1767年5月，卢梭从英国回到了法国的加莱港，但并无“重归故里”之感，在法国境内，卢梭仍然是一个通缉犯。为了隐藏身份，他改名为雷诺。过去一向爱护卢梭的孔蒂亲王对他的处境仍然很关心，提醒他要小心提防别人的抨击。不久，他和戴莱丝又迁往圣丹尼斯市居住。为了充实隐姓埋名的隐蔽生活，卢梭继续研究植物，到处采集标本，还以书简形式写下研究成果，有时还和国外的植物学家通信联系，如英国的波特兰女伯爵，他们曾经一起采集标本，卢梭和她通信，署名就是“植物学者”。采集标本时，他也常常想起从前和妈妈在尚贝里度过的那些快乐的日子，那时他们曾一起采集草药，提炼药丸，生活是那么纯净。
除了研究植物外，他还继续写他的回忆录。回到法国的第一年，他写完了《忏悔录》的第五章到第六章，即这本书的第一部。这部分主要是他童年和青年时代的生活，写到1742年他动身到巴黎为止。尽管这一段生活也充满艰辛，但总体上给卢梭留下的记忆是平稳中而有甜美，写作时也主要是沉浸于幸福的回忆。他当时曾想写到此为止了，因为他怕继续写自己那惨痛的历史会引起感伤，而且他也怕涉及从前和他有关系的一些人的名声，甚至也不愿意涉及和他仇恨最深的人的名声，所以他在第一部的最后写道：如果我的名字能够流传到后世，人们也许有一天会知道我还有什么话要说而没有说。那时候，他们也就会知道我所以保持缄默的缘故了。这话说过两年，他又在迫不得已情况下改变了主张，《忏悔录》还是写下去了。1769年卢梭又开始写第七章至第十二章，即《忏悔录》的第二部，最后完成的时间是1770年11月。本来和出版商约定，要等卢梭去世20年后才能发表，事实上，《忏悔录》的第一部不会涉及到任何人的名声，所以在1782年就出版了。又过了7年，即卢梭死后11年，第二部也在日内瓦出版，当时书中提到的有好多人都还健在。《忏悔录》是卢梭晚年的重要著作，是一部最具有个性特点的自传，它记述了卢梭从出生到1766年被迫离开圣皮埃尔岛之间五十多年的生活经历。卢梭在叙述这些经历时，也展示了自己同情平民的感情和追求自由平等的思想，体现着自他发表第一篇论文起逐渐成熟起来的理论和观点。它不仅是卢梭的生活的历史，也是他对这种生活进行思考的历程，是他的情感和思想发展的历史。这部极富思想性和艺术性的作品，被后人看作一首抒情的诗，一首世界文学中最美的诗，它成为文学史上独树一帜的标志，并进一步凸现了他作为浪漫主义抒情文学大师和开拓者的地位。当然这部作品的缺陷也是明显的，那就是对朋友过于尖刻和不宽容，这对于一个屡遭迫害而又思维敏感的人来说，也许是很难避免的。
卢梭住在圣丹尼斯市这一段生活是比较安静的，就是采集植物标本和写《忏悔录》。他在给一个朋友的信中反映了当时的生活内容：
你肯定不会了解我从散步和采集植物中所获的快乐，我借这种良好而单纯的消遣来保持心中的平静。下雨时，我便从事写作，我写的是我的一生，并不是外表的生活，而是我的真实生活，我一生中最隐秘的感情和我的性灵。
遗憾的是，这种平静的生活被一个突如其来的事件打破了。一位名叫德强斯的城堡看守人意外死亡，卢梭成为被怀疑的对象。因为他常常带着酒和食品到城堡里找德强斯聊天，有人怀疑他在酒里放毒使德强斯致死的。卢梭为证明自己的清白，要求法医验尸；经过验尸，证明卢梭是无辜的。但是失去了一个朋友，又被人怀疑毕竟不是愉快的事，便于1768年7月到了格勒诺布市，在那里继续采集植物标本。其间，他去了一趟尚贝里，找到华伦夫人墓地，他久久地伫立在墓前，回忆初遇妈妈的情景和从她那儿享受到的仁厚和慈爱，深情悼念这位令他永世不忘的女人。8月份，卢梭又到了戈布市。当时该市正在筹备一项活动，市长听说他来到本市，马上请他共进晚餐。卢梭很喜欢这个城市，在一家旅馆里订了房间后便写信让戴莱丝到这里团聚。
