用兵西北，经营青藏
雍正帝即位之初，青海、西藏边疆一些部落野心家曾一度进犯内地。起初，为了巩固帝位，雍正帝一时无暇顾及。在帝位稳固后，雍正帝当机立断，立刻出兵，打击了这些利益所得者，平定了叛乱。在一系列的军事行动中，雍正帝运筹帷幄，积极进取，敢于面对挑战，稳定了边疆。在平定叛乱后，雍正帝对当地的政治、经济、文化等进行了大刀阔斧式的改革，加强了中央政府对这些地区的控制，整饬了少数民族内务，发展了当地农业。这也体现了雍正帝治理国家政务的果断。
平青海区，整和硕特
通过少数民族首领控制那些边远地区，这种方式通行于唐、宋、明历代。在控制西部和北部地区时，汉族统治者一向以羁縻州县的措施为要点，一般不主张武力占领。然而经过长时期的发展，由于武力牵制的相对不足，对这些地区缺乏制约力，一旦少数民族首领犯上作乱，统治者往往无法控制局面，最终形成战乱。因此，这种羁縻措施已经逐渐落后于形势，不符合多民族统一国家的形成和稳定，成为民族大融合过程中的消极因素。
明末，在我国西部、西北部的厄鲁特蒙古四大部落中，准噶尔部是最为争强好战的部落，居住于青海的和硕特部次之。康熙年间，准噶尔汗噶尔丹作乱，不服从清朝管制，康熙帝曾三征噶尔丹，平定了叛乱。噶尔丹作乱时，其侄策妄阿拉布坦与旧臣七人亡命吐鲁番，向清朝求援，康熙帝曾庇护过他。噶尔丹兵败后，策妄阿拉布坦返回伊犁，继承了汗位，并向清朝称臣。因策妄阿拉布坦称臣，又因西北旷远，康熙帝便撤回西征军队。策妄阿拉布坦趁机兼并掳掠弱小，恢复元气，又成了一个大部落，不久又吞并西域四部，自立为汗。
飞扬跋扈的策妄阿拉布坦此时已对清朝形成了巨大的威胁，因而康熙帝在两次派遣使臣劝解无效的情况下，命十四皇子允为抚远大将军视师青海，平定了策妄阿拉布坦之乱。策妄阿拉布坦兵败，原西藏地区的固始汗之孙罗卜藏丹津又因随清军讨叛立功而得以强盛起来。其父达什巴图曾被康熙帝封为亲王。
罗卜藏丹津于康熙五十三年(1714年)承袭和硕亲王爵，他虽然是青海和硕特蒙古贵族中惟一的亲王，爵高位崇，但他不满足于仅仅管领青海一地，还想充当藏王，统治西藏，但清政府派兵入藏平定了准噶尔之乱后，青藏等地的形势比较稳定，罗卜藏丹津暂时不敢轻举妄动。康熙六十一年（1722年）十一月，康熙帝去世，雍正帝即位，镇守西宁的抚远大将军允回京奔丧，罗卜藏丹津认为有机可乘，“遣人到侧亡（指策妄阿拉布坦）家，约伊发兵，同扰内地”，策妄阿拉布坦不敢贸然出兵助乱，却怂恿、支持罗卜藏丹津叛清。
雍正元年（1723年）夏天，罗卜藏丹津胁迫青海诸台吉（明末清初玉树地区各部头人为青海蒙古和硕特部，赠爵为诸台吉）会盟察罕托罗海，“令各仍故号，不得复称王、贝勒、公等爵”，并自称达赖浑台吉，企图统驭诸部台吉，公开发动了武装叛乱。由于和硕特另一亲王察罕丹津、郡王额尔德尼额尔克托克托鼐等人坚决不从，罗卜藏丹津遂派兵大举进攻，察罕丹津等人“仓卒不能抗”，逃往甘肃河州地区，雍正帝诏许其部众入边，予以安置。
针对罗卜藏丹津的叛乱，雍正帝作了两手布置。一方面派驻在西宁的侍郎常寿去罗卜藏丹津驻地沙拉图，宣布谕旨，令其“罢兵和睦”，“不从则惩治之”。另一方面，命川陕总督年羹尧办理平叛军务，准备用兵。
侍郎常寿至沙拉图，宣布了雍正帝旨意，说明若诸台吉不悬崖勒马，将举大兵来讨伐。可是罗卜藏丹津早已认定了此刻是失不再来的良机，复兴乃祖事业的欲望和初战的胜利早已冲昏了他的头脑，他表面上声称听从劝告，而以亲王察罕丹津、郡王额尔德尼额尔克托克托鼐谋据唐古特，诸台吉不服诡称，骗取常寿信任，将他诱至察罕托罗海，囚禁为质。
扣留常寿后，罗卜藏丹津愈益猖獗，于雍正元年十月（1723年11月）对西宁府周围的南川申中堡、西川镇海堡与北川新城等地发动了大规模进攻。年羹尧上奏折给雍正帝，汇报西宁附近的情况时说：“其围南川、西川、北川也，每处有贼二三千人，以势驱逐附近番子，攻城放火，烧毁民间积聚草谷，抢掠财物，其未受蹂躏者，西宁城外十余里耳。” 可见西宁的周围已遍地燃起叛乱的战火。与此同时，罗卜藏丹津还勾结西宁附近塔尔寺大喇嘛察罕诺门汗等人，察罕诺门汗在青海是个“番夷信响”的宗教领袖，深得众人信仰。他参与叛乱，叛军一时势力大增，“远近风靡，游牧番子、喇嘛等二十余万，同时骚动。”接着，郭隆寺、郭莽寺等寺院也相继参加叛乱。“西宁数百里之内，一切有名寺院喇嘛皆披甲执械，率其佃户僧俗人等，攻城打仗，抢掳焚烧，无所不至。”甘肃、西藏等地的藏人也纷纷附从为乱。罗卜藏丹津猖獗万分，遂派兵进攻西宁。
雍正帝鉴于罗卜藏丹津不听劝告，举兵反叛，决定调集两宁、松潘、甘州等处清军，平定叛乱。雍正元年十月初，命由甘州进驻西宁的川陕总督年羹尧为抚远大将军，负责组织指挥平叛事宜。谕令西北的平逆将军延信，防边理饷诸大臣，四川、陕西、云南三省督抚提镇，俱听候年的调动，以统一行动。又任命四川提督岳钟琪为奋威将军，参赞军务。
