改土归流，平定西南
雍正帝是一位名副其实的大改革家，从登上帝位的那一天起，他的所有作为都是在刷新政治，整纲饬纪。在雍正帝执政期间，强横的土司是西南边陲稳定的最大隐患，废除造成西南人民处于水深火热的土司制度成了执政的当务之急，对此，雍正进行了大手笔的改革，对横行西南的少数民族中的利益集团土司土舍予以沉重打击，推行“改土归流”政策，克服了西南地区自元明以来因推行土司制带来的政令不一的弊病。历史上，只是在雍正帝手中，改土归流才是有目的、有计划的大规模的改革。雍正帝的改革决心、改革力度由此可见一斑。
羁縻政策，土司形成
云南、贵州、广西以及同它们临近的湖南、湖北、四川等地都居住着许多的少数民族，仅就贵州苗族而言，就有红苗、黑苗、青苗、白苗、花苗之多，它们的服饰腰带不同，生活习俗各异，各据一方，各自为政。这些地区经济上非常落后，与中央政府的关系也很疏远。长期以来，中央政府对它们的管理实行的是土司制度。
土司制度是元明清封建王朝在部分少数民族地区授予各族首领世袭官职，以统治原有地区和人民的一种政治制度。土司管辖该地民人，他们的承继行世袭法，然需中央政府批准；土司在内部自行征纳赋役，仅向中央进贡少许银物；土司自定成文的或（和）不成文的法令，对属民生杀予夺，中央政府概不过问，在这里实现的是土司的意志，而不是中央的政策。还有一些少数民族，连中央政府承认的土司也没有，只受该族头人的统治（即土舍制），但它们往往受邻近的土司控制。
西南少数民族地区的土司制度渊源很早。远在汉武帝时，当时汉朝在西南少数民族地区设置了郡县，但限于各少数民族内部的具体情况，委派前往的汉族太守、县令对各少数民族无法进行直接的统治，于是就不能不对这些地区中原来的少数民族首领加以利用。汉代曾先后封了滇王、夜郎王、哀牢王、邛毂王、句町侯等等，使其仍按原来自己民族内部的方式，管理自己原来管理的地方和人民，隶属于汉王朝。这些接受汉王朝封号的少数民族首领，就成了汉王朝在西南地区的“土官土吏”。所以，土司制度实质上也就是羁縻（“羁縻”是我国古代历代中央王朝对周边民族所采取的传统民族政策的重要组成部分，是指统治者对少数民族实行间接管辖的一种政策，即只要首领称藩，不改变其原有的制度及统治者的权威）之治，这自两汉至明代的文献记录中，也都无不称利用“土官土吏”对西南各少数民族进行统治为“羁縻”，这种政策被称为“羁縻政策”。
自汉以后，很多朝代都沿用这一政策。南北朝时全国趋于分裂，西南地区也不例外，在部分少数民族地区，有左郡左县、僚郡俚郡等。唐宋时期，南诏和大理国的统治者在云南及其附近地区进行相对割据，但有“羁縻”州县和土州土县以及峒等设置，多任当地的少数民族首领为土官土吏，只是没有统一西南加以全面推广而成为完备的土司制度而已。
元朝统一西南后，终于给土司制度在西南少数民族地区的全面推行创造了条件。当时，由于元统治者需要通过土司统治西南少数民族地区，因而给予土司很多特权。土司实行世袭制，自行征纳赋税，对属民有生杀予夺之权，因而土司在相当程度上是一批割据者。在这些统治地区，往往只有形式上的中原王朝，而实质体现的却是土司的意志，具有十分强烈的奴隶制色彩。土司们权力本来就很大，由于天高皇帝远，他们更可以恣意横行，对土民任意使役，任意杀戮。不仅如此，土司之间还经常发生征战，起因也往往只是为了争夺土地、属民或者牲畜。在这些半开化地区，朝廷驻兵很少，有时也只能任他们自相残杀。
明代在元代土司制度初具规模的基础上，已形成为完整的土司制度。在西南各少数民族首领归附的前提下，王朝先后就少数民族首领原来所辖的地区建政，他们的子孙一般也不调离其辖地，并授予他们各种官职，给以符印。他们通常都世袭职位。让原来的土司继续统治原有的辖区和属民，不改变这些地区的政治、经济及一切文化习俗。但也规定他们应遵守王朝为管理他们而制订的法规条例，如他们承袭九品官阶以上的必须由行省勘合，然后要亲自进京朝贡，最后必须得到朝廷的批准，朝廷有权力直接或通过行省对他们进行考核、升降、迁调和罢免；他们必须按规定定期或不定期向行省或朝廷承担各种经济义务，其武装力量也须听从朝廷的调动，若有犯法或彼此之间发生争执，也须听从朝廷的判决或仲裁。
