盟军对日本本土的袭击，早在1942年4月，即珍珠港事件后不久就开始了。首次执行轰炸任务的16架B-25轰炸机是从太平洋上“大黄蜂”号航空母舰上起飞的。这些飞机飞到东京上空后，慌慌张张地扔下几颗炸弹就飞开了。他们原来准备到中国的机场降落，但由于油料耗尽，机组人员只得弃机跳伞，有些人被当地的中国农民救起。
直到1944年秋天，盟军攻占了塞班岛和关岛以后，从这些岛屿上起飞的B-29轰炸机才开始对日本本土构成了威胁。起初，这些袭击大都收效甚微。从关岛飞到东京，往返航程是4800公里，为了完成这一飞行，不得不将载弹量限制在3吨，仅相当于最大载弹量的三分之一。在护航战斗机驻扎到硫磺岛之前，B—29为了保护自己，不得不在8000多米的高空投弹，命中率不高。
到了1944年底，东京一些地区贴出了标题为“新年快乐”的告示。通告说：“在形势可能更加严峻的情况下，让我们满怀必胜的信心和决战到底的精神庆贺新年，今年我们要结束战争。”可是，新年对于他们来说，并无快乐可言。1945年是从盟军猛烈空袭东京开始的。
为了彻底摧毁日本的战争潜力和瓦解日本人的抵抗意志，为进攻日本本土创造有利条件，盟军从年初开始就加强了对日本的空袭和海上封锁。
2月底，斯帕茨改变了轰炸战术。他决定在夜间低空投掷新式燃烧弹烧毁日本的城市。在2月25日、26日两天夜间，首次试用了这种炸弹，约200架B—29轰炸机投掷的燃烧弹，烧毁了5平方公里的东京市区。3月9日夜，美军航空兵在柯蒂斯·李梅将军的指挥下，出动334架B—29轰炸机由关岛起飞，携带近2000吨燃烧弹，再一次袭击了东京。
半夜，美军飞机从不到200米高的超低空，向居民稠密的上町地区投下了第一批燃烧弹。接着，轰炸机一批一批地飞来，把1667吨燃烧弹倾泻在占地仅为30平方公里的上町地区，那里立刻变成一片火海。火焰像毒蛇一样追赶着人们，成群的人倒地死去。有些跳到水里的人，被烧滚的水活活煮死。
天亮了，风停了，大火也燃尽了。一位第二天早上赶来抢救的日本医生这样写道：“在黑色的隅田河面上，漂浮着数不清的尸体。那一具具尸体都被大火烧得像木炭一样，你分不清哪些是男哪些是女。”
经过这次袭击，东京四分之一的城区被烧毁，25万幢建筑物变成了断壁残垣，有8万多人丧生，100多万人无家可归。
在以后的10天里，美军又出动轰炸机1595架次，对东京、大阪、名古屋和神户共投掷燃烧弹9373吨，给城市造成了严重的破坏，并有数十万人员伤亡。后来肯尼回忆说，在这段时间里，他指挥的以冲绳为基地的飞机也参加了空袭，每天都出动飞机600架以上。
海军对日本本土的袭击是从2月16日开始的，2月17日和2月25日连着进行3次。3月18日，斯普鲁恩斯指挥的第5舰队，再次对濑户内海的目标进行了攻击，击毁日军飞机160架。但是美军的舰只也受到日军飞机的回击。“富兰克林”号航空母舰险些沉没，损失了800多名官兵。
6月2日，哈尔西指挥的第3舰从袭击了九州的日军飞机场。7月1日起，哈尔西率舰队出海，3次袭击东京，两次袭击北海道，3次袭击濑户内海。
面临绝境，日本统治集团一面企图垂死挣扎，准备在本土与盟军决战，一面进行试探，看是否有可能体面地投降。
6月22日，冲绳失守后，裕仁天皇把最高御前会议成员召集在一起，说一定要找出一个结束战争的办法。这一点做起来要比说起困难得多。因为日军将领中有许多顽固不化的战争狂人，为了顾全“脸面”，坚持战斗到死，也存在着这些狂人废黜天皇、夺取政权的危险。还有一个问题，就是必须找出说服盟国允许保持天皇制度不被废除的办法。
日本认为让苏联人充当调解人较为合适，这样还可以阻止苏联对日宣战，但苏联不准日本谈判特使入境。
华盛顿对日本这些试探和谈的行动一清二楚，密码破译人员破译了东京同日本驻莫斯科大使之间的电报。
