60年的一天，卢梭把刚刚脱稿的《爱弥儿》读给卢森堡元帅夫人听。元帅夫人对这部书兴趣不浓，但她要让卢梭多挣点钱，叫他把《爱弥儿》交给她去设法付印，卢梭十分感激地把书稿交给了她。过了好长一段时间，卢梭收到卢森堡夫人寄来的和书商订的合同让他签字，他仔细辨认了由官员核准留下的笔迹，便满怀信心地签了字，随后还收到了书商预付的一部分酬金。本以为事情已经办妥了，为什么早已付印的《爱弥儿》迟迟出不来呢？卢梭朦胧中预感到有什么不测。按照当时的习俗，一本书出版之前必须经过某些知名人士传阅。《爱弥儿》经过外界传阅后，顿时成为大家议论的中心，各种非议此起彼伏，而这些都是瞒着卢梭进行的。他得知《爱弥儿》的印刷一天比一天慢，以至最后完全停了下来，而他又无法打听出原因，出版商也不肯复信回答他的询问，使卢梭陷入极大的不安。在卢梭的性格中，不论发生什么不幸的事，只要知道是怎么回事，他就不会慌乱，但若被蒙在鼓里，就会使他惊恐不安。在不明和不安中，他的想象力被扇动了起来，眼前仿佛出现许多以白布蒙头的鬼影。他越是关心在他看来是最后也是最好的作品的出版，就越是冥思苦想去找那可能阻碍出版的原因，而他又怎么也想象不出究竟是什么原因。其痛苦的程度可以想见。
千思万念，《爱弥儿》总算出版了，但并没有引起像他别的作品出版时所博得的那么热烈的喝彩声。然而它在私下里所获得的赞扬却比他任何一部著作都要多。最有能力评论他这部书的人对他说的话，给他写的信，都证实这是他最好、最重要的作品。但在某些人的评论中，又总带着点神秘色彩，说这部极好的书，不久就会“众口喧腾”，“超过作者所希望的程度”——暗示卢梭将因此书而遭到灾难。而卢梭则坚定地相信，这本书是为了人类的幸福而写的，各个方面都合乎规定，还有卢森堡夫人的全力支持，怎么会受到指责呢？自然，卢梭也知道，他在书中抨击传统的教育制度、宣传自然神论而得罪了教会，而教会当时是掌管中学教育的；还有，在书的结尾，因看到有的王爷贵族在蒙莫朗西射猎动物时糟蹋农民的土地，便对这种暴行骂了几句，也会受到他们的嫉恨。几天后，卢梭得到消息：议院将极其严厉地对他起诉，随后就要下令逮捕他。有的议员甚至声称，要把书和作者一起烧掉！卢梭对这种做法愤愤不平，他在1762年6月写给同乡莫顿的信中述说了自己的心情：
这样的判决多严厉啊！我到底犯了什么罪？啊！巴黎的人民，这就是你们的自由！我实在感到懊恼。外界对我的指责越来越强烈，但是，如果我停止写作，我将会被公众淡忘，人们也不会畏惧我写的真理了。请你不要公开反对我，尊重公共的批评吧。
卢森堡夫妇很关心卢梭的处境，经常打听有关议院的判决。一天晚上，卢梭正在床上读《圣经》，戴莱丝突然走进来，将卢森堡夫人派人送来的信交给他。信中说，尽管他们尽了很大努力，但议院还是决定要用最严厉的方式对卢梭进行起诉，将于明天上午发出逮捕令逮捕他。幸亏孔蒂亲王的关系，才使他们答应，如果卢梭走掉了就不追他了。但是如果他执意要让人家抓住他的话，他就一定会被逮捕的。信中催促卢梭赶快去跟她商量。
卢梭与卢森堡夫妇会面后决定离开法国。他本想回到自己的祖国日内瓦去的，但那里反对卢梭的势力也很强大，尤其是那篇《论人类不平等的起源和基础》在日内瓦议会引起了强烈的仇恨心理，恐怕到那里也难得安宁。最后，他决定逃往瑞士，那里靠近他的祖国，可以看到日内瓦将对他作出什么决定。
法国议会正式裁决，认定卢梭的《爱弥儿》为异教邪说，尤其是书中所主张的依照自然来教育儿童，只有自然才能使儿童成为有道德的人等观点。此外，卢梭还认为一切宗教都是平等的，没有宗教信仰的人一样能得救，人们应该由自己的理性引导去接受宗教信仰。这些观点，对18世纪的欧洲来说，无疑是对统治阶级的一种挑战，他的平等自由思想，也无疑是煽动革命的种子。所以最高法院判决将《爱弥儿》烧毁，并立即签发逮捕令，要将卢梭打入监牢。
