1754年，42岁的卢梭身体和精神都很疲惫，他由戴莱丝照料，与朋友果弗古尔包一辆马车一同前往日内瓦，6月1日启程。路上这个朋友趁卢梭下车散步之机对戴莱丝有些不规矩行为，所以他们到里昂就分手了。经过萨瓦，那里离妈妈住处很近，卢梭和戴莱丝一起去探望她。见妈妈生活潦倒，境况很惨，卢梭心里非常难过。以前他曾去信邀请她和他们一起生活，但她不肯放弃年金，一直没有答应。其实她的年金自己根本享受不着。尽管妈妈身陷贫困，仍不改心地善良，见到戴莱丝后就把仅剩下的一个小戒指，从自己手上脱下来戴到戴莱丝手上，戴莱丝立即又摘下来戴到她的手上，并且满含热泪吻着夫人的手。卢梭不能和妈妈同甘共苦，内心感到深深的刺痛。
到了日内瓦。对于这个生他并养育他的充满共和主义激情的城市，他总有一种特殊的感情。虽然他因另奉了一种宗教，在这里失去了公民权，但故乡的人们早已知道他在巴黎出了名，所以受到居民们的热烈欢迎，日内瓦的各界人士还盛情接待了他。卢梭因此深感惭愧，决心重奉他祖先的宗教，做新教徒。通过宣读改宗声明，卢梭又被纳入了教团，恢复了日内瓦的公民权。
在日内瓦他的境遇很好，和在巴黎形成鲜明的对比。官员、牧师和公民们对他处处表示出诚挚的态度，使他内心十分感激，便决定要回巴黎安置一下戴莱丝的父母，就带着戴莱丝回到日内瓦来安度余生。
卢梭在日内瓦又结识了许多朋友，还和几个朋友一起作了一次环湖的7日游览。那些日子天气特别好，湖边的景色引起他不住地赞叹，留下了强烈的印象。几年之后，他在《新爱洛伊丝》里把这些景色描写了下来。他喜欢独自到湖边散步，这也是他最能思考的时候。在这里，他构思好了《政治制度论》一书的纲要，还想好了一部《瓦莱地方志》和一出散文悲剧的大纲。
卢梭在日内瓦住了4个月后回到巴黎，准备第二年开春再回日内瓦，所以他就在冬天又恢复了原来的工作和生活习惯。一天，他和埃皮奈夫人一起散步，顺便去看看她家在郊外的一处修房工程。他们来到了蒙莫朗西森林附近，那里有一片美丽的菜园和一所别致的小房子，名之为“退隐庐”。如此幽静可爱的地方，卢梭去日内瓦前曾来过，并因一时兴奋冒出过这样一句话：
“啊！夫人，多么美妙的住所啊！这才是为我天造地设的一个退隐地点呢。”经过重修，卢梭惊讶地看到，旧房子没有了，换了一所几乎全新的小住宅，房间安排得很好，正合三口之家居住。埃皮奈夫人见他如此惊讶，便告诉他这就是为他造的，准备送给他。并希望这份友谊能使他放弃离开这里去日内瓦的念头。卢梭听后深受感动，他吻着埃皮奈夫人的手，泪水夺眶而出，回日内瓦的念头就此动摇。后经埃皮奈夫人和其他亲友的再三挽留，卢梭终于改变了初衷，放弃返回日内瓦的计划，决定住进退隐庐。
其实，促使卢梭改变初衷的还有另外的原因。其一是《论人类不平等的起源和基础》一书的献词，卢梭本以最纯净的爱国热忱把自己的作品献给共和国的，想不到他的献词却在国民议会和日内瓦市民中招来敌意和嫉妒者，使他那颗赤诚的心变冷；其二也是因对同书的意见分歧和他友谊关系已经破裂的伏尔泰已去日内瓦附近定居，如果他也到那里定居，免不了还有唇枪舌战，仍是巴黎的那种气氛。当然最主要的还是退隐庐的魅力。
等不及明媚春季的来临，卢梭就搬进了退稳庐。这时候，总爱跟卢梭过不去的一伙人公开预言说，卢梭守不了3个月的寂寞，就会乖乖地回到巴黎。