土司、土舍都是割据者，只是实力大小有所不同，而中央要加强对他们辖区的统治，这就形成了土司、土舍与中央之间不可调和的矛盾。在明朝时，土司还发动过对中央的战争，清朝虽无这种事，但是土司、土舍到邻近州县抢劫、屠杀汉民的事却屡有发生，于是出现了双重矛盾：一是土司属民与汉民对立，土司属民往往成群结伙骚扰汉民，有的在夜间乘人不备，焚屋屠戮；二则他们又害怕汉民，一离开村寨，就怕被汉人追杀。土民、汉民问题从根本上说还是土司制度造成的。到雍正帝统治时期，由于弊端的积累，暴露得就更清楚了。
土司、土舍和头人对属民任情役使，赋税是一年四小派，三年一大派，小派计钱，大派计两。他们掠夺的比向中央上贡的要多很多倍。如云南镇沅土知府刀瀚，于雍正初年起每年向朝廷进贡银三十六两、米一百石，而向土民征收的银子高达二千三百四十八两、米一千二百一十二石，强征的比上贡的多几十倍。
再者，土司恣意虐杀属民，对犯其法而被杀害者的家属，要征二十四两、六十两不等的银子，还名之曰“垫刀银”，实乃凶恶至极、惨无人道。属民们对土司无官民之礼，而有万世奴仆之势，子女财帛总非本人自有，他们的一切包括生命都是土司的。
还有，土司之间的战争，常年不断，世代为仇。如广西隆州古隆地方土司王尚氏等，与贵州普安州地方的土司阿九等争夺歪染、乌舍、坝犁、鲁磉等寨，常年刀光剑影。雍正二年（1724年）时上告官府，因事涉两省，地方官互相推诿，到雍正四年（1726年）还没有得到审理解决。湖南永顺地方的诸土舍，也是如此相互仇杀，经年不断。
这些情况自然严重地妨害了国家的统一，造成政府与土司分立的局面，土司所属之地成为国中之国；而且由于土司制的奴隶性质，严重影响和制约了社会的进步，使这些地区长期得不到足够的开发，始终是蛮夷烟瘴之地；同时，土司制不但危害本地的安定，也破坏汉民和少数民族的交流与合作，使它们彼此仇视，是民族矛盾的制造者之一，对民族大融合造成了极为不利的影响。
明朝以降，中央政府就决定取消土司世袭制，并在条件成熟的地区，设置府厅州县等地方政权，派遣一定时间进行调换的流官前往治理，这就是改土归流。这种办法，明朝和清初只是偶或实行，大部分少数民族地区仍然保留着土司制度。随着清朝对边远地区政治、经济统治的加强，中央政府再也不允许在自己的版图内存在许多不听号令、不服管束的独立王国，各族人民也愈加要求挣脱落后、残酷的土司制的压迫。
雍正帝在帝位坐稳之后，将目光放在了对“土司制度”的改革上，并开始了紧锣密鼓的筹划。
用鄂尔泰，改土归流
对土司制度造成的这些危害，清初诸帝都了然于胸，他们深知改土归流的必要性。之所以迟迟不对土司制度大肆开刀，不仅在于土司制已经存在了一千多年，而且土司们的势力也十分强大。他们富埒王侯，奴隶成群，拥有士兵。无论是经济实力还是军事实力，都不可小觑。因此要革除土司制，必须具备两个现实条件：一是土司制引起本族人和汉人的公愤，自觉反抗，方可借机削弱；二是朝廷力量足够强大，使土司不敢作乱，即使作乱也可一举荡平。
雍正帝即位不久，幕客兰鼎先就曾建议削夺土司：依据土司犯罪轻重，削减他的村落里数，若罪行严重，则夺其位，将地方归流官治理。不便改土归流之处，可将大土司除去，将领地分散于诸子弟，众建土司，以弱其势。面对这一提议，一开始时雍正帝认为条件尚未具备、时机尚未成熟，因而不敢贸然行事。
二年（1724年）五月，他谕示四川、陕西、湖南、广东、广西、云南、贵州等省督抚：“朕闻各处土司，鲜知法纪，所属土民，每年科派，较之有司征收正供，不啻倍蓰，甚至取其牛马，夺其子女，生杀任情，土民受其鱼肉，敢怒而不敢言。莫非朕之赤子，天下共享乐利，而土民独使向隅？朕心深为不忍。”在这里，雍正帝还只是提出问题，尚没有提出解决的方案，仅要求封疆大吏对土司加强管辖。而在事实上，加强管辖并没什么用，土司有兵有钱，他们并不怕朝廷大官，表面上以礼相待，暗地里该怎么干还怎么干。官员们明明知道这些，却往往束手无策，除非挑起兵端，但若挑起兵端，那就不是一家土司的事了，而是向所有土司发起挑战，这个问题谁都不能不予以考虑。