8月25日，戴莱丝来到了戈布市。4天后，卢梭和她设晚宴隆重招待市长和他的表兄。在市长面前，他俩举行了婚礼，卢梭将戒指戴在戴莱丝手指上，发誓共同到老，至死不渝。这是他们在一起生活25年后感情发展的结果。现在他们谁也离不开谁了。卢梭在写给朋友的信中表达了这种情感：
想必你已经知道我那位长久的伴侣，终于成为我的妻子了。因为她决定跟随着我，分担我的痛苦，所以我必须做这种安排。25年来相聚的岁月，终于使我们结为一体。信心和互爱使我们紧紧地结合在一起，直到我死为止，她将是我最温柔和我所需要的伴侣。
1769年2月1日，卢梭和戴莱丝从戈布市迁往蒙魁镇的一个农场居住。农场四周风景优美，有蜿蜒而流的雷泥河和气势雄伟的杰拉山。这地方是希沙基侯爵的私产，让他们住一间旧屋。卢梭听到窗外树上燕子的叫声高兴得了不得，戴莱丝却感到在这里越来越厌倦，想回巴黎重过都市生活。这个矛盾使卢梭很苦恼。为了缓和这个矛盾，他努力使她生活快乐。戴莱丝生病的时候，卢梭不顾体弱多病，帮助料理家务，直到她恢复健康。
1770年春，卢梭决定迁往巴黎，这一年他已被法国当局赦免，可以自由选择居住地了。6月份，戴莱丝终于实现回巴黎的愿望。
他们住在古老的布拉屈斯镇，靠卢梭的版权收入和朋友的津贴维持生活，另外抄写乐谱和作曲也有些收入。卢梭生活很有规律，清晨起床，立即到写字台前誊写乐谱，吃完早饭后，又继续在桌前工作，直到下午。有时他和戴莱丝一起外出用餐；有时他俩到山丘上欣赏夕阳，或者和邻居们一起游戏。每逢这个时候，他们都格外高兴。
回到巴黎的头一年，卢梭完成了他的《忏悔录》。之后，他还担心后世对他的一生没有一个完整的印象，怕那些谤书所留下的阴影不能消除，便于1772年至1775年间写了三则长篇对话，在他身后于1780年汇成文集，以《对话录——卢梭审判让-雅克》之名发表。对话是在一个法国人和卢梭之间进行的。这个法国人从未读过卢梭的作品，却盲目地接受了卢梭的敌人伏尔泰、格里姆、霍尔巴赫所塑造的卢梭的形象。对话中的卢梭对这些阴谋作了最猛烈的抨击，也对自己作了最敏锐的分析。
这时候，卢梭已经变得非常孤僻了。他疑心重重，不相信任何人，不让别人进他的书房，也很少和过去的熟人联系。可是他越不愿见人，外界的人就越想见见这个隐居者。格里姆便借机捏造一些有趣的故事，写成文章发表。其中有一个故事叙述人们急于想见这位隐士的情形：
有一天，一大群人聚集在广场上。
“你们聚集在这里干吗？”有一个人问。“我们等着看一看卢梭先生。”另一个人回答。“谁是卢梭？”
“我们也不知道，不过他等一会儿要经过这里。”虽然卢梭没有在这种大场合中公开露过面，但他偶尔也会在一些女士面前朗读他的新作，并申明他有权公开朗读，因为官方查禁的只是他的书。确实，他在一些贵族王室家里朗读过《忏悔录》，有时从早晨一直读到深夜。朗读时他并非只挑选某些章节，也不删减任何细节，而是包括他在书中所记述的高尚情感和种种错误，全都原原本本地朗读出来。当他读到把子女送进孤儿院时，许多女士都同情地低下了头。卢梭的读者和听者不限于妇女，有的显贵及立法者也向他请教。有一位叫维科斯基的波兰贵族因境内政局不稳，特意来拜访卢梭，向他询问补救办法。卢梭以他《社会契约论》中有关政府的立论向他解释说：国家的政府组织影响国民的士气、爱好及道德观。如果将您的国家的人民引向另一种情感，您将使他们的心灵充满一种民族情操，这会使波兰人民和欧洲其他国家的人民显著地区别开来。只要让人民爱他们的国家，他们将会全心全意地效忠国家，即使国家的法律不公允，人民有爱国情操自然会做个好公民。