这未免过于姑息对手。
其他方面都进展顺利。星期一下午7点约翰·肯尼迪总统发表演说前应做的事都详密周致地安排妥当了：向美国驻外使馆发出指示，向国会领袖介绍情况。美洲国家组织会议也在准备之中。为了做好细节安排和整理法律依据，越来越多的政府官员参与了问题的讨论，即将发生某种重大事件的消息开始泄露出去。许许多多原定的旅行取消了。许许多多意想不到的地方灯火通明，许许多多应邀赴宴的高级官员要么中途托辞退席，要么压根不露面。《纽约时报》的詹姆斯·赖斯顿和《华盛顿邮报》的执行编辑艾尔弗雷德·弗兰德利差不多掌握了大部分的事实。约翰·肯尼迪对此感到不安，他亲自打电话给他们二人，请求他们在星期二以前，不要把他们所知道的发表出去。
海军在加勒比海上部署了180艘舰艇。B—52轰炸机部队受命满载原子武器在空中飞行，一架飞机着陆后，它在空中的岗位立即由另一架接替。深夜，第一装甲师从得克萨斯开拔，前往佐治亚的港口准备上船。另外五个装甲师也处于戒备状态。这一切都被解释成早就安排好的加勒比海的海军演习。
10月21日星期日，在国务院，致各国政府首脑和西柏林市长维利·勃兰特的43封公函已经写好，等待约翰·肯尼迪的签名，约翰·肯尼迪正在给赫鲁晓夫写信，这封信将连同他的演说稿副本一道送去。美国驻外使馆都已得到通知，要准备应付示威游行和暴力行动。第二天下午6点钟，在约翰·肯尼迪发表演说前一小时，美国驻各国大使将会收到说明情况的电报。
10月22日星期一中午，塞林格宣布，约翰·肯尼迪总统将在下午7点作电视演说，内容关系美国目前最为紧迫的问题。
事情都很顺利，演说稿已修订好，高空拍摄的照片也提供给外国了，在土耳其和意大利基地上守卫核武器的美国人员奉命进入特别戒备，除非得到总统命令，不准发射这类武器。46个盟国使节、拉美各国驻美大使以及新兴国家的外交使节在听取情况介绍后，没有发生反对的情形，戴高乐总统知道一切后说，这正是他会采取的措施。艾德莱·史蒂文森向联合国提出申请，要求召开安理会特别会议，来处理“由于在古巴秘密设置了能够向北美和南美大部分地区发射热核弹头”的导弹，给世界和平与安全带来的严重威胁。
20位国会领袖接到通知，总统下午5点要会见他们，凡来不及搭民航机前来的，都由军用飞机，有的还使用了喷气式战斗机接来。对约翰·肯尼迪来说，这不仅是这天让他最不愉快的一件事，也是危机出现以来他面临最棘手的时刻。国会领袖知道事实后，无一不斥责封锁的办法过于软弱，强烈要求入侵古巴。可约翰·肯尼迪说，无论如何，入侵不能立即开始，最好的办法是同赫鲁晓夫磨。
国会领袖们不想听约翰·肯尼迪温文尔雅的解释，约翰·肯尼迪也没有更多的精力和时间向他们解释，他7点钟还要做电视演说，那是至关重要的。
约翰·肯尼迪在表明他坚定不移的决心之后，怒气冲冲地回到住宅去更换衣服。他对同去的索伦森嘟哝着说：“假如他们想干我这个差使，让他们干好了。对我来说，这差使并不是什么愉快的事”。
但到了去演说前，约翰·肯尼迪已经平静下来，他最初听到古巴导弹的消息时，反应不是也很激烈吗？
7点钟演说准时开始。所有的电台和西班牙语广播网同时播出：
“同胞们，晚安。政府遵守自己的诺言，一直对苏联在古巴岛上的军事集结情况保持着极为严密的监视。在过去的一周里，已有确凿无疑的证据表明在那个被禁锢的岛上，正在修建一系列进攻性的导弹发射场。设置这种基地的目的不可能是别的，只能是提供向西半球进攻的核打击能力。……