这种社会现实几乎成了历代封建皇帝们的心病，雍正帝对此也一样是耿耿于怀。他明白，惟一的解决办法，只能是沿用明朝的“改土归流”制度。但是明朝的“改土归流”并不彻底，早在明朝洪武年间，明太祖朱元璋就曾经在云贵地区实行改土归流政策。当时著名的“奢香案”就是在改土归流的背景下发生的：有个流官欲一举清除土司制度，向少数民族挑衅，将当地土司之妻奢香剥衣鞭打，结果土民入京上告，朱元璋将那官员杀了。明朝的改土归流在洪武和永乐年间，实行得较成功，但碰到的阻力也不少，由于朝廷在某些方面不得不向土司妥协，尤其是需要通过土司统治少数民族人民，因而一直到清初，土司制度仍顽固存在，使得中央政府对少数民族区域政令不灵，难以实行有效管治。
鉴于此，尽管有很多封疆大吏奏请改土归流，雍正帝起初仍不想轻举妄动，而以“柔远之道，安边为要，万万不可贪利图功，轻启衅端”以及“开疆拓土，好大喜功之念，丝毫不可存于胸中”为由，一一驳回。
直到雍正三年（1725年），此时雍正帝的统治地位渐趋稳固，朝廷官员的凝聚力也已经加强，雍正帝便开始考虑改土归流问题了，而此时贵州刚好发生了长寨事件。这年，云贵总督高其倬在贵州贵阳府广顺州长寨地方仲家族村寨建立营房，遭到土司武力反对。高其倬卸任回京，向雍正帝面呈土司问题的严重性。这时，鄂尔泰正好出任云南巡抚，到任就遇上这件棘手的事情。鄂尔泰看到事态严重，认为必须用兵，“穷究到底，杀一儆百，使不敢再犯”。于是他上奏折，提出推行改土归流的建议。奏折要点是：
第一，阐明实行改土归流政策的必要性。土司相杀相劫，“汉民被其摧残，夷人受其荼毒，此边疆大害，必当解决者。”办法就是尽快实行改土归流，“将富强横暴者渐次禽拿，怯懦昏庸者渐次改置”。否则，不过是“临事治标”，不能从根本上解决问题。
第二，拟议改流的方针和方法。“改流之法，计禽为上策，兵剿为下策；命自投献为上策，勒命投献为下策。”对于投献者，“但收其田赋，稽其户口，仍量予养赡，授以职衔冠带终身，以示鼓励。”至于改流的策略，既要用兵，又不专恃武力，争取波及面小，尽量减少阻力，以便迅速奏效。
第三，任事大吏必秉公奋力才能达到目的。因为变革土司这样的旧制，困难很大，又有失败的可能。如果失败，主办人将受到舆论的谴责和行政的制裁。要取得好的效果，主办人必须殚精竭虑，勤奋不懈，“稍有瞻顾，必不敢行；稍有懈怠，必不能行”，这就要求任事大吏要不计较个人得失，实心实力地去行事。
鄂尔泰在奏折中阐述了改土归流的必要性和急迫性，以及推行这一政策的战略方针和具体措施。雍正帝看了折本后十分高兴，当众称赞鄂尔泰：“卿，朕奇臣也，此天以卿赐朕也。”并全部批准了这个奏折，勉励他尽快实行，并说“事定之时，应具体题奏，当以军功赏叙”。
雍正帝最终同意并支持鄂尔泰的改土归流政策，主要是出于以下考虑：
政治上，要削弱或削除地方割据势力，巩固中央集权。在军事上，可以进而控制西南地区，巩固国防。鄂尔泰认为“黔治则有与之俱治者，黔乱则有与之俱乱者”，贵州地方土司势力最强，拿下最强的，其他就容易了。在经济上，清政府可从西南各省获得更多的利益。在思想文化上，清政府要通过改土归流，兴办学校，发展生产，促进西南边缘之地人民的安定和进步，同时也让当地人民懂得君臣之礼、顺逆之义，以保证社会的稳定。
鄂尔泰认为，即使费时十年乃至二十年之久，“但能成事，实云贵永远之利也。”正因为鄂尔泰把改土归流的目的、意义、方法等筹划得详细缜密，再加上雍正帝早就想按中央政府的政策对西南边疆少数民族实行军事、政治、经济、人事诸多方面的统一治理，雍正帝才表现出了由“驳回”到“称赞”的巨大反差，同意鄂尔泰的计划。改土归流是雍正朝的一件大事，在这项地方制度的变革中，鄂尔泰充当了主要角色，由关键时刻的上疏，制定改流方略，到具体去实施，经历多年。