年羹尧刚到西宁时，清军尚未齐集，叛军“悉破傍城诸堡，移兵向城”。年羹尧一面指挥当地清军在西宁外围与叛军作战，一面加紧进行平叛部署：奏请授前锋统领索丹、四川提督岳钟琪为参赞大臣；征调川、陕汉、土官兵；令云南提督郝玉麟、察木多总兵周瑛、副都统黑色、副将张成龙等率兵驻扎察木多(今西藏昌都)、黄胜关、巴塘、里塘等处，以截断叛军入藏之路；令靖逆将军富宁安派兵驻防吐鲁番、噶斯等地，以防叛军与准噶尔勾结；增加甘州、永昌、布隆吉尔(今甘肃安西布隆吉乡)等地的防守兵力，以防叛军内犯。
年羹尧布置就绪后，下令进攻西宁周边的镇南、申中、南川、西川和北川归德等地。这些地方的叛军，大部分是青海西宁塔尔寺大喇嘛察罕诺门汗的黄教信徒，成分复杂，也未经过什么正式军事训练，可以说是乌合之众，因而在清军的大反攻下一击而溃。清军先声夺人，断了罗卜藏丹津的羽翼，罗卜藏丹津这时方从复兴元蒙政权的美梦之中醒过来，感到了恐惧，暗悔当初莽撞，乃送还使者常寿，请求罢兵。
雍正帝谕令年羹尧，表示坚持武力平叛，不许叛逆请和。十二月，蒙古原持观望态度的诸贝勒、贝子、公、台吉等率胁从叛众十余万投降清朝。雍正二年（1724年）正月，岳钟琪又先后派兵平定了郭隆寺、郭莽寺、石门寺、奇嘉寺等寺喇嘛的叛乱，其中尤以攻打郭隆寺一役最为激烈。郭隆寺本为章嘉胡土克图呼毕尔汗住持的寺院，属下喇嘛与罗卜藏丹津、策妄阿拉布坦关系密切，因而抵抗十分顽强。在岳钟琪指挥下，清军奋勇进击，叛军伤亡惨重。
此时，只剩下罗卜藏丹津尚负隅顽抗于乌兰呼尔之柴达木。年羹尧与诸将商议进军方略，拟调兵二万余，由西宁、松潘、甘州、布隆吉河四面会攻。岳钟琪认为青海地区广阔，敌军尚不下十万，若我军深入敌分散诱我，击此失彼，反而会四面受敌，不如乘春草未生，以精兵五千，直捣敌巢。雍正帝考虑再三，认为岳钟琪的方案可行，遂诏专任岳钟琪，命他进军。
二月初八日，岳钟琪率军进击，追奔一昼夜，抵达敌巢。敌人尚在睡梦中，仓皇惊起败逃。罗卜藏丹津衣着女装，逃往准噶尔。岳钟琪率兵穷追不舍，每天行程三百里，至桑洛海，路尽而还，俘获罗卜藏丹津母亲和妹妹，及阿拉克诺木齐、阿尔布坦温布和藏巴札布等叛乱头目。战斗自初八日开始到二十二日结束，历时十五天，斩敌八万，降众数万，获驼、马、牛、羊、器械、甲帐等不计其数，大获全胜。雍正帝把这次战役的胜利，视作“十年以来”从未所立的“奇功”。
三月初一日，军队凯旋。四月十二日，雍正帝命举行献俘仪式，祭告太庙、社稷、康熙帝景陵。并晋升年羹尧为一等公，岳钟琪为三等公，勒碑太学。还给年羹尧一子爵，由其子年斌承袭，其父年遐龄如年羹尧爵，加太傅衔。
平定罗卜藏丹津叛乱的战争，从雍正元年十月清军出塞算起，只有短短四五个月时间，如果从岳钟琪率军于二月初八日出日月山到二十二日罗卜藏丹津逃离柴达木，则“仅旬有五日，成功之速，为史册所未有”。究其原因，除了平叛战争是维护和巩固多民族国家统一的正义战争，得到各民族人民的拥护和支持外，还在于战争指导的正确。第一，罗卜藏丹津叛乱之初，雍正帝先“遣人劝阻，令其和好”，同时指示川陕总督年羹尧，“军务宜预先筹度”，做好武装平叛的准备。这样，当罗卜藏丹津拒绝清政府调解，坚持叛乱时，清军出兵平叛，既争取了人心，又不失战机。第二，大将军年羹尧正确筹划，多方准备，切断了罗卜藏丹津与西藏和硕特蒙古、准噶尔策妄阿拉布坦的联系，把叛乱限制在青海一地；第三，岳钟琪知己知彼，指挥有方，在认真分析双方情况的基础上，制定出正确的作战方案，做到了进兵神速，出敌不意，故能以少胜多。
平定罗卜藏丹津叛乱的战役打得很是辛苦，但是由于官兵骁勇善战，加上雍正帝的运筹帷幄，最终取得了胜利，加强了对青海的统治，维护了清政府的统一，加强了对中国西部地区的管理。
善后抚治，全面改革
青海战乱频频，从噶尔丹到策妄阿拉布坦，再到罗卜藏丹津，充分证明了清朝对西部地区统治措施存在着明显的缺陷，这些都是由于清王朝在前期对青海的统治较为薄弱所造成的。平定青海的战争结束后，雍正帝立刻对青海进行了善后抚治，加强了对青海等地的政治控制，同时在经济上也给予扶持。针对青海地区过去的种种状况及将来，雍正帝决心改革统治西部的方针措施，既要节省兵力，又要以策万全。
在平定青海的柴达木战役之后，年羹尧就提出边防事宜八条，其中主要内容有：
一、由于策妄阿拉布坦恭顺清朝，遣使请降，请撤回大兵。选兵两千驻巴里坤，一千五百驻吐鲁番，两千驻哈密。
二、在布隆吉尔筑置新城，驻兵五千，沙州等地也各设兵防守。驻军由甘、凉、肃三路所属军队派往。在驻防兵内，每营拨余丁两百人，给予耕牛、种子、口粮，到赤金卫、柳沟所垦地，三年后计亩收粮充饷。
