在蒙牛，有一个新陈代谢的机制。这个机制也和蒙牛的“阶段论”有关，蒙牛把公司的用人制度比喻成飞船升天：
首先要点燃第一级火箭，烧完之后丢弃；接着点燃第二级火箭，烧完之后又丢弃；之后是第三级火箭……
当一个人在一定的历史时期作出了贡献，完成了他的历史使命，他就有必要退出历史舞台。
牛根生自己就是履行这个规则的典范，他曾经公开表示，自己将在２００６年辞去总裁职务；２００８年，在自己５０岁的时候，如果有合适的人接替，他也将辞去董事长一职。
【案例】蒙牛有个“顾问委员会”
“打江山容易坐江山难”！有的人适合打江山，在战场厮杀，有的人则适合坐江山，用韬略治国。企业经营也是一样。通过６年的高速发展，蒙牛已经在国际化的轨道上运行，原来的人才结构显然已经不能完全适应新的需求，新陈代谢成为历史的必然。
不知道是不是受了中国政治发展轨迹的启发，２００５年，在牛根生的极力倡导之下，一个新的机构——“蒙牛集团顾问委员会”正式建立，牛根生曾经对顾问委员会进行了定位：只搞建言的事，不搞建设的事；只干服务的事，不干业务的事；只管验收的事，不管创收的事；只谋战略的事，不谋战术的事——总之一句话：给年轻人腾位子，为接班人出点子，成为公司发展的导航灯与智囊团。
牛根生本人兼任这个顾问委员会主任，有四位高管人员进入这个委员会，而他们之前的岗位已经由新人接棒。
２００５年７月６日，牛根生在做客新浪网“总裁在线”时首次公开表示，按照国际惯例及现代企业的治理结构，继“中国蒙牛乳业”董事长与总裁分设后，国内的“内蒙古蒙牛乳业”也打算于今年年底或明年年初，对董事长及总裁两个职位进行分设。国内蒙牛新的总裁人选将在全球范围内公开招聘。
面对媒体，牛根生曾经这样解释，当初采取发起设立方式创办了企业，由于企业只有短短６年的发展历程，所以，国内蒙牛的董事长与总裁过去无可选择地一直由自己“一肩挑”；但所有权与经营权“两权分离”是客观规律、历史潮流，是中国企业与国际接轨的重要标志，因此，２００６年的蒙牛，党委管党委的事，董事会管董事会的事，经营班子管经营班子的事，将在“三权分离”的情况下，形成相互推进、科学制衡的企业法人治理结构，最终实现“三权合力”的最大化。