在此期间，在美国国内，决策者们正在寻求不必进攻日本本土，又能迫使日本无条件投降的途径。根据冲绳战役推断，如发动进攻，盟军伤亡可能超过100万人。一些人认为，尽快使用即将研究成功的原子弹是个办法，在6月18日新任总统杜鲁门召开的一次会议上，陆军部长史汀生和马歇尔都主张使用原子弹，轰炸一个能突出显示其威力的目标。陆军助理部长麦克洛伊则强调，应事先给日本人以适当的警告，再给它一次宣布投降的机会。
7月16日，在德国的波茨坦，美、苏、中、英四国领导人会晤。就在这一天，杜鲁门得到了原子弹试爆成功的喜讯。7月24日，杜鲁门告诉斯大林，美国已拥有能尽快结束战争的威力巨大的炸弹，其用意一方面是炫耀，另一方面是暗示苏联已无参战的必要。斯大林平淡地表示很高兴，并说苏联仍将于8月份对日宣战。同一天，杜鲁门批准了给战略空军司令斯帕茨将军的命令：“1945年8月3日后，一俟天气条件允许目视轰炸，第20航空队第509混合大队，即对下列目标之一投掷第一颗特种炸弹：广岛、小仓、新泻和长崎。”
7月26日，“波茨坦公告”发表，该“公告”促令“日本政府立即宣布其所有武装部队无条件投降”，并警告说，若不立即投降，日本将遭彻底毁灭。7月28日，铃木首相在记者招待会上称：“我认为，‘波茨坦公告’只不过是‘开罗宣言’的翻版，因此政府不予重视，我们对之“默杀’（不予评论的意思）。”美国人把“默杀”理解为“置之不理”、“拒绝接受”。杜鲁门得知这个消息后，只说了一句话：“现在没有选择余地
8月6日，第一枚原子弹投在广岛，造成7.2万人死亡，6.8万人受伤，被炸现场惨不忍睹。8月7日，杜鲁门总统发表了震惊世界的广播声明：“16小时前，一架美国飞机在日本重要基地广岛投下了一颗炸弹。它不是普通炸弹，是一颗原子弹，它的威力超过2万吨TNT炸药……我们将彻底摧毁日本的作战能力。请记住，日本政府必须接受7月26日的‘波茨坦公告’，否则，遭到彻底灭亡的只能是日本人民。”
然而，日本政府仍然执迷不悟。
8月8日，苏联对日宣战。当晚，强大的苏军在华西列夫斯基元帅的指挥下，迅速开进中国东北同日本关东军交战。麦克阿瑟说：“苏联参战是应受欢迎的……每死一个苏联人就可以少死一个美国人。”
8月9日，第二颗原子弹投在长崎，炸死4万人，炸伤6万人。对于投掷原子弹，麦克阿瑟认为，从军事角度看，为了迫使日本投降，使用这种炸弹“是完全不必要的”。这个看法很可能是正确的，因为在那时，日本无疑已到了彻底崩溃的边缘。但是这种炸弹，对于即将进攻日本本土岛屿的每一名步兵、水兵和飞行员来说，无疑是个大喜讯。
8月9日晚，裕仁天皇为连日来争论不休的最高御前会议作了决断：
事实已经证明，战争不能再继续下去了，旷日持久的流血和暴行已超出帝国和人民的忍受限度。尽管“波茨坦公告”的条件是不能容忍的，但是现在到了我们不能容忍也得容忍的时候了。
8月10日，日本向华盛顿、伦敦、莫斯科和重庆传信（通过瑞士和瑞典的外交渠道），称它将接受“波茨坦公告”——条件是完整保存天皇制度。美国国务卿詹姆斯·贝尔纳斯起草了盟国的答复，其中主要的有两点：天皇必须向盟军最高指挥当局投降；然后，由日本人民通过自由选举最终决定天皇的地位。
与此同时，美国对日本不断地施加压力。从马里亚纳和冲绳，每昼夜都出动数百架轰炸机猛烈轰炸日本城市。哈尔西于8月9日率领舰队对本州的北部进行了袭击，他的飞机击毁了200架日本轰炸机。8月13日和14日两天，哈尔西出动1000架次的飞机，再次对东京进行袭击。
残酷的现实告诉日本决策者，任何幻想都是脱离实际的，出路只有一个，那就是无条件投降。
15日本投降
1945年8月14日上午，天皇表示接受盟国提出的全部条件，要求内阁立即起草投降诏书，并说要发表广播讲话。当天午夜，几名少壮派军官冲击皇宫，杀死了天皇的近卫师长，还放火焚烧了铃木首相的官邸，他们坚决反对投降。但他们的兵变因得不到支持而很快瓦解了。
