1. 深夜南逃后的沮丧
1942年3月11日傍晚，鱼雷快艇指挥官约翰·巴尔克利将PT－41号鱼雷快艇开进了科雷吉多尔港。甲板上高高地堆放着备用的汽油桶。乔纳森·温赖特少将，来到码头最后检查一下准备工作情况，并准备同麦克阿瑟等人告别。麦克阿瑟走后，巴丹和科雷吉多尔的部队由他指挥。挂着四星徽章的高级轿车很快开来了。麦克阿瑟只带7公斤重的小箱走下车子，看上去面容疲惫憔悴。每个随员只许带一个箱子和一个装罐头的食品袋。在快要离开时，麦克阿瑟让赫夫把四星徽章从车上摘下来一起带走。
同温赖特告别，令人感到心酸。他们两个人握过手，麦克阿瑟将一盒香烟和两瓶刮脸膏作为礼物送给温赖特。他说：“如果我能到达澳大利亚，你知道，只要有可能我会尽快回来的，能带来多少部队就带来多少。你得在这里坚守。”然后，麦克阿瑟举起他的软战斗帽，向送行的人致意告别，便登上了鱼雷快艇。
巴尔克利指挥的PT—41号鱼雷快艇上的乘客一共有9人：麦克阿瑟、琼、阿瑟（带着他心爱的玩具兔子）、阿珠、赫夫、萨瑟兰和其他三名军官。他们都在拥挤的快艇后部安顿下来。巴尔克利启动发动机，驾艇小心翼翼地穿过了海湾出口处的布雷区。在预定的集合地点同其他3艘鱼雷艇（PT－32、34、35）会合了。它们载着另外13名乘客，其中有麦克阿瑟的情报官查尔斯·威洛比、通信官斯潘塞·艾金和海军少将弗朗西斯·罗克韦尔。
那是一个漆黑的夜晚，鱼雷快艇高速航行在茫茫的大海上。因为阿瑟和阿珠占了铺位，麦克阿瑟和琼只好坐在下层后舱木地板上。赫夫回忆说鱼雷快艇像“软木塞”一样在海面上颠簸着。除琼和赫夫之外，其他人都晕船，现出一副可怜相。此时，麦克阿瑟对决定乘鱼雷快艇撤退，说不定已开始后悔了。
4艘鱼雷艇仍然保持着密集队形，向塔加瓦延开去，那是一个未被日军占领的小岛。要是日本舰只发现了他们，按计划巴尔克利将高速逃离，其他3艘则去迎战。可是后来在黑夜里，4艘鱼雷艇在大海上相互间失掉了联系，各自单独向预定集合地点航行。所幸的是谁也没有碰上日本舰只。
次日清晨，在黎明的微光中，PT－32号艇的艇长看见似乎有一艘日本驱逐舰快速追过来。艇长反应迅速，立即清理甲板准备战斗。他丢弃了备用的汽油桶，准备好了鱼雷发射管。这时乘坐该艇的艾金将军劝告艇长要在确实弄清情况后再开火。他照办了，也幸亏这么办了。他们很快弄清，所谓“驱逐舰”却是巴尔克利的PT－41号鱼雷艇。
由于途中PT－32号和PT—41号艇的发动机都出了故障，他们在下午5点左右才到达塔加瓦延。另一艘鱼雷快艇PT－34（罗克韦尔在艇上）已在那里等候。但鱼雷快艇PT－35号，却不见踪影，原来它已独自驶向最终目的地棉兰老岛的卡加延去了。
原计划“大鲹鱼”号潜艇在当天晚上到达，接他们去澳大利亚。因罗克韦尔海军少将预言那天夜晚海上会比较平静，于是他们决定继续乘鱼雷快艇去卡加延，而把燃油不足的PT－32艇留下，以便潜艇到达后，把麦克阿瑟一行已乘鱼雷快艇前往棉兰老岛的消息告诉艇长。
下午6点30分，PT－34和PT－41号艇由塔加瓦延启航，向卡加延驶去。启航不久，天还不太亮，巴尔克利发现了一艘日本巡洋舰，两艘鱼雷快艇立即高速逃去。显然他们未被发现，但敌情是确实无疑的，两艘艇上的人都紧张异常。那天夜里海上风大浪高，令人胆战心惊。麦克阿瑟又晕船了。
后来，赫夫回忆说，那天晚上他经历了一生中“最不可思议的两个小时”。大约在午夜时分他刚打了个盹，麦克阿瑟把他叫醒了，滔滔不绝地同他说了两个多小时。麦克阿瑟回顾了近6年来在菲律宾的工作情况，他为加强防御力量所做的努力，战争的爆发和吕宋的抵抗运动。他大概“把想到的话都说出来了”。赫夫回忆说，此事“有点离奇”，“很富于戏剧性”，“很使人伤感”。“他一定是认为自己被人们从顶峰上推了下来”。
那天晚上，他们又未能按预定时间到达目的地。拂晓时，他们距卡加延还有3个小时的航程。大家都警惕地注视着空中和海上，看是否有日军的巡逻飞机或舰只。靠近港口时，他们还不敢肯定那里是否已落入日本人的手中。
鱼雷艇驶进港口后，大家祝贺巴尔克利出色地完成了任务，他们这次通过敌人控制的水域，航行了近900公里。不久，他们看到PT－35号鱼雷艇也到达了，大家都松了一口气。
驻卡加延的美国陆军司令威廉·夏普准将告诉他们说，虽然日军就在附近，可是德尔蒙特机场仍然可以使用；但澳大利亚派来的3架破飞机，途中坠毁1架，因故障返航一架，剩下那架勉强飞到这里，但已不适合执行这项任务，打发它回去了。
尽管日军就在附近，他们也只好在卡加延等待。麦克阿瑟气得暴跳如雷。他发电报要求派安全的飞机来接他们。他们等了三天半，在澳大利亚的美国海军起先不理睬麦克阿瑟的要求，最后才勉强派了3架崭新的B－17飞机来。飞机于3月16日傍晚到达德尔蒙特。经过近1500公里的飞行之后，飞行员们都精疲力竭了，但他们喝过咖啡后，很快便载着麦克阿瑟一行起飞了。
快飞到澳大利亚时，他们得到消息，说日军飞机正在空袭他们要降落的达尔文机场。于是飞机调头飞往距达尔文80公里的巴切勒机场。他们于3月17日9点30分着陆。以后他们转乘飞机和火车，到达了澳大利亚南部的墨尔本。在途中，应记者的要求，麦克阿瑟发表谈话：
