马歇尔出任国防部长一事，一时引起一场不大不小的风波，赞成和反对的意见格外鲜明。
《纽约时报》的社论评论说，继任国防部长之职的是“一位具有巨大能量、丰富经验和高瞻远瞩的人物，他不属于任何党派，人民对他寄予无限信心。”《华盛顿邮报》也提出了许多同样的看法：马歇尔是一位具有平民思想的军人，“一位尊重并献身于美国政治制度的真正可靠的美国人。”该报认为这一点十分重要，因为美国看来正逐渐转变为警察国家，在这种形势下，“军界人士经常受到诱惑去使用他们的力量。幸亏在这种情况下有一个马歇尔可以依靠。”
著名的专栏作家李普曼认为，正当美军在朝鲜取得仁川登陆成功，在西欧防务上使用西德军队的计划恰好出笼的时候，出现了马歇尔的任命，这是有趣并幸运的。“这位军人懂得不能用美国的军事干涉来对付亚洲的革命，他也懂得必须使欧洲社会成为值得防卫的社会。”
《芝加哥论坛报》发表了尖酸刻薄的评论，为行政当局的对手呐喊说，引进了马歇尔，为的是保护艾奇逊；马歇尔解除了蒋介石武装，他把中国出卖给斯大林，于是朝鲜就守不住了；马歇尔和罗斯福合谋扣压了珍珠港发来的情报，把美国拉入战争。还说“马歇尔计划”已失败。
在随后的参议院听证会上，开始时的主要异议是军人不能当国防部长，很快地马歇尔就遭到部分参议员的直接攻击。
詹纳参议员列举了一系列“事实”，对马歇尔的爱国心提出了疑问。他直截了当地反对任命马歇尔为国防部长，声称：“乔治·马歇尔不仅情愿，而且急于充当卖国勾当的头面人物。”他以失掉中国为例，说马歇尔“并非传奇英雄，倒是个撒谎大王”，他充当的角色是“政府中那帮发疯的冷酷怪人、与共产党同流合污的绥靖派的头面人物，听命下手，同谋合犯。”
詹纳最后说道：“参议院决不能批准对马歇尔的任命，怎能让他与艾奇逊两位一体，控制政府机构中两个最重要的部门呢？这将是一场灾难。主席先生，因为马歇尔将军的爱国之心并不足以使他告诉美国人民可怕的事实真相，而且他再次同那帮罪恶的卖国贼和对共产党搞绥靖的家伙们携起手来，在杜鲁门先生、艾奇逊先生的影响和指挥下，这些人还在继续欺骗美国人民。”
詹纳的攻讦令人愤慨，马歇尔给予了有力反驳。杜鲁门对此也气愤之极，他给马歇尔打电话说：“将军，只要这只印第安纳臭黄鼠狼让我抓住，我就活剥他的皮。”
“他让参议院否决了我的任命吗？”马歇尔问道。
“噢，没有，”杜鲁门说，“任命被批准了，一切顺利。”
“那我劝您别再碰他，总统先生，”马歇尔说道，“那种畜生的恶臭沾在身上可不容易洗掉。”
其实，这次质询和攻击是一年后约瑟夫·麦卡锡所发动的长时间攻击的一次预演。
马歇尔就任国防部长后，任命了一位女助手，她就是罗森堡副部长。这件本不足惊奇的小事却引起了极大的争议。马歇尔认为，他考虑的只是她的全面才能，而不是她的性别，因此，他坚持这项任命，结果，他成功了。他很快派罗森堡飞往朝鲜巡视军营。她从前线发回报告，使马歇尔很高兴。
罗森堡的报告是有关使用黑人士兵的问题。迟至1950年，美国陆军在很大程度上还是一支实行种族隔离政策的军队，当时，所谓的“有色人种部队”通常不被派往前线。罗森堡希望改变这种状况。她对马歇尔说：“我们必须派他们去作战，我们在那里伤亡很大，所以需要动用有色人种部队。早就应该把他们投入战场了。”