三、请移靖逆卫同知驻布隆吉尔处理民事，并增设卫守管理屯粮，在沙州设千总，专管屯务，归肃州道管辖。
四、边外既设驻防肃州镇，只于口内分守，应汰兵八百，并令驻兵耕种，不应仍令游牧生事。派遣大臣率员到布隆吉尔迤南山中分地居之，以使地界明析。
这些措施大多被雍正帝采纳。不久，年羹尧派兵肃清叛匪余部。平叛战争结束之后，年羹尧向雍正帝提出了《善后事宜十三条》和条奏《禁约青海十二事》，其中对青海的善后抚治进行了详细的论述。年羹尧向雍正帝提出了对青海进行有效的管理如编户齐民、定朝贡和互市制度、整饬喇嘛庙等等一系列措施。
雍正帝认为年羹尧条划周详，根据他的建议，又同众臣讨论，最后在青海地区实行了一系列的改革，主要的有：
一、大力整饬蒙古各部。对于青海和硕特蒙古诸部首领，根据他们在战争中的态度分别给以赏罚，恩威并施，以警戒其余诸部。
二、对于青海地区的蒙古各部，仿照内蒙古实行札萨克制度，将青海蒙古各部编为二十九旗，每百户编为一佐领，不满百户者编为半佐领，数个佐领编为一旗，即一札萨克。每旗旗长由部落首领即台吉担任，每札萨克俱设协领、副协领、参领各一员，游牧于青海的其他蒙古各部，也依此例编旗分为佐领，共有绰罗斯两旗，土尔扈特四旗，辉特一旗，喀尔喀一旗，但这八旗不再如从前那样隶属和硕特，而是区划出来直接听命于中央政府，政治地位与和硕特相等。每年会盟一次是游牧民族自古以来形成的定制，同时对促进本民族的进步和稳定也有积极作用。正缘于此，雍正帝尊重这一民族习惯，同意予以保留，但为使会盟不致成为反叛分子进行叛乱的工具，清政府将会盟划归政府管理，由西宁办事大臣主持。从各旗选择老成恭顺者委充盟长，“如朝廷遣官敕往，不论秩崇卑，王公以下俱跑迎，有背贰者必惩。”各旗划分地界，不得私占牧地和私自往来。这一禁约，表明了清政府在青海地区明确申明土地国有，并疏离了各部之间的关系，竭力避免分裂分子利用民族亲缘的凝聚力培植反动势力。
三、抚治藏民。青海、四川、甘肃、云南等省境内的藏民，自明朝以来就不能抚治，“或归喇嘛耕种，或属青海纳租”，他们也参加了罗卜藏丹津的叛乱。这时应乘平定叛乱之机，将他们收为编户齐民，设立卫所，征其赋税。另在一部分藏民中仍命土千户、百户、巡检，归原先设立的道、厅及新建的卫所管辖。他们所纳钱粮，要少于原交给喇嘛寺和和硕特的额数，以示宽大。
四、改西宁卫为西宁府，下设西宁县、碾伯县(碾伯所改)、大通卫。筑大通、白塔、永安三城，分设总兵、参将、游击，屯兵驻守。设“青海蒙古番子事务大臣”，总理青海政务。
五、大力整顿青海各喇嘛寺院。西宁各寺，大者僧徒两三千人，少者五六百人。叛乱中，这些人纷纷参与叛乱。现应限定寺庙规模，庙舍不超过二百楹，僧众不超过三百人。由政府按人供给衣粮，禁止他们征收赋税。
六、因和硕特的统治区与达赖、班禅治区有交叉，故论及抚绥达赖、班禅办法，每年赐达赖茶叶五千斤，班禅二千五百斤。过去藏人与内地贸易，达赖在叉木多、乍丫等处收“鞍租”，清朝在打箭炉收税，自是定议两处免收，以利贸易的发展。
七、通过派驻军队、修建城堡、设置卫所等措施，加强对青海、西藏的控制。如：自黄河入边处至河州、西宁、兰州、中卫、宁夏、榆林、庄浪、甘州的广大地区，水草丰美，林麓茂密，宜在西宁的北川口外，至大通河、野马河，到甘州扁都口外，修筑边墙、修建城堡，禁止蒙古人入内地游牧。宁夏阿拉善地区险要万分，应令额附郡王阿宝等整饬部属，悉归山后游牧。并在大通河北设大通镇总兵官，盐池设副将，将镇海营参将移驻西川口外丹噶尔寺，分别派置驻军。西宁原有通判，改设同知。原属河州的保安、归德二堡，因靠近西宁，也改归西宁管辖。由于新设镇营，内地镇营相应可以汰兵。如：陕西的富宁、宁夏，四川的重庆、川北诸镇，宜归并，裁汰。
八、在藏人居住区增设安西镇，驻木鸦的革达地方；在理塘设副将，领兵一千二百名，鄂洛、巴塘、宗俄等地各设驻军。
九、确立朝贡和互市制度。清朝前期，作为厄鲁特蒙古四部之一的和硕特人对清廷朝贡并无定制。青海平叛后，雍正帝规定了和硕特人的朝贡制度。将和硕特二十一旗分为三部，每部三年一贡，九年一轮回。朝贡的目的并不在于向他们进行物质攫取，而是以丰厚的回赐吸引和硕特人对清朝的仰赖。在互市制度方面，雍正帝规定和硕特与内地人的贸易在那拉萨拉（今日月山）地方实行，不得擅移，每年于二月、八月各举行一次。对生活必需品，诸如茶、布、面等，则规定一年四季贸易，以满足蒙古人民的生活所需。
十、发展农业生产，安定人民生活。在西宁与甘州、凉州之间，兴办屯田，大力发展农业生产，以安定当地蒙藏人民的生活。经济的上升可以说是化解民族矛盾和阶级矛盾的重要手段，生活水平上升了，人们的物质需要在一定程度上得到了满足，社会秩序就会有保障，至少可以在表面上使矛盾得以缓解。正缘于这一认识，雍正帝对西部的开发与屯田投入了较大精力，将直隶、山西、河南、山东、陕西五省军罪流人，尽行发往大通河、布隆吉尔等地垦种，给予种子、耕牛和土地，从事农垦，三年后起科，土地归垦种者为永业。