由于引入这些能够突然进行大规模毁灭的大型的、远射程的和显然是进攻性的武器，古巴就急剧地变成了一个重要的战略基地，这构成对整个南北美洲的和平与安全的明显威胁。……
多年以来，苏联和美国双方都极其小心地部署战略核武器，从未打乱确保在没有重大挑战下绝不使用这些武器的不稳现状。我们自己的战略导弹从未利用秘密和欺骗的手段运往任何其他国家的境内。……美国公民已经适应于苏联境内或潜艇上所设置的苏联导弹瞄准下过日常生活。……
但是共产党人在一个众所周知的同美国和本半球国家有特殊历史关系的地区，违反苏联的保证，无视美国的政策和本半球的政策，秘密、迅速和一反常态地设置导弹的做法，突然地、秘密地将战略武器第一次设置在苏联领土以外，是对现状做出蓄意挑衅和毫无理由的改变。……
“我们不会过早地或不必要地冒全球性核战争的风险。在核战争中，甚至胜利的果实也是到嘴的灰烬，然而，到了必须面对这种风险的时候，我们绝不畏缩。”
约翰·肯尼迪引述了俄国人的一再许诺，说如今看来显然是蓄意欺骗，并郑重警告赫鲁晓夫：从古巴发射的任何导弹都将被认为是苏联对美国的袭击，必将招致美国对苏联的全面报复，企图闯越封锁线的任何船只，都将被美国海军击沉。
演说完毕后，约翰·肯尼迪收到国防部部长麦克纳马拉写的一份机密报告，详细开列了为进一步采取军事行动所准备的力量：足够向古巴目标发动2000架次攻击的军用飞机，由90000名海军陆战队和伞兵组成的入侵队伍，以及25万名增援部队，假如真的入侵古巴，美国伤亡人数估计有25000名。
约翰·肯尼迪还收到五角大楼的一份报告，说俄国人和古巴人莫名其妙地把他们的飞机一字摆开停放在机场上，像21年前在珍珠港的美国飞机一样等着被击毁。肯尼迪让空军上将泰勒派U－2飞机去佛罗里达美国空军基地进行高空摄影，说：“如果咱们的飞机也这么着，那倒有趣了”。果然，美国人的飞机也那样摆着，空军部迅速让飞机疏散开来。约翰·肯尼迪认为这个插曲很有意思，专门打电话告诉了弟弟罗伯特。
演说让有些美国人惊慌失措，有人企图离开美国，躲到别的安全之处，有人在忙着收拾他们的放射性尘埃防空洞。10月23日股票市场开始下跌。
可演说让赫鲁晓夫暂时停手了。莫斯科足足13个钟头毫无反应，然后，美国驻苏大使接到一份照令，指责美国的“海盗行为”，并否认设在古巴的导弹意在用于军事目的。苏联没有轰炸中东的美军基地，也没有封锁柏林，或是采取封闭达达尼尔海峡的行动。苏联的战略不管原进攻意图如何，都被约翰·肯尼迪的警告制止了。密苏联人调兵遣将的时间不多了，约翰·肯尼迪已经签署了封锁公告，明晨即将生效。公告上，被列入禁止通过的项目中包括进攻性导弹、轰炸机及其核弹头和电子装置。美海军已在加勒比海上跟踪俄国潜艇了。驶往古巴的25艘苏联商船并没有改变航线，这些商船正在接收着发自苏联的特大数量的密码电报。
美洲国家组织会议上午9点钟开始举行，下午5点，会议以18票对零票，一票弃权通过了支持隔离封锁行动的议案。几乎是同时，美国驻牙买加、特立尼达、几内亚和塞内加尔的大使们报告说，他们阻止苏联弹头空运进入古巴的努力已获成功；他们驻在国的政府都同意不准许苏联集团的飞机在飞往古巴的途中过境着陆。联合国也传来好消息，在安理会11个国家中，美国获七国支持。