至此，尽管朝中仍然有反对“改土归流”的保守论，但雍正帝坚定地站在了改革派一边，大力支持鄂尔泰推行改土归流。据清史专家李世愉先生考证：“土司制度建立以来，直到雍正帝大规模改土归流之前，却长期没有发生根本性变化，土司之患也长期没有彻底解决。”而雍正帝无疑拉开了整个清代历史进程的强制性改革的帷幕。
用兵西南，降伏土司
雍正四年（1726年），鄂尔泰接受圣命，进行改土归流。雍正帝授鄂尔泰云贵总督，加兵部尚书衔，又把广西划归云贵总督管理，这样鄂尔泰管辖了云南、贵州、广西三省，六年（1728年），雍正帝又破格授予鄂尔泰三省总督衔。
鄂尔泰受命后没有辜负雍正帝的厚望，他全面了解三省情况，认真研究各地的特点，上奏请求改土归流应分轻重缓急实行。雍正帝对鄂尔泰无限信任，对鄂尔泰所奏一一照准，并说：“卿自有次第料理措置之道，实不烦朕南顾之怀也。” 雍正帝批示让他放手去干，不必要处处请示，这就更增加了鄂尔泰的信心。正是这种君臣间的充分信赖，西南改土归流工作才能得以大力推行。
自古以来，少数民族对抗朝廷有个显著特点，那就是大兵一至就逃，逃不掉就降。中原统治者为了收买人心，往往冲破寨子后安抚一番便撤兵而去，而大军一走，他们故态重萌，不久又起来造反，朝廷无奈，只得再次征剿。如此反复几遭之后，朝廷虽取得了胜利，但大军来来去去，损耗着实不小。云南贵州的土司也是如此。 雍正四年(1726年)四月，鄂尔泰下令对向官兵挑衅的广顺州长寨用兵，并亲到长寨巡查指挥，临机决断。鄂尔泰对长寨的用兵是雍正朝大规模改土归流的开端。长寨地区的土司十分凶恶，官兵进攻，土司挟众抵抗。官兵攻入长寨，焚烧了他们的寨巢，但首逆逃走。鄂尔泰命总兵石礼哈挥兵挺进，对抵抗的土司大小首领尽行斩杀，大获全胜。随后鄂尔泰便在这里设立保甲，巩固夺得之地，设立长寨厅(今长顺县)，以此地为据点向四外扩展，招服了永宁、永安、安顺生苗（所谓生苗，相对于熟苗而言。当时汉人将较开化、掌握了农业技术或较靠近汉人居住区的苗民称熟苗，而生苗则指那些由于居住偏远、尚处于文明入口处的苗民。他们不一定是苗族，也包括其他不为汉人熟知的少数民族）1398座村寨，广顺、定番、镇宁生苗680余寨。
鄂尔泰接着集中兵力，向黔东苗岭山脉和清江、都江流域进兵。这一带，俗称苗疆，其四周3000余里，有寨1300余座。左有清江可达于楚，右有都江可通于粤，左州（现左县）据其中央，群寨环于四周，地势险峻而重要。此地是生苗会聚之处，盛行蛊术、巫术和毒药，他们所用的武器均染剧毒，以蛇毒最为普遍，也有蜈蚣毒、蝎毒等，杀伤力很大。在苗民中，最为神秘的则要数蛊术，据说这是一种将毒术和巫术结合起来的杀人办法，汉人称之为“降头术”。当时的汉人，最怕的就是生苗。鄂尔泰在描述苗疆情况时说：“贵州土司向无钳束群苗之责，苗患甚于土司。”
可是这一地区的安定对于巩固清政府在西南的统治与沟通南北交通都有重要意义，为了开江路通黔粤，必须对此地生苗用兵进剿。进剿生苗可以说十分艰险，再加上地势险峻，就更需要系统专业的作战技术，鄂尔泰为此制定了“清理黔东南土民问题，重点在都匀府，其次是黎平府，复次为镇远”的方针。
鄂尔泰向雍正帝推荐了张广泗，张广泗原为黎平知府，不但熟悉贵州地形，而且对苗民的习惯特性也知之甚详，雍正帝用张广泗为贵州按察使。张广泗率兵深入黎平府古州地区的古州江流域、都匀府丹江地区小丹江流域和八寨等地区，以武力讨平了抵抗清军的苗寨，随后一面招抚，一面用兵，在黎平府设古州镇，在都匀府八寨、丹江、镇远府之清水江设协营。待这些地区稳定以后，他又开辟了通向湘南、广乐的水陆交通，在这些地方设置官厅，派出同知，办理民政，并在各地设关驻兵。