通过这些措施，清政府围绕加强对青海地区的统治这一中心目的，对青海的政治、经济、军事、宗教等方面进行了全面改革。开展屯田，兴办农业，和蒙古等进行朝贡互市等措施，都进一步促进了少数民族经济的开发和民族的融合。而对一些区县的划分则使得清政府大大加强了对青海地区的直接控制。青海内部台吉的封建特权尚未丧失，喇嘛教寺院的宗教权威也仍保留，但它们已不再作为独立的政治势力而存在，蒙古王公束缚于旗制之内，喇嘛寺院成为清政府统治蒙藏人民的工具，清中央政府对青海地区的统治大大加强了。
出兵西藏，剿灭乱党
青海问题解决以后，清政府就把目光转移到西藏问题上来。西藏地处祖国西南边陲，和新疆、青海、四川、云南等省相邻。作为藏传佛教的圣地，西藏是一个有着独特风情和民风的地方。境内佛教势力很大，各种教派纷呈。
早在南宋淳祐四年(1244年)，西藏佛教派别中势力最大的萨迦派(俗称花教)教主萨迦班智达前往凉州(今甘肃武威)觐见元太宗孛儿只斤窝阔台的皇子阔端，议定了归顺蒙古帝国的条件及贡赋，自此西藏正式归入中国版图，而在此之前西藏一直作为中原王朝藩国。由于在西藏归顺过程中所起到的推进作用，萨迦派从而得到了元朝统治者的恩宠。元朝统治者进入中原后，开始接触盛行于中国的各种教派，在诸教派中，他们比较偏爱密宗佛教，于大都（今北京）兴建了密宗佛教的大型寺宇万安寺（今白塔寺前身）。萨迦班智达逝世后，其侄八思巴于元朝至元六年(1269年)被元世祖忽必烈封为“大宝法王”，意思是萨迦政权的创始人第一任萨迦法王。至此，西藏历史上第一次出现了以“僧人统国”为特点的政教合一的地方政权。
后来，元明统治者也都曾对西藏进行过有效的管辖。明末，蒙古人固始汗入藏，控制了西藏地方政权，使政教合一的局面得以改变。清初，皇太极曾和西藏汗及掌佛教大喇嘛有书信往来，固始汗也曾派人专程抵达盛京，觐见太宗，太宗优以厚礼。顺治时，达赖喇嘛与清朝的关系又有新的进展。顺治九年(1652年)十二月十五日，达赖喇嘛及班禅、固始汗代表至京拜谒顺治帝，顺治十年二月，达赖辞归。四月，顺治帝封达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，赐满、汉、藏三种金册、金印；封固始汗为“遵行文义敏慧固始汗”，赐满、汉、藏三种金册、金印。这样，正式确立了西藏对清廷的隶属关系，在西藏形成了政教分治、蒙藏联合的局面。清朝对西藏统治进一步加强了。
康熙年间，准噶尔策妄阿拉布坦叛乱，准噶尔蒙古军入藏杀死了和硕特蒙古汗王拉藏汗，从而结束了青海和硕特蒙古对西藏的统治，此后及至策妄阿拉布坦被平定。为了加强对西藏的统治，康熙帝派满洲、蒙古及绿营兵四千名驻藏，任命康济鼐、阿尔布巴、隆布鼐三人为噶伦（旧指西藏地方政府长官），封康济鼐、阿尔布巴为贝子，封隆布鼐为辅国公，后又增任颇罗鼐、扎尔鼐二人为噶伦，从而确定了五噶伦共管西藏的体制。同时册封噶桑嘉措为“宏法觉众第六世达赖喇嘛”，以安定人心。此时的西藏，虽由五噶伦管理，但政权的性质仍是宗教政权，达赖仍是西藏的精神领袖。
雍正帝继位后，于元年把留守驻藏的部队撤回内地，只在四川的察木多(今西藏自治区昌都)留少量军队驻守，放宽了对西藏的控制。雍正五年，遂发生了阿尔布巴叛乱。
事情的原委是这样的：随着时间的推移，执政西藏的五噶伦内部矛盾逐渐尖锐起来，五名噶伦中，一派是后藏贵族康济鼐和颇罗鼐，另一派是前藏贵族阿尔布巴、隆布鼐和扎尔鼐。七世达赖喇嘛的父亲索南达结则站在前藏贵族一边，两派势力中，前藏贵族势力较大。
一开始，双方虽有矛盾，尚能相安无事。随着罗卜藏丹津叛乱被平定后，清廷令驻扎在阿里管理前藏事务的后藏贵族噶伦康济鼐往阿里之际，把地方事务交由阿尔布巴办理，事实上是将阿尔布巴置于康济鼐之下，令康济鼐兼督前后藏。这引起了阿尔布巴的不满，他地位较康济鼐高，实力比康济鼐强，所以很不服气这样的安排。扬言道：我同康济鼐的功绩一样，一样为大皇帝所恩宠，名声和地位也都一样，如果要给佛爷当好差，要为藏民谋福与利，我可不能屈就地位。阿尔布巴与康济鼐的裂痕由此加大。雍正四年春，钦差入藏抵达拉萨，宣布西藏政务以康济鼐为总理，阿尔布巴为协理。这越发引起了前藏贵族的不满情绪，五噶伦矛盾公开，七世达赖之父索南达结对此也极为不平，与前藏贵族勾结在一起，这样康济鼐就被孤立起来了。
