这次开业之争打响了两个交易所全面竞争的第一枪，拉开了其后长达十年的竞争序幕。
从1990年至2000年，两座城市在攻防中各有得有失。1990年－1995年，上海略占上风，1996年8月开始，深交所成交额全面超过上交所，并以174.92%的涨幅登上全球股市排行榜的冠军宝座，不但称雄于国内股市，而且以最大成长幅度笑傲全球！这个时期不但是深圳证券业历史上最辉煌的时期，也是深圳最得意最风光的时期。这个时期，也使“老大”上海英雄气短，耿耿于怀。这种状况一直持续到1998年1月。1997年，深圳已有9家综合类证券公司，占全国总数的1/5多，证券经营机构202家；证券投资基金公司5家，占全国总数的40%，其资产规模达到180亿元，全国三分天下有其一，为全国证券投资基金最集中的城市；这时，中国证监会受命直接介入深沪之争，决定不再让企业自主选择上市地点，而是定下了“上海先上一家，深圳再上一家”的不成文规定，上交所终于缓过气来，并于1998年6月压住了深交所。
1999年，风险投资概念火爆全球，纳斯达克市场疯狂上涨，开始创造“一夜暴富”的资本神话，为此上海、深圳为“创业板”展开新的一轮逐鹿：两个城市不断请专家论证自己更有资格设置“二板市场”。2000年5月，中国证监会宣布深圳胜出。但这个胜利更让人惴惴不安，业内人士普遍担心，深圳取得创业板资格，很可能是对未来把深圳主板并入上海的一个补偿。果不其然，7月里传出了深交所即将并入上交所的传闻。这种传闻从1997年以来一直就有，但这次似乎是真的：统一的结算中心在上海成立，上海市市长徐匡迪在接受路透社记者采访时也有这种表示。
经过10年的发展，金融业已经成为深圳的支柱产业，其产值占全市国内生产总值15％左右，而金融产业对其他产业的支撑作用却不可等闲视之，另外深圳金融业的利润占全国四分之一弱，而上海则为四分之一强。如果深圳的主板市场迁往上海，那不仅意味着大量资金的流失，直接动摇深圳的区域金融中心地位，而且还将影响到特区二十年来的经济成就，即使有创业板但因在初创之时也难有规模和作用，因此深圳经济可能就此一蹶不振！
2000年的夏天是深圳市最难熬的一个夏天。据说，深圳市主要领导都在北京“陈情”，力陈撤销主板对深圳经济的利害关系。最终，深圳艰难地取得了主板暂时不并往上海的承诺，但也付出了代价，即深圳证券交易所从2000年9月开始不再发行新股。2000年，反映深市规模的总市值、流通市值、上市公司家数等主要指标均呈负增长。在这种形势下，深圳传出了招行、平保、华为、中兴等在全球有着巨大影响力的经济杠杆性企业，暗暗迁走上海的消息。
由于深圳不发行新股，且深沪两个交易所水流千遭归大海，最终要合二为一，其竞争也就不再有意义。十年的恩怨情仇化为烟云。
这场金融话语权、经济主导权之争以深圳败退告结。
从主板、创业板、黄金交易所到基金中心、有色金属期货交易所，深圳在各项竞争中的对手几乎都是上海，而且最后几乎都是上海胜出。为什么总是上海与深圳为敌？为什么受伤的又总是深圳？
对这个问题，有不少人认为中央在政策上“偏袒”上海，“打压”深圳。
著名网上评论家呙中校在其轰动朝野的《深圳，你被谁抛弃》中，这样写道：
深圳的成功，究其本质是作为经济特区的成功。作为经济特区，其本质就是承担“试验田”的作用，“试验”成功后就应该战略转移，推动全国经济全面发展。对于后一个功能，深圳是没有能力完成的，这个任务只能交给上海“老大哥”。
上海处于沿江、沿海的节点上，是中国经济腾飞的支点，因此20世纪90年代中央给予上海浦东比特区还特的优惠政策，就是为了振兴上海，并以此带动沿江以至全国的发展。可见，其他地区和城市不可能有上海这样的战略地位，也不可能获得类似的优惠政策。
在中国经济改革的历史上，深圳与上海不是宿敌，而是“探路者”与“修路者”的分工，是“先锋”与“主将”的关系，二者的地位与作用不可相互替代。
作为一个城市，深圳的弱势是显而易见的，那就是毗邻香港，临近广州。毗邻香港是深圳的最大优势，但那是作为经济特区的地位而言的。而当现在深圳还原为一个纯粹的城市时，无论从深圳与香港的竞争看，还是从深圳与国内其他城市的竞争来说，香港俨然成为这个城市最大的弱势。搞证券市场是这样，竞争黄金交易所时也是这样，试从长远想一想，中国在华南已经拥有一个国际金融中心的香港时，还有必要在其旁边建设证券交易中心、黄金交易中心吗？
难道这就是深圳的宿命？