云南的土司势力也很大，特别是乌蒙、东川、镇雄三土府，土司统治地域十分辽阔。康熙三十一年（1692年），康熙帝也曾对东川府改土归流，然而土司势力分毫未损，流官上任有名无实，改土毫无成效。雍正四年（1726年），鄂尔泰奏请东川归滇，标示着三土府归流的开始。雍正帝批准后，鄂尔泰派刘起元屯兵东川，将巧家等六营地方，统统划归流官管辖。一切土目，尽行更撤。
同年冬天，鄂尔泰因乌蒙土知府禄万钟攻掠东川府，镇雄土知府陇庆侯助纣为虐，遂命游击哈元生率军讨伐，在四川军队配合下，哈元生大获全胜，于是在其地改设乌蒙府(后改称昭通府)和镀雄州(今镇雄县)。雍正帝为奖励哈元生，命鄂尔泰以副将或参将提用。后来哈元生在多处立功，几年间升至云南提督。
随后，改土归流进入滇南的镇沅，镇沅是傣族居住区，这里的土知府刀瀚、沾益土知州安于蕃是一伙“势重地广”的“积恶土官”，鄂尔泰发兵擒拿了刀瀚、安于蕃，在其辖地分设镇沅州(今镇沅县)、沾益州(今沾益县)。
雍正五年(1727年)，广西泗城土知府岑映宸自恃力量较强，聚兵四千，耀武于南盘江以北地区，企图对抗改土。当他听到乌蒙改土归流的消息后遂撤兵敛迹。鄂尔泰巡察到贵州南部安笼镇，准备对他进剿，岑映宸乞降，鄂尔泰于是把南盘江以北划归贵州省，设立永丰州(后改称贞丰州，今贞丰布依族苗族自治县)，又改泗城为府(治所为今凌云县)。这时梧州、柳州、庆远等地土民，为反对土舍的酷虐，“争备粮请兵”，极大地推动了广西改土归流政策的推行。
四川凉山是彝民集居的地区，宁远、峨边、马边、雷波等处山峦连绵，彝民在此劳动、生息。而彝民深受土司的迫害，好田好土为土官、土司占有，彝民多被逼居深山僻谷中居住，生活悲惨，类于野兽。清政府在云贵地区推行改土归流，也派兵深入彝民区，在沙马、雷波、吞都、黄螂而达建昌这广袤千余里的地区，建置营汛、革除土司、派驻流官，普遍设置府厅州县制。
与云贵广西接界的湖南、湖北等省的土司、土舍的改土归流进展比较顺利。这里比较接近内地，与地方政府的联系也较多，土民汉民交往密切，土司的势力也较小。从前，这里还曾有过一段“土流共治”的历史，所以相对于其他偏远省份来说，改土归流相对容易一些。当时湖广有四大土司，容美土司在鄂西，永顺、保靖、桑植三土司在湘西，当云贵等地改土归流的消息传来时，给他们事先敲响了警钟。雍正六年（1728年），桑植、保靖二处土民控告土司向国栋、彭钾彬，湖南巡抚王国栋为此兴师问罪。这时，处于此二土司之间的永顺土司彭肇槐自知难以逆潮流而动，便采取了积极配合的态度，自动申请改流。清政府在他管辖的地区设永顺府和桑植、保靖二县，这两县归该府辖治。与永顺府临近的湖北容美土司田曼如心里害怕，假装归顺，而实际上依旧实行残酷的统治，私征虐民，土民不堪其暴，相继逃亡。雍正帝宣他进京询问，他害怕被杀头，拒不应召，雍正帝于是命鄂尔泰派兵进剿。当大兵压境之后，田曼如众叛亲离，最后自缢身亡，清政府把他管辖的地区改设鹤峰州(今鹤峰县)。雍正十二年(1734年)，忠峒、金洞、忠路等十五家土司见势不妙，齐集武昌，自动恳请改土归流。清政府遂在施南土司处设宣恩县，管辖金洞、忠峒等土司。到雍正十三年，两湖土司大都自动投献要求改流，使这里的土司制度基本宣告结束。
雍正八年 (1730年)，鄂尔泰在云、贵边界筑桥，是年为庚戌年，雍正帝遂命名“庚戌桥”，以纪念鄂尔泰推行改流政策的功绩，这一年可视为改流基本成功的一年。
在改土归流中，发挥作用的官吏首推鄂尔泰，次为哈元生、张广泗等。九年（1731年），雍正帝颁诏封鄂尔泰为军机大臣、大学士，赏赐伯爵。对哈元生不秩拔擢，召见时解衣赐之，命其为军机大臣。把张广泗由知府提升为巡抚。
雍正帝的这一论功行赏及拔擢政策，激励大臣们发挥能动作用，在改土归流中人人争立功勋。从其对臣下充分信赖，不秩拔擢来看，不失为一个领导高手、英明帝王，无怪乎雍正王朝会人才辈出，世人瞩目了。
善后开发，兴修水利