“就我所知，美国总统命令我冲破日本人的防线，从科雷吉多尔岛来到澳大利亚，目的是组织对日本的反攻，主要目标之一是解放菲律宾。我现在脱险了，但我会打回去的。”
麦克阿瑟逃离科雷吉多尔的消息立即成为人们谈论的中心，成为二次大战期间一个鼓舞人心的故事。当时是美国历史上暗淡的时期，军事上一事无成，麦克阿瑟竟然耍弄了狡诈的日本人，使大家感到很兴奋。再加上罗斯福授予他荣誉勋章，更给他的事迹增添了光彩。
到澳大利亚以后的一段时间，是麦克阿瑟一生中最为消沉沮丧的日子。虽然他获得了崇高的荣誉，像他父亲一样获得了荣誉勋章（这种父子都获得荣誉勋章的事，在历史上是绝无仅有的），在澳大利亚又是一个路人皆知的英雄，可实际上，他内心正在忍受着痛苦的煎熬。
麦克阿瑟来到澳大利亚时，本来满怀希望地想从这里率领一支强大的军队打回菲律宾去，解救被围困在巴丹和科雷吉多尔的部队，可是他所看到的却是另一番景象。在整个澳大利亚，只有不到2.5万名陆军和空军人员，而且大部分是工兵和后勤部队，甚至连一个作战师也没有。空军总共只有大约250架飞机，仅有一小部分能用。盟国海军有6艘重巡洋舰和轻巡洋舰，以及美国亚洲舰队的25艘潜艇。这些潜艇都需要彻底检修；艇长和乘员经过4个多月的战斗生活都感到精疲力竭了，大肆吹嘘的所谓超级鱼雷其实根本无用，也使士气一落千丈。
大话他已说出去了，可现在他这个光杆司令拿什么打回去呢？那时就有人称他为“坐冷板凳的将军”。新闻记者克拉克·李曾这样写道：
“当将军发现在澳大利亚的军事力量是那么薄弱，毫无希望援救他在菲律宾的部队时，确实感到大吃一惊。……他常常既伤感又无可奈何地说道：‘上帝怜悯我们吧。’”
当时，不要说没有反攻的兵力，就连澳大利亚自身也处于危险之中。日本人除了在婆罗洲、苏门答腊、爪哇和帝汶岛横行外，还占领了澳大利亚的领土新不列颠。他们以新不列颠为前进基地，继续用武力向西南和东南推进。他们在新几内亚的莱城和萨拉茅阿建立了基地，入侵布干维尔岛，并直接威胁澳大利亚前哨基地莫尔斯比港。日军占领所罗门群岛，对盟军从夏威夷至澳大利亚的海上通道和各补给基地，都是致命的威胁。
只有700万人口的澳大利亚随时都可能遭到日本人的侵袭，恐惧笼罩在人们的心头。澳大利亚的军事防御力量本来就薄弱得可怜，仅有的一点队伍又大部分是民兵，根本不可能击退日本人的进攻。当时，澳大利亚军事决策人已经准备撤退到“布里斯班防线”一带，把澳大利亚约3/4的领土拱手送给侵略者。这样一来麦克阿瑟不但没有营救出他在巴丹的部队，反而面临着这样一个令人痛心的现实，即澳大利亚本身也有可能变成另一个巴丹。对这个失败主义的消极战略，麦克阿瑟是坚决反对的，作为久经沙场的一员老将，他深知大敌当前，只有坚定信心才能取得最后胜利。
到墨尔本后不久，麦克阿瑟曾驱车500多公里，到堪培拉会晤澳大利亚总理约翰·柯廷。因为有共同的利益把他们联系在一起，他们的会晤取得了圆满成功，达成了“通力合作，坚持到底”的共识。在为麦克阿瑟举行的宴会上，他发表了讲话：“我们深信我们将取得最后胜利，这是任何人都阻挡不了的。为了实现我们共同的奋斗目标，我今晚在这里，向各位明确表示我们誓死夺取胜利的决心。”
此后不久，麦克阿瑟领导制订了一个积极的防御计划。这个计划的要点是：把防线推移到巴布亚东部，在新几内亚的欧文·斯坦利岭阻击敌人，即是在境外进行保卫澳大利亚的战斗。这个作战计划使人们受到鼓舞，也使军界一些人士感到困惑，因为预定的战区自然条件极为恶劣，实现这个计划的可能性不大。关于这个计划，麦克阿瑟后来写道：“这是我最困难，最危险的决定。它后来成为世界上最具战略意义的决定……一切都按着我的预计实现了，澳大利亚因此得救了。”
按照官方的说法，麦克阿瑟虽然人在澳大利亚，但仍然负责指挥巴丹、科雷吉多尔和菲律宾其他地区的部队。他也有十分正当的理由要求保留他的指挥权。如果把指挥权交给温赖特，当温赖特被迫投降时，温赖特就有权下令让美国在整个菲律宾的所有部队投降。只要麦克阿瑟还掌握着全部指挥权，温赖特就只能让巴丹和科雷吉多尔的部队投降，而其余的部队还能继续坚持战斗。
华盛顿显然不赞同这种观点，不然就是对麦克阿瑟不予理睬。3月20日，陆军参谋长马歇尔在未告知麦克阿瑟的情况下，就在一份送给温赖特的电文中，称他为“美国陆军远东总司令”。麦克阿瑟得知此事之后，向马歇尔提出抗议，陈述他的看法。马歇尔电告他“并没有把他解职”，但认为他在澳大利亚指挥美国在菲律宾的部队是不现实的。麦克阿瑟用外交语言告诉马歇尔，他“打心眼里赞同”华盛顿的安排，但在私下里他却感到十分愤怒。
1942年4月3日晚上，已得到增援的日军在飞机、大炮狂轰滥炸之后，开始向巴加克—奥里翁一线大举进攻。此时的巴丹守军已被恶劣的自然环境和饥饿拖垮了，个个骨瘦如柴，有的连枪都举不起来了，哪里还有战斗力。在日军的猛烈进攻面前，他们毫无还击之力，纷纷弃阵而逃。温赖特部队在巴丹的司令官小爱德华·金少将报告形势危急，他的部队无法再坚守了。