卢梭于第二天下午4点动身，法院去抓他的人还没到，他告别了朋友，上了马车开始了东躲西藏的流亡生活。坐在车上，刚开始脑子里还想着眼前的灾难，离别的情景和议院、法院以及跟他过不去的那几个人，想着想着，他就觉得无聊了。到了第二天，他就把刚刚发生的事情忘得干干净净，脑海里却浮现出他新近读过的《牧歌》来，那样清晰，那么淳朴。为了在车中消遣，他想试着写一首诗，尽管他也知道目前的心境不适合写这种田园诗，但他刚一试就惊讶地感到，他的思想是那么温和，表达又是那么得心应手。在他后三天的旅途中，他写出了这首诗的前三章，后在莫蒂埃完成全作，其动人的淳朴风尚，贴切的性格勾画，鲜艳的色彩和朴素自然的描写，成为他一生中最满意的作品之一。这是一个逃难者多么动人的心态啊！
卢梭坐了4天车，一进入瑞士境内他就叫车夫停车，他下车后趴下来亲吻大地，感情激动不已，口中高声叫道：“天啊！你是道德的保护者，我赞美你，我踏上自由的土地了！”车夫看了大吃一惊，以为这个人疯了。他又坐了几个小时的马车，便到了新主人罗甘先生的家。罗甘伸出手臂紧紧地拥抱着卢梭。他一家人都给他以热烈的欢迎。卢梭感到漂泊的心又遇到了一个温暖的家，又找到了一个可以暂时栖身和休养的地方。罗甘是卢梭以前在里昂认识的朋友，现住在瑞士的依弗东。卢梭和他们一家相处得很好，常和孩子们一起玩耍，使他一度忘掉了那些不愉快的事情。
但是不久，他就听说日内瓦也下令烧他的书，并在巴黎通缉令下达第九天，日内瓦也下令通缉他了。两个通缉令传遍欧洲，还有不少的报纸、杂志和小册子都对他发起攻击，一片咒骂之声。说卢梭是一个反教分子，一个无神论者，一个狂人、疯子、猛兽、豺狼，甚至在伯尔尼一些虔诚的教徒也掀起了反对他的风暴，看来在瑞士也难居住了。听说要对他下达驱逐令的第二天，他就翻过了一座山，到达了普鲁士治下的讷沙泰尔邦。他在那里可以得到自然而然的庇护，因为在该地宗教信仰不能成为迫害的借口。
卢梭离开蒙莫朗西时，戴莱丝曾表示过无论他到哪里她都愿意跟到哪里。但是卢梭怕她在漂泊的生活中受苦就没有带着她。后来卢梭听说戴莱丝在他的朋友面前急切地表示了要与卢梭会合的愿望，而卢梭在只身漂泊的孤独中也日夜思念着戴莱丝，所以到讷沙泰尔后就给戴莱丝写了一封信：
我亲爱的，如果你知道我现在已经安全了，相信你一定会为我高兴的。我能否知道你的近况以及了解一下你是否还像以前一样爱我呢？我非常盼望我们能重新团聚。你可以选择自己的去向，仔细想一想，我亲爱的，想想你是否能和我一起过逃亡生活？如果你来了，我会尽力让你感到舒适的。如果你宁愿居住在原地，这也是你的权利。请不要像别人那样轻视我，那些人能让我不快，但决不会使我失去正义与道德，我从未违反法纪，这你是很了解的。
在信中，卢梭还嘱咐戴莱丝如何处理好家中的剩余物品，并让她带来准备写回忆录的资料。
戴莱丝接信后立即动身，在他们分别了两个月后终于又团聚在一起了。他们相互拥抱，心情无比激动，俩人都流下了爱怜和欢乐的眼泪。
1763年，卢梭和戴莱丝在讷沙泰尔的莫蒂埃暂时定居下来。刚到这里，他就给讷沙泰尔总督、苏格兰元帅乔治·吉斯勋爵写了一封信，说他到国王陛下的领土上退隐来了，请他关照。勋爵慷慨应允，并邀卢梭去看他。
卢梭和当地的一位领主一起到了勋爵家。吉斯勋爵是一位德高望重的苏格兰人，有着令人崇敬的风貌。他们一见面就彼此产生了良好的印象。