在使用黑人部队参战问题上，马歇尔仍抱着老一套的传统观念，认为他们打不好仗。“他反对取消种族隔离，”罗森堡说，“可是我据理力争，说他是个墨守成规的保守主义者。他严厉地回答说，他不信仰任何政治学说，只相信正确的东西，不管它是保守主义的还是自由主义的，只要有人拿出能说服人的证据，他就可以改变对任何事情的看法。结果，我把他说服了。”马歇尔终于同意下令取消军队中的种族隔离规定，并派黑人部队前往朝鲜作战。
此时，以蒋介石为首的国民党已被赶出大陆，带着残兵败将逃到台湾，并在南中国海上的金门岛、马祖岛和澎湖列岛建立了防御性前哨基地。美国的对华政策并未改变，仍然支持台湾的国民党，而不承认中华人民共和国为合法政府。马歇尔自然赞成这种政策，他与蒋介石夫妇一直保持交往。
马歇尔就任国防部长时，朝鲜战争已经打响。他认为自己不便对这场战争指手画脚，因为五角大楼已把指挥权授予了麦克阿瑟五星上将。他了解麦克阿瑟，也同意多数人对麦克阿瑟的评价：高傲、自负，别人无法对他下达命令或提出建议，哪怕是最温和的劝告。
朝鲜战争初期，美军遭受了一些挫折。麦克阿瑟在征得五角大楼同意后（当时马歇尔还没有就任国防部长），前往台湾访问，就动用国民党军队入朝鲜作战计划同蒋介石商谈。蒋同意先派三个师入朝作战。随后，麦克阿瑟向华盛顿传回访台报告。
马歇尔从蒋夫人宋美龄的私函中了解到更多的情况。她不仅谈到了美国代表团成员访台和私人活动情况，而且，还讲述了军事会议的实质性内容。然而，宋美龄信中的另一段话更引起了马歇尔的兴趣和担心：
委员长还告诉麦克阿瑟将军，许多方面的人士，包括（中国的）游击队一致要求由我来领导大陆上的游击战。他问将军对此有何看法。将军回答说，就工作效果而言，这是个很好的设想，应当派一个敌人意想不到的人领导游击战，而这个人自然是非我莫属。
但（将军）又觉得我将为此作出的牺牲太大了，因为游击队领导人的生活充满了危险，一旦被俘，就会受到拷打，面临死亡……
马歇尔赶忙写了一封回信：
当然，我对您所谈的麦克阿瑟将军访台情况极感兴趣，但我特别担心您可能前往大陆领导游击战。我认为这是一件可怕的事，不仅危险性大，而且您的身体状况不佳，如此艰苦的工作，您是吃不消的。
马歇尔和麦克阿瑟对蒋介石夫妇反攻大陆的急切心情表示同情，但还是劝阻了他们。然而，白宫和五角大楼所担心的并非是蒋夫人领导什么游击战，而是担心台湾国民党军队一旦投入战争，必将使局势更为复杂，因为中共军队也必将投入战争，从而使战争规模难以控制。出于慎重考虑，华盛顿最终没有同意动用国民党军队的建议。
为了扭转美军在朝鲜的被动局面，麦克阿瑟策划了仁川登陆。1950年9月15日开始的仁川登陆取得了成功，位于釜山地区的美国第8集团军也随即发起反攻，北朝鲜军队主力被截断在朝鲜南部。
马歇尔认为，既然麦克阿瑟指挥有方，哪怕他骄傲、虚荣，也要予以褒奖，于是便发去一封贺电：
您在朝鲜指挥的英勇战役以及有胆有谋、尽善尽美的作战行动，实际上结束了
这场战争，请接受我个人的敬意。
G.C.马歇尔
麦克阿瑟复电：
乔治，谢谢您的好意。您的电报使我清楚地回想起以往的战争，您我之间始终协调一致、精诚合作以及持久完美的团结协作。再次对您的来电和可靠的支援表示
深切的谢意。
麦克阿瑟
仁川地形和潮汐情况本不适合大部队登陆作战，因此，当时大多数军方领导人对麦克阿瑟的仁川登陆计划均持怀疑或反对意见。仁川登陆的成功只能充分地证实了麦克阿瑟是甘愿冒一切风险去推行他的战争计划的。此后，许多人转而赞扬他的成功，却忘记了他们曾经反对过他的计划。