罗斯福总统在2月间颁发的“不准投降”的命令还没有解除，麦克阿瑟又从澳大利亚电令温赖特，“在任何情况下”都不许投降。“如果食物弹药不足”，麦克阿瑟说，“你们可以对敌人发动一次进攻，从敌人那里夺取。”同时附上一份详细的进攻计划。麦克阿瑟又向马歇尔报告说，他准备返回巴丹，亲自率领部队进行反击。尽管已毫无希望了，温赖特把这一切都转告了金少将，要求他立即进行反攻。金少将在冷静地分析情况后，认为不但反攻是不现实的，连守住阵地都很困难了，他的阵地已被日军分割，部队正在溃散。
4月8日下午，金少将发出了绝望的呼喊：“我们已经不能进行抵抗了！”到了午夜，为了挽救部下的生命，他命令在早上6时挂起白旗投降。他事先没有请示温赖特，因为他不想让温赖特承担责任。
4月9日早上，美菲军阵地上挂起了白旗。9时，金少将乘车去日军司令部，把手枪放在桌子上，就这样有7.5万人的美军投降了，这在美军历史上是没有先例的。
虽然是意料中的事，但巴丹美军投降的消息得到证实后，麦克阿瑟还是感到震惊、气愤和沮丧，并且无计可施。
这7.5万名饥病交加的俘虏兵，被日军驱赶着在丛林中长途跋涉100多里前往圣费尔南多战俘营。一路他们很难得到食物，坚持不住的，不是弃在路边就是被刺刀挑死。这次可怕的“巴丹死亡行军”，夺去7000多名战俘的生命。
麦克阿瑟得知“死亡行军”的详情时，伤心得流下了眼泪，他发誓要打回巴丹，报仇雪恨。为此，他把自己的“吉恩”号专机改名为“巴丹”，连司令部的代号也叫“巴丹”。当后来他的部队在布纳取得第一次胜利后，他只说了一句话：“在巴丹阵亡的将士今晚可以安息了。”
日军保间中将继续小心翼翼地向前推进，一直等到5月5日，他才率部登陆。那时，罗斯福已经放弃了“决不投降”的政策。5月6日中午，温赖特下令在科雷吉多尔升起白旗。
正如麦克阿瑟所担心的那样，保间要求温赖特命令菲律宾的部队全部投降，不然，就要屠杀科雷吉多尔岛上的1.1万多人。5月7日，温赖特通过无线电命令整个菲律宾的美国部队全部停止抵抗。麦克阿瑟被激怒了，他要求剩下的部队不惜一切代价继续战斗。他电告在棉兰老岛的夏普将军：“温赖特将军发布的命令无效。”他还给马歇尔发电报说：
“我相信温赖特不过是一时失算，他的处境使他容易被敌人利用。”但这一切都是徒劳的。夏普和别的人都投降了——他们害怕在科雷吉多尔的部队遭受大屠杀。
麦克阿瑟在菲律宾的部队完蛋了。他认为温赖特没有做任何努力去抵抗，所以不能原谅他。当华盛顿建议给温赖特颁发荣誉勋章时，麦克阿瑟持反对意见，他认为别的人更有资格受领。由于马歇尔和陆军部长斯廷森坚持，温赖特还是得到了那枚勋章。
在麦克阿瑟还没有从驻菲美军投降的打击中恢复过来，他又受到一次新的打击。他曾经猜测，他会被任命为整个太平洋战区的最高司令官，由他单独指挥对日作战。马歇尔将军原来也是这么打算的，但是海军上将金认为，太平洋战争在很大程度上是一场海战，他不信任麦克阿瑟，因而反对这项任命。他认为，太平洋战区应当由一名海军将领来指挥。结果达成一种妥协解决方式，英美联合参谋部把巨大的太平洋分成两个独立战区：驻珍珠港的切斯特·尼米兹海军上将指挥的太平洋战区和麦克阿瑟指挥的西南太平洋战区。这样一来，麦克阿瑟就要与一位资历不深的海军将领平起平坐了。这个地位比他预计的低多了，这使他感到难以忍受。
麦克阿瑟认为，华盛顿一直在耍花招，先是让他离开他在菲律宾的部队，去澳大利亚寻求根本不存在的援助。华盛顿方面从他手中夺去他在菲律宾的指挥权，交给了温赖特，这个人不去进攻，却反而可耻地投降了。华盛顿曾让他相信他将指挥太平洋战区，而后却又让他自己和尼米兹平分秋色。他真正拥有的，不过是澳大利亚未经训练的少量部队，而这块大陆本身也在受到威胁，即使他能守住澳大利亚，也要好多年才能打回菲律宾去。在气头上，他甚至指名道姓地攻击马歇尔，说海军部是个“阴谋小集团”，还说过，他最凶恶的敌人“不是在前线，而是在我背后的华盛顿”。
麦克阿瑟在墨尔本住了下来，在澳大利亚设立了军事指挥中心。他和琼、阿瑟、阿珠，以及他的参谋人员住在孟席斯饭店六楼。
麦克阿瑟一家常常应邀出席社交活动，在公共场合露面和发表谈话，但是除了与澳大利亚总理约翰·柯廷有密切的私人交往和工作关系之外，他们基本上不与别人交往。
在这段接连遇到挫折的日子里，麦克阿瑟对儿子更加关注了。赫夫回忆说，将军从在菲律宾时就开始了，每天早晨都要给阿瑟一件新礼物，实际上是两件同样的礼物，以便阿瑟能把一件给他的小伙伴。“有时我们很难找到不同的礼物”，但是因赫夫同国内一家玩具公司的一个海军老伙伴保持着联系，解决了这个问题。
除了家庭生活之外，麦克阿瑟的活动范围就局限在他的司令部了。以萨瑟兰为参谋长的参谋部几乎全都是由“巴丹帮”的人组成的，他们像琼一样以麦克阿瑟为中心，组成了一个怨恨和怀疑“外人”的排外集团。
2. 扭转“风向”的海战