乔治·吉斯是苏格兰的世袭元帅，青年时代就离开家乡，依附于斯图亚特王室，因此被他的祖国放逐了。后来他又离开王室到西班牙居住很久，最后跟他的兄长一样依附了普鲁士国王。国王腓特烈给了他应有的待遇，他也为国王效力，俩人之间的友谊是深厚的。国王看他年纪大了，便授给他讷沙泰尔总督之职，好让他养老。
卢梭以他的正直和坦诚赢得了总督的青睐。这位慈祥的老人，竟在他们相识不久以打鹌鹑为借口亲自到莫蒂埃去看卢梭。他在那里住了两天，连猎枪也没碰一下。卢梭每两个星期就去看他一次，并在府上过夜，走回来的时候，想起老人那慈父般的恩情，时常感动得流下热泪。
勋爵把收留卢梭的事报告了国王，国王很快就复信同意，并且托他送给卢梭12个路易。仁厚的勋爵对如何完成转送的使命颇感为难，不知怎么办才能使它既体现国王的意思，又不使卢梭感到有侮辱的意味。他把钱变成了实物，对卢梭说，国王提供了薪炭，好让他建立起家庭。还告诉卢梭说，国王愿意为他盖一所小房子，式样和地点由卢梭决定。卢梭对国王的后一个馈赠很感激，这使他忘记了前一个馈赠的小气。但是，这两项馈赠他都没有接受，不过在心中，卢梭已把国王当作恩人和庇护者了。
有了国王和总督的保护，卢梭以为可以和戴莱丝一起过着平静的生活了。他穿起了亚美尼亚服装，这是一种长袍，它对患有闭尿症的病体是十分适宜的。由此也可以看出他那放松了的心态。
在宁静的生活中，他虽然放弃了写作的念头，但他的想象力能把一切空白填补起来，从不让脑子闲着。相反，如果几个人坐在一起聊天，你恭维我，我恭维你，这会使卢梭感到是在经受难以忍受的苦刑。为了给生活增加些趣味，他学习编织带子，这样就可以在一些女邻居家里消磨时间而不感到腻味。带子编好之后，就把它作为礼物送给那些准备结婚的女朋友，条件是她们将来得亲自带她们的孩子。这也是卢梭在他的《爱弥儿》里主张的观点。
在莫蒂埃最初的一段生活比较惬意，但时间一久，难免要为生活来源担忧。手中的积蓄在一天天减少，用不了多久就会把剩下的那点钱消耗殆尽。除了写作之外，又找不到任何挣钱的办法，在这种情况下，卢梭又不得不“重操旧业”，再拿起笔来写作。
他着手对他已经搞了十来年的《音乐辞典》进行修改和誊清。同时，朋友陆续带来和寄来的有关资料也差不多备齐，卢梭打算集中精力搞一部自己的回忆录。在这之前，他的朋友莫顿也曾想为他写一部传记，卢梭就此表达过他对自己传记的原则。他告诉朋友：如果你开始写，请以一种适合我的方式进行，丝毫不要带有愤恨、讥讽以及赞颂，而是以公平的态度、庄严而有力的方式撰写。简单地说，是用一种适合一个富有正义感的作家，而不是一个被迫害者的立场去写。现在是自己给自己写自传了。四处遭受迫害，到了晚年竟过着颠沛流离的逃亡生活，使卢梭饱尝了人间的辛酸，更有无端的诬蔑和诽谤，使他感到要为自己的存在而辩护。他需要世人了解起初的卢梭，所以他认为自己所进行的是一项既无先例，将来也不会有人仿效的艰巨工作，那就是把自己的真实面目赤裸裸地揭露在世人面前。他要在自传里以真诚坦率的态度讲述自己的全部生活和思想感情、性格人品的各个方面，既不隐瞒丝毫坏事，也不添加任何好事。当时是卑鄙龌龊的，就写自己的卑鄙龌龊；当时是善良忠厚、道德高尚的，就写自己的善良忠厚、道德高尚。他自信这样一个真实的自我，要比那些攻击和中伤他的大人物、“正人君子”们更高尚纯洁，诚实自然。因此，他开宗明义地写道：