全是些令人鼓舞的消息，约翰·肯尼迪把隔离截击线由800英里缩短为500英里，希望苏联因为这种表示友好的趋向而尽快解决问题。可麦克纳马拉从五角大楼打电话给他，U－2飞机新拍摄的照片表明，古巴的发射场修建工程仍在继续进行。
约翰·肯尼迪开始紧张起来。他讲话快起来，总是紧皱眉头。有人拍来一封电报，说他的行动是孤注一掷，找不到任何理由。一切看起来是疯狂行动。约翰·肯尼迪回电说“你应该更多地注意强盗，不应专注意抓强盗的人。”
10月24日，已是危机的第九天，上午10点，封锁线已展开。一支以“特遣—136”为番号的舰队从星期一下午就以每小时27海里全速前进，以便把由大西洋通往古巴的五条航道全部封锁起来。现在它们已分别到达各自岗位，在距古巴东端500英里的一条巨大的弧线上摆开。位于纠察线前哨的是13艘驱逐舰，然后是两艘巡洋舰，每艘侧翼各另有两艘巡洋舰，总共19艘。
但25艘苏联商船仍然朝着隔离线的方向驶来，其中两艘——“加加林”号和“科米尔斯”号，距纠察线只差几英里了。大约有六艘苏联潜艇与商船会合到了一起。在华盛顿，执委会等待着第一次阻截的发生。
由辅助U—2飞机对古巴进行特殊低空侦察的飞机所拍回的照片表明，地面上的工程仍继续在加速进行。八至十个导弹基地设在圣克里斯托瓦尔、雷梅迪奥斯、瓜纳哈依和大萨瓜这几个城市附近。每个基地约有四个发射架，在古巴，至少有30枚装有核弹头的导弹，还有20架以上尚未拆箱的、能够向美国或拉丁美洲城市投掷核弹的伊柳辛——28轻型喷气轰炸机。在新拍摄的照片上，可以清楚地看到发射台、导弹以及核弹仓库掩体。几天之内，就有几座发射台可以用来作战了。
在联合国，吴丹秘书长给肯尼迪和赫鲁晓夫发出内容相同的信，敦促双方在两三个星期内停止封锁和运送武器。在苏联同意拆除并迁走导弹基地之前，肯尼迪拒绝谈判。
第一线希望出现在上午10点32分，执委会会议开到一半时，20条苏联货船在海上停了下来，其中的六条，然后是12条，掉头了。约翰·肯尼迪感到松了口气，他几乎准备下令阻截了。
10月25日星期四8点钟，在美国宣布隔离封锁后的22个小时，美海军在海面上第一次拦截住一艘苏联商船——“布加勒斯特”号油轮。通过无线电说明自己的名称标志，声明船上所载全部均是石油之后，该船获准通过美国军舰的封锁线继续前进。8点35分，东德的客轮“人民之友”号载着20名学生开来，也获放行。约翰·肯尼迪训令一定要给各船船长充裕的时间向莫斯科请示。
可局势依然是险恶的。在古巴、导弹发射场的修建工程仍以异乎寻常的速度继续进行着，伊柳辛—28型轰炸机正在拆箱、组装，苏联人的意图还不清楚，封锁也还没有受到真正的考验。约翰·肯尼迪继续施加压力。对一切妥协性的建议，他都回答说，导弹和轰炸机必须拆除，否则说什么也不成。
10月26日星期五，早上7点钟，美国驱逐舰“小约瑟·肯尼迪”号在东北方约180英里的公海上跟“马卢克拉”号货船通话。这是条苏联租用、美国建造的巴拿马货船。“肯尼迪”号发出国际信号“奥斯卡11月”，意思是让它停车，“马卢克拉”号的苏联船长照办了。海军得到约翰·肯尼迪批准后，派由美国水兵组成的一个武装检查组上船对“马卢克拉”号进行了搜查。没有发现违禁品，仅仅是卡车和卡车部件，这条船马上被放行。尽管这条船只是苏联租用的非集团国家的，可这次搜查仍旧给人希望和信心，至少它表明莫斯科已指示苏联船长接受检查。