不管麦克阿瑟有多么大的误解，其实华盛顿方面，特别是马歇尔正在想尽一切办法给麦克阿瑟调遣人员和武器装备。还在麦克阿瑟到达澳大利亚之前好久，罗斯福和英国首相温斯顿·丘吉尔就已决定，必须拯救澳大利亚，以便把它作为最后反攻日本的跳板。大约在麦克阿瑟到达澳大利亚的时候，罗斯福和丘吉尔就已经同意，把一直在北非作战的三个一流的澳大利亚帝国陆军中的两个师调回澳大利亚。此外，马歇尔将军还下令将第32和第41美国陆军师（当时正在美国受训）立即运往澳大利亚，随同一道运去的还有一些防空分队、工兵分队和支援部队，使美国部队的总数达到10万人。马歇尔还下令，迅速建立一支约有8个大队的以澳大利亚为基地的空军，使轰炸机和战斗机总数达到535架。金海军上将还派去了6艘驱逐舰、2艘潜艇补给船及6艘老式的S级潜艇。同时，他还计划彻底检修在澳大利亚基地的20艘潜艇，使其适应战争的需要。澳大利亚制订的扩军计划也正在实施。
为协调指挥盟军部队对日作战，麦克阿瑟被任命为西南太平洋盟军的总司令，他不仅要指挥美国的部队，而且还要指挥澳大利亚、荷兰、新西兰和其他国家的部队。有好几个国家的军官在这个“国际性的”司令部里工作。麦克阿瑟指定澳大利亚的托马斯·布莱米将军指挥地面部队，可是其他关键性的领导岗位都被美国人占了。乔治·布雷特中将代替布里尔顿当了盟军空军司令。盟军海军司令是美国海军中将赫伯特·利里。萨瑟兰仍当参谋长。“巴丹帮”的其他人员受命担任剩下的高级职务。
麦克阿瑟根本不信任他的三个高级司令官。布莱米的职务不过是礼仪性的，麦克阿瑟及其总司令部玩弄各种花招，总是越过他，实际上在指挥地面部队。直到这时，麦克阿瑟还在怨恨海军不去救援他在菲律宾的部队，他就拿利里出气。他还因克拉克机场的惨败而抱怨空军，先是一连八天拒绝接见空军司令布雷特，见面以后又是一阵严厉的申斥。在这个令人不愉快的司令部里，鲁道夫·费比恩的“卡斯特”密码破译分队才是一件真正有价值的“秘密武器”。它作为战争的耳目一直完好地保存下来，如今它驻在墨尔本澳大利亚皇家海军情报处层层设防的蒙特雷大楼里。在行政上，“卡斯特”还是受美国海军的控制，但是它搜集到的绝密情报，每天都送给麦克阿瑟。这些情报使麦克阿瑟几乎在战争的每一个环节上都胜日本人一筹，成为一名料事如神的总司令。
“卡斯特”分队在墨尔本建立后不久，就获得一份激动人心的情报，可以说是二次大战中最有价值的情报之一。这是一份日军的作战命令，详细地说明了日本人在位于新不列颠岛上拉包尔的作战意图：他们将在5月初发动一次钳形攻势，实施两栖作战，企图以大部分兵力占领巴布亚的澳大利亚前哨阵地莫尔斯比港。一股小部队将在所罗门群岛的图拉吉岛登陆，在那里建立水上机场，以支援莫尔斯比港作战，并为以后入侵新喀里多尼亚、斐济和萨摩亚铺平道路。入侵部队将由强大的海军部队支援，参加行动的有“翔鹤”号和“瑞鹤”号重型航空母舰，“祥凤”号轻型航空母舰，外加许多艘巡洋舰和驱逐舰。
华盛顿和珍珠港得到情报以后，都认为这个情报很珍贵，应该在美军航空母舰安全有保障的海域，给进攻莫尔斯比港的日军一次决定性的打击，最后决定尼米兹和麦克阿瑟采取联合行动。尼米兹将派出“约克城”号和“列克星敦”号两艘航空母舰（他的另外两艘航母“大黄蜂”号和“企业”号交给了吉米·杜利特尔去袭击东京），以及一些护航巡洋舰和护航驱逐舰。麦克阿瑟将派出能够出海作战的水面舰只和潜艇，并派出他所能拼凑起来的陆上轰炸机去执行侦察和轰炸任务。
5月4日至8日，日军和盟军部队在海上遭遇，进行了有名的珊瑚海大战。双方的航空母舰互相对垒，在视线以外以舰载飞机为武器互相发动攻击，这在历史上还是第一次。在4天的激烈混战中，美国舰载飞机击沉了日军“祥凤”号轻型航母和一艘入侵莫尔斯比港的大型运输舰，重创“翔鹤”号重型航空母舰。日本飞机击沉了美国驱逐舰和油船各一艘，击伤“约克城”号和“列克星敦”号两艘航空母舰。排水量为4.2万吨的“列克星敦”号很快就被无法控制的大火吞没，美国海军用鱼雷把它击沉了。从战术意义上讲，这次战役是以美军失败而告终，但从战略意义上讲，是美国胜利了。入侵莫尔斯比港的日军部队掉头撤走了，这是日军开战以来，第一次未能达到既定的目标。日本海军不可战胜的神话被打破了，盟军方面受到很大的鼓舞。尼米兹说，这是“一个将产生深远影响的决定性胜利”。
麦克阿瑟的海军和空军部队在战斗中只起了微小的作用。布雷特的少数几架飞机轰炸了莱城、拉包尔和布干维尔的基地，并执行了照相侦察任务。由于误会，布雷特的轰炸机攻击了麦克阿瑟支援尼米兹的美澳小型舰队（3艘巡洋舰，2艘驱逐舰），炸死9人，幸亏没有击沉舰只。
这次战役之后不久，大约在5月18日，“卡斯特”破译人员进一步提供了关于日军作战意图的有价值的情报。看来日军正准备在中太平洋地区采取一些重大的行动，不过到底是什么行动，还不得而知。无论采取什么行动，为了切断从美国和夏威夷至澳大利亚的交通线，日军必将会进一步向所罗门群岛推进，夺取除图拉吉之外的新喀里多尼亚、斐济和萨摩亚。此外，夺取莫尔斯比港仍然会被列在计划之内。但可能不是一场海战，日本人大概会在布纳登陆，再从陆上派出部队——越过海拔4000米的欧文斯坦利山脉——从背后进攻莫尔斯比港。