不管末日审判的号角什么时候吹响，我都敢拿着这本书走到至高无上的审判者面前，果敢地大声说：“请看！这就是我所做过的，这就是我所想过的，我当时就是那样的人。不论善和恶，我都同样坦率地写了出来……万能的上帝啊！我的内心完全暴露出来了，和你亲自看到的完全一样，请您把那无数的众生叫到我跟前来！让他们听听我的忏悔，让他们为我的种种堕落而叹息，让他们为我的种种罪行而羞愧。然后，让他们每一个人在您的宝座面前，同样真诚地披露自己的心灵，看看谁敢于对您说，“我比这个人好！”
所以，卢梭后来就把自己的回忆录取名为《忏悔录》。在莫蒂埃居住期间，卢梭学编织带子，编《音乐辞典》，写回忆录，生活比较平静，但也只是比较而言。实际上，在逃亡中的卢梭仍在不断受到攻击和迫害，卢梭也从未在这些攻击和迫害面前屈服过。他一有机会和可能就拿起笔来，为自己的过去、现在和将来进行辩解或反驳，结果往往招致更大的迫害。不过迫害还会产生一种结果，那就是卢梭的名声更大，他更加广为人知了。有不少人慕名而来拜访卢梭。这些人中有的并未看过他的作品，交谈起来也没有多少共同语言，只是“慕名”而已，卢梭对此不感兴趣。但偶尔也能碰到真正崇拜卢梭作品和有见解的朋友。如有一位从法国来的名叫圣布里松的青年军官告诉卢梭，他读了《爱弥儿》以后受到很大影响，准备脱离军队过独立生活，他正在学木匠手艺，为的是要做个小“爱弥儿”。卢梭听后赶紧劝他放弃这个打算，不能一时冲动，而要顺其自然。他听了卢梭的话，从上司那里收回了辞呈。1764年9月，卢梭接到一封来自科西嘉革命者的信，邀请他去该国担任制定宪法的工作。这个消息很快传遍欧洲，格里姆等人抓住把柄立即发表声明，攻击卢梭接受这项邀请，正说明他是国家独立的煽动者。卢梭因为“眼前障碍重重”和身体“不适宜海上行程”没有应邀前往，但他在信中表达了对这项事业的热忱，并代拟了一部宪法，在几年后正式出版。在这期间，卢梭先后接到了两个噩耗，一个是卢森堡先生患痛风而死去，对这位仁慈的贵人之死，卢梭特别伤心。他把卢森堡先生当作自己在法国惟一真正的朋友，他的性格温和，常使卢梭忘掉了他的官高位显，而把他当作与自己平等的人去依恋。卢梭逃离法国后，卢森堡先生仍和从前一样与他保持联系，经常给卢梭写信关心他，甚至在他的遗嘱上也写有卢梭的名字，表示要赠给他一笔遗产，但卢梭出于要维持他和卢森堡先生的真正友谊以及自己在道德上的一贯操守，没有接受这笔遗赠。使卢梭更悲痛的是华伦夫人的去世。她终于不胜衰老，不胜残疾和贫困之苦而离开了人间。卢梭为这位最慈祥的妈妈，最善良的女人的死亡而痛不欲生，但是他又相信她是到那善人的天国去了。在那里，凡是在尘世上所做的善事，都有温馨的回忆作为永恒的善报。他为她温厚而慈悲的灵魂祈祷：希望她去到对真正的慈善敞开了心灵的人们的身边，去享受慈善的果实。卢梭也感到妈妈的去世也是不幸中的大幸，因为上天结束了她的不幸，这就免除了她再看到自己的那些被养育者的不幸惨相。卢梭自从到瑞士后就没给她去过信，怕的是把自己的灾难告诉她，会使她为自己伤心。他对妈妈的怀念是永远铭记在心的，即使自己死后，也希望能在另一个世界里看到她。在莫蒂埃，卢梭还和巴黎大主教进行着激烈的辩论，受到了普遍关注。毕蒙主教说卢梭在他的书中宣扬的是假道学，说他是一个自认为学识丰富而误入歧途的人；一个在思想和行为上充满矛盾的人；一个用繁杂的思想来曲解道德的人；一个自称热爱圣典但一味地标新立异的人；一个自吹热爱隐居而又借此吸引他人注意的人；一个泯灭读者道德观念的人；一个主张人类社会平等又想将人类贬低到禽兽的地步的人。更严重的是，教皇还指控卢梭散布色情，斥责《爱弥儿》是建立在无神论的思想基础上的。
对于这些指责，卢梭坚决加以反驳。他在十分困难的情况下发表了《致毕蒙主教书》。在这篇文章里，卢梭阐明了自己的许多观点。他写道：