因为只有好公民才能使国家有力量，并走向繁荣。卢梭的这些建议，后来被马克思赞誉为“卢梭曾为波兰人草拟了最好的政治制度。”卢梭知道他的《对话录》无法出版，而在法国又没有一个挚友可以代为保管。《对话录》正是展示他当时心中的强烈感觉：世人都在一致对他进行迫害。他正为此事踌躇，碰巧遇到以前在英国的好友布司比先生，便把已誊好的《对话录》第一部分交给他保管。其余部分誊写完后，也想交给布司比，但他已离开巴黎。卢梭很担心手稿落入他的敌人手中，便想了个主意，将《对话录》包好，在外层纸上写上：“托付给全能之主保管。”里面还夹着一张祷告词：
公理与正义之神，受害者的保护者，请你接受我的献品，我将这手稿置于你的祭坛前，寄托给上帝保管。我是个不幸的陌生人，孤独而得不到别人的帮助，而且不断被人嘲笑、讥讽、贬损。在以往的15年里，遭受比死还难受的屈辱，贬损我的尊严，而且所受的这一切迫害，我无法了解其原因。我没有辩解的机会，我与外界联系的权利也遭剥夺。我对于人类不存有希望，因为他们充满了欺骗、诽谤和谎言。
我将我的作品托付给你保管，让它传到一个较好的下一代手中，他们将从我的作品中发现一个既无怨恨，也不欺骗别人的人遭受了怎样的命运。如果我的作品落入怨恨我的人的手中，而将它毁灭或删改，我也不会在意的，因为我遵从我主的公义，遵循我主的意志。
1776年2月24日，卢梭带着《对话录》手稿前往巴黎圣母院，打算把它放在祭坛前，置于主的脚下。他急匆匆赶往大教堂，穿过布满鹅卵石的广场，经过拱门，向圣坛走去。走到栅栏前发现平时开着的栅栏紧锁着，无法进去。这时，他的身体摇晃起来，头也像挨了打似的晃动着，无法将作品呈献给主，使他非常懊恼。他头昏目眩地走回家，内心的郁闷再度发作，他激愤地写了一篇《致所有爱好正义与真理的法国人》宣言：
法国人呀！这个曾是温和与爱好和平的国家，你们竟变成现在的地步，你们怎么会变得如此不幸和孤独？你们为何要剥夺我的权利？为何要使我的残余岁月陷入苦恼、忧愁和羞耻之中，而又不让我知道其原因？不让我辩解我的理由、我的怨言，甚至不准许我有发言的机会？我将一颗无辜的心和一双无邪的手交予上帝，请求他赐给我一个你们对我的羞辱无法进入的庇护所。
他将这篇宣言抄写多份，拿到街上向行人散发，但是过路的人们对他的宣言不感兴趣，没有人愿意拿走。此刻卢梭终于看清他的一切努力全部归于无效，徒然自苦而一无所得。于是他决心采取惟一可取的办法，那就是一切听天由命，“不再跟这必然抗争”，通过这种方式来使内心安宁下来。从此，他每天都在巴黎近郊作长时间的漫步和遐想，从1776年春持续到1778年春，整整两年。他把这些遐想写了下来，共有10篇，后来被汇集成书，在其身后1782年以《漫步遐想录》之名出版，也有的版本题作《一个孤独者漫步的遐想》。不再与必然抗争了，焦躁的情绪安静下来了，沉入了“省察内心”的遐想之中。这种习惯使他丧失了对自己痛苦的感受。可是，一次意外的事件又给他带来了另一种痛苦。1776年10月24日，卢梭和往常一样到郊外散步，在漫步中遐想。大约晚上6点钟，他从山冈上走下来，看到走在前面的几个人突然闪开，只见一条高大的丹麦狗在一辆马车前飞奔，向他扑来。卢梭已来不及躲避，只得腾空一跳，想让飞奔的狗在他跳起的瞬间穿过去，但狗还是撞上了他的双腿，使他头朝下栽倒在地，顿时失去了知觉。幸亏马车夫及时煞住了车，不然还会有更大的灾难。直到天黑，卢梭才苏醒过来，发现身上流着血，但并不感到疼痛，心底里反而有一种奇妙的宁静的感觉。他谢绝了车夫的帮助，还坚持步行回家，不知怎么走完的两公里路程，在黑暗中摸上楼梯，一进屋就摔在地上，又一次失去了知觉，戴莱丝见状发出了尖叫……第二天卢梭才知道他受的伤比他想象的重多了：上唇内侧撕裂；四颗牙齿嵌入上腭，整个上腭都肿了；右手大拇指扭伤，肿得厉害；左手大拇指也受了重伤；左胳臂和左膝盖也都肿了。卢梭疼痛难忍，饱尝皮肉之苦。
