马歇尔的毕业成绩名列前茅。校长希普将军写信给麦金利总统，保荐马歇尔为陆军军官。他在信中写道：“在弗吉尼亚军校这座冶炼炉多年炼出的钢铁中，乔治·马歇尔是最合适造枪铸炮的一块毛坯。”

　　1901年9月，马歇尔奉召到纽约参加授职考试，他轻而易举地通过了。1902年2月3日，他在尤尼恩敦面对公证人宣誓，接受美国陆军少尉军衔。几天后，他接到赴菲律宾服役的通知，命他在2月13日到华盛顿的迈尔堡报到。这就是说他只有几天时间办理婚事。

　　1902年2月11日晚，在莉莉家里他们举行了婚礼。第二天，这对年轻夫妇乘火车去华盛顿度蜜月。他们在那里得到消息，批准马歇尔少尉延长5天假期。但这一好消息并没能让他高兴起来，因为在他们蜜月初夜，莉莉讲了一件令他震惊的事。他知道莉莉的身体娇嫩，医生不许她从事任何劳累活动，甚至不许她参加舞会。那时她只告诉他这只是暂时现象，说这是参加社交活动过多引起的。如今她把真情告诉了他，她患有二尖瓣关闭不全性心脏病。他通过查阅医学辞典，了解到这是一种由“二尖瓣闭锁异常，导致血液向心脏瓣口反流，引起心脏衰竭”的疾病。她绝对不能冒生孩子的危险，而且还得当成半残废人来护理。

　　看来他只有把妻子留在国内，独自一人到海外服役了。对马歇尔来说，额外的5天假期实在是如坐针毡，令人难熬。对于这位与美丽的新娘如胶似漆、难舍难分的年轻人来说，这既是良宵苦短，又是愁夜恨长，一切一切，实在使他无所适从。莉莉选中马歇尔可谓慧眼识人。因为马歇尔并未感到后悔，在经过这次精神打击之后，他从未向任何人吐露过一个字，也从未对她流露出一点失望之情，他对她仍然一往情深。

　　在马歇尔以后的社交活动中，他遇到过许多才貌双全的女士，其中包括两位英国公爵夫人、一位有名的中国美女和一位当朝的欧洲皇后，但没有一位女士，甚至连他的第二位妻子，像莉莉那样使他倾倒，她是他的初恋情人和妻子。尽管婚后多年她没能为他生儿育女，而他做梦都想有个女儿，此外，妻子还成了他的负担，但他对她的爱和忠诚却始终不渝。

　　莉莉在华盛顿为马歇尔送行，这对新婚夫妇情意缠绵，依依不舍。随后，她回到弗吉尼亚列克星敦，陪伴母亲。

　　作为美国—西班牙战争中赢得的奖赏之一，美国接管了菲律宾群岛。许多美国军人和行政人员涌向马尼拉，但当地人对任何外来人根本不表示欢迎，反政府和反外来统治的游击武装异常活跃。马歇尔到达马尼拉之前的几个星期，驻菲美军平息了所谓的叛乱分子，但是，马歇尔任职期间，零星的游击战仍在继续进行。

　　马歇尔不断地从同伴口中听到关于菲律宾人如何凶残、奸诈和狡猾，以及美军不得不采取“必要的”报复措施来制服他们的话。他后来说：“我记得，一个军官讲到，他手下有三个人在一次遭遇战中受了伤，他就把那个镇子夷为平地。”当马歇尔把驻菲美军描绘成也像当地游击队一样坏时，他身边的军官深表惊讶，但一点也不感到愤慨。

　　马尼拉附近有座教堂，拥有一个珍贵的宗教图书馆。为了报复游击队的袭击，这所教堂竟被美军付之一炬，一些士兵穿着抢来的神甫的长袍在教堂外面跳舞，挥舞着从圣坛抢来的银器。马歇尔对此很气愤，认为应逮捕他们并送交军事法庭审判，这使他的上司感到忿然。马歇尔认为，人们在危难临头时往往难以控制自己，但这种行为不应予以支持或默许，而应当加以惩处，以儆效尤。他对一位同伴军官奥尔特·克鲁格（后为将军）说，在执行任务时，支持感情冲动或歇斯底里的行动是危险的，“军队一旦投入战争，每个战斗员就有一种兽性要发作，因此，一名优秀军官必须学会如何控制住这种兽性，控制住士兵和他本人的情绪。”克鲁格对这位年轻少尉的独到见解和沉着冷静大为震惊。

　　“他既不为当地人的残忍和野蛮感到胆战，”克鲁格后来说，“也不对他的同胞以牙还牙感到心惊。他认为那是人们在精神压抑的情况下的行为，而且认为在危急情势中，双方的行为举止如出一辙。控制他们只有一个办法，这就是严明纪律，惩一儆百。”他接着说，“这样一位年轻军官能说出这样一番话来，堪称高论。那时几乎没有一个美国军官这样想，即使想了，肯定也不会这样说。马歇尔是我在美国陆军中所遇到的最有自我约束力的少尉。虽然他才22岁，竟能使我们这些上级军官感到自己像个孩子。他从来不自命不凡，而是同每个人都合得来……他的远见卓识远远超过了他的年龄，至少我认为是这样。当你真想去了解他时，他却不开口了，所以你永远也不知道他在想什么。”

　　大家知道他来菲律宾前刚结婚，所以总拿他妻子开玩笑，尤其是在她每周定期来信的时候。他给他们看了莉莉的照片，他们对她的美貌相当倾倒，想法设法了解她在信中说了些什么。马歇尔只给他们透露一点，说她一直在控制饮食，为他保持苗条身材。

　　“莉莉控制得怎么样了”？他们总是这样问。

　　“她又轻了三磅。”他总这样回答。

　　几个月后，有个调皮鬼在食堂墙上贴了张漫画，画的是一个戴着拳击手套的女稻草人，旁边写着“乔治·马歇尔夫人，世界轻量级冠军，体重25磅”。

　　在菲律宾服役期间，马歇尔经历了东方台风、霍乱蔓延、在丛林地单独巡逻等多种考验。他不把这些看作是障碍，而将其视为难得的锻炼机会。他对部下要求严格，而且有自己的带兵方法。有一次，他带领部下去执行巡逻任务，在他们蹚过一条河流时，忽然有人大喊一声：“鳄鱼！”队伍顿时慌乱起来，大家争相朝对岸跑去。士兵们在夺路逃命时，竟把他撞倒在泥水里，上了岸的人见他如此狼狈不堪大笑不止。

　　“我命令他们在河岸上集合，”马歇尔回忆说，“我下达了‘枪上肩’的口令，然后叫他们面对着刚才蹚过的那条河，又下达了‘开步走’的口令，我们成一路纵队下了河，我走在排头过河上了岸。等大家都上了岸，就像在训练场一样，我喊了声‘向后转——开步走！’我们再一次蹚过那条河……”

　　“我明白，当时不是乱骂一气的时候，”马歇尔接着说，“丛林河川确实是鳄鱼经常出没的地方，就算是一次假警报，但这种事是完全可能真的发生的，既然这样，就有必要教训一下那些爱恶作剧的人。”从此，在遇到突然情况时，士兵们不再惊慌失措，再也不敢捉弄他们的年轻少尉了。