1945年9月，麦克阿瑟以驻日盟军总司令的身份来到东京，这位65岁的美国将军作为战胜国的代表，成了日本7000多万人民的统治者。面对战争废墟和全面崩溃的日本，除了要摧毁日本的战争潜力，还要把专制独裁、军国主义的旧日本改造成为民主法治的新日本，任务的艰巨性是难以想像的。

　　借鉴历史的经验教训，麦克阿瑟清醒地认识到：“虽然我拥有至高无上的权力，我还是感到现在是我一生中处境最困难的时候。权力是一回事，而如何使用权力又是另外一回事。”他要把日本变成为“世界上一所大实验室，在那进行从极权军事统治下解放人民和从内部使政府自由化的实验”。在进驻东京之初，麦克阿瑟就宣布：“我的职责并不是压制日本，而是使它能重新站起来。”并确定了“占领军当局的所有政策，都通过包括天皇在内的日本政府贯彻”的原则。

　　对天皇如何处理，是个敏感的政治问题。大多数美国人认为，裕仁天皇同东条英机一样是战犯，应把他作为普通战犯送交法庭审判后处决，斯大林、蒋介石和英国首相艾德礼都持这样的观点。但麦克阿瑟认为这样对待天皇是不公正的，况且日本人崇敬天皇，如果处决天皇，势必“引起灾难性的后果”。在他的强烈要求下，天皇的名字从战犯的名单上被划掉了。不仅如此，他还要求对天皇的待遇“不应有任何降低之处，凡是一位君主所应得到的礼遇都要给他”，以求得到天皇的支持，通过他对日本人民的影响，来实现重建这个国家的宏伟理想。

　　刚到东京后不久，麦克阿瑟的一些参谋人员坚持说，为了显示一下权威，他应该把44岁的天皇传到盟军总司令部来。麦克阿瑟远比他的参谋人员更了解日本人，他“拒绝了这一建议”。他解释说，“这样做将会伤害日本人民的感情，因为在他们看来，这样做是折磨天皇”。更为重要的是，麦克阿瑟不愿意贬低天皇的身份。

　　9月27日，天皇和他的一名助手去拜会麦克阿瑟。天皇身穿燕尾服和带条纹的裤子，头戴大礼帽。麦克阿瑟在门口热情地迎接他，并陪同他穿过长长的客厅，走到客厅另一端的火炉旁就座。除了他们两人之外，只有天皇的译员奥村胜藏在场。麦克阿瑟觉得裕仁有些紧张。为了缓和气氛，麦克阿瑟愉快地回忆起在日俄战争结束后老天皇接见他的情景。他还递给裕仁一支美国香烟，裕仁犹豫了一下，接过了香烟，但又慢慢地放下了，他不抽烟，此刻又不好拒绝麦克阿瑟的敬烟。当麦克阿瑟递烟时，他注意到天皇的手在颤抖。

　　面对着他救下来的这个人，麦克阿瑟有些担心，裕仁也许要为自己辩解，对控告他是一名战犯提出异议（当时他还不可能知道，自己的名字已从战犯的名单上被划掉了）。但恰恰相反，他承担了全部战争责任。天皇出乎意料地对麦克阿瑟说道：“我之所以到您这里来，麦克阿瑟将军，是要把我自己交给您所代表的各个大国来裁决。我对我的人民在战争中做出的一切政治、军事决定和采取的一切行动承担全部责任。”听了这些话，麦克阿瑟对天皇“如此勇敢地承担一种意味着将被判处死刑的责任”的言行深为感动，并心怀敬意，“我原来只知道他是一位由于出身血统而成为君主的人，但在那个时刻，我深深感到，坐在我面前的这个人，就其个人品质来说，是一位日本高尚的绅士。”这次会见时间很短，临别前他和天皇在一起照了相。第二天，当日本国民从报纸上看到穿军装的麦克阿瑟和穿燕尾服的天皇站在一起的照片时，都感到很惊讶。

　　为了能实现日本的非军事化，首先要解除它的武装。当战争结束时，日本还有近700万军人。其中约半数在日本本土，另一半及300多万日本平民在海外。遣散军人和使那些在海外的日本人返回祖国的工作量是非常巨大的。麦克阿瑟很清楚，“遣散这些老兵，要比在战场上消灭他们困难得多”，如果激怒了这些富有战斗经验的老兵，特别是他们有几百万之众，那后果是不堪设想的。

　　麦克阿瑟把日本原陆军部和海军部改名为军事人员遣散局，让他们负责这项棘手的工作，占领军当局只负责监督和协调。这样遣散军人变成日本人自己的事了，巧妙的避免了日本军人同占领军当局对抗。日本人办事效率很高，在极端缺乏运输工具的条件下，在一年多的时间里，把300多万军人和数量相当的平民撤回到国内。大多数人都找到了工作，能吃上饭。占领军当局还发出通告，被遣返的军人如遇到困难，可以要求帮助，各地占领军当局将尽力帮助他们渡过难关。