当然，并非转危为安了。在古巴，苏联人仍在拼命地干着，几小时之内，第一批导弹将做好发射准备，美国国务院一位发言人警告说，这一情况如果继续下去，约翰·肯尼迪总统就有理由采取进一步行动。苏联驻美大使多勃雷宁接到通知说，总统的克制最多不超过48小时。新闻界在推测事情的发展过程，许多报纸的大标题干脆说，一场入侵或空中打击远在天边，近在眼前。约翰·肯尼迪第一次发脾气了，他一直在避免公众对他施加压力，可这些可恶的报纸什么都不顾了。
危机的第一次真正突破是下午1点钟。事情的发展完全出乎意料。美国广播公司负责采访国务院的电视评论员约翰·斯卡利接到苏联大使馆的一个熟人打来电话，那人叫亚历山大·福明，是大使馆参赞。福明十分激动地说，“事情非常重要，请在10分钟之内，到西方饭店里碰头”。斯卡利很忙，也很吃惊，但他去了，在宾夕法尼亚大街的西方饭店里，福明说他想知道美国是否愿意考虑就三项条款达成协议：在联合国监督下从古巴撤除导弹；让卡斯特罗做出保证，以后不再接受进攻性武器；美国保证不侵略古巴。斯卡利说他去了解一下。7点35分，俩人又在斯塔特勒·希尔顿饭店碰头，斯卡利已经同腊斯克谈过，他告诉福明，美国政府对提议颇感兴趣。福明匆匆忙忙走了。
下午6点，赫鲁晓夫一封感情激动的长信通过美国驻莫斯科大使馆与美国国务院之间的专线电传打字机开始传送过来，苏联总理第一次承认古巴有苏联导弹。他建议不再向古巴运送武器，只要肯尼迪答应不进攻古巴，可以把古巴境内的导弹撤走。这与福明所提的条件差不多。晚上10点，执委会开会考虑这些条件。十天以来，约翰·肯尼迪在就寝时第一次感到大概可以找到一个和平解决的办法了。约翰·肯尼迪绝没有想到他一觉醒来，危机就到了巅峰。
执委会通宵达旦的会议还未结束，致赫鲁晓夫的回信草拟未毕，莫斯科广播电台就广播了赫鲁晓夫致肯尼迪的第二封信。这是一封公开信，全然没有提到前一封信。在美国政府看来，这封信是无法接受的。作为撤除导弹的条件，他要求撤除北约组织在土耳其的导弹基地。执委会早先已经考虑过提出这种交换的可能性，决定予以拒绝，尽管在土耳其的丘比特导弹如今已没有什么军事价值，但政治价值不允许这种交换成立。一旦交换，土耳其人将认为美国放弃保护他们的义务，从而使西方联盟发生动摇。
这第二封信不仅在内容上与第一封信大不相同，文风也不似赫鲁晓夫，赫鲁晓夫的第一封私信长篇大论，漫无边际，充满诡辩色彩，而这封信则像是一个委员会集体起草的，严厉郑重。联邦调查局报告说，驻纽约的苏联外交官正在准备销毁文件。通向理智的桥梁看来已濒于崩塌。许多坏消息接踵而来，据报告，一艘新的苏联船只正在驶进隔离封锁区。新拍的照片显示，没有迹象表明导弹发射场的工程已停下来，恰恰相反，永久性的，耗资巨大的核弹头贮存库和兵营的兴建工作正在迅速地进行。最坏的消息是一名美国U—2飞机驾驶员在古巴上空被击毙，这说明导弹发射场的萨姆导弹基地已经投入使用，下一步就该发射导弹了。