经过紧张而艰苦的努力，在珍珠港的“海波”分队终于破译了日军密码。日本海军上将山本五十六将向中途岛发动一次大规模进攻。中途岛是个面积只有4.7平方公里的小岛，地处连接美洲和亚洲大陆的太平洋航道的中部。日军夺取中途岛的目的在于建立海军航空兵基地，同时诱出美国太平洋舰队并将其歼灭。破译人员准确地提供了有关作战命令的情报，甚至得知“翔鹤”号在珊瑚海遭重创，“瑞鹤”号损失了它的飞机，因而这两艘航空母舰都不会参加这次战役。
美日海军于6月3日至6月6日，在中途岛海域进行了激烈交战。较量的结果，日本海军受到了致命的打击，共损失4艘航空母舰、1艘重型巡洋舰、340架作战飞机、2400多名水兵和飞行员。美军损失1艘航空母舰、1艘驱逐舰和150架作战飞机。正如海军历史学家沃尔特勋爵所说的那样，对尼米兹和美国海军说来，这是一次“难以置信的胜利”。在一个月内发生的两次海战中，美军给予日本海军航空兵以沉重的打击，从此它再也没有恢复元气，日军在海上发动进攻的能力被大大地削弱了。
日军接连两次受到重创丧失了海空控制权和战略主动权，只得放弃南进夺取新喀里多尼亚、斐济和萨摩亚的计划。太平洋的“风向”开始转了。这就促使美国的太平洋战略发生了转变，在太平洋战争爆发半年后，决策者们开始认真考虑战略反攻的问题了。大部分计划都集中在占领新不列颠岛上拉包尔的日军基地。如能占领这个基地，就能阻止日军继续向前推进，并迫使它后退至1100多公里之外的中太平洋基地特鲁克。
6月初，即中途岛大捷后不久，麦克阿瑟向华盛顿提出了一个大胆的作战计划：直接对拉包尔实施两栖攻击。他认为拉包尔那里“防御薄弱”，使用他指挥下的有效的攻击力量，再加上尼米兹的一个两栖作战师和航空母舰的支援，他就能像吃顿快餐一样迅速地攻占拉包尔。接着，又向华盛顿呈送了称为“塔尔萨-1”和“塔尔萨—2”作战计划，预计占领拉包尔的时间短得惊人，分别为14天和18天。麦克阿瑟之所以能提出如此大胆的计划，一是因为他的军事实力已得到了明显的加强；二是他受到两次海战的刺激，不甘心落在海军后面，他要争得太平洋战争的指挥权。
马歇尔将军和他的谋士们对麦克阿瑟提出的计划很感兴趣，但当马歇尔把计划提交参谋长联席会议讨论时，却受到了海军的冷遇。金海军上将认为，麦克阿瑟计划根本不现实。那时，日军在拉包尔以外还有6个空军基地，怎么可能在短时间内摧毁它们呢？（麦克阿瑟的战斗机从现有的基地上起飞达不到拉包尔，不得不单纯依靠无护航的轰炸机。）如果不能摧毁这些基地，日军飞机肯定会袭击航空母舰和海上的舰只。即使澳大利亚和美国部队都上岸，仍然还有很大的问题。拉包尔根本不是“薄弱环节”，从莫尔斯比港返回来的“日军有数千精锐部队仍在拉包尔。此外还严重地缺乏运输舰只，根本不能在短时间内将麦克阿瑟3个师和一个陆战队师从澳大利亚运过去。
金海军上将仍然希望太平洋战争主要由海军来露一手，而把麦克阿瑟的部队降到支援部队的地位。他傲慢地命令尼米兹准备一份由海军和陆战队占领拉包尔的作战计划。当麦克阿瑟得到这些消息时，感到非常气愤。不管怎么说，拉包尔在他的战区范围之内。6月28日，他给马歇尔发去了一份电报：
“十分清楚……海军想担任太平洋战争的总指挥，陆军的作用被降到次要地位，任人摆布……”
这封电报在参谋长联席会议上立即引起了轩然大波。陆、海军之间经过激烈争吵，最终总算“非常困难地”采取了一个折衷方案。会议的决议于7月20日送达尼米兹和麦克阿瑟。进攻的目标是拉包尔，不是用麦克阿瑟的迅速推进去占领，而是分为三个步骤进行：第一步由尼米兹实施，后两步由麦克阿瑟实施。第一步，是在8月1日重新占领东南所罗门群岛的图拉吉及其附近岛屿。作战期间，麦克阿瑟将向尼米兹提供陆上的空中支援和有限的海上支援。第二步，是重新占领莱城、萨拉茅阿和东北新几内亚及所罗门群岛中的其他岛屿（新乔治亚、布干维尔）。第三步，即最后一步，是攻占拉包尔。
麦克阿瑟对这个妥协方案是满意的。他经过深思熟虑后，也许已经认识到了拉包尔不可能在14天或18天之内轻易到手。应当从所罗门群岛和新几内亚逐步包抄。在这个计划中，麦克阿瑟承担了分量最重的任务。攻占图拉吉以后，就看他大显身手了。
为了加强领导，尼米兹任命罗伯特·戈姆利海军中将任副司令，负责指挥攻占图拉吉及其附近岛屿的战斗。7月5日，即参谋长联席会议的命令发出三天之后，密码破译人员就向尼米兹报告了令人惊骇的消息，说日本海军修建大队的人员在图拉吉岛附近的瓜达尔卡纳尔岛登陆，正在紧急修建机场。这是不祥之兆，因为一旦机场完工，日军将会重新夺回制空权，还将封锁海上通道。金海军上将不得不修改作战计划，要求部队在日军机场完工前，攻占瓜达尔卡纳尔岛。
几天后，在协调作战计划时，麦克阿瑟提出，在盟军力量得到加强之前，发动进攻只能招致失败，并要求将原定8月1日开始的作战行动无限期推迟。金海军上将在给马歇尔的电报中轻蔑地写道：“3个星期以前麦克阿瑟还说，若能向他提供两栖作战部队和两艘航空母舰，他就能攻下拉包尔。现在他却感到，他不仅不能指挥这场旷日持久的战役，就连图拉吉战役也不敢参加了。”金只同意把图拉吉战役推迟一个星期，由于否决了麦克阿瑟的意见，并坚持向图拉吉—瓜达尔卡纳尔推进。后来，用海军历史学家塞缪尔·莫里森的话说，金海军上将“对战争做了一个最伟大的决策”。