仁川胜利后，麦克阿瑟的自信心更加膨胀，他决定对北朝鲜发动全面攻势，命令联合国军乘胜向北进攻，一举歼灭北朝鲜军队。
马歇尔就任国防部长时，正好赶上杜鲁门发出准许麦克阿瑟跨过三八线的重要指示。
9月25日，马歇尔收到五角大楼联合参谋部的建议。国务院和白宫迅速批准了这项建议。杜鲁门于9月27日发出指示。该指示通知麦克阿瑟：他的任务是摧毁北朝鲜军队，为此，他可以在三八线以北作战，但对作战条件规定了一些限制。（1）假如中共或苏联的军队已经进入北朝鲜；（2）假如中共或苏联的军队已经宣布进入北朝鲜；（3）假如中共或苏联的军队已经威胁要抗击联合国军的北进行动。在上述任何情况下都不得越过朝鲜与中国或苏联的交界点，此外，这些边界的沿线都不得使用非朝鲜籍的军队。明确禁止在支援军事行动时从空中或海上攻击中国东北或苏联领土。
但是，南朝鲜首脑、那位习惯于挑起争端、贪得无厌的李承晚，不断发表充满杀气的言论。他怒气冲冲地宣称：“战争不能只打到鸭绿江就罢休，要继续打到中国去”，他要求美军进攻中国本土，“建立一个鸭绿江北侧10英里宽的中立区。”“鸭绿江”这条中朝界河，对蒋介石以及美国那些主张扩大战争的人来说是战争号召；对美国的欧洲盟国来说是警钟；而对中国来说则是战争警报。
美国一些共和党人开始鼓吹启用台湾的国民党军队。英国人告诫美国人要格外谨慎从事。麦克阿瑟照样稳坐东京指挥战争，似乎并未察觉他的军队正走向一种危险的境地。
马歇尔同意军方的乘胜追击的观点。当美军第8集团军司令沃克宣布将在三八线停下来休整，等候批准追击的命令时，马歇尔致电麦克阿瑟：“我们要您在战术上和战略上都无牵制地向三八线以北推进。”麦克阿瑟充分地利用了这句鼓舞性的话，他兴奋地回电说：“我认为整个朝鲜都是我的用武之地。”
麦克阿瑟如此充满信心，是因为他对自己的判断力从来没有低估过。杜鲁门之所以同意美军越过三八线北进，是因为他完全相信麦克阿瑟的判断。还是在10月15日，麦克阿瑟在太平洋上的威克岛同杜鲁门会晤时，就坚定地向总统作了保证：中国将袖手旁观，他们无力干预，也不愿干预；苏联出兵的可能性很小。
10月1日，南朝鲜军率先越过三八线向北推进。10月3日，中国政务院总理兼外长周恩来通过印度驻华大使潘尼迦提出警告：“如果美军越过三八线，中国不会坐视不管。”麦克阿瑟听到这一警告后，冷笑了一下，声言这一威胁纯属吓唬人，如果中国真有此意，就不会大肆宣扬了。10月7日，美军越过三八线。
时隔不久，麦克阿瑟就报告说，中国军队正在中朝边境地区集结。10月9日，五角大楼通知他，如果中国军队进入北朝鲜，他的部队只要能打赢就继续打下去；如果没有华盛顿的授权，他不能袭击中国领土。
华盛顿和麦克阿瑟担心中国介入，但又不相信中国军队真的有决心和能力出兵朝鲜。他们认为，中国刚刚结束大规模内战，新政权建立不到一年时间；中国陆军虽强大，但其主力仍在中国东南、西南和西北地区。全面内战消耗巨大，中国经济十分困难；他们没有空军和海军，不敢贸然同美国进行战争较量。麦克阿瑟确信：“在釜山和仁川战事紧张时中国未介入，在北朝鲜军队即将覆灭的今天，中国是不会介入的。”
从表面上看，他们似乎有理由自信。10月11日，南朝鲜军队攻下了北朝鲜东海岸重镇元山；10月19日美军攻占了北朝鲜首都平壤；10月24日，麦克阿瑟命令联合国军全线出击，并取消了不得使用非朝鲜籍部队的限制。所有这些行动几乎没有受到顽强抵抗，也没有迹象表明中国军队已经入朝。