岳钟琪和鄂齐、班第等返京后的奏报，使雍正帝对西藏的政局更加忧虑了。他担心阿尔布巴等人既在藏生事，又与准噶尔部勾结，于是，他指示岳钟琪“当预为留心”，“今无事之时当设如有事，预为筹划”。与此同时，他还采纳了鄂齐、班第关于将隆布鼐、扎尔鼐二人以噶伦原衔解任，使阿尔布巴孤掌难鸣而难以为乱的建议。雍正五年（1727年）正月，正式任命内阁学士僧格和副都统马喇为驻藏大臣，赴藏宣布谕旨，并调解西藏贵族之间的内部纠纷。
然而在驻藏大臣抵达之前，阿尔布巴已先行探出了朝廷动向。情况很明显，局面对他是不利的，若静待雍正帝圣旨到来，无异于坐以待毙。因而他决定先行铲除康济鼐和颇罗鼐，以造成既成事实，迫使清廷承认他的首席领导权。此时由于清廷在西藏驻军已撤，阿尔布巴得以放手行动，遂于六月勾结隆布鼐等人，借众噶伦议会之机，于大昭寺中将康济鼐乱刀杀死，发动了武装叛乱，接着派兵进攻颇罗鼐。
七月二十二日，僧格、马喇到达距拉萨仅三日路程的色顶地方，阿尔布巴派人往迎，诡称七月系“黑运月”，请他们八月再进拉萨，实则是想在这段时间内打败颇罗鼐。八月初一日，僧格、马喇一行抵达拉萨。阿尔布巴、索南达结等率手下官员亲往十里外跪迎钦差。僧格、马喇一面询问康济鼐被杀的原因，一面派人了解情况。七世达赖表明自己并未与谋，阿尔布巴则诬称颇罗鼐是“反出达赖喇嘛黄教之人”，声称数日内即可将其打败。但实际上，战争一直相持不下。
由于明确意识到阿尔布巴已经叛乱，雍正帝立即命陕西各路及四川、云南的军队进入战备状态。这次叛乱虽不能说早在雍正帝预料之中，但他对此已早有心理准备：对叛乱分子，决不能妥协，若接受既成事实，无异于助长阿尔布巴等人的猖獗，那样对西藏的控制将进入一个未知状态。有鉴于此，雍正帝一开始便坚决认为：武力平叛是惟一正确的选择。
岳钟琪深知这场动乱的严重性，很快提出了自己的处置方案。他认为，阿尔布巴和佛父索南达结等人结成一党，为自身权势公然杀害朝廷命官康济鼐，若不除此辈，后患无穷。他主张应于来年春暖时派遣大军入藏，同时发兵征讨准噶尔，一举解决两处问题，一劳永逸。是为上策。倘因阿尔布巴等未公开叛清，不当死罪，亦应解除其噶伦职务，令达赖喇嘛另择人选，申报清政府任命。此为下策。但云贵总督鄂尔泰却对此持保留态度，提出了“以抚为上，剿杀次之；羁縻为上，驾驭次之”的策略。雍正帝既想一举借机解决西藏同题，又担心阿尔布巴挟持达赖喇嘛逃往准噶尔，内心矛盾重重，决断不下。雍正帝既不同意鄂尔泰的主张，又不便贸然出兵，遂下令陕、川、滇“各路兵马停止，不必预备”。雍正帝命令岳钟琪速派人前往拉萨，密告僧格、马喇勿受阿尔布巴之惑，表明出偏袒颇罗鼐一方的态度。
十一月中旬，一个天赐良机出现了。阿尔布巴见清廷对此事动向不明，以为雍正帝对西藏局势无法控制，只得默许，从心理上放松了对清廷的防范。而此时，他与颇罗鼐的战事却一直处于僵持局面，胜败难决。如此下去，势必使西藏局势恶化，难以控制。无奈之下，他请清廷派兵入藏，征剿“反出黄教”的颇罗鼐。
雍正帝览后喜不自胜，遂决定来年春天出兵西藏。恰值此时，准噶尔部首领策妄阿拉布坦病故，出兵就更无后顾之忧了。雍正帝抓住时机，经过充分准备之后，于六年（1728年）五月初，雍正帝令清军取道八年前允入藏驱逐策妄阿拉布坦的路线，由西宁、打箭炉两地兵分两路，南北齐进，进入西藏。北路军由左都御史查郎阿、副都统迈柱率领，共八千四百人，南路军由四川总兵周瑛率领，共四千人。接下来情况又发生了对清廷更为有利的变化。六月十五日，周瑛接到马喇通知，得知颇罗鼐于五月二十六日占领拉萨，擒获了阿尔布巴，正等候清朝派官员入藏处理。八月一日，南北两路会师进入拉萨，肃清了叛匪余部，诛杀首恶阿尔布巴等人，清政府遂封颇罗鼐为贝子，代替康济鼐，总管前后藏事务，还赐犒兵银三万两，以示奖赏。西藏叛乱并没费清廷太大力气就宣告平定。
雍正帝用兵虽势头凌厉，但不可谓不谨慎。对于西藏的局势，雍正帝早就有所预料，只是因为当时政局不稳，因此，雍正帝诸事谨慎，不敢大刀阔斧地用兵，而是全面统筹，缜密思考，以静制动。等到占据天时、地利、人和时，雍正帝当机立断，迅速裁决，一举剿灭了乱党。也正是雍正帝的这种“稳中求胜”的用兵方式，巩固了清王朝的统治，对康乾盛世起到了承前启后的纽带作用。
加强集权，有效控制
清朝经营西藏大体上可分为三个时期：崇德（皇太极年号）、顺治为开拓期，康熙、雍正为发展期，乾隆为巩固期。