历史上的历次农民大起义，都是农民在走投无路之下发生的。大泽乡起义，是必死的九百人孤注一掷；隋末六十四路烟尘，是因隋炀帝的奢侈将人民推入火坑而燃起；元末的大灾荒，导致了红巾遍地；明末饥荒，有的人甚至靠观音土充饥，饿殍满地，不得已之下，身为农民的李自成丢下锄头，拿起刀枪。这些事实提示了统治者：要想弓弦不断，弓就不能拉得太圆；要想人们不反，压迫就不能太狠；而要统治长久，就要使人民能吃饱饭，甚至能过上好日子。少数民族的人民也不例外。
有鉴于此，在改土之后，雍正帝将开发新改流地区作为善后工作的一大重点。
西南土地广袤、地形复杂，各民族的习俗差别很大，一下子改派满汉流官，难以适应这些地区的复杂形势，对当地的土官打击面也会很大，因此善后的重中之重就是如何做好土官的安置工作。
雍正帝曾谕令，如何处理当地土司、土官，完全根据他们的态度而定。对那些自动缴印，主动要求改流的，可以重新授给他守备、千总、把总之职，并可以世袭，让他们照样做官，为清政府的统治服务。前面提到的永顺土司彭肇槐主动改流，雍正帝授给他参将之职，世袭拖沙喇哈番，赏银一万两。其他归降土司都授给了千总、把总职。
另有一大批土官及其家属，在当地无法让其继续为官，有的是土民对他们很是反感，还有的是他们的地方力量还很强大，留他们做官或留在原地都易出问题，雍正帝就下令把他们迁往远处地区安置。这些土司、土官被安排到安徽、江苏、江西的最多，浙江、河南、陕西、广东、盛京（现沈阳）等地也有。雍正帝要求给他们较为优厚的生活待遇，让地方官尽量照顾他们。多数土司、土官的远迁、安置都还好，少数地区因地方官吏安排有问题，使土司逃走了，雍正帝对当地地方官严厉批评，让他们设法找回这些土司，再行妥善安排。
对那些始终抗拒改土、罪行深重的土司、土官，雍正帝则给予严厉打击，从重治罪。云南镇沅土知府刀瀚、贵州薛世乾都因平日恶行昭著，又一直对抗官兵，改土之后把他们处死或终身监禁，土地财产等全部没收，当地土民皆同声称赞。
在革除了土司之后，新任的流官就对安定改土归流地区起着至关重要的作用，因此必须派去有能力、忠诚可靠、肯吃苦、清正廉明者。雍正帝对此十分清楚，他在谕旨中写道：“凡属番夷苗倮杂处省份，若能使文武弁员清正自持，丝毫不敢不利于彼，可保无一事也。此乃探本寻源上策，当竭力勉此。”
改土归流后，乌蒙地区总兵刘起元恣为贪虐，私派公费，侵欺粮饷，引起了当地少数民族人民的愤怒。在这种情况下，原来乌蒙土司利用民怨进行了叛乱。鄂尔泰针对流官为政苛猛的问题，也在奏折上感慨万分地说：“欲使人民相安感戴，实不在法而在人，得人之难，难于任事。”因此，雍正帝和鄂尔泰一方面加强对流官的选任，一方面又加强对流宫的监督和考察，一旦发现有不利于地方安定的流官就撤换和治罪。由于雍正帝、鄂尔泰君臣二人的努力，改土归流地区的第一任流官基本上是清廉的，对安定地方、发展地方的生产起到了良好的促进作用。
为了减轻土民的负担，雍正帝对改流之后的西南地区统一赋税，对那些生活较内地农民贫困的地区，则采取了轻收赋税的政策。土司统治时，不仅赋税很高，而且是高得离谱、名目繁多，土司对土民随意征收，什么“火坑钱”、“烟火钱”、“锄头钱”，直至将土民剥削得一无所有仍不罢休。改土归流后，土司的特权被革除殆尽，被解放的土民则只需向官府交纳赋税。清政府命以原定贡额为准，并令土民各报田产，然后仿照内地的“摊丁入亩”办法计亩征粮，改变了土民受盘剥的状况。永顺地区废除摊派后，每年征秋粮银二百八十两，比起土司的任意征派，减少为不及原来十分之一的额数。私自征派则由于土司特权的消失或衰微，也被废除。改流后土民所受的剥削要比改流前轻得多，提高了土民的生产积极性，对西南地区的开发起到了促进作用。
同时，为了发展生产，清政府在改土归流之后又兴修水利，造蓄水田。如云南昭通府在改流之后，兴修水利十项：新泽坝、利济河十八道坝、冷水河坝、新泽沟、天梯沟、月方塘、省耕塘、二道沟、三道沟、八仙海渠。这些渠道新修之后，可以灌溉土地两万亩之多。云南全省改土归流后兴建的水利事业达七十项之多，还设置了水利专官，这些专职官员从同知、通判、县丞到典史、吏目凡十余级。