尽管马歇尔没有直接参与战争初期军事情况的分析与决策，而且远离朝鲜战场，但却嗅出了空气中某种咄咄逼人的东西。他的老部下、现任美国中央情报局局长的沃尔特·史密斯向他通报了一些令人不安的消息。
朝鲜内战爆发后，史密斯向中国、印度等亚洲国家派遣了谍员，千方百计搜集有关远东事务的各种报道。并派人秘密查寻了美国远东战区总部的档案，获得了大量重要情报。他在电话中通告马歇尔，麦克阿瑟并没有把朝鲜局势的全部情况报告给参谋长联席会议。首先，中国军队不仅正在策划出兵朝鲜，而且麦克阿瑟的谍报机关已经掌握了这一情报，却故意不向五角大楼报告；其次，麦克阿瑟的作战计划人员正在制订在远东打一场全面战争的计划，包括由海军封锁中国，从海上和空中轰炸中国的工业中心，以及派国民党军队在朝鲜和中国大陆作战。第三，从与中、苏直接联系的来源获悉，假如美国或联合国接受上述计划，那么苏联就会卷入战争，战争将不再局限于远东地区，一场全球性的战争可能就要爆发。
与此同时，马歇尔收到麦克阿瑟从东京发来的一份电报，说中国军队已经入朝，并正向他的部队进攻，大量援军正源源不断地跨过鸭绿江。据此，他命令空军派遣轰炸机“敲掉”鸭绿江大桥。
五角大楼召开紧急会议，一致认为如不仔细考虑后果，就同意轰炸中国边境地区，结局将不堪设想。预定的空袭时间是1950年11月6日晨，还有几个小时予以制止。于是，给麦克阿瑟下了一道电令：“暂缓轰炸中国边境5英里内的一切目标。”
麦克阿瑟对此大发雷霆。后来他把这道命令称作是“美国有史以来强加给战场司令官的毫无道理和糟糕透顶的决定。”同时，他当即复电声称，只有轰炸大桥，才能阻止大批中国军队通过鸭绿江进入朝鲜，才能使美军和盟军免遭伤亡。他报告说已下令取消原定的轰炸，但又写道：
“对于你们强加于我的限制在物资上和心理上造成的灾难的后果，无论我怎样强调也不过分。我希望将此事提请总统注意，因为我认为，你们所下的命令将导致极大的灾难。在总统未能亲自和直接掌握局势之前，我不能对此事承担责任。”
至此，杜鲁门已非常清楚，麦克阿瑟对华盛顿已无尊重和信任而言。对此，马歇尔忧心忡忡，看来史密斯警告中内含的可怕预示终于应验了。他向总统建议：允许麦克阿瑟拥有一定限度的权力，同时直截了当地告诉他，华盛顿知道他未曾上报战局的全部情况。很快，麦克阿瑟向参谋长联席会议报告说，他的部队遭到中、苏战斗机的攻击，美国飞机一起飞迎战，那些飞机就飞返鸭绿江以北。他要求授权他的手下飞行员进行
“穷追”，并在敌方飞机视为安全的空域加以袭击。
这项要求使马歇尔感到特别担忧和棘手。此时，国会和公众舆论大哗，认为麦克阿瑟在朝鲜被“捆住了手脚”，迫于压力，艾奇逊和杜鲁门打算让麦克阿瑟自行其是，马歇尔只好勉强同意。但最后还需征求美国盟友的同意才行。结果，所有欧洲盟国坚决反对，他们担心在远东扩大战争将严重影响欧洲防务，甚至导致苏联进攻西欧。
但是，后来情况突然起了变化。麦克阿瑟兴高采烈地报告说，中国军队销声匿迹了。战场如此平静，导致美国飞机再也找不到攻击目标。显然，中国军队只是象征性以示警告，或许他们被吓跑了。麦克阿瑟因此建议把他的部队开到鸭绿江边去打扫战场，然后，控制整个朝鲜半岛，他飞抵汉城亲临战场指挥。