阁下，我何必要对你多费唇舌呢？我们如何才能相互了解呢？我们俩之间究竟有些什么误解？我之所以答复你，实在是你逼我这样做的。
我写过各种题材的书和文章，我一直保持着我的原则，我的道德观，我的信仰及戒律。而他们一味地反对我的书，更反对我。他们审判我书中的主题，我发表第一篇论文时，他们把我看成是一个充满矛盾的人。我的《法国音乐书简》问世后，我更被看成是国家的敌人，甚至被当作叛国贼。在《论人类不平等的起源和基础》发表后，我又被说成是无神论者，一个厌恶人类的人。在《新爱洛伊丝》出版后，我被看成是一个温柔而老实的人。但现在，我在他们眼里又成了一个顽固而渎神的人了。
在这篇文章里，卢梭也毫不隐瞒自己的宗教观，他明确地表达了自己的信仰：
主教阁下：我是个天主教徒，一个诚挚的教徒，遵从圣经福音的信条。我是个教徒，但并不是牧师的信徒，而是耶稣基督的信徒。我所坚信的天主并不要求深入讨论福音信条，而注重切身实行；他要求弟子信仰能使人类行善的事物，他告诉我们只要去爱自己的兄弟就是履行了信条。
但是，那些缺乏正义的教士，霸占职权，成为我宗教上的裁判者，而且告诉我应该做什么，不该做什么，他们的优越权利决不会影响我的原则，他们无法使我说出我不愿意说的话。如果我的真诚触怒了他们，他们就会想办法将我摒弃于教堂之外，我并不畏惧他们的威胁，因为他们无权判决我。
我发现宗教和政治都有缺陷，我关心这件事是因为政府中的罪恶只会使平民遭殃，但是良知上的错误将使道德沦丧到何等地步呢？
每一个派系都在残害他的兄弟、同胞，所有教会派别都以人的鲜血祭祀上帝，这种矛盾现象是如何产生的呢？但是，他们的确存在于我们社会中，如果有人想改良这种情形也算是罪恶吗？
这篇长达一百五十多页的《致毕蒙主教书》，于1763年交付出版。但出版后卢梭又受到了激烈的批评，日内瓦人的攻击尤为猛烈。随后，日内瓦当局还正式废除了卢梭的永久公民权，其态度之冷酷，和卢梭先前写的申明放弃公民权的信中所表露的对于故乡的感情，形成了鲜明的对比。在日内瓦对他发出通缉令之后，卢梭仍然对自己的祖国怀着希望。他认为，日内瓦的宗教界，至少是公民和市民，对通缉他的那道命令里违反教会法的地方会提出抗议的。但等了一年多没有任何反应，卢梭深感失望，觉得自己的同胞抛弃了他，于是作出相应的决定：声明放弃日内瓦公民权，也就是放弃他那个忘恩负义的祖国。回首往事，他曾努力为自己的祖国争光，但得到的报答竟是下令通缉！连宗教界和市民们也不出来说句公道话。想到这些，卢梭毅然给当年的首席执行委员写了一封信，正式申明放弃公民权。不过信的措词很温和，结尾还为日内瓦的公民而祝福。
卢梭的这封信提醒了日内瓦公民们起来保护卢梭也是保护自己的权利，他们向议会提交了意见书。有法国政府做后台的议会拒绝了公民们的要求，矛盾变得尖锐了，由此产生了许多小册子。由检察长特龙香撰写的《乡间来信》就在这时发表了。这是一部袒护议会的作品，写得十分巧妙，使国民代表派（代表公民意见的）无力辩驳。大家希望卢梭出来和特龙香对垒。卢梭在他的旧同胞的催促下开始着手批驳《乡间来信》。不过他这次非常谨慎，他正在写作驳斥《乡间来信》的《山中来信》，在与国民代表派的首领会晤时都没有披露，怕走漏了风声付印时会出现障碍。
《山中来信》发表后，立刻引起了轩然大波。文中不仅批驳了所谓“君主专制政体的重要性”，还批驳了日内瓦民事法庭对他的判决。日内瓦的小议会针对卢梭的作品发表了一个宣言，声称这部作品是渎神的异端邪说，要由刽子手拿去烧毁，不要说答复了，就连提到它都会感到丢脸。其实他们无法驳倒《山中来信》，不得不装出恼怒万分的样子而不予回答。糟糕的是，日内瓦的国民代表们看到小议会的那个宣言后，不仅没有提出申诉，反而按照宣言给他们指出的路子走，连为《山中来信》说句公道话的勇气都没有。巴黎当局下令将此书烧掉。