早些时候，执委会曾讨论过，如果有架美国非武装飞机在执行一项监视任务时被击落的话，美国将会对苏联的萨姆导弹发射场进行一次报复性打击。如果袭击继续发生，则把它们全部毁灭掉。当时，约翰·肯尼迪不肯授予空军全权去执行这种决定，现在，执行这种政策的时候到了，三军参谋长和执委会其他人都认为星期一发动空袭，紧接着进攻古巴，舍此别无他途，可约翰·肯尼迪还是不愿意授权，他希望再等一天，等待更多的关于美国飞机遭遇的情况，等待赫鲁晓夫的最后谈判立场。他说：“我所关心的不是这一步……而是双方相续升到第四步、第五步的时候——我怕那会儿我已不能升到第六步，因为已经没人去干了。我们应该提醒自己，我们正走上一条极其危险的道路。”为了不引起新的争端，约翰·肯尼迪取消了当晚进行的用照明弹的飞行，因为照明弹有可能会被误认为飞机的空对地炮火。但他也不是无动于衷，他批准了一项通告，要采取一切必要措施以保证侦察任务的有效进行，批准战斗机护航，并下令战斗机应该对米格机的任何进攻都予以回击。
双方都做好了战斗准备。美国的常规部队和核部队已在世界各地处于戒备状态。约翰·肯尼迪后来回忆说，10月27日这天，核战争的爆发比以往任何时候离人类都近，如果苏联船只继续开来，如果萨姆导弹继续发射，如果操纵导弹的士兵们继续工作，以及如果赫鲁晓夫继续坚持交换，逼他让步的话，他也只能选择战争了。
在最坏的结果未出现之前，约翰·肯尼迪不想放弃努力。他决定把赫鲁晓夫的第二封信看作是宣传，只就第一封信作答。按照这个办法，执委会成员分别起草了几种信稿，可罗伯特·肯尼迪都不满意，约翰·肯尼迪便让他和索伦森去起草那封信。他自己给联合国秘书长吴丹写了一封私信，强调危险已迅速临近，请他急速查明，苏联是否愿意马上停止在古巴的那些基地工程，并在联合国的核实下，使这些武器处于不能用的状态，以便可以讨论各种解决方案。
给赫鲁晓夫的信仅限于回答他第一封信中提到的建议，没有理睬土耳其基地问题。约翰·肯尼迪批准了这封信，着眼于速度和心理影响，这封信在发往莫斯科不久，就向全世界公布了。信中说他已接受了苏联的条件，然后约翰·肯尼迪要司法部长打电话给苏联驻华盛顿大使多勃雷宁，请他到司法部，给他看了这封信的副本，同时带给多勃雷宁一个口信，时间不多了，只有几个钟头了，总统必须在第二天得到答复，美国可以朝着和平裁军的方向走去，但也可以采取强硬、势不可挡的报复行动。约翰·肯尼迪相信这个口信会传到克里姆林宫去。
10月28日，一个阳光灿烂的日子。上午9点，莫斯科电台宣布，9点整将广播重要声明。要么是和平，要么是战争，这将是最后的界限。如果赫鲁晓夫拒绝了约翰·肯尼迪的条件，美国将发动进攻。
苏联广播员开始宣读赫鲁晓夫的答复。关键在第三段：
“为了尽快消除危害和平事业的冲突……苏联政府……已发出一道新的命令，撤除你们所谓进攻性的武器，把它们装箱运回苏联。”
消息是确实的。约翰·肯尼迪感到非常满意，他告诉三军参谋长，不要让特遣136舰队显示威力了。但他也是有所保留的，他知道赫鲁晓夫的这次退让必然是极其困难的，卡斯特罗也会阻挠导弹的撤出，苏联人没有和他商量，他宣称被出卖了，拒绝合作。约翰·肯尼迪告诫他的官员切不可声称美国取得了胜利。他给苏联领导人写了一封信，结尾是：
“我认为我们应该优先考虑有关地面和外层空间核武器的扩散问题，并为争取禁止核试验做出巨大的努力。”
古巴曾是约翰·肯尼迪失败的地点，而这次成为他成功的地点。正是第一次古巴危机的严酷教训让他用稳健地来处理第二次危机，他以一种精心斟酌过的防御、外交和对话相结合的手段赢得了一场个人和国家的竞赛的胜利。约翰·肯尼迪在《勇者之像》这本书的序言中有一段话，可能是对他一生中这13天生活的最好评价：“他可能活得很久，他也可能干上很多事，但这次是顶峰，他绝不能超过今天他所做的事情了。”