实际上他们对卢梭一点儿也不了解，他在巴黎虽然生活了15年，总有如鱼失水的感觉，从未忘记在沙尔麦特的甜蜜生活。卢梭感到自己生来就是为了退隐和乡居的，不可能在别的地方生活幸福。他在威尼斯外交使节的高位之上，在巴黎上流社会的漩涡之中，甚至在晚宴的口腹享受和剧院夺目光彩之中，都没有使他迷恋过，只要想起丛林清溪，幽静的散步，就使他神往，并引起他的嗟叹和憧憬。而现在他能够过上这样幸福无穷的乡间逍遥生活，他深感庆幸，把别人的嘲笑只当作耳旁风。他现在虽不富裕，但才干和名气，加之生活俭朴，所以不用为生活费用发愁。他可以继续抄乐谱，《乡村卜师》和其他作品收入还剩下2000法郎，他正在写的几部作品可望再补充一些收入。卢梭觉得可以按照个人的志趣选定的方式过幸福而持久的生活了。
按照当时的情况，卢梭完全可以变得更富有，只要他稍微愿意把作家的手腕和出好书的努力结合起来，他的作品就可以为他牟取丰厚的利益，甚至可以生活得很豪华。但是，他觉得为面包而写作，不久就会窒息他的天才，毁灭他的才华。他的才华不是在笔上，而是在心里，完全是由一种超逸而豪迈的思维方式产生出来的。他认为，当一个人只为维持生计而运思的时候，他的思想就难以高尚。为了能够和敢于说出伟大的真理，就绝不能屈从于对成功的追求。
来到新居，他发现小屋的布置和陈设都很简单，但干干净净，还很雅致，独具匠心的陈设在他眼里具有不可估量的价值，他感到乐趣无穷。
1756年4月9日，他正式移居退隐庐的第一天。这天天气还冷，不过紫罗兰和迎春花已经开了，树木的苞芽也开始微绽。当天晚上，他就从毗连住宅的一片林子里听到了夜莺的歌唱，他情不自禁地叫道：“我全部的心愿终于实现了！”他急于欣赏周围乡村的景色，房间都顾不上布置就出去散步。他越观察这媚人的幽境，就越觉得这一切都是为他而设的。这地方僻静而不荒野，使他恍如遁迹天涯，当置身其中时，难以相信它距巴黎只有几里之隔。
他的心几天之后才平静下来。上午抄乐谱，下午带着笔和小本出去散步，出门不远的蒙莫朗西森林成了他的书房，在那里继续构思几本已经开了头的作品。
其中有他构思时间最长、最感兴趣的《政治制度论》。十几年前在威尼斯的时候他就想写这部书了。当时他看到被人夸耀的政府也有那么多毛病，通过对伦理学历史的研究，发现一切都从根本上与政治相联系；不管你怎样做，任何一国的人民都只是他的政府的性质将他们造成的那样。因此他想，什么是最好的政府？什么样的政府性质能造就出最有道德、最开明、最聪慧，总之是最好的人民？由此又产生出另一个问题：哪种政府在性质上最接近于法？进而什么是法及一连串同样重要的问题，都出现在他脑子里。卢梭感到，探讨这样一些问题，正在把他引导到伟大的真理上去，而这样的真理有利于自己的祖国和全人类的幸福。卢梭在这一时期完成的《社会契约论》，就是他计划写作的《政治制度论》的一部分。他写这部作品已经好几年了，一直在悄悄地进行。他不想把这个计划告诉任何人，连当时和他关系很好的狄德罗也不知道。他认为这个计划就他写书的时代和国度来说是极其大胆的，别人知道了会惊慌，而这惊慌无疑会影响他的写作，所以只能悄悄地进行。他觉得，他以日内瓦公民的资格生活在法兰西，是十分有利于放胆说出真理的，而在他业已完成的《社会契约论》里，他就是这样做的。
他的另一项工作，就是摘选圣皮埃尔神父的遗著，将其编纂成书。这件事是马布利神父通过杜宾夫人向他提出的，杜宾夫人是圣皮埃尔神父的崇拜者，而作为她的秘书，卢梭也不好拒绝这项工作。