　　除上面所说的工作外，遣散局还释放了被日本人抓来当劳工的150万中国人和朝鲜人，并把其中约100多万愿意回国的人送回国。

　　战争结束时，在日本全国及诸如台湾等地，有堆积如山的军事装备和补给品。例如在日本，有12000架各种型号的飞机，其中4000架可以使用，还有无数的坦克、步枪及其他武器装备。艾克尔伯格的部队用几个月时间搜遍日本，炸毁了弹药库，烧掉了飞机，或把武器扔进大海。生产作战物资的军工厂被关闭，海军基地和造船厂被摧毁，机场被犁掉，销毁的这些作战物资的价值达数十亿美元。采取这些措施的目的是，防止日本像第一次世界大战后德国那样迅速重振军备。

　　为了彻底摧毁日本的战争潜力，麦克阿瑟还下令解散日本的大财阀。

　　多年来，日本约80%的工业和金融财富被诸如三菱和三井这样少数大财阀紧紧控制着。麦克阿瑟和他的助手们认为它是专制主义、军国主义和帝国主义的化身，他们左右国家政治和平民的生活，靠战争牟取暴利，解散财阀是日本非军事化必由之路。由于日本方面认为，国家的繁荣要依靠这些财阀，因此对解散财阀工作持消极态度，美国也不想承担日本复苏经济所需的费用，最后这项工作草草收场。到1951年7月，宣布这项工作结束时，应该解散的财阀有1200家，实际解散的只有9家。虽然如此，财阀的权势还是受到了一些削弱。

　　1946年1月，盟军总司令部开始实施一项所谓“清洗”的计划，目的是禁止一切军国主义分子、帝国主义分子或极端民族主义分子担任公职或在工业生产部门中担任关键性职务。“清洗”的设想是在波茨坦会议期间首先提出来的。麦克阿瑟“对这一想法是否明智曾感到怀疑”，在实行中“尽量地宽容”。根据“清洗”计划要求，任何在军队中当过军官，在某些极端民族主义组织或在被占领国或在军工企业中担任过重要职务的人，都在清洗之列。全国总共约有20万人被禁止担任公职（包括1800名财阀家族成员），约1300个带有政治性的组织被解散了。“清洗”打破了保守的行政人员和政客们对权力中心的控制，使新的没有政治污点的领导人得以上台。虽然被清洗的人没有被关入监狱，但他们就业遇到了困难。后来有人认为，清洗并不完全成功，有时是不公正的。占领结束后，给一些人“恢复了名誉”。

　　战后，对日本战犯进行了审判。审判的目的是惩办那些负有发动战争责任、准许进行或亲自犯下暴行的人，通过审判还可以使日本人明白发动战争或犯下暴行是要受到严厉惩处的。战犯被分成甲、乙、丙三级。甲级战犯是像东条那样的大人物。这样的战犯有25名，在东京受到由11国法官组成的国际军事法庭的审判。6名将军和1名文职官员被处以绞刑，16人被判处无期徒刑，另外2人被判处较轻的徒刑。乙级战犯是20多名高级将领，他们的部队犯下暴行而受到盟军总司令部军事法庭的审判。在菲律宾与麦克阿瑟直接交战，并迫使他丢下在巴丹的部队，连夜逃到澳大利亚的保间和山下两个日本将军，因指挥“死亡行军”造成几千名“巴丹”战俘死亡等罪行而被判处死刑。保间的妻子曾向麦克阿瑟求情，也没能得到赦免。4200名丙级战犯是那些被指控犯有较小暴行或虐待战俘的人。他们受到了各级盟国军事法庭的审判。700人被判处死刑，400人被宣判无罪，其余的被关进监狱服刑。

　　早在战前，日本军国主义分子就把神道作为煽动民族主义狂热的手段。神教的主要特征是推崇天皇和自我牺牲。神教后来逐渐变成了正式的国教（神道教），在战争期间对军队起了很大作用。神教宣称，一个人在战斗中死去就可以成神。

　　盟军总司令部从一开始就采取了消灭神道教的措施。1945年12月15日，神道教作为国教被废除了。约8000座神教纪念碑被推倒，天皇的画像被从学校摘走了。1946年1月1日，裕仁天皇以新年诏书的方式发表了“凡人宣言”：“朕站在人民一边，总是希望能与人民同甘共苦的。朕与人民之间的关系，是建立在互相信任和互相爱护的基础之上的，这种关系并非简单地依靠神话和传说。不要因为把天皇奉为神明，而产生大和民族优于其他民族，并注定要统治世界的错误观念。”