8月15日上午，美军出动800多架轰炸机再次轰炸了东京。到了中午11点，广播电台按时播出天皇讲话的录音：
朕已命政府通知美国、英国和苏联政府，帝国接受联合宣言的条款。……继续战斗下去，不仅将导致日本民族的最后灭亡，也将导致人类文明的灭绝……
同一天，杜鲁门总统宣布停止敌对行动，放假两天进行庆祝。“整个东半球都为战争的胜利结束而欢欣鼓舞”。
太平洋战争结束后，有许多重要问题急待解决：安排数百万日本军人投降、美军进占日本以及建立一个军事占领当局等，解决了这些问题，“波茨坦公告”的各项条款才能得到落实。也是在8月15日这一天，杜鲁门总统任命麦克阿瑟为驻日盟军总司令，把解决上述问题的任务交给了他。得到消息后，麦克阿瑟立即致电杜鲁门：“我对您如此慷慨地给予我的信任深表感谢。”
麦克阿瑟受命后，立即紧张地开展起各项准备工作。作为第一步，麦克阿瑟致电东京，要求他们速派一个由高级军方人员组成的代表团到马尼拉来，商讨投降书内容和美军进占日本有关事宜。由日军副总参谋长川边中将率领的一个16人的代表团，于8月19日离开了东京，他们分乘两架涂成白色，带有绿十字标记的飞机。在麦克阿瑟的坚持下，飞机的无线电识别信号是“巴丹”。这个代表团于当天晚上抵达马尼拉，随后被护送到总司令部，沿途有许多菲律宾人向他们扔杂物，并叫喊：
“八格牙路！”（“混蛋”）麦克阿瑟远远地看着他们到来，但没有去迎接。他们在前厅放下佩刀后，萨瑟兰以冷冰冰的礼仪迎接他们，拒绝同他们握手。在会议厅里，双方代表落座后，萨瑟兰宣读了第1号命令，指定各地日军应向谁投降，并告诉他们，正式投降仪式将于9月初在东京湾的一艘军舰上举行。日本人按指示交出了标明战俘营及日本军事设施位置的文件和地图。
第二天，谈判继续进行，主要讨论美军乘飞机在日本登陆的计划安排和投降书的内容。空运美军的计划规定，美军飞机将于8月23日在横滨以西32公里的厚木机场着陆。日本人须撤走在这个地区的所有部队，卸掉所有飞机上的螺旋桨，并在横滨的新大饭店安排美军官兵住宿。日本人请求推迟3天，最后确定一切准备工作应于8月26日前完成。当一切达成协议后，日本代表团返回了东京。
麦克阿瑟挑选艾克尔伯格的第8集团军作为美军在日本登陆的先头部队。艾克尔伯格随即挑选驻扎在冲绳的第11空降师和第27步兵师首先出发。阿诺德将军借给肯尼300架巨大的四引擎C-54型运输机，将部队从冲绳运往日本。麦克阿瑟将同第一批美军一起出发的消息使大家都感到大吃一惊。大家都竭力劝说麦克阿瑟取消这一冒险行动，但没有成功。最后，艾克尔伯格请求给予两天的准备时间，以确保控制形势。艾克尔伯格后来写道：“实际上他只给了我两小时。”
因受台风影响，第一批美军推迟到8月28日才在厚木机场登陆。后来才知道，在这前一天，即8月27日，航空母舰“约克城”号上的一个年轻而鲁莽的海军飞行员“完全无视命令”，只身一人驾机在厚木机场降落，他才是战后踏上日本国土的第一个美国人。他强迫惊慌失措的日本人书写并挂起一幅标语牌：“欢迎来自第3舰队的美军。”只是，那位海军飞行员的姓名一直不得而知。
与此同时，所有前去参加投降仪式的大人物陆续都来到东京。8月28日，哈尔西的庞大的第3舰队有258艘舰只，开进了东京湾。他的旗舰4.5万吨级的“密苏里”号已被指定作为举行投降仪式的场所。8月29日，尼米兹乘一架水上飞机从关岛飞来，在“南达科他”号战舰上升起了他的旗帜。在这同一天，麦克阿瑟和总司令部的一些高级将领，在马尼拉登上“巴丹”号C-54型运输机，飞往冲绳，肯尼和艾克尔伯格正在那里检查空运准备情况。