崇德年间，皇太极尚在沈阳时，就曾与西藏固始汗有书信往来，固始汗也曾派使者至盛京觐见皇太极。及至顺治九年（1645年），达赖喇嘛及班禅、固始汗代表至京拜谒顺治帝。十年十二月，顺治帝降旨册封达赖和固始汗，承认臣服清朝的固始汗所建立的地方政权，并通过此地方政权实现对西藏的间接统治。这一时期，满人刚刚入关，虽然已经占据了中原大部领土，但在东南沿海和海外，尚存在明朝残余势力。统一大业未完，顾此失彼，加之西藏旷远，地势险阻，因而顺治帝虽然重视西藏，却也难以实现对西藏的直接领导。这一时期的政策特点是羁縻，也可称为羁縻时期。这一时期之所以册封达赖，是在了解西藏地区的政治局面后，承认凌驾于其他佛学派别之上的黄教的领袖地位，但在政治形式上，却执行“政教分立”的形式。这一政权形式后来为康熙、雍正两朝所沿袭。直到乾隆时期，才根据实际情况重新恢复了“政教合一”的政局，正式授权七世达赖管理西藏行政，建立了噶厦（旧称，指西藏地方政府）地方政府。在康熙朝，康熙帝为了限制达赖，又册封了班禅，并在平定准噶尔后确立了五噶伦执政的政治形式。
从雍正帝出兵西藏，平定了阿尔布巴之乱开始，中央政府对西藏政策的羁縻性质日益减少，直辖性质逐渐加强。正如雍正帝在康乾盛世中所发挥的承前启后作用一样，他在西藏政策的执行上起到的也是重要的承前启后作用。此时，不仅顺治时期的对藏政策已远远落后，即使康熙朝的对藏政策，也被雍正帝逐步完善，这为乾隆时期西藏政教合一的确立铺平了道路。因此，这三个时期中，真正对西藏进行实质性统治的，就是雍正朝了。雍正帝在平定了西藏叛乱之后，加强了对西藏的直接控制，变羁縻为近似于中央直辖的统治。这一点，对于整个中国历史都至关重要。
雍正帝对西藏控制和管理的进一步加强，得益于对阿尔布巴叛乱的平定。通过进兵平叛，他首先认识到解决西藏问题的关键在于抓住宗教这个根本，而要抓宗教，就要重视达赖喇嘛。清兵入藏平叛之前，七世达赖喇嘛正在后藏贵族的控制之下，达赖之父索南达结更是和阿尔布巴结成了死党。所幸阿尔布巴由于颇罗鼐的牵制，未能挟持达赖外逃，事态不致恶化。
对此，雍正帝决定将七世达赖安置在安全范围内，雍正六年（1728年）十一月，七世达赖父子在清军保护下离开拉萨，移到西康噶达（即康定西北泰宁）的惠远寺，派兵一千八百护守，后准噶尔与清政府定界息兵后，雍正帝令人又把达赖护送回拉萨。后又在清军保护下离开拉萨，移往理塘。达赖从此被清政府直接保护，这样就避免了达赖和西藏共同为乱，也避免了达赖被挟持后社会不稳的状况。理塘原归属前藏，六年，雍正帝下令在理塘、巴塘等地建立宣慰土司，划归四川管辖，同时又设维西、中甸二厅，划归云南。后来，章嘉呼图（活佛）以巴塘、理塘为六世达赖出生之地，请将该地仍属前藏。而雍正帝的政治用意在于，将理塘作为监控西藏的一个外围哨卡，同时较严密地控制西藏教王。因此，雍正帝对章嘉呼图的请求当然不允。然而章嘉呼图的理由很有力，前代教王的出生地，对于黄教来说确是非同小可。雍正帝为堵住章嘉呼图的嘴，以理塘每年商税银五千两赐之，章嘉呼图得了实惠，也就不说什么了。六世教王的生身之地，就这样被雍正帝买了过来，管辖地仍归四川辖属。直到今天，川、滇二省的藏族地区仍沿袭着1728年清朝划定的界限。
同时，雍正帝加强了对西藏政务的控制和管理，一方面将西藏政务委于颇罗鼐一人总理。当初将康济鼐噶伦地位置于阿尔布巴之上，就是意欲以一人行政代替五噶伦。在西藏特殊的历史条件下，五噶伦并立不利于西藏政务的处理，同时由于西藏旷远，五噶伦的争权夺利，更是将西藏拖入动乱泥潭的根源。相比之下，专任一人治藏，在行政体制上更趋于集权化，有利于清朝对西藏的有效控制。
另一方面，雍正帝又作出了设立驻藏大臣这一意义重大的决定。雍正帝在西藏正式设立驻藏大臣办事衙门，驻藏大臣分正、副二人，分驻前藏和后藏，协助颇罗鼐处理政务，并留清兵两千驻守西藏。驻藏大臣是清朝政府的代表，是清朝中央政府与西藏地方政府联系的纽带，这时的驻藏大臣主要是管理清军、稳定政局，并协助地方政府处理政务。这与乾隆后期的驻藏大臣和达赖喇嘛共管西藏政务制度不同，但却是这一制度的开端。
通过达赖移居理塘、巴塘行政区的划定，雍正帝一方面安定了人心，断除了达赖和西藏共同为乱的隐患，明确了西藏地方的辖区范围。在西藏迭经变乱后，雍正帝终于做出直接派遣常驻高级官员，建立办事机构，驻守军队的果断决定，从而加强了对西藏地方的履政，进而密切了清朝与西藏的主属关系，重新将西藏正式拉回到中原政权治下，也有利于多民族统一国家的巩固。雍正帝在平叛后设置驻藏大臣，进一步加强了对西藏的控制，这无疑具有积极的历史意义。
击准噶尔，划西北界
清朝初年，居住在天山以北的漠西蒙古准噶尔部强盛起来，首领噶尔丹自称可汗，吞并四邻，横扫漠北，并公然向康熙帝提出“圣上君南方，我长北方”，意欲分庭抗礼。