　　为了使他本人“更像一个凡人”，麦克阿瑟鼓励天皇像欧洲君主那样巡视日本，观看体育运动会，出席音乐会及其他公众集会。就这样，天皇成了一名较为普通的君主。

　　日本的警察部队是一个全国性组织，由东京的官僚们控制。战争期间，它变得酷似纳粹的盖世太保。它被用来镇压人民，煽动战争情绪。在占领初期，麦克阿瑟下令将警察部队分散，每个超过5000人口的城镇都有权保留其当地警察部队，这些警察部队仅向当地政府负责。这一措施有效地摧毁了令人憎恨的全国统一指挥的警察部队，但也产生了许多问题。有些地方没有足够的警察维持治安，而且职业警察的素质也急剧下降，以致普遍发生警察腐败现象。占领结束后，日本人重建了全国警察部队，实施了更为有效的控制。

　　在实施日本非军事化的同时，麦克阿瑟还积极地推行他制订的日本民主化计划。日本的民主化思潮在战前就已产生，许多日本人对民主制度持欢迎态度。盟军总司令部利用了人民的民主化倾向，加快了日本的民主化进程。

　　修改宪法工作是从1945年10月开始的，1946年2月3日，麦克阿瑟提出了修改宪法的三个原则：1.天皇处于国家元首的地位，皇位世袭；天皇根据宪法行使职能。2.日本要废止运用国家权力发动战争，放弃以战争手段作为解决争端的手段；日本不得拥有军队。3.废除日本的封建制度。

　　这部宪法经日本临时议会审议通过，于1946年11月3日颁布，于1947年5月3日起施行。这部宪法保障了日本向现代资本主义民主制度的平稳过渡，对战后日本经济的复兴起了重大作用。宪法的改革精神深入到日本社会生活的各个方面。麦克阿瑟后来得意地谈到：“这部宪法也许是占领军当局惟一最重要的成就，因为它给日本人民带来了前所未有的自由与权利。”

　　1946年4月10日，就在新宪法草案出台不久，根据新的选举法，1300多万妇女首次获得了选举权。在战后举行的第一次国会选举中，有466人当选为议员，其中有39名女议员。公布选举结果后的第二天，有位日本立法界人士去见麦克阿瑟，心神不安地对他说：“我很遗憾地告诉您，选举中发生了一件意想不到的事情。”麦克阿瑟有点奇怪，忙问是什么事。那个人说：“有一个妓女被选进了众议院。”麦克阿瑟又问：“她得了多少选票？”那人叹口气说：“25.6万张。”麦克阿瑟郑重地对那个人说：“我可以说，这么多选票恐怕不全是靠她那不光彩的职业得来的吧。”

　　妇女解放，常常是麦克阿瑟最津津乐道的事。他后来在回忆录中写道：“我们在日本完成的一切改革事业中，我感到最满意的无过于妇女的地位提高了。”

　　1946年年初，由于日本全国粮食短缺，引起政局动荡。日本全国可耕地只占国土面积的16%，粮食不能自给，主要靠进口。战争期间可以到国外掠夺，战败后既无资金进口粮食，也没有物资同外国交易，更没有运输货物的船队。供应居民的粮食每天只有200克，时常还不能保证，一些人只好靠野菜充饥。

　　当时麦克阿瑟公开表示：“只要我当盟军总司令，就不会让一个日本人饿死。”与此同时，麦克阿瑟向华盛顿要求调运美军的库存粮食到日本来救急。美国众议院拨款委员会不同意用军粮援助不久以前的敌国。麦克阿瑟再次申诉了自己的理由，报告的最后一句话是：“情况就是这样，给我面包或是给我子弹！”最后他终于得到了面包（从美国运进350万吨食品），实现了自己的诺言，同时也赢得了日本人民的敬佩和信任。

　　麦克阿瑟在日本推行的土地改革也取得了巨大的成就。战前，日本的耕地有一半掌握在地主手中，这些地主靠收取佃农的高额地租生活。这种制度造成生产力水平低下，农民生活极为困苦。麦克阿瑟制订了解放农民的方针，1946年6月提出了土改方案，政府征购了约3000万亩农田，然后以分期付款的方式转卖给佃农。到1950年，日本85%的可耕土地到了自耕农手中。麦克阿瑟后来称这一改革是“有史以来最成功的一次，是占领军当局所取得的最有深远意义的成就之一”。

　　麦克阿瑟所推行的改革，对战后日本的历史产生了深远的影响。在1951年4月他离职时，日本首相吉田茂在广播讲话中动情地说：“麦克阿瑟将军为我国所做的贡献是历史上的一个奇迹。是他把我国从投降后的混乱衰落境地中拯救出来，并把它引上了恢复和重建的道路，是他使民主精神在我国社会生活的各个方面牢牢扎根。”