8月30日，天气开始晴朗起来。艾克尔伯格于早上6点30分乘飞机离开冲绳。他后来说，一路上他心里忐忑不安，麦克阿瑟就在后面不远的地方，在厚木的美军人数还不多，什么事情都是可能发生的。艾克尔伯格的责任是确保这一喜气洋洋的时刻不会变成一场悲剧。
不久，麦克阿瑟和他的总司令部随员们就乘“巴丹”号飞机出发了。在飞往日本本土的途中，看来他心情很激动，他手中拿着烟斗在机舱过道里踱来踱去，同惠特尼谈到日本的未来。他谈到：首先要摧毁日本的军事力量，要利用日本政府这个工具来实行占领，……当时，人们都还不知道，他是否能成功地占领日本这个被征服的国家。
飞机开始降低飞行高度，准备在厚木机场降落。从空中可以看到数不清的防空炮位，惠特尼联想到日军在战争中的所作所为，联想到他们经常给敌人布下种种可怕的陷阱，不觉越发担心起来，飞机飞得这样低，高射炮是不可能打不中目标的。惠特尼后来写道：“难道‘死亡’这个在战场上横行的怪物，不知多少次放过了麦克阿瑟，只是为了到最后胜利的时刻才杀伤他吗？我屏住了呼吸，注视着这里的一切。”
看来惠特尼完全不必这样担心，心情紧张而谨小慎微的艾克尔伯格控制了那里的一切。第11空降师的约500名官兵已先期进占那里，他们保持着高度的警惕以防发生意外。在厚木机场，每3分钟就有一架C-54降落，有更多的美军到达。当麦克阿瑟的飞机于下午两点降落时，在乐队演奏声中，艾克尔伯格和几名官员走上舷梯迎接他们的上司，并向他敬军礼。在和艾克尔伯格握手时，麦克阿瑟用平静的语气低声说道：“噢！鲍勃，墨尔本到东京真是路途遥远啊，看来这条路终于走到了尽头。”
日本人安排一支由老式破旧汽车组成的车队接他们去横滨，麦克阿瑟乘坐的是一辆“搞不清是哪个年代”的“林肯大陆牌”汽车。这时，肯尼和他的高级参谋人员已乘另一架飞机赶到了，然后随麦克阿瑟一起进城。肯尼等人像往常一样佩带着手枪。肯尼回忆当时的情景时说，麦克阿瑟命令他们把枪收起来放在飞机上。肯尼认为这是一个好主意，“这将给日本人留下深刻的印象……对他们来说，一切都很明白，他们已经彻底失败了。”尽管如此，还是有全副武装的“20名高大英俊的美国士兵”爬进一辆卡车，加入车队，负责麦克阿瑟的保卫工作。从厚木机场到横滨市区只有32公里的路程，路两旁站着3万多名全副武装的日军警卫队，他们全都背朝着车队，有人说他们是按着警卫天皇的规格来向美军表示敬意的，也有人说是为了防止发生射击事件。大家一路上提心吊胆地注视着他们，生怕发生意外。
车行两个小时才到新大饭店，日本人安排麦克阿瑟一行在那里下榻。车队到达后，艾克尔伯格在饭店周围布设了一道“环形防线”，由第11空降师的“500多名老兵守卫”，没有发生不愉快的事件。当天晚上，麦克阿瑟对他的助手们说：“弟兄们，我们这次是军事史上最大一次冒险。我们现在踏上了敌人的国土，只带那么一点军队，却要看管住19个全副武装的师。只要走错一步，阿拉摩①的悲剧就会重演。”在其后的两天中，麦克阿瑟一直在新大饭店中避而不出。美国步兵和陆战队乘飞机和舰船大批开进日本。
①阿拉摩是美国得克萨斯州圣安东尼奥的一座建筑物，1836年被4000名墨西哥军队包围，里面的美国人全部被杀。
当时在日本本岛约有35万名盟军战俘，许多人被释放后，在各地流浪。美军进占日本后，用大约两周时间，把他们找回来，办完手续后，陆续被送回国。
战俘中职务最高和最有名的是两名将军，一名美国人，一名英国人。这两个人是放弃科雷吉多尔而投降的乔纳森·温赖特和在新加坡投降的阿瑟·珀西瓦尔。他们被监禁在我国沈阳市。他们二人应麦克阿瑟的特别邀请绕道重庆抵东京，他打算让他们参加9月2日在“密苏里”号上举行的投降仪式。
当天晚上，麦克阿瑟的副官跑进办公室告诉他，温赖特将军到了，他马上起身去迎接。记者威廉·邓恩写到当时的情景：“麦克阿瑟将军冲出他的办公室，穿过大厅，去迎接向他走来的面色焦黄、骨瘦如柴的温赖特。不等进行诸如敬礼这样正式的礼节，麦克阿瑟一把抓住他的手，半拥半抱地搂住他的肩膀……，我从未见过麦克阿瑟将军表现出这样的激情。”