康熙帝为消除噶尔丹之患，曾多次御驾亲征，虽平息了噶尔丹之乱，但是仍然没能遏制住准噶尔部的野心。厄鲁特蒙古准噶尔部一直是个野心勃勃的大部族。要说明准噶尔的来历，有必要回溯一下该部的历史。元朝亡后，蒙古分为三大部：漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和厄鲁特四卫拉蒙古。漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古皆是成吉思汗后裔；厄鲁特四卫拉蒙古则居于西域，乃是元朝脱欢太师及明也先（蒙文称额森）瓦剌可汗的后裔。厄鲁特四卫拉蒙古这一部分为四大部，绰罗斯特居于伊犁，杜尔伯特居于额尔齐斯河岸，土尔扈特居于塔尔巴哈台，和硕特居于乌鲁木齐。明末清初，和硕特固始汗统一了四大部，并夺取西藏，臣服于清。康熙帝执政期间，绰罗斯特浑台吉死，其子僧格立；僧格死，子索诺木河拉布坦立；僧格之弟噶尔丹作乱，杀侄自立，自称准噶尔汗。噶尔丹自称准噶尔汗时，绰罗斯特部始称准噶尔部。噶尔丹被平后，准噶尔部即落入索诺木拉布坦之弟策妄阿拉布坦掌握。
策妄阿拉布坦的权利欲不次于其叔噶尔丹，他无视清廷的存在，侵袭邻境，吞并弱小，祸乱西域，使准噶尔部成为西域安定的最大威胁。雍正二年（1724年），罗卜藏丹津兵败逃往准噶尔，为策妄阿拉布坦所接纳。清政府遣使索取罗卜藏丹津，策妄阿拉布坦拒不奉诏，但也不敢侵犯边境，一时呈相峙状态。清政府遂在哈密、巴里坤、吐鲁番及布隆吉河等地各留戍兵驻防。
早在清兵入藏平定阿尔布巴反叛之前，雍正帝一直对出兵与否难于决断，不得已而采取了暧昧态度。用他的话说：“西藏、谆噶儿（准噶尔）之事，比不得安南、鄂洛素海外诸国，四十八旗、西海、哈儿咯（喀尔喀）等众蒙古人心系焉，虽在数千里之外而实为肘腋之患。谆噶儿事一日不靖，西藏事一日不妥，西藏料理不能妥协，众蒙古心怀疑贰。此二处实为国家隐忧，社稷生民忧戚系焉。所以圣祖明见事之始末利害，立意灭取谆噶儿、安定西藏者，圣知卓见，不得已必应举者也。”
雍正帝对讨伐准噶尔的重要性认识充分，认为准噶尔的问题与西藏紧密相连，准噶尔平定了，西藏也就安定；准噶尔不安定，西藏就不会安定；西藏不安定，蒙古、青海也会连带出问题。这些地区是国家的隐患，与社稷民生休戚相关，所以必须借噶伦阿尔布巴事件，讨伐准噶尔。雍正五年(1727年)，策妄阿拉布坦死，其子噶尔丹策零袭父职。此时，雍正帝实行的各项改革已初见成效，政局稳定，财力充足，也确有条件出兵了。雍正帝以为这是有利之机，决定用兵征讨准噶尔部。
雍正帝开始筹划用兵事宜，只同怡亲王允祥、大学士张廷玉、岳钟琪等极少数人密商，因事关钱粮，户部尚书蒋廷锡时或参与商讨此事。雍正帝取得了他们的支持，决定兵马粮饷屯守进取的方略。
雍正帝备战首先重视的是军士的挑选和训练。五年(1727年)十一月，雍正帝密令河南、山东、山西三省督抚，在步兵内各拣选两千人，他们不必擅长弓马，但要能放鸟枪。预计第二年秋冬时差遣，为期约二十个月，并要三省督抚妥善安排应选兵丁的行装和安家费用。
作为蒙古游牧民族，准噶尔人长于骑术，骑兵精良，作战速度迅捷，行动灵活。雍正帝懂得清兵要与准噶尔争长，也必须要有强大的骑兵装备。但西域旷远，戈壁荒滩阻隔，自然环境恶劣，交通运输不便，军需粮草的供给就是个大问题。针对这一情况，雍正帝采纳了岳钟琪的车站方针：用长五尺、宽二尺的战车，一人推辇，四人保护，即一车五人，五车一伍，伍五一乘，四乘一队，十队为一营，行军时载军粮军衣，驻防时兼做营盘，战场上冲锋陷阵。
雍正七年（1729年）春夏之交，岳钟琪密令四川松潘镇总兵张元佐整饬马步兵丁一千名，预备一切军装器械，听候调遣。
经过两年的准备，雍正帝命领侍卫内大臣傅尔丹为靖边大将军，率兵32000余人屯阿尔泰，出师北路；命川陕总督岳钟琪为宁远大将军，率兵36000余人屯巴里坤，出师西路。西北两路大军于五月分途起程，雍正帝再征准噶尔部自此拉开了帷幕。
噶尔丹策零闻讯十分惊恐。这时，叛逃到准噶尔的罗卜藏丹津与其部属想谋杀噶尔丹策零，事泄被杀，噶尔丹策零遂利用这一事件施缓兵之计，派遣特使赴京，声称已将罗卜藏丹津解送清廷，行至中途，因听说清廷发兵，复回伊犁，“若天朝俯念愚昧，赦其已往，即将罗卜藏丹津解送。”雍正帝认为事情出现了转机，噶尔丹策零可能会“一一听命”，故于雍正八年五月决定“进兵之期暂缓一年”。他一面遣侍郎杭奕禄等往谕噶尔丹策零“请封号，所有属下悉编旗分佐领”，一面召大将军傅尔丹、岳钟琪和参赞大臣陈泰、苏图回京议事，由提督纪成斌、副将军巴赛分管西、北两路军事。
噶尔丹策零当即乘岳钟琪回京面承谕旨之际，进攻驻于科舍图的清军。科舍图军中无主将，由纪成斌、巴赛二人护理印务，分摄两路军事。纪成斌无备，噶尔丹策零乘虚大肆劫掠科舍图牧场。总兵樊廷、副将冶大雄率兵二万力战，又得总兵张元佐来援，与噶尔丹策零血战七昼夜，终于夺回大部分被掳驼马。尽管如此，清兵损失仍很严重。
