1945年初，正当麦克阿瑟向马尼拉进军之际，美国的决策者们已开始集中精力讨论着最后击败日本的作战方案和时间安排。大家都认为进攻日本本土是迫使其投降的惟一手段，但攻占硫磺岛和冲绳岛后，下一步如何打法，意见分歧很大，有的主张在中国上海附近的海岸登陆；有的主张对日本本土最南端的岛屿——九州实施直接进攻，然后在数月内进攻本州；还有人主张，由驻马里亚纳和冲绳的B—29轰炸机实施大规模空袭，在不进行登陆的情况下迫使日本人投降。

　　虽然对下一步的作战方案意见不能统一，但有一点，大家的看法还是完全一致的，那就是对日本本土实施登陆作战将会造成巨大的伤亡，据估计至少要损失50万人，而且需要长达一年半的时间。这样，为尽快结束战争，减少伤亡，争取具有巨大军事实力的苏联参战，就是上策。因此，在三巨头（罗斯福、丘吉尔、斯大林）参加的雅尔塔会议上（1945年2月4日—11日），罗斯福总统以牺牲中国的利益为代价，争得了苏联参加对日战争的承诺。斯大林同意在德国投降后的3个月内参加对日作战，罗斯福、丘吉尔答应斯大林提出的维持外蒙古的现状，大连港必须国际化，苏联可租用旅顺港作为海军基地，苏联与中国共同经营中东铁路等条件。条件虽然苛刻，但苏联出兵后，就能对日本形成南北夹击的态势，从而可以减轻对美军的压力。

　　战后，可能出于政治考虑，麦克阿瑟（及他的助手们）宣称他一贯反对让苏联人染指太平洋战争，既然日本已被打败，我们为什么还要作出让步，让他们去扩大在远东的势力和提高他们的威信呢？但是历史学家在研究这段历史时，找到了证据，说明麦克阿瑟“撒了谎”。有三位将领（包括海军部长詹姆斯·福雷斯特尔）写的书面材料都证明，麦克阿瑟不仅赞成而且坚持要求苏联人参战。当时，麦克阿瑟曾致电参谋长联席会议说，当盟国拟对日本实施登陆时，“如在我们发起攻击之前，苏军能从西伯利亚发动进攻并与日军进行大规模交战的话，那么我们的危险和损失将会大大减少”。

　　在雅尔塔会议上，最后商定的打败日本的作战计划要点是：苏军参战后，美军将首先在九州，然后在本州登陆。九州登陆（“奥林匹克行动”）定于1945年9月1日开始。这次行动以克鲁格的第6集团军为主。本州登陆（“桂冠行动”）定于1945年12月1日实施。这次行动以艾克尔伯格的第8集团军为主。麦克阿瑟对这个计划是赞同的。

　　由于麦克阿瑟和尼米兹谁都不想当配角，于是又遇到了令人头痛的老问题：由谁来指挥这次战役？罗斯福总统在4月12日逝世前，作了这样的折衷安排：麦克阿瑟和尼米兹谁都不担任总指挥，将战役指挥权划分成三部分，尼米兹指挥包括金凯德的第7舰队在内的所有海军部队；麦克阿瑟指挥所有的陆上部队和战术空军部队；一位名叫卡尔·斯帕茨的空军将领指挥以B—29超级“空中堡垒”式轰炸机为主力的战略空军力量，这些轰炸机的基地设在马里亚纳、冲绳和中国。像麦克阿瑟和尼米兹一样，斯帕茨直接向参谋长联席会议负责。根据原来的划分，日本本土属于尼米兹负责的中太平洋战区，因此总司令部认为，任命麦克阿瑟指挥所有的地面部队是他的一次胜利。

　　因盟军在莱特岛的进攻受挫，不得不推迟对硫磺岛和冲绳岛发起进攻的时间。这两次作战都得到了由海军上将雷蒙德·斯普鲁恩斯指挥的快速航空母舰部队的有力支援。

　　数月来，日军一直在增援硫磺岛，并在山上构筑了复杂的防御阵地网。在这段时间内，尼米兹的飞机，水面舰只和潜艇一直在阻击日军的增援行动，并对该岛进行轰炸。到2月份，进攻部队启航后，人们普遍认为攻占这个面积不过20平方公里的小岛，不会是很困难的。

　　对硫磺岛的炮火准备于2月16日开始。6艘战列舰、5艘巡洋舰和大批的驱逐舰对该岛进行了3天猛烈的炮击。2月19日这一天，在再次进行猛烈轰击后，海军陆战队随即向海滩发起猛攻。由于日军的防御工事十分坚固，所有的炮击都只造成了微小的破坏。登陆部队一上岸，立即受到日军的顽强抵抗。登陆当天，美军就有2400人阵亡。进攻硫磺岛的战斗，是海军陆战队有史以来进行的最艰苦的战斗。在向岛上推进过程中，美军不得不在岩缝和山洞中与日军展开肉搏战。原计划5天就攻占该岛，结果战斗持续进行了整整一个多月，到3月26日，岛上的1.9万名日军才被消灭，被俘的只有200人。陆战队和海军遭受了骇人听闻的损失：伤亡2.6万人，其中阵亡7000人。神风队“自杀飞机”撞上了5艘舰只，其中包括不走运的“萨拉托加”号快速航空母舰和“俾斯麦海”号小型航空母舰（后来沉没了）。虽然如此，这一战役还是值得的，因为硫磺岛距日本较近，可为B—29轰炸机去日本进行护航的战斗机提供一个最佳基地。

　　4月1日，美军两个陆战师和两个步兵师（总兵力为5万人）在冲绳岛登陆。在此期间，以台湾为基地的日军轰炸机和“神风队”的“自杀飞机”向在冲绳海域的美国海军发动了最猛烈的攻击。他们击沉了美军26艘舰只，击伤368艘，其中一些已无法修复。在这些攻击中，美海军遭受到的严重损失，甚至超过了珍珠港灾难。

　　日本海军为粉碎美军在冲绳的登陆行动，曾进行了一次拼死的反击，一次自杀式的攻击。月46日，巨大的“大和”号战列舰，“矢作”号轻巡洋舰和8艘驱逐舰驶出濑户内海，它们的燃油只够进行一次单程航行。按这个丧失理智的计划，这些舰只在冲绳的登陆区内冲岸搁浅，然后向美舰射击，直至弹药耗尽或被击毁，但洛克伍德的两艘潜艇

　　“线鱼”号和“铲鲟”号，在得到“卡斯特”密码破译人员的警报后，很快就发现了这支舰队并向上级报告了它的位置。翌日，4月7日，在一次出色的交战中，斯普鲁恩斯的飞机击沉了“大和”号、“矢作”号及两艘驱逐舰，还重创了另外两艘驱逐舰，日本人后来不得不将其炸沉。剩下的4艘驱逐舰逃回了濑户内海。

　　在冲绳岛长达83天的血战中，日军约有9万人被击毙，1万人被俘，另有10万平民被打死。美军伤亡6.5万人，其中阵亡1.3万人（水兵占5000人）。400多艘舰船或被击沉或被击伤。美军在这次战役中的损失超过了太平洋战争中的历次战役。