圣皮埃尔神父的遗稿中有不少绝妙的思想，但表达得不好，使人很难读下去。卢梭面对这个苦差使，既勇敢又兴奋，因为一方面能从文稿中搜寻出伟大的思想，另一方面他想让自己认准的真理披着圣皮埃尔的外衣钻到作品里去，这比以自己的名义表达出来更妙。他先把神父手稿中摘取出来的精彩思想编成了《永久的和平》一书，再把自己的意见和评语另编成一本，这样既忠于作者，又能借题发挥。
这期间，他还思考着一部作品，叫做《感情伦理学或智者的唯物主义》，想探讨人们在生活中为什么会变成几乎完全不同的人。他通过观察研究发现，人们的生活方式大部分是由外界事物的先入印象决定的。人们不断地被自己感观和器官改变着，并不知不觉地在自己的意识、感情乃至行为上受这些改变的影响。因此，他感到有必要根据自然科学的原理，提供一种外在的生活准则，这种准则随环境而加以变通，就能把我们的心灵置于或维持于最有利于道德的状态。尽管这部作品最终没有完成，但其中的一些基本思想在后来《爱弥儿》中得到了反映。
《爱弥儿》是一部关于教育的哲理小说，它一问世就给卢梭带来了灾难。
卢梭习惯于散步中构思作品，他的大量的写作准备都是在室外走动时完成的。遇到下雨不能外出时，他就在室内编写《音乐辞典》，这也是他以变换工作来消除疲劳、提高效率的一种方法。早年，他对音乐知识的广泛涉猎和深入研究，使他具备了编写《音乐辞典》的能力；音乐的独特魅力，使他产生了编写《音乐辞典》的兴趣。他在退隐庐写完了第一部分，最后在莫蒂埃完成了此书。它是卢梭在音乐领域留给人类的一份财富。
卢梭制定了作息时间，也想如期地推进自己的计划，但和埃皮奈夫人交往中受到了一些搅扰。这位夫人当然有许多优点，她爱她的朋友，愿意为朋友效劳，有时还是很慷慨的。卢梭也是重感情的人，自然对帮助过自己的人想尽点义务。所以当埃皮奈夫人建议当她一个人在家或差不多一个人在家时，让卢梭到她家里做客，卢梭就同意了。她还一再许诺给卢梭以绝对自由，实际上，他不是在自己方便时去看她，而是在她方便时去看她，他不知不觉中就丧失了对于时间、对于自己的自由支配权。有两次，卢梭试探一下埃皮奈夫人是否真的给他以自由，就在接到通知后没有去看她，结果她就派很多人去打听消息，并写去很多便条，看样子非得召之即去不可的。卢梭因为诚心诚意地尊重她，在她寂寞时仍然去看望她。她喜欢写点小说、小故事之类的东西，并兴趣很浓地读给别人听。卢梭在单独与她为伴时既不敢和她谈文学（当时他觉得自己还不配），也不敢和她说风情，他怕自作多情招人笑话，而且他从未起过做她的情人的念头。她很瘦，脸色苍白，胸部平平，而卢梭对女人历来很看重乳房，认为没有乳峰的女人算不得女人。所以他对埃皮奈夫人至多给她一些兄妹般的没有多大肉感意味的亲吻而已。这样，他们的交往对卢梭来说就是一种无法拒绝的负担了。不过，只此一个人交往影响毕竟还不大，他仍然享受着幽居之乐。
在退隐庐隐居的专心探索的生活，把卢梭从一条新的路径引到了另一个精神世界。在探索的过程中他发现哲人们的学说里净是谬误和荒唐，因此他觉得有资格驱散这些眩人的迷雾。由此他焕发起激昂慷慨之情持续了至少达4年之久！在这4年中，他感到凡是人的心灵所能包容的伟大的、美好的东西，都能在天我交感中体会到，燃烧在他心灵中的烈火也散布到他的作品中去，甚至他的性格也在这个过程中发生了变化，奔放的思想使他不再是那个腼腆、羞怯、常在生人面前手足无措的人了。现在他又勇敢、又豪迈，充满了自信，而且这种自信是深藏在心灵中的，所以人也随之显得更加坚定。卢梭觉得自己进入了一种与自己本性截然相反的精神状态，似乎完全成了另外一个人。