3. 疏忽大意的代价
根据参谋长联席会议制订的攻占拉包尔的作战计划，待尼米兹的部队攻克图拉吉—瓜达尔卡纳尔之后，麦克阿瑟应派兵夺取在新几内亚—莱城和萨拉茅阿，以及上所罗门群岛中的日军基地。对麦克阿瑟何时开始行动，没有特别限定时间，这既取决于副司令戈姆利海军中将能以多快的速度攻下图拉吉—瓜达尔卡纳尔，也取决于他的部队战斗准备所需要的时间。当然，更受到日本反击情况的制约。
尽管日军在珊瑚海和中途岛海战中受挫，但其最高司令部对夺取巴布亚境内的莫尔斯比港的决心没变。莫尔斯比距澳大利亚本土只有430多公里，如能攻占那里的机场，将使他们得以控制整个澳大利亚东北和盟军的海上通道。它还能掩护向所罗们群岛进攻的日军右翼。如失掉莫尔斯比，麦克阿瑟将失去向拉包尔或菲律宾前进的基地。
其实关于日军企图攻占莫尔斯比港的情报，“卡斯特”密码破译人员在5月18日就报告过。他们说，日军下一步企图经由布纳从陆上，翻越欧文斯坦利山脉，从背后攻打莫尔斯比。麦克阿瑟的参谋人员，主要是他的情报官查尔斯·威洛比，认为日军不可能越过崎岖不平，几乎难以逾越的欧文斯坦利山脉，也不相信它有足够的力量对莫尔斯比港造成严重威胁。
威洛比认为：“有人说日军将采取经由陆上的军事行动，从后勤保障困难、通信联络不顺畅和地形复杂的观点来看，是很值得怀疑的。”如果日本人在布纳登陆，其目的只不过是在那里修建机场而已。麦克阿瑟显然同意威洛比的观点，认为日军沿秘密山路翻越欧文斯坦利山脉威胁莫尔斯比港的可能性是完全不可信的。
由于这些原因，莫尔斯比港的防御被忽视了。麦克阿瑟只用一个澳大利亚旅来加强防御，而这个旅是由毫无作战经验的民兵组成的。此外，他还派为数不多的美国工兵，去修建位于莫尔斯比港和米尔恩湾的机场。为保卫机场建设，还派去了少量防空部队。这些机场将作为进攻莱城和萨拉茅阿的前进基地。守卫布纳以及布纳和欧文斯坦利山脉之间地域的少量澳大利亚部队没有得到加强。
到了7月，麦克阿瑟的谋士们认为，在即将发动的莱城—萨拉茅阿战役中，需要在布纳地区修建一个前进机场。当时的形势很微妙，布纳及其周围地区虽然掌握在澳大利亚人的手中，但如果盟军开始在那里修建机场，日本人肯定会作出反应，猛烈的空袭或海上攻击都是可能的。7月中旬，麦克阿瑟批准了在高度保密的情况下修建机场的计划，并暗中分四批派去支援部队（不仅有防空炮兵连，还有步兵）。
在这期间，正如密码破译人员报告的那样，日军正在抓紧进行攻占莫尔斯比港的作战准备，他们在拉包尔集结了大批运输舰只和补给船，以便向布纳运送进攻部队。在布纳附近修建机场的澳大利亚人风闻日军的作战计划后，立即向总司令部作了报告。由于当时总司令部正在从墨尔本向布里斯班搬迁，工作秩序比较混乱，总部对这一重要情报置若罔闻。
7月18日，日军百武晴吉中将在拉包尔码头，为堀井富太郎少将指挥的第17集团军南海支队送行。很快，澳大利亚的侦察机发现了日军运兵船队已从拉包尔出发，便立即报告了总司令部。麦克阿瑟命令布雷特将军出动轰炸机阻止日军登陆。
布雷特将军的B—17轰炸机对拉包尔作了一些零星的空袭。他的飞行员们精疲力竭，士气不振，飞机技术状态也不好，再加上因麦克阿瑟和布雷特之间的关系恶化，麦克阿瑟已决定解除布雷特职务等原因，在日军出动的关键时刻，有两天轰炸机未能出动，故空袭并没有给日军登陆行动造成多大的威胁。
7月22日，日军先头部队3000人在布纳登陆。当布雷特的轰炸机再次升空出击时，为时已晚，他们只击沉了1艘运输舰和1艘登陆舰，日军只有轻微的伤亡。日军登陆后，把数量不多的澳大利亚部队和土著民兵一扫而光，占领了滩头阵地，同时派出一支特遣部队，沿着科科达山路跨越欧文斯坦利山脉，直扑莫尔斯比港，途中他们打垮了封锁小道的一小股澳军和当地民兵。在其后的几天内，又有1.3万名日军在布纳登陆。并将滩头阵地扩大到北面的戈纳。
这突如其来的沉重打击，最初简直使麦克阿瑟不知所措。他不仅失去了首先到达布纳的机会，而且在他进攻莱城和萨拉茅阿之前，还面临着把1.6万名精锐日军部队赶出巴布亚的任务。
当麦克阿瑟和他的总司令部还在迷惑不解之际，日军已向南大踏步地挺进。7月29日，日军轻而易举地攻占了欧文斯坦利山脚下的科科达机场，随后登上山间小路直奔莫尔斯比港。堀井为了加快行军速度，派出一支先遣队在前面用大砍刀在丛林中开路。日军士兵甚至唱着歌从后面追击溃逃的澳大利亚士兵。这时麦克阿瑟又面临着巨大的挑战，他说：
“我指挥76务的队伍已经失败过一次，我要尽最大努力避免第二次失败。”
澳大利亚的一些将领感到悲观失望，他们估计新几内亚是保不住了，于是又谈起退守“布里斯班防线”的事。麦克阿瑟得到消息后说，再也不许散布那些失败主义的论调，不然他就辞职。为了作出坚决抵抗的姿态，他的家属也由远离前线的墨尔本飞到布里斯班。在记者招待会上，麦克阿瑟说：“我们决心在新几内亚保卫澳大利亚。……现在只有一个办法去夺取胜利，那就是进攻！进攻！进攻！”