西南的少数民族千百年来一直生活在一个比较落后的环境里，这是由于西南山深林密，交通不便，隔绝了它们与外界的接触联系。同时统治者所施行的民族压迫政策，使少数民族与汉族产生了隔膜，使它们接触不到新鲜的的东西。既然要统治西南土民，巩固改土成果，必要的一条就是将少数民族人民向中原朝廷拉近，使它们和内地不断交流，以达到一定程度上的同化和理解。为此，发展交通就成了当务之急。
西南地区交通条件自古就很差，由于受自然地理条件限制，当地交通发展极为缓慢。为了弥补由于山地连绵所造成的不便，雍正帝指示在发展西南交通时，要充分利用当地多大江大河的特点，水陆并重地进行通盘思考。
清政府大力开发新改流区的水陆交通。水路的开通，以清江、都江以及沟通滇粤的土黄一代河道最为重要。清江原来“舟楫不通”，自贵州都匀至湖南黔阳600余公里的清江长期淤塞不通。雍正七年（1729年）开浚后，舟楫往返，千里无阻。雍正九年，古州等处平定后，又修通了都江。都江的修理甚是困难，数百里之内尽是险碛、怪石、莽林和浅滩。修通之后，上自都匀府三脚屯，下至黎平府诸葛营，“舟楫邮递，往来如驶”，有“水道康庄”之美称。土黄一代河道，是沟通滇粤的重要河道，上至土黄，下达广西百色的河道，全长350余公里，雍正帝拨款6200余两，专门开通此路。此路之开，“可以直达两粤，旁通黔楚”，并“可省数百里之旱路”，十分便捷。
在陆路方面，雍正帝批准在改流后开通新路，如贵州黎平府苗民归附后，清政府即令苗民修路。另一方面，则是打通原有旧路。这些旧路改流前被一些土司长期隔绝，以凭险自固，土司废除后，清政府就致力于打通这些年久失修的道路。如贵州乌蒙府道路，改流前被禄氏土府阻断，以致自中原入滇须由黔中取道曲靖。改流后打通这条道路北可达四川，东可达贵州，成为八滇要道。开发水陆交通的举措使道路畅通，加快了少数民族地区经济的发展、文化的交流，社会的进步。
改土归流后，雍正帝采取了一系列的善后措施，一方面安顿了土司的生活，加强了对流官的管理，巩固了边防，另一方面大力发展生产，兴修水利，改善交通，减轻土民的赋税，使他们从土司弊政下得以解脱出来。
建设农业，发展文化
兴修水利，改善交通的目就是为了发展生产。改流前，土司占有大量耕地，而土民只有少量贫瘠不堪的零星土地。改流后，清政府将原来土司占有的大量土地，除留少部分给土司外，其余大部分都由官府加以没收，有的赐给官吏，有的归还农民，有的地方像湖南的龙州，贵州的兴义等地，还任民占田。清政府还允许土民按价赎回土司强行买去的土地。
另一方面，清政府还在西南地区开展丈量土地活动，鼓励土民屯田垦荒。对土司强占、战争破坏的土地，清政府都让原主认领，无人认领的，招农开垦。如鹤峰州规定：凡逾期不开垦者，原荒地即按无主荒地处理，招农来垦。如原主人阻拦，即按律处置。对大量无主荒芜的田地，或多年不种的生荒地，官府分配给土民种子、耕牛、房屋，或者给以银两，鼓励垦种，这更加激发了土民发展生产的热情。东川府划归云南后，鄂尔泰捐银三千两，买水牛一百头，盖房六百间，分配给来垦荒种地的人。新垦的土地，一般是水田6年、旱田10年起科，这一措施使这一地区的农业生产又上了一个台阶。
改土归流之后，交通的发展以及土司制约的解除，使土民与内地人民的交流合作逐渐增多。通过西南各族人民的辛勤劳动，当地的农业生产面貌发生了很大变化，一些地方改变了过去刀耕火种的落后生产方式。当地流官还非常注意推广先进农业技术，使改流区少数民族人民的生产技术得以改造，作物收成有了保证，产量也有所提高。如鹤峰州知州毛竣德教民开池蓄粪之法，就是汉族的一项先进生产经验。作为汉族流官，毛竣德还向当地少数民族宣传种稻农事六则：一要高培田螣，二要开塘引流，三要多收草粪，四要石灰暖地，五要勤拔草稗，六要收拦牲畜。同时，一些新作物也开始向边疆地区传播，贵州的“新辟苗疆”过去不种小麦、高粱、谷子、黄豆、芝麻等作物，改流以后，政府劝种，到乾隆初年已“俱有收获”。随着农业的开发，与之密切相关的商业、手工业等也有了很大发展，农产品贸易、丝织业、棉纺业以及制茶业等逐步兴起。制铁、采矿、烧窑等业是汉族的强项，这些在当时比较先进的技术也在改流后相继传入少数民族地区并得到了广泛的传播。雍正七年（1729年），贵州巡抚张广泗奏报贵州“秋成十分丰熟”。云南昭通府的景象也在平乱一年后发生了很大变化，有人描述说：“童叟忻忻，尘市攘攘，烟火万象，吠鸣千里。”