卢梭性格的变化，其实在离开巴黎那一天就开始了。当他摆脱那个充满邪恶景象的大都市时，由此引起的愤慨情绪也随之消失。
在隐居生活中既然只有3个人，他和戴莱丝在一起的时间增多了。他早就感到这个善良女子的温柔性格太适合自己了，所以时间越久，就对她越有依恋之情。后来，在他们共同生活25年之后，终于正式结婚。现在他们常常面对面地在树阴下度过极美妙的对刻，他从中领略到十分难得的温馨滋味。在交谈中，卢梭知道了一些从前不曾知道的家中琐事，但也感到了一种遗憾，就是常常没有谈得来的共同话题和兴趣，在对坐而又寂寞无语的时候，卢梭倍觉跟善于思考的人在一起的好处。卢梭生来就有一个感情外露的灵魂，对自己直到眼下还未找到一个完全属于他的真正的朋友而叹息。他问自己：那如焰的感情和满心的爱，怎么就一次也没有以它的烈焰为一个既定的对象而燃烧起来呢？于是他进入了遐想的世界。年轻时曾使他感到飘飘然的对象，恍惚中被一群天仙般的旧相识——加蕾小姐、葛莱芬丽小姐、巴西勒太太……包围了起来，顷刻间，他又变成了害相思病的情人。其实这也正是卢梭的性格：当不能求得实在的人物时，便把自己投进了虚幻之乡，而他那富于创造力的想象不久就把这理想世界配上了恰如其意的人物。他就置身于那许多可爱对象之中，流连忘返，不计时日，他常常是匆匆忙忙吃下一口饭，就急着跑进小丛林，投入自己的太虚幻境之中。
他把心头的两个偶像——爱情和友谊，想象成为最动人的形象，又着意用他一向崇拜的女性所具有的一切风姿，把这些形象装饰起来。他还赋予她们相似的却又不同的两种性格，以及两副不算完美却又合乎自己口味的面容。这两副面容又以仁慈、多情而更加容光焕发。她们俩一个是棕发（克莱尔），一个是金发（朱丽）；一个活泼，一个温柔；一个明智，一个软弱，但软弱得那么动人，似更足以见其贤德。他还为俩人之一创造一个情人（圣普乐），而另一个女人又是这情人的温柔多情的朋友，甚至还有超出朋友的行为，但却不容许她们之间争风吃醋和互相吵闹，即不愿意以任何贬低天性的东西使这幅笑容可掬的图画黯然失色。这就是他的《新爱洛伊丝》中的两个人物。
这是一部书信体小说。他不仅虚构出上面那些理想人物，还用美丽的环境来陪衬她们的故事。
写这部作品，是卢梭对少年时代感受到的一切进行回忆，更是他给过去未能满足而现在仍然侵蚀着他心灵的那种爱的欲望的出路。书中涉及到社会、艺术、人的情绪、乡野生活、宗教、天然景物等等，体现着他思想中热爱自然，回归自然的倾向，也体现了他的爱情观和伦理道德观。《新爱洛伊丝》是卢梭最富幻想的一部作品，充分表现了他的浪漫气质。作品采用的是一种新鲜的、美满的和色彩浓厚的风格。故事情节简单而独具特色。书中人物的悲剧命运所启发的人性，引起了许多人，尤其是妇女们的反响。该书出版以后，一度供不应求，书商们办起了租阅业务，不少时髦女郎拿起这部书误了舞会；本来解衣上床，却因这部书不知不觉过了残夜。不仅在法国，传到德国也一样。听说康德生平中只有一次间断了他午后的散步，而这次间断，就是因读《新爱洛伊丝》爱不释手而造成的。
这部小说在法国文学史上，第一个把爱情当作人类的高尚情操来歌颂，也是第一个在小说中描绘大自然的美丽风光。由于它的巨大成功，奠定了卢梭作为世界著名文学家的地位。