戈姆利海军中将指挥的陆战队于8月7日在图拉吉和瓜达尔卡纳尔岛登陆了。两个岛屿很快就被美军占领了。但日本海军不甘示弱，在萨沃岛的一次夜战中，突然袭击了戈姆利的海军部队。他们发射了威力巨大的鱼雷，并进行了炮击，摧毁了举足轻重的4艘重型巡洋舰，歼灭了1000名美国和澳大利亚水兵。
8月17日，日军山本五十六将军率联合舰队主力，开赴所罗门群岛以北海域迎击盟军舰队，企图夺回太平洋战场的主动权。8月24日，双方舰队遭遇后发生激战，结果日军损失1艘小型航空母舰和90架飞机；盟军“企业号”航空母舰受到重创，损失17架飞机。此后，拉包尔的日军就开始在夜间用驱逐舰向瓜达尔卡纳尔岛运送去了足够的增援部队，使盟军的作战部队陷入危险境地。
到8月下旬，麦克阿瑟和戈姆利都发现他们已处在危险之中。拉包尔的日军能同时在瓜达尔卡纳尔和布纳两条战线上作战，证明日军比麦克阿瑟所预料的要强大得多。
4. 撤换三军司令官
当总司令部终于意识到布纳处于危险境地时，麦克阿瑟急忙采取措施抗击日军的入侵。他命令善于打硬仗的澳大利亚第7步兵师开赴巴布亚，并让澳大利亚的西德尼·罗厄尔少将指挥巴布亚的所有部队。
这时，“卡斯特”密码破译人员在侦听拉包尔频繁的通信联络时发现，日军正打算在莫尔斯比港右翼的米尔恩湾实施登陆。因为那里有一个比莫尔斯比还优良的港口，美军的3个机场已开始在那里修建，所以米尔恩湾一旦落到日本人手中，那对盟军来说就是个灾难。米尔恩湾距莫尔斯比港只有370多公里，从那里出发，日军可以轻易地在莫尔斯比实施两栖作战。日军轰炸机从米尔恩起飞可以轰炸澳大利亚东北部、莫尔斯比港、瓜达尔卡纳尔，甚至布里斯班的新建空军基地也在其攻击范围内，这将对盟军构成严重的威胁。
这一次，麦克阿瑟对“卡斯特”密码破译人员搜集到的情报很重视，采取了防范措施。他命令澳大利亚第7师的一个旅同支援部队一道赶到米尔恩湾，使那里的总兵力达到9500人左右。一位具有战斗精神的澳大利亚人西里尔·克洛斯少将指挥这支部队，向罗厄尔将军负责，那时他已经在莫尔斯比港设立了司令部。这一切都是在高度保密的情况下进行的，这样就不致使日本人怀疑他们的密码已被破译。
这一次，由于严重地低估了盟军在米尔恩湾的防御力量，日本人上了当。8月25日，他们派1500人实施登陆时，遇到了盟军的空袭和地面部队的顽强抵抗。4天后，日军又派出约800人的增援部队登陆，还是无济于事。经过大约一个星期的激战之后，日军命令残部全部撤退，在海滩上留下了600具尸体。
9月5日，就在日军从米尔恩港败退的同一天，堀井富太郎却率部沿科科达小路又向前跃进了一步。尽管丛林密布，小路崎岖，后勤补给极为困难，还受到澳大利亚军队的阻击，堀井还是取得了很大的成功。
在军事形势仍令人感到担忧的时候，麦克阿瑟撤换了陆、海、空三军司令官。其中海军司令是一个无足轻重的人，而其他两个人，后来成为麦克阿瑟的得力助手，在麦克阿瑟的战斗生活中都是举足轻重的角色。直到战争结束，他们与麦克阿瑟一直同舟共济。
麦克阿瑟的海军司令利里中将由阿瑟·卡彭德上将接替。他平庸无能，好管闲事，对麦克阿瑟没有多大帮助。他的任命是金海军上将轻视麦克阿瑟的又一表现。第一流的海军军官都被派给尼米兹或大西洋舰队去了。在那些岁月里，“麦克阿瑟的海军”只能得到平庸之辈。以澳大利亚为基地的盟军海军主力仍然是潜艇，现在已增加到大约31艘。目前指挥这些潜艇的是两名新调来的军官：小查尔斯·洛克伍德和拉尔夫·克里斯蒂。洛克伍德指挥弗里曼特尔基地的20艘潜艇。他正忙于清除那些胆小如鼠的艇长，着手解决鱼雷失效的问题。洛克伍德是尼米兹的人，6个月后，他就离任前往珍珠港指挥尼米兹属下的潜艇部队去了。
克里斯蒂指挥布里斯班基地的11艘老式潜艇。克里斯蒂远比洛克伍德善于交际，他和卡彭德交往甚密，同麦克阿瑟也建立了亲密的工作关系。他后来成为麦克阿瑟海军中的一颗明星。
克里斯蒂的旧式近程潜艇主要偏重于战术上的应用。他们在所罗门群岛和靠近通往拉包尔的南部海路上巡逻，主要依赖“卡斯特”密码破译人员和侦察机提供的情报，来掌握敌舰的活动情况。在巡逻中，这些旧式潜艇用老式鱼雷击沉了日军大型布雷舰，重型巡洋舰和大型运兵舰各1艘。
潜艇曾经在林加延湾使麦克阿瑟大失所望，可如今在澳大利亚，他简直被潜艇的战绩迷住了。
空军领导也作了意义重大的变动。布雷特在懊恼中乘船回国了，接替他的是51岁的乔治·肯尼。肯尼于7月下旬到达，那时正值布纳战役的早期阶段。肯尼有能力，工作认真，精明强干，很快就显示出卓越的才能。
肯尼后来在他著的《肯尼将军的报告》和《我所认识的麦克阿瑟》两本书中谈到他刚上任时的情况。在他首次会见麦克阿瑟时，将军“显得有点疲劳，拉长着脸，神情紧张”，花了半个小时的时间发泄他的不满：“布雷特的人，上校衔以上的军官，一个都不能用”，说飞行员是“对战争毫无贡献的乌合之众”，说他们同总司令部对抗，“简直到了不忠诚的程度”。
肯尼对这些尖刻的指责感到迷惑和惊讶。他坦率地表示将效忠于麦克阿瑟，并把那些碍事的人一扫而光。会见结束时，麦克阿瑟把他的一只胳膊搭在肯尼的肩上说：“乔治，我认为我们会配合得很好的。”