事故发生后不几天，消息便传遍了巴黎。有的报纸在报道这个消息时，加上个意味深长的标题：《卢梭被狗践踏！》还有的对事实歪曲篡改，甚至从中演变出谣言，说卢梭已经摔死。所以当卢梭康复后出外散步时，有几个人看到他出现惊诧的神色。有人写信告诉卢梭，一家报纸公布这一“喜讯”时，还以向他致悼词的形式，预言人们在卢梭死后献给他的祭品是痛恨和辱骂。
这些半是谣传半是诅咒的消息，在卢梭的心中煽起了阵阵恐惧，已经麻木了的警觉又被惊醒了。他更加相信自己从前的结论：他个人的命运和名声，已经被这一代人盖棺论定，自己所做的任何努力都是无济于事的。
想到这些，他感到自己的那些敌人都由于命好而步步高升，他们又因为和他结仇而异乎寻常的团结一致，只要有一个人拒绝当同谋，只要有一件加以阻挠的事发生，就可以使反对他的阴谋归于失败。但是这种事情一件也没有发生，所以他深信这决非出于偶然，而是一种宿命，是早已写在神谕上的。他这样想下去，不仅没有感到痛苦，反而得到了安慰，使他的心安静下来，去俯首听命于上帝的安排。他崇拜至善至美的上帝，他相信上帝是公正的，他要自己去受苦受难，然而他知道自己是清白的。
卢梭要用自己的信仰抚慰自己受伤的心灵，任凭别人如何如何，自己则要学会无怨无艾地忍受；他相信世人公正看待他的那一天迟早会到来。
卢梭虽然对“充满了欺骗、诽谤与谎言”的这一代人已经不抱任何希望了，但他还希望他的作品能够“传到一个较好的下一代人手中”，也就是说，他对下一代人还是抱有希望的。所以他相信世人公正看待他的那一天迟早会到来。有了这个信念，他的心又平静下来了，他又恢复了每天散步、遐想、采集植物标本、写作、做他自己愿意做的事。1777年底至1778年初那个冬天，卢梭很少外出，他的生活好像不那么有规律了。
1778年4月12日，是复活节前的又一个宗教节日——圣枝主日。这天清晨，卢梭听到了教堂的钟声，立刻想起50年前的这个节日，他初次见到华伦夫人，当时的情景一下子浮现在眼前，使他先是一阵激动，接着便是怅然长叹。思索了片刻，他便拿起笔来，写下对她的追思：
今天是圣枝主日，同华伦夫人初次见面，至今已经整整50年了。她当时只有28岁，而我还不到17岁……
我没有哪一天不在愉快地、怀着深情回忆起这段时期，这是我不受干扰、没有阻碍地充分体现我自己的时期，现在可以理直气壮地说这是我真正生活的惟一而短暂的时期。
5月20日，应朋友吉拉丹侯爵的盛情邀请，卢梭离开巴黎，迁到了侯爵在埃尔姆农维尔的别墅去居住。他住在这里非常安闲，几乎不和任何人来往，也不再写作，每天散步、闲游和寻觅标本，在植物花草中寻求乐趣。
7月2日，卢梭还是按照老习惯一清早就外出采集植物标本，但这次因为脚痛很快就回家了。喝完咖啡，他对戴莱丝说要去吉拉丹侯爵家，给他小女儿讲音乐，并嘱咐她给锁匠付款。
戴莱丝找到锁匠付完款后回到家时，听见卢梭呻吟说：“我感到胸口一阵阵疼痛，大脑也像被敲打似的。”这时是早晨7点钟，外面天气晴朗，卢梭说他想看看美丽的阳光，戴莱丝便扶他到窗前，只听他说道：“全能的主啊！天气如此晴朗，没有一片云，上帝在等着我了。”说完，他便失去了知觉。到充满阳光的地方去了。后经医生诊断，写下了“由于严重的尿毒症而引起的中风”的记录。
第二天，人们纷纷来到埃尔姆农维尔，瞻仰这位伟人的遗容。随后，他被安葬在波拉斯岛上，这是他生前向往的地方。法国大革命后，1794年4月15日，革命政府迁葬卢梭灵柩于巴黎先贤祠。
