在武媚成为皇后不久，她与李治所生的长子李弘被立为太子，使得她的地位更为稳固。武媚与李治共育有李弘、李贤、李显、李旦四个儿子和女儿太平公主，在此后的岁月中，他们都因受到母亲的影响而改变了人生的轨迹，迎来了坎坷的命运或是悲惨的结局。 　　现在武后开始对曾经反对她成为皇后的大臣们展开报复，李治的舅舅长孙无忌首当其冲。作为长孙皇后的兄长，他在政局中拥有举足轻重的地位和影响。但他并不像自己的妹妹那样贤德宽容，为了将自己看中的外甥李治扶上皇位并清除其他皇族势力，他曾经主持发起了几次清洗，唐太宗的另一个儿子吴王李恪、女儿高阳公主、房玄龄的儿子房遗爱等人都在事件中死去。吴王李恪曾是李治的竞争对手，其生母是隋炀帝之女，他英武有为，与父亲极为相似，李世民也曾一度想将皇位传给他，后因长孙无忌阻挠才放弃。李恪同时拥有隋、唐两代皇室的血统，深得天下人期望，被迫自杀前，他曾经向天发誓说，倘若社稷有灵，一定会让长孙无忌遭到灭族的命运。现在他的诅咒成了现实，在武后安排下，李治接到了大量指控长孙无忌谋反的证据。虽然李治不相信将他扶上皇位的舅父会去谋反，但在一群希望从中获益的中层官员极力坚持下，他还是将长孙无忌流放边地。与此同时，其他一些曾经反对武后的官员也被牵扯进各种案件中来，许多人被流放或杀死，长孙无忌也终于被命令自杀。 　　这是一场互利的合作，受益的双方是武媚和一群希望获得晋升机会的官员，而受到打击的是政权中的既得利益者。经过几场清洗，许多昔日的高官和家族被消灭，站对了立场的中层官员们登上高位。新贵们身后的靠山正是武后，此时李治的健康情况每况愈下，甚至无法上朝或是处理国事，而武后则展现出她卓越的政治能力，很快将政事处理大权掌握在自己手中。虽然此后李治的身体状况有所好转，但他的软弱再也无法与武后的精明相抗衡，不久之后，武后已经成为大唐帝国实际的统治者。 　　此时的李治已经意识到了自己地位的尴尬，一些宗室和大臣不满于皇后拥有过多权力，也建议李治废黜武后。他们获悉一位道士常在武后宫中举行宗教仪式，认为这是一个机会，便由上官仪拟好了废后诏书，准备付诸实施。但武后凭借密布各处的耳目很快获知了这个消息，她毫不畏惧地与丈夫展开了面对面的对质。像许多妻子占主导地位的家庭中爆发的冲突一样，软弱的李治根本无法面对妻子强硬的态度，最后只得声称一切全出于上官仪的策划，希望能藉此从尴尬的境地中摆脱出来。 　　这次冲突的结果是武后大获全胜，上官仪被杀，其他的参与策划者也纷纷被处决或流放，李治让出了更多的权力。当高宗上朝时，武后在一旁垂帘听政，将天下大事的处决权全部操纵在自己手中。除了清除政敌外，武后还做出了其他的一些决策，比如促成了在泰山举行的封禅典礼。在筹备这场富有政治含义的仪式时，武后对程序做出了质疑，她认为妇女应当在仪式中占据更加重要的地位。于是在没有先例的情况下，武后率领妃嫔和皇族女眷们加入到祭祀典礼中来，向天下表明她在国家政治中已经占有举足轻重的地位。此外，她还利用编修书籍等学术活动机会为自己组建起智囊团，使他们成为自己政治活动中的得力助手。