一离开总司令部，肯尼就急忙赶到基地去视察。空军基地“骇人听闻的”混乱状态使他感到震惊。飞行员和地勤人员士气低落，地面上摆满了因缺乏小零件而停飞的飞机。肯尼还了解到，245架战斗机中，只有50架可以飞行；62架B－17轰炸机中只有5架能飞；领取飞机零件需办繁杂的手续。实际执行任务的飞行架次和投弹数，与飞机总数相比，实在低得可笑。飞行员技术水平低，起飞执行任务时，确实能飞抵目标的只是少数人，投弹命中率极低。
肯尼像一阵旋风似地迅速整顿了他的司令部。他撤掉了5名将军和许多校级军官，提拔了恩尼斯·怀特黑德准将任副司令。肯尼雷厉风行的作风激发了大家的工作热情，经过几个星期，能够起飞作战的飞机数量就增加了一倍。
随后肯尼制订了对拉包尔进行大规模空袭的作战计划。当萨瑟兰试图修改他的计划时，他气愤地冲进这位自以为是的参谋长的办公室，用铅笔在一大张白纸上点了一个点，然后对萨瑟兰说：“你对空中力量的了解就是这么一点，而我了解的就是这张纸这么大。”并威胁说：“如果你不同意，咱们就到隔壁去找总司令，看空军的事谁说了算！”在他的坚持下，参谋长只得同意他的计划。
当盟军部队在瓜达尔卡纳尔岛登陆时，肯尼已经牢牢地控制了他的部队。他的飞机从澳大利亚东北、莫尔斯比港和米尔恩湾出击，对敌军进行轰炸、扫射，并同敌战斗机在空中混战。8月7日，他给麦克阿瑟和戈姆利送了一件特殊的礼物。经过最大的努力，肯尼在当天早上派出18架B－17轰炸机飞往拉包尔，这是迄今为止太平洋战争中规模最大的一次猛烈空袭。肯尼声称他的轰炸机摧毁了在拉包尔地面上的75架日军战斗机，在空中击落11架（战后查证，实际没有消灭那么多敌机）。麦克阿瑟得到这个喜讯后欣喜若狂，下令嘉奖有功的飞行员。
8月下旬，总司令部将第1军（美军第32师和第41师已编入该军）交给了56岁的罗伯特·艾克尔伯格少将指挥。他是一个勤奋好学，人缘好，有能力的西点军校毕业生。他是在米尔恩湾战斗最激烈的时刻到来的。
艾克尔伯格将军到任后视察了部队。自4、5月以来，部队一直在澳大利亚进行训练。他来到时，以为这些师都经过丛林战的良好训练，可是，实际上“美军根本没有做丛林战的准备”。有一个士兵向他报告说，在长达数月的备战训练中，他们只进行过一次夜战训练。因为艾克尔伯格将军在报告中提到这些抱怨的话，总司令部认为是在指责他们，感到十分不高兴，后来让他坐了3个多月冷板凳。
当时肯尼定期往返莫尔斯比港，他向麦克阿瑟报告说，澳军司令西德尼·罗厄尔有一种“失败主义情绪”，已对他的部下造成不良影响，若不采取断然措施，我们就可能失掉莫尔斯比港。
为了打击日军，总司令部制定了一个冒险的军事计划。他们准备派澳大利亚部队去增援科科达山道上的守军，然后派一支强大的陆军部队从陆上绕过去，来一个“大迂回行动”。这支部队将穿过欧文斯坦利山脉，翻越一段陡峭山路，从背后袭击堀井少将，迫使他从科科达山道撤退下来。这是一次冒险行动。因为部队要穿越丛林密布的崎岖山道，需要有一条很长的补给线。若是日军在瓜达尔卡纳尔岛迅速取胜，他们就可能把部队调往布纳，用两栖作战围歼这支战线拉得过长的部队。
布莱米将军亲自去莫尔斯比港落实这次具有决定意义的行动，并解除了罗厄尔的职务，以便在澳军部队消除消极影响。为了尽快将部队调到莫尔斯比，肯尼建议将美军第32师的126团和128团空运到莫尔斯比。参谋长不采纳这个建议，肯尼就直接去找麦克阿瑟，得到他的同意，这才有了“美军首次大量空运部队”的行动。
在此期间，瓜达尔卡纳尔岛的日军进展很不顺利。9月12日夜间，日本曾发动一次夺取机场的总攻，两天以后，以失败告终。受瓜岛形势的影响，堀井将军奉命在瓜达尔卡纳尔岛到手之前停止向莫尔斯比港出击。不久以后，因为瓜达尔卡纳尔岛的形势更加恶化，他又奉命从科科达山道撤退，在布纳海滩建立一道坚强的环形防御阵地。堀井大概是历史上最倒霉的一位将军，莫尔斯比港已经在望了，可是现在却要他后撤，前功尽弃了。
堀井开始后撤时，布莱米将军派澳军在科科达山道上追击，并且开始按麦克阿瑟的指示进行“迂回行动”。美军第126团向日军后方迂回行动，并向日军发动进攻，这是麦克阿瑟指挥的美国陆军对日军发动的首次进攻。他们穿过几乎无法通行的山道，翻越了欧文斯坦利山脉。
日军边打边撤，竭力推迟后撤的时间。盟军要赶在堀井的部队撤到布纳之前，把它在平原上包围后歼灭。
眼下虽说艾克尔伯格的部队已经投入了战斗，可他本人还在一旁坐冷板凳。艾克尔伯格在进攻布纳之前曾前往莫尔斯比，准备接受指挥任务，但是麦克阿瑟、萨瑟兰不信任他，让他立即返回澳大利亚去训练他的第41师。作为地位仅次于麦克阿瑟的美军指挥官，竟然不让他参与指挥作战，这简直使他“不敢相信”。艾克尔伯格是位忠诚守纪的职业军官，他服从了命令，坐一架参谋长故意给他安排的破旧飞机离开了前线。萨瑟兰还设法不让艾克尔伯格的名字在麦克阿瑟的新闻公报中出现，以致许多个星期过去了，美国公众对第1军少将军长艾克尔伯格还一无所知。