这种风潮不久就波及到了讷沙泰尔，不明真相的人们听说卢梭胆敢渎神，便对他产生了激愤的情绪，后来甚至发展到疯狂的程度。他们在光天化日之下就对卢梭进行侮辱，即使是那些曾得到过卢梭慷慨救济的穷人，也因听说卢梭对他们的信仰不恭而反目为仇。
当地教会的一些牧师也起来反对卢梭，有的不准他去领圣餐，有的策动教会开除他，还策动民众起来和他作对。于是，在宣教的讲坛上，他被宣布为反基督的人；在民间，他被当作妖巫来驱赶。他的亚美尼亚服装恰成了辨识的标志，走到哪里他的四周都会传出叱骂之声，还不时有小石头抛来，在这种情况下，卢梭也不示弱，他仍然穿着亚美尼亚长袍出来散步。有好几次他从人家屋前走过，就听里面有人说：“把我的枪拿来，让我给他一枪。”当然这只是一种恫吓，并没有真正开枪。这时，卢梭在蒙莫朗西的邻居、房主的女儿韦尔德兰夫人来看望卢梭。这使卢梭很感动，因为他当时所处的环境急需友谊的安慰和支持。他们一起散步的时候，韦尔德兰夫人感到了卢梭所受的敌视，晚上还亲眼目睹了他的住宅受到的骚扰。于是她建议卢梭去英国居住，还愿意把她的朋友、哲学家休谟先生介绍给他。卢梭早已对休谟有敬慕之情。当时休谟在法国也很有名，通过别人的介绍和阅读他的著作，卢梭感到休谟有彻底的共和主义精神，并极为钦佩他的道德和天才。加上以前就有个朋友劝他到英国去，希望结识休谟并博得他的友谊，使得卢梭增强了去英国的念头。而休谟也已知道了卢梭，韦尔德兰夫人向卢梭讲了他如何切盼卢梭前去，以能在英国对他尽地主之谊。卢梭就把进一步联系的事宜托付给韦尔德兰夫人了。1765年初，一本名为《公民的感情》的书出现在市面上。该书极力抨击卢梭的人格、思想以及他的道德观，充满了恶毒的诽谤，尤其在他将子女遗弃在孤儿院的事情上大作文章，并极力证明他不是基督徒。这本书风靡了日内瓦，莫蒂埃的反应就更加强烈了。当地民众对卢梭的敌视犹如火上加油，对卢梭的骚扰日甚一日。
尽管有国王的历次诏令、邦议会的三令五申和本地领主与行政官员多次警告，民众还是不肯放过卢梭，只要他走在路上，向他投过来的石头就在他周围乱滚。一天夜里，卢梭被一阵突如其来的响声震醒——有人用石头砸他们的门窗。石头像冰雹似的飞到长廊里，连在那里起初还汪汪直叫的狗也被吓得不敢作声，躲到一个角落里，对板壁又咬又抓，拼命想要逃出去。卢梭赶忙起床，正要向厨房走去，突然飞来一块石头，打破了卧室的窗户，直砸到床脚下。他躲躲闪闪跑进了厨房，戴莱丝也浑身哆嗦着跑了进来，俩人紧贴着墙壁，以防被石头击中。幸亏邻居的仆人听到响声后出外求援，警卫队赶到后才阻止了这场骚乱。这时，卢梭住室的前廊已积满了石头，房主见此场面不禁惊叫道：“上帝啊，简直是个采石场了！”
事件发生后，一些头面人物来看卢梭，劝他快离开这个教区避避风头，因为他在这里再也不能安全体面地住下去了。卢梭也忍受不了这样的生活，想找个偏僻的地方隐居下来。以前他曾到过比埃纳湖中的圣皮埃尔岛上旅行过，很迷恋那里的自然风光，希望到那个岛上去居住。经过吉斯勋爵和岛上的上层人物接触，得到该岛的所有者伯尔尼人的同意，卢梭便于1765年9月中旬迁到了那里。