麦克阿瑟马上邀请温赖特与他共进晚餐。他后来回忆说：“他面容憔悴而苍老。他瘦骨嶙峋，身上穿的军服满是褶子。他拄着一根手杖，步履艰难地行走着，他眼窝深陷，脸颊凹进，头发雪白。皮肤看起来像旧皮鞋面。我拥抱他时，他尽力做出微笑的样子，但当他试图说话时，他的声音哽咽了。三年来，他一直为放弃科雷吉多尔而感到耻辱。他认为再也不会让他指挥军队了。这使我大为震动。‘怎么，吉姆’我说。‘只要你愿意，你原来的军队还是你的。’”
9月2日是星期天，天空阴云密布，凉气袭人。这天早上，出席投降仪式的盟军官员们，包括温赖特和珀西瓦尔，陆续来到停泊在东京湾内的“密苏里”号战舰上，尼米兹和随员于8点5分到达；麦克阿瑟和随员于8点43分到达。甲板上和舰桥上挤满了前来观看的官兵。
8点56分，日本代表团乘美国的“兰斯多思”号驱逐舰到达，其中有外交部长重光癸（他装有一条假腿），陆军参谋总长梅津美治郎以及其他9名外务省和陆、海军的官员。文职官员们穿长礼服，戴大礼帽，军人穿着“不合身的”军服。日本人站得笔直，一言不发，表情阴沉。他们被领到二号炮塔附近的一块空甲板处。那里站着数十名盟军高级军官，他们根据军衔高低站成里外三排，中间摆着一张水兵的餐桌，上面铺着一张绿色桌布。桌上放着文件和一个笔架。
具有历史意义的时刻来到了。9时许，扩音器里传出一位牧师的祈祷声和美国国歌“星条旗永不落”。在乐声中，麦克阿瑟、尼米兹、哈尔西、温赖特和珀西瓦尔从舰舱中走上甲板。麦克阿瑟表情严肃，直接走到桌子边的一小排扩音器前，宣布仪式开始。温赖特和珀西瓦尔站在他身后的显要位置上。麦克阿瑟首先致辞说：
……在这个庄严的时刻，我们将告别充满血腥屠杀的旧世界，迎来一个十分美好的新世界。在这个新世界中，我们将致力于维护人类的尊严，实现人类追求自由、宽容和正义的美好愿望。这是我真诚的希望，我相信这也是全人类的希望。
然后麦克阿瑟要求日本代表在投降书上签字。外交大臣重光癸第一个走过来，他慌慌张张地摘下帽子、手套，放下手杖，似乎不知该在哪里签名。麦克阿瑟转过身去说道：“萨瑟兰，告诉他在哪里签名。”在萨瑟兰的指点下，重光癸代表天皇和日本政府在投降书上签了字。战争至此正式结束了。在他之后签名的是梅津美治郎将军，然后是麦克阿瑟签字，随后美国、中国、英国、苏联、澳大利亚、加拿大、法国、荷兰和新西兰等国的代表，也先后签了字。待有关的人签完字以后，麦克阿瑟最后说道：“现在，世界已恢复了和平，让我们为上帝保佑和平永存而祈祷吧。仪式到此结束。”整个仪式只用了十多分钟的时间。
日本代表拿到一份日文文件副本，呆板地鞠了一躬。在他们离开“密苏里”号时，他们受到例行的礼遇，以表明他们现在已不是敌人了。这时乌云散开，太阳露了出来，约有2000架盟军的飞机以密集的队形，从东京湾上空飞过。当轰鸣声消失后，麦克阿瑟走到另一个扩音器前，向全世界发表了意味深长的演讲。
此后不久，杜鲁门总统向马歇尔将军建议说，他应该邀请麦克阿瑟回国，这样全国可以举行盛大游行或类似的活动以表达人民的感激之情。邀请于9月17日发出，但麦克阿瑟以日本的“形势复杂而困难”为由拒绝了邀请。杜鲁门很生气，于10月19日又发出邀请，这次是以“总统要求你……”的字样开头。麦克阿瑟以日本的“局势非常危险，大有一触即发之势”为由，再次拒绝了。杜鲁门更加生气了，总统的建议实际上就是命令。尽管麦克阿瑟并没有违抗命令，但他的答复起码是不恭敬的。他还于9月17日，在未征得华盛顿同意的情况下，在东京宣布，40万名占领军将削减一半，这进一步激怒了杜鲁门。这样，本来还算友好的杜鲁门同麦克阿瑟之间的关系，很快开始变得紧张起来。
