既然杨元庆戮力狂飙，柳传志心神稍定。他与倪光南的矛盾随即爆发。“我跟老倪发生矛盾以后，在北京这边开了一次会，我决心收缩回北京，想把香港放开让吕谭平自己管，我的名义是董事长。”柳传志说，“原来我是两头兼顾，两头耽误。香港吕谭平那边，他做的事情我管不到底。吕谭平有些做法我并不同意，但是我不能管。我的原则是我不能都管，要管就管到底，但实际上不可能，因为北京有事我就得回来。这边也是李总管事，我基本上也管不到底，我都是特别支持李总。就是到了九四年，上市完了之后，我下决心把香港放开，只管北京的事。”
柳传志回到北京，倪光南便开始失去权威。虽则偶然，却也是联想史时势使然。柳传志性格既刚烈，也会冲动而有时不能掌握自己，那么倪光南的执著在他盛怒之下便只有一种结局可以期待。
他既已回到北京，将杨元庆扶植到微机事业部总经理的位置上，那么杨元庆便有机会获得最高权力的支持。联想头一年的库存并未算到杨元庆头上，一些元老认为这是给予杨元庆特别的权力和照顾。杨元庆有时并不清楚柳传志的苦衷和他这所面临的压力，他不断地跟柳传志提要求，也不断要求柳传志帮助他解决各方矛盾。他曾经与副总裁刘金铎产生龃龉，情况“已经对他很不利”；他后来还跟董事长曾茂朝也产生了矛盾，柳传志说是“为了一个具体问题，董事长跟他拍过桌子”；为了分公司关系，他跟李勤也发生了矛盾……
“那时候我就很紧张，”柳传志说，“那次我把杨元庆说哭了。杨元庆说是具体问题，其实我根本不仅仅是为了具体问题，而是为了整体，要让老同志这边有个感觉，实际上我并不偏袒杨元庆。另外也让杨元庆放明白一点，杨元庆当时真的是有点不太明白。”
柳传志是处理公司政治的高手，杨元庆后来说他是一位“政治家”，也有人说他是谋略家，都是对他操控大局能力的赞扬。但杨元庆不会处理公司政治，不懂得妥协，至少在1994年不会。他耿直的性格有时驱使他钻牛角尖，额外面对重压之力。然则他对方向判断清晰，依仗柳传志的支撑，采取最直截了当的突破手段，才最终在变乱的联想局中先向历史伸展了一步。
整整两年时间，柳传志几乎将所有精力放诸北京，又将半数精力放诸杨元庆身上。他在北京重置企划办，试图将之设计为自己的“总参谋部”，完全听命于他的指挥棒。“企划办的建立是非常麻烦的事，因为人选老不合适，”他后来有一次非常感慨地说。那时候他又想起了郭为。
就在杨元庆赢得了微机事业部，郭为被赶到大亚湾的同时，那一年10月，中国科学院常务副院长路甬祥为联想史的侧向找到了一条新线索，他就计算所改革试点的问题提出了一个颇为大胆的方案——“让联想集团来管理计算所。”
路甬祥的提议多年后得以成为现实，却也使联想成为矛盾的焦点。虽然是“院里让我们干的”，但那时候“联想吃掉计算所”之说甚嚣尘上，柳传志和李勤一面要照料那些年轻人按照其擘画好的路径进出，又要拿出大量钱物及人力平衡计算所老科学家与年轻新秀间的关系。
联想得到了政府越来越多的支持。1994年9月13日，电子工业部部长胡启立带着他的副部长和司长们造访联想集团。那一天胡启立说：“联想集团是我们寄予希望的一个大集团。计算机没有几个大企业，联想是其中之一，是计算机行业最大的集团。所以想和你们共商如何来支持我们国产品牌的发展，来加强我们自己的竞争力。”
无论柳传志是否有意使用谋略，他都达到了借势与借名的效果。他借助了中国政府对于民族计算机工业的忧心忡忡使联想获得了空前的政治势能；又以“民族大义”借助了民众意愿，独力扛起“民族计算机产业大旗”，使联想扮演了“民族工业先驱”的悲壮角色。如此便产生了一种效果：买联想，就是支持民族工业，就是爱国。