圣皮埃尔岛不大，周围约半法里，但能出产和提供生活的主要必需品。岛上有农田、草场、果园、树林、葡萄园，它们分布在起伏多变的丘陵上，互相掩映，使人不能把整个岛一览无遗，所以看上去比实际要大。到了收获葡萄的季节，人们每星期天从邻近的湖岸聚集到这里来跳舞、娱乐，而平时则十分宁静。卢梭觉得在这个岛上居住十分理想，可以与世隔绝，让自己更能陶醉于闲散与沉思生活的甘美之中。初到岛上，卢梭马上就面临生活困难的问题，这里粮食既贵，运输又困难，生活费用就很高。不过每逢自己毫无办法的时候，就有一位幸运之神前来帮助。一位叫贝鲁的先生与卢梭达成了一项协议，由他代替了先前曾答应承揽，后又因为《山中来信》的风波而放弃印行卢梭全集的书商。卢梭把出版全集的一切材料都交给他，由自己担任整理和安排这些材料的工作；卢梭还答应将来把自己的回忆录也交给他，不过规定他只能在卢梭死后加以利用，因为此时卢梭一心只想安安静静地了却余生，不愿再让社会想到他。根据这个协议，贝鲁先生负责支付卢梭终身年金，用它就可以解决卢梭自己的生活问题了。另外，还有吉斯勋爵的资助及其他收入，即使卢梭死后，戴莱丝的生活也没有问题。
生活方面有了保证，卢梭心里就踏实了。对那些诬陷和仇视他的人，也用宽容的心情来对待，他认为所做的一切都是经得住检验的，可以把自己的一生交给他们去进行批判。他确信通过自己的许多过失和软弱，通过他不能忍受任何羁绊的本性，人们总会发现一个正直而善良的人。他无怨无艾，不嫉不妒，勇于承认自己对不起别人的地方，更容易忘记别人对不起自己的地方。他只在缠绵温厚的感情中寻找他的幸福，对任何事都真诚到不谨慎的程度，真诚得令人难以置信的忘我程度。卢梭以平静的心态审视着自己的过去，他意识到：浪漫盘算的年龄过去了，剩下来的只有最后一个希望，那就是无拘无束地在永恒的懒散中过日子。
当然他所向往的懒散，不是一个游手好闲者终日无所事事，而是儿童式的闲逸：他不停地活动着，而又什么也不做；或者说是胡思乱想者的闲逸：浮想联翩，而身子却在呆着。这种心境下的卢梭，常忙一些无所谓的小事，什么都做一做，什么都做不完。有时，他长时间盯住一只苍蝇看它的一切动作，有时又恨不得搬起一块岩石，想看看底下到底有什么东西。卢梭一向爱水，而小岛上四处可以见到水。每次一见到水，他就沉入那滋味无穷的遐想。天气晴朗的时候，他一起床就跑到西部一块地势较高的平台上去，呼吸早晨那清新的空气，极目远眺湖对岸的天际，湖岸和沿湖的山岭构成了一片赏心悦目的景色。
当然，他也还做一些他以前做惯了的事情，像写信、整理一下书籍和文稿。《忏悔录》的第一章就是在这里写成的。在这里，他最用心做的就是研究植物学。他对小岛上的植物产生了浓厚的兴趣，以至于把整个岛当作一个植物园了。每当需要进行观察或验证一种植物时，他就跑到树林里或草地上去，胳臂下夹着一本书，到那里就在他要研究的植物旁边躺下，从从容容地观察植物生长的状态。
下午的时间，他就不做这些事情了。常常独自跳上一只小船，任凭它由风吹水推，自己沉醉于无目的的遐想之中。有时候心头一热便叫出声来：“啊！大自然啊！我的母亲啊！我现在是在你单独的守护之下了，这里绝没有什么奸诈邪恶的人插在你我之间了。”
卢梭和戴莱丝寄宿在岛上的惟一住户、医院的出纳员家里。出纳员的妻子和常到她家里来的她的姐妹对戴莱丝很好，卢梭也常和她们一起散步。人与人之间关系和谐，加上美好的自然风光，卢梭感到生活无比幸福，恨不得就在这甜美的生活中度过自己的一生。
可惜好景不长！卢梭在岛上只住了两个月，伯尔尼议会就下达命令，要他搬出这个岛并离开他们的辖境。在寒冷的冬季到来之际，驱逐一位体弱多病的老人出境，实在有违人道。气愤之下，卢梭恨不得立刻就走。但毫无准备，走到哪里去呢？无论他逃到什么地方，有人不是煽动民众反对他，就是用公开的强制的办法驱逐他。这一连串的灾难，已使他心灰到了极点。