改土归流之后，随着土民居住区与内地的政治、经济联系的加强，少数民族区域在文化上也相应地得到了发展。雍正十二年（1734年），署理湖南巡抚钟保以永顺设府以来，“人文日盛”，奏请在府县设学，府学设教授，额取文武童生各十二名，保靖等县各设训导，各取童生八名，另在府城建立考棚，雍正帝给予批准。次年，四川学政隋人鹏也以土民与汉民日趋接近，应鼓励土民读书，提出土民与汉民文武童生一体考试的请求，也获得雍正帝的准许。
改流之前，少数民族子弟没有读书机会，更谈不上参加科举考试。土司们总希望土民世代无知无识，以便长久地把他们当牛做马。改流之后，清政府在这里普遍开设了学校。在具体实施过程中，条件尚不成熟的地方增设教职，专门管理当地入学之事，令欲入学者到附近府州县学考试，同样规定录取名额。按照皇上谕旨，为了照顾少数民族，还放宽他们的入学标准，在贵州、湖南等地的府州县学里还专设苗民名额。雍正帝还批准给各州厅府县科举之名额，使少数民族人民也有做官的机会。在广设儒学的同时，还在一些穷苦乡村，设立了很多义学，使读不起书的儿童有了读书识字的机会，由州县学中选择老成谨慎、文品兼优的生员充当义学教师，并规定：“如训迪有方，义学日盛，该生员准作贡生；各族子弟果能通晓文理即准应试，酌取入学。”
据史料记载：云南通省改流后仅雍正朝就开设义学463处，改流区开设148处。其中曲靖府沾益州六处，宣威州八处，临安府阿迷州六处，广西府丘北八处，广南府八处，元江府五处，新平县五处，开化府文山县十处，镇沅府十处，恩乐县六处，威远厅十处，东川府二处，会泽县六处，昭通府四处，恩安县二处，镇雄州五处，永善县四处，大关厅三处，鲁甸五处，普洱府六处，攸乐三处，思茅三处，大理府邓川州五处，鹤庆府剑川州五处，维西五处，中甸四处，丽江府四处。贵州于雍正朝设义学24所，全部设在苗区。清政府在这些新改流区广设学校和义学，不仅使一部分人有了读书或入仕参政的机会，而且还使这些地方的教育面貌、文化水平也焕然一新。汉族一些先进的思想理念、价值观念、文化意识也逐渐影响到西南少数民族地区，提高了西南少数民族人民的文化素质。
在改流之后，改流区的封建陋习也得到了改善和革除。比如在改流前，容美土司统治下的土民因不堪其虐，又无处申诉，经常有人跳崖、投水，或自缢、自刎而死。改流之后首任知州毛竣德颁布告示，禁止轻生自杀，并说：“时已改土归流，命安惟律是遵……即或含冤负屈，禀官自有理论。”号召土民求助于王法。另外，还有禁止土司擅管地方、禁止仇杀、禁止抢掠人畜、禁止勒索商人财物、禁止杀牲畜等禁令出台。西南落后地区的仇杀、群斗现象在改流之前非常严重，广大贫苦农民为土司、土官所控制，成为他们仇杀的工具。改流后各地严禁群斗，发现群斗者严惩不贷。此后，群斗的现象基本上被革除了。这些都有利于安定新改流区，巩固改流成果，发展少数民族文化。
改土归流后少数民族的一些落后习俗也有所革除。如永顺府的“骨种之习”，即姑之女，必须嫁舅之子，此种陋习也在改流后即被禁止。少数民族地区的奴隶制度极其普遍、严重，改流后实行豁贱为良政策，改变了人身依附关系，提高了原来奴隶的身份，使这里的生产关系得到部分调整。
雍正帝对于西南少数民族人民，从经济、文化、习俗上都给予较宽松的条件，这使得西南的少数民族逐渐由不开化走向文明。雍正帝对西南地区的开发，无论是对于中国的历史发展还是对于少数民族的社会进步都有着积极的意义。
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