利舍图遭袭，雍正帝对西路军颇不信任，并及于岳钟琪。岳钟琪不久奏疏战屯事宜，雍正帝不以为然。雍正九年(1731年)三月，命都统伊理布率兵2000往岳钟琪部充为副将军，开始对岳钟琪实行挟制和监枧；五月，再派石云倬为西路军副将军，进一步牵制岳钟琪；又派满人查郎阿署川陕总督，又专理西路后方军需供应。到此为止，岳钟琪的前军和后路都被满洲势力包围了。
九年（1731年）六月，噶尔丹策零探知西路军牲畜缺乏，不能进击，遣将率兵三万进犯北路军营。北路军主帅傅尔丹听信了敌方间谍的假情报，以为来人只有一千羸兵，遂令一万余人出战，被敌军诱到了和通绰尔，埋伏在此的两万多准噶尔骑兵倾巢而出，将傅尔丹的四千前锋军团团围住。傅尔丹又派六千清兵支援，然而此时被围清兵前锋已溃，准噶尔军转过头来便冲击清军大营，傅尔丹派索伦、科尔沁蒙古兵拒敌，科尔沁蒙古兵临阵脱逃。此时亏得土默特蒙古兵英勇抵抗，准噶尔军难当其锋，被撕开一个缺口，但接下来的情况却很糟糕，跟在蒙古兵后面的索伦兵见科尔沁兵跑了，土默特兵又消失在敌人阵中，以为蒙古兵败，人心惶惶，大呼小叫，顿时军心大乱，纷纷溃败。在准噶尔军围击之下，只逃出四千满洲兵，回到了科布多。西路清军至此已经军心涣散，难于再战了。
当傅尔丹失利于和通绰尔时，岳钟琪请求督兵进攻乌鲁木齐，以分敌势。经雍正帝批准后，岳钟琪由巴里坤出发，越木垒，渡阿察，直抵额尔穆克河，分兵三路，进攻乌鲁木齐。大获全胜，杀敌甚众，乌鲁木齐附近敌人遂纷纷溃逃。
雍正十年（1732年）二月，噶尔丹策零侵扰哈密。当时岳钟琪屯兵巴里坤，因冬春积雪，不宜出战，一直按兵未动，留意防守。得知准噶尔进攻哈密后，遂分兵截击，并命石云倬赴南山口等处切断敌人后路。石云倬对岳钟琪的军令不以为意，行军迟缓，到达南山口时，被击败的准噶尔军早已脱逃而去。十二年（1734年），雍正帝改组西路军营统帅部，命查郎阿署理宁远大将军印务，调汉军旗人、贵州巡抚张广泗为副将军，护军统领阿思海为前锋统领，管辖满洲兵，侍郎武格为扬威将军，统辖巴尔库尔满洲兵，副将军刘世明统领巴尔库尔绿旗兵，并命鄂尔泰督巡陕甘，经略军务。
此时，噶尔丹策零亲率大军由北路大举犯边，振武将军傅尔丹在乌孙珠勒迎战，大败而逃。准噶尔军越过杭爱山，长驱直入，先后攻占哲卜尊丹巴胡土克图、喀尔喀等地，抢掠了喀尔喀策凌的子女及牲畜。策凌为和硕亲王、额驸马，闻报之后割发誓天，决定反击。策凌亲率二万蒙古兵，半夜包围毫无准备的准噶尔军营，并会同顺承郡王锡保夹攻敌人，挥军斩杀敌人，敌人四处逃窜，被击杀万余人。噶尔丹策零率残部拼命逃跑，策凌紧追不放，并命人报知驻守拜达里克城的绥远将军马尔赛出兵截杀，谁料马尔赛竟不出战，擒获噶尔丹策零的机会就这样失去了。
战争胜利后，雍正帝大赏策凌，赐号超勇亲王，授定边左副将军，屯兵科布多，经理军务。雍正帝以贻误军机罪处斩马尔赛、李轶于军中，削傅尔丹公爵和官职，留军营效力，又以锡保调遣失宜，怯懦畏葸，罢靖边大将军，派平郡王福彭为定边大将军。
噶尔丹策零大败后，无力发动进攻，遂派人请和。雍正帝深感财政耗竭过甚，再打下去恐怕也无济于事，于是决意议和。雍正十二年，派傅鼐、内阁学士阿克敦到准噶尔议和，并为喀尔喀蒙古与准噶尔蒙古划分游牧地，欲以阿尔泰山梁为分界线。策零要求以杭爱山为界，阿尔泰山为其牧地，后又派遣使者进京，改求以哲尔格西喇呼鲁苏为界。雍正帝命策凌与他商议，策凌同意以此为界，但要求准噶尔人不得越过阿尔泰山。雍正帝采纳策凌意见，噶尔丹策零又不满意，和谈相持不决。雍正十三年（1735年）上半年，鉴于双方形势有所缓和，雍正帝下令两路撤兵，北路留蒙古兵、满洲兵，筑城于鄂尔昆河，屯田防秋；西路则用绿旗兵，驻哈密、巴里坤。到乾隆四年(1739年)，双方几经反复，始达成协议，以阿尔泰山为界，准噶尔游牧不得过界东，喀尔喀游牧亦不得过界西，并答应双方互市，允许噶尔丹策零派人进藏煎茶，但限制其人马数量。
雍正帝此次用兵虽屡屡失败，并且决策也有一定的失误，然而仍有一定的积极意义。首先是扼制了准噶尔的发展壮大，使其不能干预喀尔喀、青海和硕特和西藏的事务；其次，震慑了噶尔丹策零，策零出兵喀尔喀，虽然胜利了，但最终退去，终不敢留在这里，最后还得以阿尔泰山为界；第三，雍正帝在喀尔喀西北部设乌里雅苏台定边左副将军，辖治阿尔泰山东边的科布多、唐努乌梁海等地，营造了科布多城，使喀尔喀人更加依赖于清朝政府，如雍正十一年(1733年)，车臣汗垂札卜请求给予俸禄，雍正帝欣然接受；第四，为乾隆时期最终解决准噶尔问题奠定了基础。
清朝后期著名思想家魏源讲到清朝经营西北、西藏问题时说，“圣祖垦之，世宗耨之，高宗获之”，道出了康、雍、乾三代的各自贡献，相当中肯。总之，雍正帝对西北边疆的经营有其成效，是值得肯定的。
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