正在他无计可施的时候，伯尔尼邦又来了一个更加残酷的补充性命令，限他在24小时之内离开岛屿和该共和国的一切直接或间接领土，永远不得重来，否则定予严惩。一向对卢梭爱护备至的吉斯元帅及时了解到卢梭的遭遇，邀请他到柏林去，卢梭让戴莱丝为他看守书籍和衣物，在岛上过冬，把文稿交给了贝鲁，第二天早晨就朝着柏林出发了。卢梭离开岛屿来到比埃纳时，遇到了不少邻近地区闻讯来看望他的人。其中有个年轻人劝卢梭到他那里落脚，说那里虽属于伯尔尼邦，但它是个自由市，不接受任何人的法令。而且这个名叫韦尔得勒迈的青年的家庭在该市享有最高的威信，他要代表那里的公民欢迎他，希望在那里看到卢梭忘掉过去受到的种种迫害。法国大使馆秘书巴尔泰斯先生也劝卢梭住到比埃纳市。在不少人的挽留下，卢梭决定在比埃纳留下来，至少住到开春。
那个叫韦尔得勒迈的年轻人给卢梭找到了房子，那是第四层楼的后楼一个小房间，很不像样。他住下来后，就再也看不到挽留他时人们所表现的那股热情了，到处都是冷冰冰的面孔。住下来不到3天，卢梭就发现那里正酝酿着一场针对他的可怕的骚乱。有人还告诉他，又要把他从比埃纳市驱逐出去了。这时候，原先那些坚持留他住下来并保证他不受扰乱的人一个也见不到了，卢梭又一次陷入孤立无援的悲惨境地。幸亏尼多的法官及时赶到，送给卢梭一份以他的名义签发的护照，好让卢梭自由地穿过伯尔尼邦边境。卢梭费了很大的劲才找到一辆车，离开了那个使他伤心透了的地方。离开比埃纳后，卢梭没有去柏林和吉斯勋爵会面，而是辗转多处，与戴莱丝会合后，于1766年1月来到英国伦敦，住到了著名哲学家休谟先生家里。
卢梭和休谟早就互相敬慕，见面时都很高兴。但相处在一起时却很少有共同语言。卢梭后来还发现，休谟和自己在法国的那些敌人有交往，本来就多疑敏感的卢梭，把休谟看成了阴谋反对自己的代理人之一，甚至把好心帮助他来到英国休谟家的布弗莱和韦尔德兰两位夫人也都看成是参与迫害他的阴谋家了。他认为两位夫人之所以劝他到英国来，只是为了帮助他的仇人更好地监视他，而休谟是与在法国跟他为敌的那些哲学家（指狄德罗、霍尔巴赫等）串通一气的。经过多年的颠沛流离，接连不断地受到攻击和敌视，卢梭精神上受到极大的摧残，患上了“被迫害狂症”，其特点是疑心极强，仿佛周围的一切人都想迫害他。连帮他出版《爱弥儿》的卢森堡夫人后来他都怀疑。他的这种病症早在几年前就种下了病根，其表现为，即使在宁静惬意的环境里，也是忧心忡忡地担心灾难随时会降临，像在圣皮埃尔岛上那些日子里，总有被撵出岛的预感，精神上摆脱不了担惊受怕的重负。到英国时他的被迫害狂症进一步加重，带着怀疑的心态和休谟相处是不会和谐的。休谟不知道，也难以体谅卢梭的心态，后来又把卢梭精神错乱的秘密告诉了法国百科全书派的哲学家们，这就更使卢梭对他产生了不可和解的仇恨。不久，卢梭离开了伦敦，迁往英国另一个城市伍顿。在那里，他继续写作《忏悔录》，到当年年底完成了第一章到第五章的前半部分。这时外界传闻有人策划焚毁这本书，卢梭非常担心，便想离开英国到别的地方居住，还想回到欧洲本土；戴莱丝表示赞同，因为她母亲已经去世，需要她回去料理后事。卢梭要返回本土的消息在欧洲传开后，不少人给他写信，表示愿意提供住处，这使卢梭深受感动。1767年初，卢梭整理行李，将多余的书变卖，以减少旅途的负担。卢梭的朋友培鲁先生介绍他和戴莱丝去史泊丁城投靠塞吉先生，他们在那里没有停留多久，于1767年5月初抵达英国东南部的多佛港，准备乘船前往法国的加莱港，但当天遇到风暴，轮船无法启航，第二天他们到达了加莱港，结束了近5年的国外逃亡生活。
